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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.39 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 :     use URI::URL;
9 :     use HTTP::Request::Common;
10 : olson 1.16 use POSIX;
11 : efrank 1.1
12 : olson 1.31 sub new
13 :     {
14 :     my($class) = @_;
15 :    
16 :     my $self = {};
17 :    
18 :     return bless $self, $class;
19 :     }
20 :    
21 : olson 1.25 sub compute_html_header
22 :     {
23 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
24 : overbeek 1.33 my($additional_insert,$user) = @_;
25 : olson 1.2 my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
26 :     if (! -f $html_hdr_file)
27 :     {
28 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
29 :     }
30 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
31 : overbeek 1.18 push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
32 :    
33 : olson 1.15 if (@html_hdr)
34 :     {
35 :     my $insert_stuff;
36 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
37 :     my $ver = $ver[0];
38 :     chomp $ver;
39 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
40 :     {
41 :     my $d = asctime(localtime($1));
42 :     chomp($d);
43 :     $ver .= " ($d)";
44 :     }
45 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
46 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
47 : olson 1.26 if ($additional_insert)
48 :     {
49 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
50 :     }
51 : olson 1.15
52 :     for $_ (@html_hdr)
53 :     {
54 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
55 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
56 :     {
57 :     $_ = $insert_stuff;
58 :     }
59 :     }
60 :     }
61 :    
62 : olson 1.25 return @html_hdr;
63 :     }
64 :    
65 :     sub show_page {
66 : efrank 1.32 #warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
67 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
68 : redwards 1.38 my($cgi,$html,$no_home, $alt_header, $css, $javasrc) = @_;
69 : olson 1.25 my $i;
70 :    
71 : redwards 1.34
72 :     # ARGUMENTS:
73 :     # $cgi is the CGI method
74 :     # $html is an array with all the html in it. It is just joined by "\n" (and not <br> or <p>
75 : redwards 1.35 # $no_home eliminates ONLY the bottom FIG search link in a page
76 :     # $alt_header is a reference to an array for an alternate header banner that you can replace the standard one with
77 : redwards 1.34 # $css is a reference to a hash. The key is the name of the CSS sheet and the value is the URL of that sheet. Note the usual rules about relative css urls
78 :     # the sheet named "Default" is considered to be the default style sheet, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/default.css
79 :     # the sheet named "Sans Serif" is considered to the the first alternate, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/sanserif.css
80 : redwards 1.38 # $javasrc is a reference to an array of URLs to javascripts to be included (e.g. "/FIG/Html/css/styleswitcher.js")
81 : olson 1.25 #
82 :     # Find the HTML header
83 :     #
84 :    
85 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
86 :     if (! -f $html_tail_file)
87 :     {
88 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
89 :     }
90 :    
91 : overbeek 1.33 my $user = $cgi->param('user') || "";
92 : redwards 1.35 my @html_hdr;
93 : redwards 1.39 if ($alt_header && ref($alt_header) eq "ARRAY")
94 : redwards 1.35 {
95 :     @html_hdr = @$alt_header;
96 :     }
97 :     else
98 :     {
99 :     @html_hdr = compute_html_header(undef,$user);
100 :     }
101 : olson 1.25
102 : olson 1.2
103 : efrank 1.1 print $cgi->header;
104 : golsen 1.5
105 :     #
106 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
107 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
108 :     # missing ones.
109 : golsen 1.5 #
110 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
111 : golsen 1.5 #
112 :    
113 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
114 :     basefont => 1,
115 :     html => 1,
116 :     isindex => 1,
117 :     link => 1,
118 :     meta => 1,
119 :     nextid => 1,
120 :     style => 1,
121 :     title => 1
122 :     );
123 :    
124 :     #
125 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
126 :     #
127 :    
128 :     my %body_tag = ( a => 1,
129 :     br => 1,
130 :     center => 1,
131 :     form => 1,
132 :     h1 => 1,
133 :     h2 => 1,
134 :     h3 => 1,
135 :     hr => 1,
136 :     img => 1,
137 :     p => 1,
138 :     pre => 1,
139 :     table => 1
140 :     );
141 :    
142 :     my $html_line = -1;
143 :     my $head_line = -1;
144 :     my $base_line = -1;
145 :     my $head_end_line = -1;
146 :     my $body_line = -1;
147 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
148 :     my $done = 0;
149 :    
150 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
151 :     {
152 :     # Some special cases:
153 :    
154 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
155 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
156 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
157 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
158 :    
159 :     # The content goes after this line:
160 :    
161 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
162 :     {
163 :     $body_line = $i;
164 :     $last;
165 :     }
166 :    
167 :     # Now the general case.
