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Revision 1.30 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 :     use URI::URL;
9 :     use HTTP::Request::Common;
10 : olson 1.16 use POSIX;
11 : efrank 1.1
12 : olson 1.25 sub compute_html_header
13 :     {
14 : olson 1.26 my($additional_insert) = @_;
15 : olson 1.2 my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
16 :     if (! -f $html_hdr_file)
17 :     {
18 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
19 :     }
20 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
21 : overbeek 1.18 push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
22 :    
23 : olson 1.15 if (@html_hdr)
24 :     {
25 :     my $insert_stuff;
26 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
27 :     my $ver = $ver[0];
28 :     chomp $ver;
29 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
30 :     {
31 :     my $d = asctime(localtime($1));
32 :     chomp($d);
33 :     $ver .= " ($d)";
34 :     }
35 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
36 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
37 : olson 1.26 if ($additional_insert)
38 :     {
39 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
40 :     }
41 : olson 1.15
42 :     for $_ (@html_hdr)
43 :     {
44 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
45 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
46 :     {
47 :     $_ = $insert_stuff;
48 :     }
49 :     }
50 :     }
51 :    
52 : olson 1.25 return @html_hdr;
53 :     }
54 :    
55 :     sub show_page {
56 :     my($cgi,$html,$no_home) = @_;
57 :     my $i;
58 :    
59 :     #
60 :     # Find the HTML header
61 :     #
62 :    
63 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
64 :     if (! -f $html_tail_file)
65 :     {
66 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
67 :     }
68 :    
69 :     my @html_hdr = compute_html_header();
70 :    
71 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
72 : olson 1.2
73 : efrank 1.1 print $cgi->header;
74 : golsen 1.5
75 :     #
76 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
77 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
78 :     # missing ones.
79 : golsen 1.5 #
80 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
81 : golsen 1.5 #
82 :    
83 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
84 :     basefont => 1,
85 :     html => 1,
86 :     isindex => 1,
87 :     link => 1,
88 :     meta => 1,
89 :     nextid => 1,
90 :     style => 1,
91 :     title => 1
92 :     );
93 :    
94 :     #
95 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
96 :     #
97 :    
98 :     my %body_tag = ( a => 1,
99 :     br => 1,
100 :     center => 1,
101 :     form => 1,
102 :     h1 => 1,
103 :     h2 => 1,
104 :     h3 => 1,
105 :     hr => 1,
106 :     img => 1,
107 :     p => 1,
108 :     pre => 1,
109 :     table => 1
110 :     );
111 :    
112 :     my $html_line = -1;
113 :     my $head_line = -1;
114 :     my $base_line = -1;
115 :     my $head_end_line = -1;
116 :     my $body_line = -1;
117 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
118 :     my $done = 0;
119 :    
120 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
121 :     {
122 :     # Some special cases:
123 :    
124 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
125 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
126 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
127 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
128 :    
129 :     # The content goes after this line:
130 :    
131 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
132 :     {
133 :     $body_line = $i;
134 :     $last;
135 :     }
136 :    
137 :     # Now the general case.
138 :     # Analyze all the html tags on the line:
139 :    
140 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
141 :     {
142 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
143 :     # after the last line with a head tag:
144 :    
145 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
146 :     {
147 :     $done = 1;
148 :     last;
149 :     }
150 :    
151 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
152 :    
153 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
154 :     {
155 :     $last_head_line = $i;
156 :     }
157 :     }
158 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
159 : efrank 1.1 }
160 : golsen 1.6
161 :     # Some sanity checks on structure:
162 :    
163 :     if ( 1 )
164 : efrank 1.1 {
165 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
166 : efrank 1.1 {
167 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
168 :     {
169 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
170 :     }
171 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
172 :     {
173 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
174 :     }
175 : efrank 1.1 }
176 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
177 : efrank 1.1 {
178 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
179 :     {
180 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
181 :     }
182 : efrank 1.1 }
183 :     }
184 :    
185 : golsen 1.6 #
186 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
187 :     #
188 :     # <BODY> goes after last head line
189 :     #
190 : redwards 1.20 # RAE: Added the javascript for the buttons immediately after body.
