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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.35 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 :     use URI::URL;
9 :     use HTTP::Request::Common;
10 : olson 1.16 use POSIX;
11 : efrank 1.1
12 : olson 1.31 sub new
13 :     {
14 :     my($class) = @_;
15 :    
16 :     my $self = {};
17 :    
18 :     return bless $self, $class;
19 :     }
20 :    
21 : olson 1.25 sub compute_html_header
22 :     {
23 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
24 : overbeek 1.33 my($additional_insert,$user) = @_;
25 : olson 1.2 my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
26 :     if (! -f $html_hdr_file)
27 :     {
28 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
29 :     }
30 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
31 : overbeek 1.18 push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
32 :    
33 : olson 1.15 if (@html_hdr)
34 :     {
35 :     my $insert_stuff;
36 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
37 :     my $ver = $ver[0];
38 :     chomp $ver;
39 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
40 :     {
41 :     my $d = asctime(localtime($1));
42 :     chomp($d);
43 :     $ver .= " ($d)";
44 :     }
45 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
46 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
47 : olson 1.26 if ($additional_insert)
48 :     {
49 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
50 :     }
51 : olson 1.15
52 :     for $_ (@html_hdr)
53 :     {
54 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
55 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
56 :     {
57 :     $_ = $insert_stuff;
58 :     }
59 :     }
60 :     }
61 :    
62 : olson 1.25 return @html_hdr;
63 :     }
64 :    
65 :     sub show_page {
66 : efrank 1.32 #warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
67 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
68 : redwards 1.35 my($cgi,$html,$no_home, $alt_header, $css) = @_;
69 : olson 1.25 my $i;
70 :    
71 : redwards 1.34
72 :     # ARGUMENTS:
73 :     # $cgi is the CGI method
74 :     # $html is an array with all the html in it. It is just joined by "\n" (and not <br> or <p>
75 : redwards 1.35 # $no_home eliminates ONLY the bottom FIG search link in a page
76 :     # $alt_header is a reference to an array for an alternate header banner that you can replace the standard one with
77 : redwards 1.34 # $css is a reference to a hash. The key is the name of the CSS sheet and the value is the URL of that sheet. Note the usual rules about relative css urls
78 :     # the sheet named "Default" is considered to be the default style sheet, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/default.css
79 :     # the sheet named "Sans Serif" is considered to the the first alternate, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/sanserif.css
80 :    
81 : olson 1.25 #
82 :     # Find the HTML header
83 :     #
84 :    
85 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
86 :     if (! -f $html_tail_file)
87 :     {
88 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
89 :     }
90 :    
91 : overbeek 1.33 my $user = $cgi->param('user') || "";
92 : redwards 1.35 my @html_hdr;
93 :     if ($alt_header)
94 :     {
95 :     @html_hdr = @$alt_header;
96 :     }
97 :     else
98 :     {
99 :     @html_hdr = compute_html_header(undef,$user);
100 :     }
101 : olson 1.25
102 : olson 1.2
103 : efrank 1.1 print $cgi->header;
104 : golsen 1.5
105 :     #
106 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
107 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
108 :     # missing ones.
109 : golsen 1.5 #
110 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
111 : golsen 1.5 #
112 :    
113 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
114 :     basefont => 1,
115 :     html => 1,
116 :     isindex => 1,
117 :     link => 1,
118 :     meta => 1,
119 :     nextid => 1,
120 :     style => 1,
121 :     title => 1
122 :     );
123 :    
124 :     #
125 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
126 :     #
127 :    
128 :     my %body_tag = ( a => 1,
129 :     br => 1,
130 :     center => 1,
131 :     form => 1,
132 :     h1 => 1,
133 :     h2 => 1,
134 :     h3 => 1,
135 :     hr => 1,
136 :     img => 1,
137 :     p => 1,
138 :     pre => 1,
139 :     table => 1
140 :     );
141 :    
142 :     my $html_line = -1;
143 :     my $head_line = -1;
144 :     my $base_line = -1;
145 :     my $head_end_line = -1;
146 :     my $body_line = -1;
147 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
148 :     my $done = 0;
149 :    
150 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
151 :     {
152 :     # Some special cases:
153 :    
154 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
155 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
156 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
157 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
158 :    
159 :     # The content goes after this line:
160 :    
161 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
162 :     {
163 :     $body_line = $i;
164 :     $last;
165 :     }
166 :    
167 :     # Now the general case.
