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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.31 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 :     use URI::URL;
9 :     use HTTP::Request::Common;
10 : olson 1.16 use POSIX;
11 : efrank 1.1
12 : olson 1.31 sub new
13 :     {
14 :     my($class) = @_;
15 :    
16 :     my $self = {};
17 :    
18 :     return bless $self, $class;
19 :     }
20 :    
21 : olson 1.25 sub compute_html_header
22 :     {
23 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
24 : olson 1.26 my($additional_insert) = @_;
25 : olson 1.2 my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
26 :     if (! -f $html_hdr_file)
27 :     {
28 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
29 :     }
30 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
31 : overbeek 1.18 push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
32 :    
33 : olson 1.15 if (@html_hdr)
34 :     {
35 :     my $insert_stuff;
36 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
37 :     my $ver = $ver[0];
38 :     chomp $ver;
39 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
40 :     {
41 :     my $d = asctime(localtime($1));
42 :     chomp($d);
43 :     $ver .= " ($d)";
44 :     }
45 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
46 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
47 : olson 1.26 if ($additional_insert)
48 :     {
49 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
50 :     }
51 : olson 1.15
52 :     for $_ (@html_hdr)
53 :     {
54 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
55 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
56 :     {
57 :     $_ = $insert_stuff;
58 :     }
59 :     }
60 :     }
61 :    
62 : olson 1.25 return @html_hdr;
63 :     }
64 :    
65 :     sub show_page {
66 : olson 1.31 warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
67 :     shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
68 : olson 1.25 my($cgi,$html,$no_home) = @_;
69 :     my $i;
70 :    
71 :     #
72 :     # Find the HTML header
73 :     #
74 :    
75 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
76 :     if (! -f $html_tail_file)
77 :     {
78 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
79 :     }
80 :    
81 :     my @html_hdr = compute_html_header();
82 :    
83 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
84 : olson 1.2
85 : efrank 1.1 print $cgi->header;
86 : golsen 1.5
87 :     #
88 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
89 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
90 :     # missing ones.
91 : golsen 1.5 #
92 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
93 : golsen 1.5 #
94 :    
95 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
96 :     basefont => 1,
97 :     html => 1,
98 :     isindex => 1,
99 :     link => 1,
100 :     meta => 1,
101 :     nextid => 1,
102 :     style => 1,
103 :     title => 1
104 :     );
105 :    
106 :     #
107 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
108 :     #
109 :    
110 :     my %body_tag = ( a => 1,
111 :     br => 1,
112 :     center => 1,
113 :     form => 1,
114 :     h1 => 1,
115 :     h2 => 1,
116 :     h3 => 1,
117 :     hr => 1,
118 :     img => 1,
119 :     p => 1,
120 :     pre => 1,
121 :     table => 1
122 :     );
123 :    
124 :     my $html_line = -1;
125 :     my $head_line = -1;
126 :     my $base_line = -1;
127 :     my $head_end_line = -1;
128 :     my $body_line = -1;
129 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
130 :     my $done = 0;
131 :    
132 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
133 :     {
134 :     # Some special cases:
135 :    
136 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
137 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
138 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
139 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
140 :    
141 :     # The content goes after this line:
142 :    
143 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
144 :     {
145 :     $body_line = $i;
146 :     $last;
147 :     }
148 :    
149 :     # Now the general case.
150 :     # Analyze all the html tags on the line:
151 :    
152 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
153 :     {
154 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
155 :     # after the last line with a head tag:
156 :    
157 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
158 :     {
159 :     $done = 1;
160 :     last;
161 :     }
162 :    
163 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
164 :    
165 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
166 :     {
167 :     $last_head_line = $i;
168 :     }
169 :     }
170 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
171 : efrank 1.1 }
172 : golsen 1.6
173 :     # Some sanity checks on structure:
174 :    
175 :     if ( 1 )
176 : efrank 1.1 {
177 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
178 : efrank 1.1 {
179 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
180 :     {
181 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
182 :     }
183 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
184 :     {
185 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
186 :     }
187 : efrank 1.1 }
188 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
189 : efrank 1.1 {
190 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
191 :     {
192 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
193 :     }
194 : efrank 1.1 }
195 :     }
196 :    
197 : golsen 1.6 #
198 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
199 :     #
200 :     # <BODY> goes after last head line
201 :     #
202 : redwards 1.20 # RAE: Added the javascript for the buttons immediately after body.