168 :     # Analyze all the html tags on the line:
169 :    
170 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
171 :     {
172 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
173 :     # after the last line with a head tag:
174 :    
175 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
176 :     {
177 :     $done = 1;
178 :     last;
179 :     }
180 :    
181 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
182 :    
183 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
184 :     {
185 :     $last_head_line = $i;
186 :     }
187 :     }
188 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
189 : efrank 1.1 }
190 : golsen 1.6
191 :     # Some sanity checks on structure:
192 :    
193 :     if ( 1 )
194 : efrank 1.1 {
195 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
196 : efrank 1.1 {
197 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
198 :     {
199 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
200 :     }
201 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
202 :     {
203 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
204 :     }
205 : efrank 1.1 }
206 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
207 : efrank 1.1 {
208 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
209 :     {
210 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
211 :     }
212 : efrank 1.1 }
213 :     }
214 :    
215 : golsen 1.6 #
216 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
217 :     #
218 :     # <BODY> goes after last head line
219 :     #
220 : redwards 1.34 # RAE:
221 :     # Added the javascript for the buttons immediately after body.
222 : redwards 1.20 # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
223 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
224 : golsen 1.6
225 :     if ( $body_line < 0 )
226 :     {
227 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
228 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
229 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
230 : golsen 1.6 }
231 :    
232 :     #
233 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
234 :     #
235 :    
236 : olson 1.15 if (@html_hdr)
237 : golsen 1.6 {
238 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
239 : golsen 1.6 }
240 :    
241 :     #
242 :     # </HEAD> goes before <BODY>
243 :     #
244 :    
245 :     if ( $head_end_line < 0 )
246 :     {
247 :     $head_end_line = $body_line;
248 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
249 :     }
250 :    
251 : redwards 1.34 # RAE:
252 :     # Add css here
253 :     # Note that at the moment I define these two sheets here. I think this should be moved out, but I want to try it and see what happens
254 :     # css has the format
255 :     # <link rel='stylesheet' title='default' href='/css/default.css' type='text/css'>
256 : redwards 1.35
257 :     # convert the default key to the right case. and eliminate dups
258 :     foreach my $k (keys %$css) {if (lc($k) eq "default") {$css->{'Default'}=$css->{$k}}}
259 :    
260 : redwards 1.34 if (!$css || !$css->{'Default'})
261 :     {
262 :     $css->{'Default'}="/FIG/Html/css/default.css";
263 :     }
264 :     if (!$css->{"Sans Serif"})
265 :     {
266 :     $css->{'Sans Serif'}="/FIG/Html/css/sanserif.css";
267 :     }
268 :     my $csstext = "<link rel='stylesheet' title='default' href='".$css->{'Default'}."' type='text/css'>\n";
269 :     $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='Sans Serif' href='".$css->{'Sans Serif'}."' type='text/css'>\n";
270 :    
271 :     foreach my $k (keys %$css)
272 :     {
273 :     next if (lc($k) eq "default" || lc($k) eq "sans serif");
274 : redwards 1.38 $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='$k' href='".$css->{$k}."' type='text/css'>\n";
275 :     }
276 :    
277 :    
278 :     # RAE: also added support for external javascripts here.
279 :     # we are cluttering the HTML code with all the javascripts when they could easily be in external files
280 :     # this solution allows us to source other files
281 :    
282 :     # $javasrc must be a ref to an array with urls (absolute or relative) to the javascripts
283 :     if ($javasrc && ref($javasrc) eq "ARRAY") {
284 :     foreach my $script (@$javasrc) {
285 :     $csstext .= "<script src=\"$script\" type=\"text/javascript\"></script>\n";
286 :     }
287 : redwards 1.34 }
288 : redwards 1.38
289 :    
290 :    
291 : redwards 1.34 splice( @$html, $head_end_line, 1, "$csstext</HEAD>\n" ); # note here I am replacing the </head> line. Could be bad...? But it doesn't increment everything else.
