[Bio] / FigKernelPackages / HTML.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.34 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 :     use URI::URL;
9 :     use HTTP::Request::Common;
10 : olson 1.16 use POSIX;
11 : efrank 1.1
12 : olson 1.31 sub new
13 :     {
14 :     my($class) = @_;
15 :    
16 :     my $self = {};
17 :    
18 :     return bless $self, $class;
19 :     }
20 :    
21 : olson 1.25 sub compute_html_header
22 :     {
23 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
24 : overbeek 1.33 my($additional_insert,$user) = @_;
25 : olson 1.2 my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
26 :     if (! -f $html_hdr_file)
27 :     {
28 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
29 :     }
30 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
31 : overbeek 1.18 push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
32 :    
33 : olson 1.15 if (@html_hdr)
34 :     {
35 :     my $insert_stuff;
36 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
37 :     my $ver = $ver[0];
38 :     chomp $ver;
39 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
40 :     {
41 :     my $d = asctime(localtime($1));
42 :     chomp($d);
43 :     $ver .= " ($d)";
44 :     }
45 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
46 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
47 : olson 1.26 if ($additional_insert)
48 :     {
49 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
50 :     }
51 : olson 1.15
52 :     for $_ (@html_hdr)
53 :     {
54 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
55 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
56 :     {
57 :     $_ = $insert_stuff;
58 :     }
59 :     }
60 :     }
61 :    
62 : olson 1.25 return @html_hdr;
63 :     }
64 :    
65 :     sub show_page {
66 : efrank 1.32 #warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
67 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
68 : redwards 1.34 my($cgi,$html,$no_home, $css) = @_;
69 : olson 1.25 my $i;
70 :    
71 : redwards 1.34
72 :     # ARGUMENTS:
73 :     # $cgi is the CGI method
74 :     # $html is an array with all the html in it. It is just joined by "\n" (and not <br> or <p>
75 :     # $no_home
76 :     # $css is a reference to a hash. The key is the name of the CSS sheet and the value is the URL of that sheet. Note the usual rules about relative css urls
77 :     # the sheet named "Default" is considered to be the default style sheet, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/default.css
78 :     # the sheet named "Sans Serif" is considered to the the first alternate, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/sanserif.css
79 :    
80 : olson 1.25 #
81 :     # Find the HTML header
82 :     #
83 :    
84 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
85 :     if (! -f $html_tail_file)
86 :     {
87 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
88 :     }
89 :    
90 : overbeek 1.33 my $user = $cgi->param('user') || "";
91 :     my @html_hdr = compute_html_header(undef,$user);
92 : olson 1.25
93 : olson 1.2
94 : efrank 1.1 print $cgi->header;
95 : golsen 1.5
96 :     #
97 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
98 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
99 :     # missing ones.
100 : golsen 1.5 #
101 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
102 : golsen 1.5 #
103 :    
104 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
105 :     basefont => 1,
106 :     html => 1,
107 :     isindex => 1,
108 :     link => 1,
109 :     meta => 1,
110 :     nextid => 1,
111 :     style => 1,
112 :     title => 1
113 :     );
114 :    
115 :     #
116 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
117 :     #
118 :    
119 :     my %body_tag = ( a => 1,
120 :     br => 1,
121 :     center => 1,
122 :     form => 1,
123 :     h1 => 1,
124 :     h2 => 1,
125 :     h3 => 1,
126 :     hr => 1,
127 :     img => 1,
128 :     p => 1,
129 :     pre => 1,
130 :     table => 1
131 :     );
132 :    
133 :     my $html_line = -1;
134 :     my $head_line = -1;
135 :     my $base_line = -1;
136 :     my $head_end_line = -1;
137 :     my $body_line = -1;
138 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
139 :     my $done = 0;
140 :    
141 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
142 :     {
143 :     # Some special cases:
144 :    
145 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
146 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
147 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
148 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
149 :    
150 :     # The content goes after this line:
151 :    
152 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
153 :     {
154 :     $body_line = $i;
155 :     $last;
156 :     }
157 :    
158 :     # Now the general case.
159 :     # Analyze all the html tags on the line:
160 :    
161 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
162 :     {
163 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
164 :     # after the last line with a head tag:
165 :    
166 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
167 :     {
168 :     $done = 1;
169 :     last;
170 :     }
171 :    
172 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
173 :    
174 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
175 :     {
176 :     $last_head_line = $i;
177 :     }
178 :     }
179 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
180 : efrank 1.1 }
181 : golsen 1.6
182 :     # Some sanity checks on structure:
183 :    
184 :     if ( 1 )
185 : efrank 1.1 {
186 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
187 : efrank 1.1 {
188 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
189 :     {
190 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
191 :     }
192 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
193 :     {
194 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
195 :     }
196 : efrank 1.1 }
197 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
198 : efrank 1.1 {
199 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
200 :     {
201 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
202 :     }
203 : efrank 1.1 }
204 :     }
205 :    
206 : golsen 1.6 #
207 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
208 :     #
209 :     # <BODY> goes after last head line
210 :     #
211 : redwards 1.34 # RAE:
212 :     # Added the javascript for the buttons immediately after body.