191 :     # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
192 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
193 : golsen 1.6
194 :     if ( $body_line < 0 )
195 :     {
196 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
197 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
198 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
199 : golsen 1.6 }
200 :    
201 :     #
202 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
203 :     #
204 :    
205 : olson 1.15 if (@html_hdr)
206 : golsen 1.6 {
207 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
208 : golsen 1.6 }
209 :    
210 :     #
211 :     # </HEAD> goes before <BODY>
212 :     #
213 :    
214 :     if ( $head_end_line < 0 )
215 :     {
216 :     $head_end_line = $body_line;
217 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
218 :     }
219 :    
220 :     #
221 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
222 :     #
223 :    
224 :     if ( $base_line < 0 )
225 :     {
226 :     #
227 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
228 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
229 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
230 :     # from $cgi_url. -- GJO
231 :     #
232 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
233 :     #
234 :     #
235 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
236 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
237 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
238 :     # {
239 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
240 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
241 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
242 :     # }
243 : golsen 1.6
244 :     $base_line = $head_end_line;
245 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
246 : golsen 1.6 }
247 :    
248 :     #
249 :     # <HTML> goes at the top of the output
250 :     #
251 :    
252 :     if ( $html_line < 0 )
253 :     {
254 :     $html_line = 0;
255 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
256 :     }
257 :    
258 :     #
259 :     # <HEAD> goes after <HTML>
260 :     #
261 :    
262 :     if ( $head_line < 0 )
263 :     {
264 :     $head_line = $html_line + 1;
265 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
266 :     }
267 :    
268 :     #
269 :     # Place FIG search link at bottom of page
270 :     #
271 :    
272 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
273 : efrank 1.1 if (! $no_home)
274 :     {
275 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
276 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
277 : efrank 1.1 }
278 :    
279 : golsen 1.6 #
280 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
281 :     #
282 :    
283 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
284 :     my $site_fh;
285 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
286 :     {
287 :     push(@tail, <$site_fh>);
288 :     close($site_fh);
289 :     }
290 :    
291 :     #
292 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
293 :     # or before </html>, or at end of page.
294 :     #
295 :    
296 :     my @tags = ();
297 :    
298 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
299 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
300 : efrank 1.1 {
301 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
302 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
303 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
304 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
305 : efrank 1.1 {
306 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
307 : efrank 1.1 }
308 :     }
309 : golsen 1.6
310 :     if ( @tail )
311 :     {
312 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
313 :     }
314 :     elsif ( @tags )
315 :     {
316 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
317 :     }
318 :    
319 : efrank 1.1 print @$html;
320 :     }
321 :    
322 :     sub make_table {
323 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
324 : efrank 1.1 my(@tab);
325 :    
326 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
327 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
328 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
329 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
330 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
331 :     . "\n\t</tr>\n"
332 : golsen 1.6 );
333 : overbeek 1.9 my($i);
334 : efrank 1.1
335 : overbeek 1.3 my $row;
336 :     foreach $row (@$tab)
337 : efrank 1.1 {
338 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
339 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
340 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
341 :     );
342 : efrank 1.1 }
343 :     push(@tab,"</table>\n");
344 :     return join("",@tab);
345 :     }
346 :    
347 : overbeek 1.3 sub expand {
348 : olson 1.27 my($x, $tag) = @_;
349 : redwards 1.29
350 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
351 : redwards 1.30 my $endtag=$tag;
352 : redwards 1.29 # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where the first element is the data to
353 :     # display and the second element is optional things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
354 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
355 :     if (ref($x) eq "ARRAY") {($x, $tag)=@$x; if ($tag =~ /td/) {$endtag = "td"}}
356 : overbeek 1.3
357 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
358 : overbeek 1.3 {
359 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
360 : overbeek 1.3 }
361 :     else
362 :     {
363 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
364 : overbeek 1.3 }
365 :     }
366 :    
367 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
368 :     my($cgi,$x) = @_;
369 :     my($before,$match,$after);
370 :    
371 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
372 :     {
373 :     $before = $1;
374 :     $match = $2;
375 :     $after = $3;
376 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
377 :     }
378 :     return $x;
379 :     }
380 :    
381 : efrank 1.1 sub ec_link {
382 :     my($role) = @_;
383 :    
384 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
385 :     {
386 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
387 :     }
388 :     else
389 :     {
390 :     return $role;
391 :     }
392 :     }
393 :    
394 :     sub role_link {
395 :     my($cgi,$role) = @_;
396 :    
397 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
398 :     my $user = $cgi->param('user');
399 :     if (! $user) { $user = "" }
400 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
401 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
402 :     return "<a href=$link>$role</a>";
403 :     }
404 :    
405 : olson 1.13 #
406 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
407 :     # text of the link.