292 :    
293 : golsen 1.6 #
294 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
295 :     #
296 :    
297 :     if ( $base_line < 0 )
298 :     {
299 :     #
300 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
301 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
302 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
303 :     # from $cgi_url. -- GJO
304 :     #
305 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
306 :     #
307 :     #
308 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
309 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
310 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
311 :     # {
312 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
313 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
314 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
315 :     # }
316 : golsen 1.6
317 :     $base_line = $head_end_line;
318 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
319 : golsen 1.6 }
320 :    
321 :     #
322 :     # <HTML> goes at the top of the output
323 :     #
324 :    
325 :     if ( $html_line < 0 )
326 :     {
327 :     $html_line = 0;
328 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
329 :     }
330 :    
331 :     #
332 :     # <HEAD> goes after <HTML>
333 :     #
334 :    
335 :     if ( $head_line < 0 )
336 :     {
337 :     $head_line = $html_line + 1;
338 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
339 :     }
340 :    
341 :     #
342 :     # Place FIG search link at bottom of page
343 :     #
344 :    
345 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
346 : efrank 1.1 if (! $no_home)
347 :     {
348 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
349 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
350 : efrank 1.1 }
351 :    
352 : golsen 1.6 #
353 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
354 :     #
355 :    
356 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
357 :     my $site_fh;
358 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
359 :     {
360 :     push(@tail, <$site_fh>);
361 :     close($site_fh);
362 :     }
363 :    
364 :     #
365 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
366 :     # or before </html>, or at end of page.
367 :     #
368 :    
369 :     my @tags = ();
370 :    
371 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
372 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
373 : efrank 1.1 {
374 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
375 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
376 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
377 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
378 : efrank 1.1 {
379 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
380 : efrank 1.1 }
381 :     }
382 : golsen 1.6
383 :     if ( @tail )
384 :     {
385 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
386 :     }
387 :     elsif ( @tags )
388 :     {
389 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
390 :     }
391 :    
392 : redwards 1.36 # RAE the chomp will return any new lines at the ends of elements in the array, and then we can join with a "\n"
393 :     # this is because somethings put newlines in, and others don't. This should make nicer looking html
394 : redwards 1.37 #chomp(@$html);
395 :     #print join "\n", @$html;
396 :    
397 :     # Apparently the above still breaks things. This is the correct code:
398 :     print @$html;
399 : efrank 1.1 }
400 :    
401 :     sub make_table {
402 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
403 : efrank 1.1 my(@tab);
404 :    
405 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
406 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
407 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
408 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
409 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
410 :     . "\n\t</tr>\n"
411 : golsen 1.6 );
412 : overbeek 1.9 my($i);
413 : efrank 1.1
414 : overbeek 1.3 my $row;
415 :     foreach $row (@$tab)
416 : efrank 1.1 {
417 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
418 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
419 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
420 :     );
421 : efrank 1.1 }
422 :     push(@tab,"</table>\n");
423 :     return join("",@tab);
424 :     }
425 :    
426 : overbeek 1.3 sub expand {
427 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
428 : olson 1.27 my($x, $tag) = @_;
429 : redwards 1.29
430 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
431 : redwards 1.30 my $endtag=$tag;
432 : redwards 1.29 # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where the first element is the data to
433 :     # display and the second element is optional things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
434 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
435 :     if (ref($x) eq "ARRAY") {($x, $tag)=@$x; if ($tag =~ /td/) {$endtag = "td"}}
436 : overbeek 1.3
437 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
438 : overbeek 1.3 {
439 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
440 : overbeek 1.3 }
441 :     else
442 :     {
443 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
444 : overbeek 1.3 }
445 :     }
446 :    
447 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
448 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
449 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
450 :     my($before,$match,$after);
451 :    
452 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
453 :     {
454 :     $before = $1;
455 :     $match = $2;
456 :     $after = $3;
457 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
458 :     }
459 :     return $x;
460 :     }
461 :    
462 : efrank 1.1 sub ec_link {
463 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
464 : efrank 1.1 my($role) = @_;
465 :    
466 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
467 :     {
468 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
469 :     }
470 :     else
471 :     {
472 :     return $role;
473 :     }
474 :     }
475 :    
476 :     sub role_link {
477 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
478 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
479 :    
480 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
481 :     my $user = $cgi->param('user');
482 :     if (! $user) { $user = "" }
483 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
484 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
485 :     return "<a href=$link>$role</a>";
486 :     }
487 :    
488 : olson 1.13 #
489 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
490 :     # text of the link.