213 : redwards 1.20 # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
214 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
215 : golsen 1.6
216 :     if ( $body_line < 0 )
217 :     {
218 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
219 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
220 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
221 : golsen 1.6 }
222 :    
223 :     #
224 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
225 :     #
226 :    
227 : olson 1.15 if (@html_hdr)
228 : golsen 1.6 {
229 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
230 : golsen 1.6 }
231 :    
232 :     #
233 :     # </HEAD> goes before <BODY>
234 :     #
235 :    
236 :     if ( $head_end_line < 0 )
237 :     {
238 :     $head_end_line = $body_line;
239 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
240 :     }
241 :    
242 : redwards 1.34 # RAE:
243 :     # Add css here
244 :     # Note that at the moment I define these two sheets here. I think this should be moved out, but I want to try it and see what happens
245 :     # css has the format
246 :     # <link rel='stylesheet' title='default' href='/css/default.css' type='text/css'>
247 :     if (!$css || !$css->{'Default'})
248 :     {
249 :     $css->{'Default'}="/FIG/Html/css/default.css";
250 :     }
251 :     if (!$css->{"Sans Serif"})
252 :     {
253 :     $css->{'Sans Serif'}="/FIG/Html/css/sanserif.css";
254 :     }
255 :     my $csstext = "<link rel='stylesheet' title='default' href='".$css->{'Default'}."' type='text/css'>\n";
256 :     $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='Sans Serif' href='".$css->{'Sans Serif'}."' type='text/css'>\n";
257 :    
258 :     foreach my $k (keys %$css)
259 :     {
260 :     next if (lc($k) eq "default" || lc($k) eq "sans serif");
261 :     $csstext .= "<link rel='stylesheet' title='$k' href='".$css->{$k}."' type='text/css'>\n";
262 :     }
263 :     splice( @$html, $head_end_line, 1, "$csstext</HEAD>\n" ); # note here I am replacing the </head> line. Could be bad...? But it doesn't increment everything else.
264 :    
265 : golsen 1.6 #
266 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
267 :     #
268 :    
269 :     if ( $base_line < 0 )
270 :     {
271 :     #
272 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
273 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
274 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
275 :     # from $cgi_url. -- GJO
276 :     #
277 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
278 :     #
279 :     #
280 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
281 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
282 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
283 :     # {
284 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
285 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
286 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
287 :     # }
288 : golsen 1.6
289 :     $base_line = $head_end_line;
290 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
291 : golsen 1.6 }
292 :    
293 :     #
294 :     # <HTML> goes at the top of the output
295 :     #
296 :    
297 :     if ( $html_line < 0 )
298 :     {
299 :     $html_line = 0;
300 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
301 :     }
302 :    
303 :     #
304 :     # <HEAD> goes after <HTML>
305 :     #
306 :    
307 :     if ( $head_line < 0 )
308 :     {
309 :     $head_line = $html_line + 1;
310 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
311 :     }
312 :    
313 :     #
314 :     # Place FIG search link at bottom of page
315 :     #
316 :    
317 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
318 : efrank 1.1 if (! $no_home)
319 :     {
320 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
321 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
322 : efrank 1.1 }
323 :    
324 : golsen 1.6 #
325 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
326 :     #
327 :    
328 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
329 :     my $site_fh;
330 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
331 :     {
332 :     push(@tail, <$site_fh>);
333 :     close($site_fh);
334 :     }
335 :    
336 :     #
337 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
338 :     # or before </html>, or at end of page.