168 :     # Analyze all the html tags on the line:
169 :    
170 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
171 :     {
172 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
173 :     # after the last line with a head tag:
174 :    
175 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
176 :     {
177 :     $done = 1;
178 :     last;
179 :     }
180 :    
181 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
182 :    
183 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
184 :     {
185 :     $last_head_line = $i;
186 :     }
187 :     }
188 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
189 : efrank 1.1 }
190 : golsen 1.6
191 :     # Some sanity checks on structure:
192 :    
193 :     if ( 1 )
194 : efrank 1.1 {
195 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
196 : efrank 1.1 {
197 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
198 :     {
199 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
200 :     }
201 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
202 :     {
203 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
204 :     }
205 : efrank 1.1 }
206 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
207 : efrank 1.1 {
208 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
209 :     {
210 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
211 :     }
212 : efrank 1.1 }
213 :     }
214 :    
215 : golsen 1.6 #
216 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
217 :     #
218 :     # <BODY> goes after last head line
219 :     #
220 : redwards 1.34 # RAE:
221 :     # Added the javascript for the buttons immediately after body.
222 : redwards 1.20 # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
223 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
224 : golsen 1.6
225 :     if ( $body_line < 0 )
226 :     {
227 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
228 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
229 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
230 : golsen 1.6 }
231 :    
232 :     #
233 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
234 :     #
235 :    
236 : olson 1.15 if (@html_hdr)
237 : golsen 1.6 {
238 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
239 : golsen 1.6 }
240 :    
241 :     #
242 :     # </HEAD> goes before <BODY>
243 :     #
244 :    
245 :     if ( $head_end_line < 0 )
246 :     {
247 :     $head_end_line = $body_line;
248 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
249 :     }
250 :    
251 : redwards 1.34 # RAE:
252 :     # Add css here
253 :     # Note that at the moment I define these two sheets here. I think this should be moved out, but I want to try it and see what happens
254 :     # css has the format
255 :     # <link rel='stylesheet' title='default' href='/css/default.css' type='text/css'>
256 : redwards 1.35
257 :     # convert the default key to the right case. and eliminate dups
258 :     foreach my $k (keys %$css) {if (lc($k) eq "default") {$css->{'Default'}=$css->{$k}}}
259 :    
260 : redwards 1.34 if (!$css || !$css->{'Default'})
261 :     {
262 :     $css->{'Default'}="/FIG/Html/css/default.css";
263 :     }
264 :     if (!$css->{"Sans Serif"})
265 :     {
266 :     $css->{'Sans Serif'}="/FIG/Html/css/sanserif.css";
267 :     }
268 :     my $csstext = "<link rel='stylesheet' title='default' href='".$css->{'Default'}."' type='text/css'>\n";
269 :     $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='Sans Serif' href='".$css->{'Sans Serif'}."' type='text/css'>\n";
270 :    
271 :     foreach my $k (keys %$css)
272 :     {
273 :     next if (lc($k) eq "default" || lc($k) eq "sans serif");
274 :     $csstext .= "<link rel='stylesheet' title='$k' href='".$css->{$k}."' type='text/css'>\n";
275 :     }
276 :     splice( @$html, $head_end_line, 1, "$csstext</HEAD>\n" ); # note here I am replacing the </head> line. Could be bad...? But it doesn't increment everything else.