203 :     # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
204 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
205 : golsen 1.6
206 :     if ( $body_line < 0 )
207 :     {
208 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
209 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
210 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
211 : golsen 1.6 }
212 :    
213 :     #
214 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
215 :     #
216 :    
217 : olson 1.15 if (@html_hdr)
218 : golsen 1.6 {
219 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
220 : golsen 1.6 }
221 :    
222 :     #
223 :     # </HEAD> goes before <BODY>
224 :     #
225 :    
226 :     if ( $head_end_line < 0 )
227 :     {
228 :     $head_end_line = $body_line;
229 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
230 :     }
231 :    
232 :     #
233 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
234 :     #
235 :    
236 :     if ( $base_line < 0 )
237 :     {
238 :     #
239 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
240 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
241 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
242 :     # from $cgi_url. -- GJO
243 :     #
244 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
245 :     #
246 :     #
247 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
248 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
249 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
250 :     # {
251 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
252 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
253 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
254 :     # }
255 : golsen 1.6
256 :     $base_line = $head_end_line;
257 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
258 : golsen 1.6 }
259 :    
260 :     #
261 :     # <HTML> goes at the top of the output
262 :     #
263 :    
264 :     if ( $html_line < 0 )
265 :     {
266 :     $html_line = 0;
267 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
268 :     }
269 :    
270 :     #
271 :     # <HEAD> goes after <HTML>
272 :     #
273 :    
274 :     if ( $head_line < 0 )
275 :     {
276 :     $head_line = $html_line + 1;
277 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
278 :     }
279 :    
280 :     #
281 :     # Place FIG search link at bottom of page
282 :     #
283 :    
284 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
285 : efrank 1.1 if (! $no_home)
286 :     {
287 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
288 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
289 : efrank 1.1 }
290 :    
291 : golsen 1.6 #
292 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
293 :     #
294 :    
295 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
296 :     my $site_fh;
297 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
298 :     {
299 :     push(@tail, <$site_fh>);
300 :     close($site_fh);
301 :     }
302 :    
303 :     #
304 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
305 :     # or before </html>, or at end of page.
306 :     #
307 :    
308 :     my @tags = ();
309 :    
310 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
311 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
312 : efrank 1.1 {
313 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
314 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
315 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
316 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
317 : efrank 1.1 {
318 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
319 : efrank 1.1 }
320 :     }
321 : golsen 1.6
322 :     if ( @tail )
323 :     {
324 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
325 :     }
326 :     elsif ( @tags )
327 :     {
328 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
329 :     }
330 :    
331 : efrank 1.1 print @$html;
332 :     }
333 :    
334 :     sub make_table {
335 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
336 : efrank 1.1 my(@tab);
337 :    
338 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
339 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
340 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
341 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
342 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
343 :     . "\n\t</tr>\n"
344 : golsen 1.6 );
345 : overbeek 1.9 my($i);
346 : efrank 1.1
347 : overbeek 1.3 my $row;
348 :     foreach $row (@$tab)
349 : efrank 1.1 {
350 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
351 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
352 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
353 :     );
354 : efrank 1.1 }
355 :     push(@tab,"</table>\n");
356 :     return join("",@tab);
357 :     }
358 :    
359 : overbeek 1.3 sub expand {
360 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
361 : olson 1.27 my($x, $tag) = @_;
362 : redwards 1.29
363 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
364 : redwards 1.30 my $endtag=$tag;
365 : redwards 1.29 # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where the first element is the data to
366 :     # display and the second element is optional things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
367 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
368 :     if (ref($x) eq "ARRAY") {($x, $tag)=@$x; if ($tag =~ /td/) {$endtag = "td"}}
369 : overbeek 1.3
370 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
371 : overbeek 1.3 {
372 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
373 : overbeek 1.3 }
374 :     else
375 :     {
376 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
377 : overbeek 1.3 }
378 :     }
379 :    
380 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
381 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
382 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
383 :     my($before,$match,$after);
384 :    
385 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
386 :     {
387 :     $before = $1;
388 :     $match = $2;
389 :     $after = $3;
390 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
391 :     }
392 :     return $x;
393 :     }
394 :    
395 : efrank 1.1 sub ec_link {
396 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
397 : efrank 1.1 my($role) = @_;
398 :    
399 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
400 :     {
401 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
402 :     }
403 :     else
404 :     {
405 :     return $role;
406 :     }
407 :     }
408 :    
409 :     sub role_link {
410 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
411 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
412 :    
413 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
414 :     my $user = $cgi->param('user');
415 :     if (! $user) { $user = "" }
416 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
417 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
418 :     return "<a href=$link>$role</a>";
419 :     }
420 :    
421 : olson 1.13 #
422 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
423 :     # text of the link.