339 :     #
340 :    
341 :     my @tags = ();
342 :    
343 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
344 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
345 : efrank 1.1 {
346 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
347 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
348 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
349 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
350 : efrank 1.1 {
351 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
352 : efrank 1.1 }
353 :     }
354 : golsen 1.6
355 :     if ( @tail )
356 :     {
357 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
358 :     }
359 :     elsif ( @tags )
360 :     {
361 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
362 :     }
363 :    
364 : redwards 1.34 print join "\n", @$html;
365 : efrank 1.1 }
366 :    
367 :     sub make_table {
368 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
369 : efrank 1.1 my(@tab);
370 :    
371 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
372 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
373 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
374 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
375 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
376 :     . "\n\t</tr>\n"
377 : golsen 1.6 );
378 : overbeek 1.9 my($i);
379 : efrank 1.1
380 : overbeek 1.3 my $row;
381 :     foreach $row (@$tab)
382 : efrank 1.1 {
383 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
384 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
385 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
386 :     );
387 : efrank 1.1 }
388 :     push(@tab,"</table>\n");
389 :     return join("",@tab);
390 :     }
391 :    
392 : overbeek 1.3 sub expand {
393 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
394 : olson 1.27 my($x, $tag) = @_;
395 : redwards 1.29
396 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
397 : redwards 1.30 my $endtag=$tag;
398 : redwards 1.29 # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where the first element is the data to
399 :     # display and the second element is optional things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
400 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
401 :     if (ref($x) eq "ARRAY") {($x, $tag)=@$x; if ($tag =~ /td/) {$endtag = "td"}}
402 : overbeek 1.3
403 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
404 : overbeek 1.3 {
405 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
406 : overbeek 1.3 }
407 :     else
408 :     {
409 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
410 : overbeek 1.3 }
411 :     }
412 :    
413 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
414 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
415 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
416 :     my($before,$match,$after);
417 :    
418 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
419 :     {
420 :     $before = $1;
421 :     $match = $2;
422 :     $after = $3;
423 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
424 :     }
425 :     return $x;
426 :     }
427 :    
428 : efrank 1.1 sub ec_link {
429 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
430 : efrank 1.1 my($role) = @_;
431 :    
432 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
433 :     {
434 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
435 :     }
436 :     else
437 :     {
438 :     return $role;
439 :     }
440 :     }
441 :    
442 :     sub role_link {
443 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
444 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
445 :    
446 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
447 :     my $user = $cgi->param('user');
448 :     if (! $user) { $user = "" }
449 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
450 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
451 :     return "<a href=$link>$role</a>";
452 :     }
453 :    
454 : olson 1.13 #
455 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
456 :     # text of the link.
457 :     #
458 : efrank 1.1 sub fid_link {
459 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
460 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
461 :     my($n);
462 :    
463 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
464 :     {
465 :     if ($local)
466 :     {
467 :     if ($1 eq "peg")
468 :     {
469 :     $n = $2;
470 :     }
471 :     else
472 :     {
473 :     $n = "$1.$2";
474 :     }
475 :     }
476 :     else
477 :     {
478 :     $n = $fid;
479 :     }
480 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
481 :     my $user = $cgi->param('user');
482 :     if (! $user) { $user = "" }
483 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
484 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
485 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
486 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
487 : olson 1.15 #
488 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
489 :     #
490 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
491 :    
492 : efrank 1.1 if ($just_url)
493 :     {
494 :     return $link;
495 :     }
496 :     else
497 :     {
498 :     return "<a href=$link>$n</a>";
499 :     }
500 :     }
501 :     return $fid;
502 :     }
503 :    
504 :     sub family_link {
505 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
506 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
507 :    
508 :     return $family;
509 :     }
510 :    
511 :     use URI::Escape;
512 :    
513 :     sub get_html {
514 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
515 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
516 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
517 :    
518 :     $ua = new LWP::UserAgent;
519 :     $ua->timeout( 900 );
520 :     if ($type =~/post/i)
521 :     {
522 :     $args = [];
523 :     foreach $x (@$kv_pairs)
524 :     {
525 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
526 :     }
527 :     my $request = POST $url, $args;
528 :     my $response = $ua->request($request);
529 :     $out = $response->content;
530 :     }
531 :     else
532 :     {
533 :     @args = ();
534 :     foreach $x (@$kv_pairs)
535 :     {
536 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
537 :     }
538 :    
539 :     if (@args > 0)
540 :     {
541 :     $url .= "?" . join("&",@args);
542 :     }
543 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
544 :     my $response = $ua->request($request);
545 :    
546 :     if ($response->is_success)
547 :     {
548 :     $out = $response->content;
549 :     }
550 :     else
551 :     {
552 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
553 :     }
554 :     }
555 :     # set up a document with proper eol characters
556 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
557 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
558 :    
559 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
560 :     # properly. Remove the header.