277 :    
278 : golsen 1.6 #
279 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
280 :     #
281 :    
282 :     if ( $base_line < 0 )
283 :     {
284 :     #
285 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
286 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
287 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
288 :     # from $cgi_url. -- GJO
289 :     #
290 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
291 :     #
292 :     #
293 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
294 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
295 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
296 :     # {
297 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
298 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
299 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
300 :     # }
301 : golsen 1.6
302 :     $base_line = $head_end_line;
303 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
304 : golsen 1.6 }
305 :    
306 :     #
307 :     # <HTML> goes at the top of the output
308 :     #
309 :    
310 :     if ( $html_line < 0 )
311 :     {
312 :     $html_line = 0;
313 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
314 :     }
315 :    
316 :     #
317 :     # <HEAD> goes after <HTML>
318 :     #
319 :    
320 :     if ( $head_line < 0 )
321 :     {
322 :     $head_line = $html_line + 1;
323 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
324 :     }
325 :    
326 :     #
327 :     # Place FIG search link at bottom of page
328 :     #
329 :    
330 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
331 : efrank 1.1 if (! $no_home)
332 :     {
333 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
334 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
335 : efrank 1.1 }
336 :    
337 : golsen 1.6 #
338 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
339 :     #
340 :    
341 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
342 :     my $site_fh;
343 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
344 :     {
345 :     push(@tail, <$site_fh>);
346 :     close($site_fh);
347 :     }
348 :    
349 :     #
350 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
351 :     # or before </html>, or at end of page.
352 :     #
353 :    
354 :     my @tags = ();
355 :    
356 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
357 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
358 : efrank 1.1 {
359 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
360 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
361 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
362 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
363 : efrank 1.1 {
364 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
365 : efrank 1.1 }
366 :     }
367 : golsen 1.6
368 :     if ( @tail )
369 :     {
370 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
371 :     }
372 :     elsif ( @tags )
373 :     {
374 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
375 :     }
376 :    
377 : redwards 1.34 print join "\n", @$html;
378 : efrank 1.1 }
379 :    
380 :     sub make_table {
381 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
382 : efrank 1.1 my(@tab);
383 :    
384 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
385 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
386 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
387 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
388 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
389 :     . "\n\t</tr>\n"
390 : golsen 1.6 );
391 : overbeek 1.9 my($i);
392 : efrank 1.1
393 : overbeek 1.3 my $row;
394 :     foreach $row (@$tab)
395 : efrank 1.1 {
396 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
397 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
398 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
399 :     );
400 : efrank 1.1 }
401 :     push(@tab,"</table>\n");
402 :     return join("",@tab);
403 :     }
404 :    
405 : overbeek 1.3 sub expand {
406 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
407 : olson 1.27 my($x, $tag) = @_;
408 : redwards 1.29
409 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
410 : redwards 1.30 my $endtag=$tag;
411 : redwards 1.29 # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where the first element is the data to
412 :     # display and the second element is optional things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
413 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
414 :     if (ref($x) eq "ARRAY") {($x, $tag)=@$x; if ($tag =~ /td/) {$endtag = "td"}}
415 : overbeek 1.3
416 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
417 : overbeek 1.3 {
418 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
419 : overbeek 1.3 }
420 :     else
421 :     {
422 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
423 : overbeek 1.3 }
424 :     }
425 :    
426 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
427 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
428 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
429 :     my($before,$match,$after);
430 :    
431 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
432 :     {
433 :     $before = $1;
434 :     $match = $2;
435 :     $after = $3;
436 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
437 :     }
438 :     return $x;
439 :     }
440 :    
441 : efrank 1.1 sub ec_link {
442 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
443 : efrank 1.1 my($role) = @_;
444 :    
445 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
446 :     {
447 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
448 :     }
449 :     else
450 :     {
451 :     return $role;
452 :     }
453 :     }
454 :    
455 :     sub role_link {
456 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
457 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
458 :    
459 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
460 :     my $user = $cgi->param('user');
461 :     if (! $user) { $user = "" }
462 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
463 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
464 :     return "<a href=$link>$role</a>";
465 :     }
466 :    
467 : olson 1.13 #
468 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
469 :     # text of the link.