491 :     #
492 : efrank 1.1 sub fid_link {
493 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
494 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
495 :     my($n);
496 :    
497 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
498 :     {
499 :     if ($local)
500 :     {
501 :     if ($1 eq "peg")
502 :     {
503 :     $n = $2;
504 :     }
505 :     else
506 :     {
507 :     $n = "$1.$2";
508 :     }
509 :     }
510 :     else
511 :     {
512 :     $n = $fid;
513 :     }
514 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
515 :     my $user = $cgi->param('user');
516 :     if (! $user) { $user = "" }
517 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
518 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
519 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
520 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
521 : olson 1.15 #
522 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
523 :     #
524 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
525 :    
526 : efrank 1.1 if ($just_url)
527 :     {
528 :     return $link;
529 :     }
530 :     else
531 :     {
532 :     return "<a href=$link>$n</a>";
533 :     }
534 :     }
535 :     return $fid;
536 :     }
537 :    
538 :     sub family_link {
539 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
540 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
541 :    
542 :     return $family;
543 :     }
544 :    
545 :     use URI::Escape;
546 :    
547 :     sub get_html {
548 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
549 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
550 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
551 :    
552 :     $ua = new LWP::UserAgent;
553 :     $ua->timeout( 900 );
554 :     if ($type =~/post/i)
555 :     {
556 :     $args = [];
557 :     foreach $x (@$kv_pairs)
558 :     {
559 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
560 :     }
561 :     my $request = POST $url, $args;
562 :     my $response = $ua->request($request);
563 :     $out = $response->content;
564 :     }
565 :     else
566 :     {
567 :     @args = ();
568 :     foreach $x (@$kv_pairs)
569 :     {
570 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
571 :     }
572 :    
573 :     if (@args > 0)
574 :     {
575 :     $url .= "?" . join("&",@args);
576 :     }
577 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
578 :     my $response = $ua->request($request);
579 :    
580 :     if ($response->is_success)
581 :     {
582 :     $out = $response->content;
583 :     }
584 :     else
585 :     {
586 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
587 :     }
588 :     }
589 :     # set up a document with proper eol characters
590 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
591 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
592 :    
593 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
594 :     # properly. Remove the header.
595 :    
596 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
597 :     if ($i < @output)
598 :     {
599 :    
600 :     splice(@output,0,$i);
601 :     }
602 :    
603 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
604 :     if ($i == @output)
605 :     {
606 :     $i = -1;
607 :     }
608 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
609 :     return @output;
610 :     }
611 :    
612 :     sub trim_output {
613 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
614 : efrank 1.1 my($out) = @_;
615 :     my $i;
616 :    
617 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
618 :     splice(@$out,0,$i);
619 :    
620 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
621 :     if ($i == @$out)
622 :     {
623 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
624 :     if ($i == @$out)
625 :     {
626 :     $i = -1;
627 :     }
628 :     }
629 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
630 :     if ($j < @$out)
631 :     {
632 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
633 :     }
634 :    
635 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
636 :     if ($i == @$out)
637 :     {
638 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
639 :     }
640 :    
641 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
642 :     if ($j > 0)
643 :     {
644 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
645 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
646 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
647 :     }
648 :     }
649 :    
650 :     sub set_prot_links {
651 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
652 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
653 :     my($before,$match,$after);
654 :    
655 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
656 : efrank 1.1 {
657 :     $before = $1;
658 :     $match = $2;
659 :     $after = $3;
660 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
661 : efrank 1.1 }
662 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
663 :     {
664 :     $before = $1;
665 :     $match = $2;
666 :     $after = $3;
667 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
668 :     }
669 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
670 : efrank 1.1 {
671 :     $before = $1;
672 :     $match = $2;
673 :     $after = $3;
674 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
675 : efrank 1.1 }
676 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
677 :     {
678 :     $before = $1;
679 :     $match = $2;
680 :     $after = $3;
681 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
682 :     }
683 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
684 : efrank 1.1 {
685 :     $before = $1;
686 :     $match = $2;
687 :     $after = $3;
688 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
689 : efrank 1.1 }
690 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
691 : efrank 1.1 {
692 :     $before = $1;
693 :     $match = $2;
694 :     $after = $3;
695 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
696 : efrank 1.1 }
697 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
698 :     {
699 :     $before = $1;
700 :     $match = $2;