424 :     #
425 : efrank 1.1 sub fid_link {
426 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
427 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
428 :     my($n);
429 :    
430 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
431 :     {
432 :     if ($local)
433 :     {
434 :     if ($1 eq "peg")
435 :     {
436 :     $n = $2;
437 :     }
438 :     else
439 :     {
440 :     $n = "$1.$2";
441 :     }
442 :     }
443 :     else
444 :     {
445 :     $n = $fid;
446 :     }
447 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
448 :     my $user = $cgi->param('user');
449 :     if (! $user) { $user = "" }
450 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
451 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
452 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
453 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
454 : olson 1.15 #
455 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
456 :     #
457 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
458 :    
459 : efrank 1.1 if ($just_url)
460 :     {
461 :     return $link;
462 :     }
463 :     else
464 :     {
465 :     return "<a href=$link>$n</a>";
466 :     }
467 :     }
468 :     return $fid;
469 :     }
470 :    
471 :     sub family_link {
472 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
473 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
474 :    
475 :     return $family;
476 :     }
477 :    
478 :     use URI::Escape;
479 :    
480 :     sub get_html {
481 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
482 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
483 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
484 :    
485 :     $ua = new LWP::UserAgent;
486 :     $ua->timeout( 900 );
487 :     if ($type =~/post/i)
488 :     {
489 :     $args = [];
490 :     foreach $x (@$kv_pairs)
491 :     {
492 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
493 :     }
494 :     my $request = POST $url, $args;
495 :     my $response = $ua->request($request);
496 :     $out = $response->content;
497 :     }
498 :     else
499 :     {
500 :     @args = ();
501 :     foreach $x (@$kv_pairs)
502 :     {
503 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
504 :     }
505 :    
506 :     if (@args > 0)
507 :     {
508 :     $url .= "?" . join("&",@args);
509 :     }
510 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
511 :     my $response = $ua->request($request);
512 :    
513 :     if ($response->is_success)
514 :     {
515 :     $out = $response->content;
516 :     }
517 :     else
518 :     {
519 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
520 :     }
521 :     }
522 :     # set up a document with proper eol characters
523 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
524 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
525 :    
526 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
527 :     # properly. Remove the header.
528 :    
529 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
530 :     if ($i < @output)
531 :     {
532 :    
533 :     splice(@output,0,$i);
534 :     }
535 :    
536 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
537 :     if ($i == @output)
538 :     {
539 :     $i = -1;
540 :     }
541 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
542 :     return @output;
543 :     }
544 :    
545 :     sub trim_output {
546 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
547 : efrank 1.1 my($out) = @_;
548 :     my $i;
549 :    
550 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
551 :     splice(@$out,0,$i);
552 :    
553 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
554 :     if ($i == @$out)
555 :     {
556 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
557 :     if ($i == @$out)
558 :     {
559 :     $i = -1;
560 :     }
561 :     }
562 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
563 :     if ($j < @$out)
564 :     {
565 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
566 :     }
567 :    
568 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
569 :     if ($i == @$out)
570 :     {
571 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
572 :     }
573 :    
574 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
575 :     if ($j > 0)
576 :     {
577 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
578 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
579 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
580 :     }
581 :     }
582 :    
583 :     sub set_prot_links {
584 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
585 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
586 :     my($before,$match,$after);
587 :    
588 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
589 : efrank 1.1 {
590 :     $before = $1;
591 :     $match = $2;
592 :     $after = $3;
593 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
594 : efrank 1.1 }
595 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
596 :     {
597 :     $before = $1;
598 :     $match = $2;
599 :     $after = $3;
600 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
601 :     }
602 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
603 : efrank 1.1 {
604 :     $before = $1;
605 :     $match = $2;
606 :     $after = $3;
607 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
608 : efrank 1.1 }
609 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
610 :     {
611 :     $before = $1;
612 :     $match = $2;
613 :     $after = $3;
614 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
615 :     }
616 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
617 : efrank 1.1 {
618 :     $before = $1;
619 :     $match = $2;
620 :     $after = $3;
621 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
622 : efrank 1.1 }
623 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
624 : efrank 1.1 {
625 :     $before = $1;
626 :     $match = $2;
627 :     $after = $3;
628 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
629 : efrank 1.1 }
630 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
631 :     {
632 :     $before = $1;
633 :     $match = $2;