470 :     #
471 : efrank 1.1 sub fid_link {
472 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
473 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
474 :     my($n);
475 :    
476 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
477 :     {
478 :     if ($local)
479 :     {
480 :     if ($1 eq "peg")
481 :     {
482 :     $n = $2;
483 :     }
484 :     else
485 :     {
486 :     $n = "$1.$2";
487 :     }
488 :     }
489 :     else
490 :     {
491 :     $n = $fid;
492 :     }
493 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
494 :     my $user = $cgi->param('user');
495 :     if (! $user) { $user = "" }
496 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
497 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
498 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
499 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
500 : olson 1.15 #
501 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
502 :     #
503 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
504 :    
505 : efrank 1.1 if ($just_url)
506 :     {
507 :     return $link;
508 :     }
509 :     else
510 :     {
511 :     return "<a href=$link>$n</a>";
512 :     }
513 :     }
514 :     return $fid;
515 :     }
516 :    
517 :     sub family_link {
518 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
519 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
520 :    
521 :     return $family;
522 :     }
523 :    
524 :     use URI::Escape;
525 :    
526 :     sub get_html {
527 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
528 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
529 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
530 :    
531 :     $ua = new LWP::UserAgent;
532 :     $ua->timeout( 900 );
533 :     if ($type =~/post/i)
534 :     {
535 :     $args = [];
536 :     foreach $x (@$kv_pairs)
537 :     {
538 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
539 :     }
540 :     my $request = POST $url, $args;
541 :     my $response = $ua->request($request);
542 :     $out = $response->content;
543 :     }
544 :     else
545 :     {
546 :     @args = ();
547 :     foreach $x (@$kv_pairs)
548 :     {
549 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
550 :     }
551 :    
552 :     if (@args > 0)
553 :     {
554 :     $url .= "?" . join("&",@args);
555 :     }
556 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
557 :     my $response = $ua->request($request);
558 :    
559 :     if ($response->is_success)
560 :     {
561 :     $out = $response->content;
562 :     }
563 :     else
564 :     {
565 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
566 :     }
567 :     }
568 :     # set up a document with proper eol characters
569 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
570 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
571 :    
572 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
573 :     # properly. Remove the header.
574 :    
575 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
576 :     if ($i < @output)
577 :     {
578 :    
579 :     splice(@output,0,$i);
580 :     }
581 :    
582 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
583 :     if ($i == @output)
584 :     {
585 :     $i = -1;
586 :     }
587 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
588 :     return @output;
589 :     }
590 :    
591 :     sub trim_output {
592 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
593 : efrank 1.1 my($out) = @_;
594 :     my $i;
595 :    
596 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
597 :     splice(@$out,0,$i);
598 :    
599 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
600 :     if ($i == @$out)
601 :     {
602 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
603 :     if ($i == @$out)
604 :     {
605 :     $i = -1;
606 :     }
607 :     }
608 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
609 :     if ($j < @$out)
610 :     {
611 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
612 :     }
613 :    
614 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
615 :     if ($i == @$out)
616 :     {
617 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
618 :     }
619 :    
620 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
621 :     if ($j > 0)
622 :     {
623 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
624 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
625 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
626 :     }
627 :     }
628 :    
629 :     sub set_prot_links {
630 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
631 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
632 :     my($before,$match,$after);
633 :    
634 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
635 : efrank 1.1 {
636 :     $before = $1;
637 :     $match = $2;
638 :     $after = $3;
639 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
640 : efrank 1.1 }
641 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
642 :     {
643 :     $before = $1;
644 :     $match = $2;
645 :     $after = $3;
646 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
647 :     }
648 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
649 : efrank 1.1 {
650 :     $before = $1;
651 :     $match = $2;
652 :     $after = $3;
653 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
654 : efrank 1.1 }
655 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
656 :     {
657 :     $before = $1;
658 :     $match = $2;
659 :     $after = $3;
660 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
661 :     }
662 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
663 : efrank 1.1 {
664 :     $before = $1;
665 :     $match = $2;
666 :     $after = $3;
667 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
668 : efrank 1.1 }
669 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
670 : efrank 1.1 {
671 :     $before = $1;
672 :     $match = $2;
673 :     $after = $3;
674 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
675 : efrank 1.1 }
676 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
677 :     {
678 :     $before = $1;
679 :     $match = $2;