701 :     $after = $3;
702 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
703 :     }
704 : efrank 1.1 return $x;
705 :     }
706 :    
707 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
708 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
709 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
710 :    
711 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
712 :     {
713 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
714 :     }
715 :     }
716 :    
717 : efrank 1.1 sub gi_link {
718 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
719 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
720 :    
721 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
722 :     {
723 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
724 :     }
725 :     return $gi;
726 :     }
727 :    
728 : overbeek 1.14 sub uni_link {
729 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
730 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
731 :    
732 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
733 :     {
734 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
735 :     }
736 :     return $uni;
737 :     }
738 :    
739 : efrank 1.1 sub sp_link {
740 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
741 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
742 :    
743 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
744 :     {
745 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
746 :     }
747 :     return $sp;
748 :     }
749 :    
750 :     sub pir_link {
751 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
752 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
753 :    
754 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
755 :     {
756 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
757 :     }
758 :     return $pir;
759 :     }
760 :    
761 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
762 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
763 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
764 :    
765 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
766 :     {
767 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
768 :     }
769 :     return $kegg;
770 :     }
771 :    
772 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
773 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
774 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
775 :     my($before,$match,$after);
776 : efrank 1.1
777 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
778 :    
779 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
780 :     {
781 :     $before = $1;
782 :     $match = $2;
783 :     $after = $3;
784 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
785 :     }
786 :     return $x;
787 :     }
788 :    
789 :     sub map_link {
790 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
791 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
792 :    
793 :     $user = $cgi->param('user');
794 :     $user = $user ? $user : "";
795 :     $org = $org ? $org : "";
796 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
797 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
798 :     return $link;
799 :     }
800 : redwards 1.20
801 :     sub javascript {
802 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
803 : redwards 1.20 #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
804 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
805 :     # $html is the ref to the array with the html in it
806 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
807 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
808 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
809 :     #
810 :     # At the moment this add's four buttons:
811 :     # Check all, check's all
812 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
813 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
814 :     # Uncheck all will remove the checks.
815 :    
816 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
817 :     # field. The name is needed for the java script.
818 :     #
819 :    
820 :     $java_script=<<EOF;
821 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
822 :     <!-- Begin
823 :     function checkAll(field)
824 :     {
825 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
826 :     field[i].checked = true ;
827 :     }
828 :    
829 :     function checkFirst(field)
830 :     {
831 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
832 :     field[i].checked = true;
833 :     }
834 :    
835 :     function checkSecond(field)
836 :     {
837 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
838 :     field[i].checked = true ;
839 :     }
840 :    
841 :     function uncheckAll(field)
842 :     {
843 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
844 :     field[i].checked = false ;
845 :     }
846 :     // End -->
847 :     </script>
848 :     EOF
849 :     return $java_script;
850 :     }
851 :    
852 :     sub java_buttons {
853 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
854 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
855 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
856 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
857 :     # -name => field and the checkbox name
858 :     my ($form, $button)=@_;
859 :    
860 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
861 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
862 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
863 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
864 :    
865 :     return $java_script;
866 :     }
867 :    
868 : overbeek 1.22 sub sub_link {
869 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
870 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
871 :     my($sub_link);
872 :    
873 :     my $user = $cgi->param('user');
874 :     if ($user)
875 :     {
876 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
877 :     }
878 :     else
879 :     {
880 :     $sub_link = $sub;
881 :     }
882 :     return $sub_link;
883 :     }
884 :    
885 : efrank 1.1 1

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