561 :    
562 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
563 :     if ($i < @output)
564 :     {
565 :    
566 :     splice(@output,0,$i);
567 :     }
568 :    
569 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
570 :     if ($i == @output)
571 :     {
572 :     $i = -1;
573 :     }
574 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
575 :     return @output;
576 :     }
577 :    
578 :     sub trim_output {
579 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
580 : efrank 1.1 my($out) = @_;
581 :     my $i;
582 :    
583 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
584 :     splice(@$out,0,$i);
585 :    
586 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
587 :     if ($i == @$out)
588 :     {
589 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
590 :     if ($i == @$out)
591 :     {
592 :     $i = -1;
593 :     }
594 :     }
595 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
596 :     if ($j < @$out)
597 :     {
598 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
599 :     }
600 :    
601 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
602 :     if ($i == @$out)
603 :     {
604 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
605 :     }
606 :    
607 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
608 :     if ($j > 0)
609 :     {
610 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
611 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
612 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
613 :     }
614 :     }
615 :    
616 :     sub set_prot_links {
617 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
618 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
619 :     my($before,$match,$after);
620 :    
621 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
622 : efrank 1.1 {
623 :     $before = $1;
624 :     $match = $2;
625 :     $after = $3;
626 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
627 : efrank 1.1 }
628 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
629 :     {
630 :     $before = $1;
631 :     $match = $2;
632 :     $after = $3;
633 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
634 :     }
635 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
636 : efrank 1.1 {
637 :     $before = $1;
638 :     $match = $2;
639 :     $after = $3;
640 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
641 : efrank 1.1 }
642 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
643 :     {
644 :     $before = $1;
645 :     $match = $2;
646 :     $after = $3;
647 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
648 :     }
649 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
650 : efrank 1.1 {
651 :     $before = $1;
652 :     $match = $2;
653 :     $after = $3;
654 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
655 : efrank 1.1 }
656 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
657 : efrank 1.1 {
658 :     $before = $1;
659 :     $match = $2;
660 :     $after = $3;
661 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
662 : efrank 1.1 }
663 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
664 :     {
665 :     $before = $1;
666 :     $match = $2;
667 :     $after = $3;
668 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
669 :     }
670 : efrank 1.1 return $x;
671 :     }
672 :    
673 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
674 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
675 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
676 :    
677 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
678 :     {
679 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
680 :     }
681 :     }
682 :    
683 : efrank 1.1 sub gi_link {
684 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
685 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
686 :    
687 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
688 :     {
689 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
690 :     }
691 :     return $gi;
692 :     }
693 :    
694 : overbeek 1.14 sub uni_link {
695 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
696 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
697 :    
698 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
699 :     {
700 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
701 :     }
702 :     return $uni;
703 :     }
704 :    
705 : efrank 1.1 sub sp_link {
706 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
707 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
708 :    
709 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
710 :     {
711 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
712 :     }
713 :     return $sp;
714 :     }
715 :    
716 :     sub pir_link {
717 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
718 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
719 :    
720 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
721 :     {
722 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
723 :     }
724 :     return $pir;
725 :     }
726 :    
727 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
728 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
729 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
730 :    
731 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
732 :     {
733 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
734 :     }
735 :     return $kegg;
736 :     }
737 :    
738 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
739 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
740 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
741 :     my($before,$match,$after);
742 : efrank 1.1
743 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
744 :    
745 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
746 :     {
747 :     $before = $1;
748 :     $match = $2;
749 :     $after = $3;
750 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
751 :     }
752 :     return $x;
753 :     }
754 :    
755 :     sub map_link {
756 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
757 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
758 :    
759 :     $user = $cgi->param('user');
760 :     $user = $user ? $user : "";
761 :     $org = $org ? $org : "";
762 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
763 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
764 :     return $link;
765 :     }
766 : redwards 1.20
767 :     sub javascript {
768 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
769 : redwards 1.20 #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
770 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
771 :     # $html is the ref to the array with the html in it
772 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
773 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
774 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
775 :     #
776 :     # At the moment this add's four buttons:
777 :     # Check all, check's all
778 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
779 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
780 :     # Uncheck all will remove the checks.
781 :    
782 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
783 :     # field. The name is needed for the java script.
784 :     #
785 :    
786 :     $java_script=<<EOF;
787 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
788 :     <!-- Begin
789 :     function checkAll(field)
790 :     {
791 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
792 :     field[i].checked = true ;
793 :     }
794 :    
795 :     function checkFirst(field)
796 :     {
797 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
798 :     field[i].checked = true;
799 :     }
800 :    
801 :     function checkSecond(field)
802 :     {
803 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
804 :     field[i].checked = true ;
805 :     }
806 :    
807 :     function uncheckAll(field)
808 :     {
809 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
810 :     field[i].checked = false ;
811 :     }
812 :     // End -->
813 :     </script>
814 :     EOF
815 :     return $java_script;
816 :     }
817 :    
818 :     sub java_buttons {
819 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
820 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
821 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
822 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
823 :     # -name => field and the checkbox name
824 :     my ($form, $button)=@_;
825 :    
826 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
827 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
828 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
829 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
830 :    
831 :     return $java_script;
832 :     }
833 :    
834 : overbeek 1.22 sub sub_link {
835 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
836 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
837 :     my($sub_link);
838 :    
839 :     my $user = $cgi->param('user');
840 :     if ($user)
841 :     {
842 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
843 :     }
844 :     else
845 :     {
846 :     $sub_link = $sub;
847 :     }
848 :     return $sub_link;
849 :     }
850 :    
851 : efrank 1.1 1

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3