680 :     $after = $3;
681 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
682 :     }
683 : efrank 1.1 return $x;
684 :     }
685 :    
686 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
687 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
688 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
689 :    
690 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
691 :     {
692 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
693 :     }
694 :     }
695 :    
696 : efrank 1.1 sub gi_link {
697 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
698 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
699 :    
700 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
701 :     {
702 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
703 :     }
704 :     return $gi;
705 :     }
706 :    
707 : overbeek 1.14 sub uni_link {
708 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
709 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
710 :    
711 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
712 :     {
713 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
714 :     }
715 :     return $uni;
716 :     }
717 :    
718 : efrank 1.1 sub sp_link {
719 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
720 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
721 :    
722 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
723 :     {
724 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
725 :     }
726 :     return $sp;
727 :     }
728 :    
729 :     sub pir_link {
730 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
731 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
732 :    
733 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
734 :     {
735 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
736 :     }
737 :     return $pir;
738 :     }
739 :    
740 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
741 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
742 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
743 :    
744 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
745 :     {
746 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
747 :     }
748 :     return $kegg;
749 :     }
750 :    
751 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
752 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
753 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
754 :     my($before,$match,$after);
755 : efrank 1.1
756 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
757 :    
758 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
759 :     {
760 :     $before = $1;
761 :     $match = $2;
762 :     $after = $3;
763 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
764 :     }
765 :     return $x;
766 :     }
767 :    
768 :     sub map_link {
769 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
770 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
771 :    
772 :     $user = $cgi->param('user');
773 :     $user = $user ? $user : "";
774 :     $org = $org ? $org : "";
775 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
776 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
777 :     return $link;
778 :     }
779 : redwards 1.20
780 :     sub javascript {
781 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
782 : redwards 1.20 #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
783 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
784 :     # $html is the ref to the array with the html in it
785 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
786 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
787 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
788 :     #
789 :     # At the moment this add's four buttons:
790 :     # Check all, check's all
791 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
792 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
793 :     # Uncheck all will remove the checks.
794 :    
795 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
796 :     # field. The name is needed for the java script.
797 :     #
798 :    
799 :     $java_script=<<EOF;
800 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
801 :     <!-- Begin
802 :     function checkAll(field)
803 :     {
804 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
805 :     field[i].checked = true ;
806 :     }
807 :    
808 :     function checkFirst(field)
809 :     {
810 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
811 :     field[i].checked = true;
812 :     }
813 :    
814 :     function checkSecond(field)
815 :     {
816 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
817 :     field[i].checked = true ;
818 :     }
819 :    
820 :     function uncheckAll(field)
821 :     {
822 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
823 :     field[i].checked = false ;
824 :     }
825 :     // End -->
826 :     </script>
827 :     EOF
828 :     return $java_script;
829 :     }
830 :    
831 :     sub java_buttons {
832 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
833 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
834 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
835 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
836 :     # -name => field and the checkbox name
837 :     my ($form, $button)=@_;
838 :    
839 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
840 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
841 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
842 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
843 :    
844 :     return $java_script;
845 :     }
846 :    
847 : overbeek 1.22 sub sub_link {
848 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
849 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
850 :     my($sub_link);
851 :    
852 :     my $user = $cgi->param('user');
853 :     if ($user)
854 :     {
855 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
856 :     }
857 :     else
858 :     {
859 :     $sub_link = $sub;
860 :     }
861 :     return $sub_link;
862 :     }
863 :    
864 : efrank 1.1 1

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