634 :     $after = $3;
635 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
636 :     }
637 : efrank 1.1 return $x;
638 :     }
639 :    
640 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
641 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
642 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
643 :    
644 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
645 :     {
646 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
647 :     }
648 :     }
649 :    
650 : efrank 1.1 sub gi_link {
651 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
652 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
653 :    
654 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
655 :     {
656 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
657 :     }
658 :     return $gi;
659 :     }
660 :    
661 : overbeek 1.14 sub uni_link {
662 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
663 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
664 :    
665 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
666 :     {
667 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
668 :     }
669 :     return $uni;
670 :     }
671 :    
672 : efrank 1.1 sub sp_link {
673 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
674 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
675 :    
676 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
677 :     {
678 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
679 :     }
680 :     return $sp;
681 :     }
682 :    
683 :     sub pir_link {
684 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
685 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
686 :    
687 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
688 :     {
689 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
690 :     }
691 :     return $pir;
692 :     }
693 :    
694 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
695 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
696 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
697 :    
698 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
699 :     {
700 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
701 :     }
702 :     return $kegg;
703 :     }
704 :    
705 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
706 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
707 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
708 :     my($before,$match,$after);
709 : efrank 1.1
710 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
711 :    
712 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
713 :     {
714 :     $before = $1;
715 :     $match = $2;
716 :     $after = $3;
717 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
718 :     }
719 :     return $x;
720 :     }
721 :    
722 :     sub map_link {
723 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
724 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
725 :    
726 :     $user = $cgi->param('user');
727 :     $user = $user ? $user : "";
728 :     $org = $org ? $org : "";
729 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
730 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
731 :     return $link;
732 :     }
733 : redwards 1.20
734 :     sub javascript {
735 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
736 : redwards 1.20 #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
737 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
738 :     # $html is the ref to the array with the html in it
739 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
740 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
741 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
742 :     #
743 :     # At the moment this add's four buttons:
744 :     # Check all, check's all
745 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
746 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
747 :     # Uncheck all will remove the checks.
748 :    
749 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
750 :     # field. The name is needed for the java script.
751 :     #
752 :    
753 :     $java_script=<<EOF;
754 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
755 :     <!-- Begin
756 :     function checkAll(field)
757 :     {
758 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
759 :     field[i].checked = true ;
760 :     }
761 :    
762 :     function checkFirst(field)
763 :     {
764 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
765 :     field[i].checked = true;
766 :     }
767 :    
768 :     function checkSecond(field)
769 :     {
770 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
771 :     field[i].checked = true ;
772 :     }
773 :    
774 :     function uncheckAll(field)
775 :     {
776 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
777 :     field[i].checked = false ;
778 :     }
779 :     // End -->
780 :     </script>
781 :     EOF
782 :     return $java_script;
783 :     }
784 :    
785 :     sub java_buttons {
786 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
787 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
788 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
789 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
790 :     # -name => field and the checkbox name
791 :     my ($form, $button)=@_;
792 :    
793 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
794 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
795 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
796 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
797 :    
798 :     return $java_script;
799 :     }
800 :    
801 : overbeek 1.22 sub sub_link {
802 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
803 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
804 :     my($sub_link);
805 :    
806 :     my $user = $cgi->param('user');
807 :     if ($user)
808 :     {
809 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
810 :     }
811 :     else
812 :     {
813 :     $sub_link = $sub;
814 :     }
815 :     return $sub_link;
816 :     }
817 :    
818 : efrank 1.1 1

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