408 :     #
409 : efrank 1.1 sub fid_link {
410 :     my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
411 :     my($n);
412 :    
413 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
414 :     {
415 :     if ($local)
416 :     {
417 :     if ($1 eq "peg")
418 :     {
419 :     $n = $2;
420 :     }
421 :     else
422 :     {
423 :     $n = "$1.$2";
424 :     }
425 :     }
426 :     else
427 :     {
428 :     $n = $fid;
429 :     }
430 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
431 :     my $user = $cgi->param('user');
432 :     if (! $user) { $user = "" }
433 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
434 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
435 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
436 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
437 : olson 1.15 #
438 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
439 :     #
440 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
441 :    
442 : efrank 1.1 if ($just_url)
443 :     {
444 :     return $link;
445 :     }
446 :     else
447 :     {
448 :     return "<a href=$link>$n</a>";
449 :     }
450 :     }
451 :     return $fid;
452 :     }
453 :    
454 :     sub family_link {
455 :     my($family,$user) = @_;
456 :    
457 :     return $family;
458 :     }
459 :    
460 :     use URI::Escape;
461 :    
462 :     sub get_html {
463 :     my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
464 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
465 :    
466 :     $ua = new LWP::UserAgent;
467 :     $ua->timeout( 900 );
468 :     if ($type =~/post/i)
469 :     {
470 :     $args = [];
471 :     foreach $x (@$kv_pairs)
472 :     {
473 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
474 :     }
475 :     my $request = POST $url, $args;
476 :     my $response = $ua->request($request);
477 :     $out = $response->content;
478 :     }
479 :     else
480 :     {
481 :     @args = ();
482 :     foreach $x (@$kv_pairs)
483 :     {
484 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
485 :     }
486 :    
487 :     if (@args > 0)
488 :     {
489 :     $url .= "?" . join("&",@args);
490 :     }
491 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
492 :     my $response = $ua->request($request);
493 :    
494 :     if ($response->is_success)
495 :     {
496 :     $out = $response->content;
497 :     }
498 :     else
499 :     {
500 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
501 :     }
502 :     }
503 :     # set up a document with proper eol characters
504 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
505 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
506 :    
507 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
508 :     # properly. Remove the header.
509 :    
510 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
511 :     if ($i < @output)
512 :     {
513 :    
514 :     splice(@output,0,$i);
515 :     }
516 :    
517 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
518 :     if ($i == @output)
519 :     {
520 :     $i = -1;
521 :     }
522 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
523 :     return @output;
524 :     }
525 :    
526 :     sub trim_output {
527 :     my($out) = @_;
528 :     my $i;
529 :    
530 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
531 :     splice(@$out,0,$i);
532 :    
533 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
534 :     if ($i == @$out)
535 :     {
536 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
537 :     if ($i == @$out)
538 :     {
539 :     $i = -1;
540 :     }
541 :     }
542 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
543 :     if ($j < @$out)
544 :     {
545 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
546 :     }
547 :    
548 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
549 :     if ($i == @$out)
550 :     {
551 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
552 :     }
553 :    
554 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
555 :     if ($j > 0)
556 :     {
557 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
558 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
559 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
560 :     }
561 :     }
562 :    
563 :     sub set_prot_links {
564 :     my($cgi,$x) = @_;
565 :     my($before,$match,$after);
566 :    
567 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
568 : efrank 1.1 {
569 :     $before = $1;
570 :     $match = $2;
571 :     $after = $3;
572 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
573 : efrank 1.1 }
574 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
575 :     {
576 :     $before = $1;
577 :     $match = $2;
578 :     $after = $3;
579 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
580 :     }
581 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
582 : efrank 1.1 {
583 :     $before = $1;
584 :     $match = $2;
585 :     $after = $3;
586 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
587 : efrank 1.1 }
588 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
589 :     {
590 :     $before = $1;
591 :     $match = $2;
592 :     $after = $3;
593 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
594 :     }
595 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
596 : efrank 1.1 {
597 :     $before = $1;
598 :     $match = $2;
599 :     $after = $3;
600 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
601 : efrank 1.1 }
602 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
603 : efrank 1.1 {
604 :     $before = $1;
605 :     $match = $2;
606 :     $after = $3;
607 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
608 : efrank 1.1 }
609 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
610 :     {
611 :     $before = $1;
612 :     $match = $2;
613 :     $after = $3;
614 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
615 :     }
616 : efrank 1.1 return $x;
617 :     }
618 :    
619 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
620 :     my($cgi,$id) = @_;
621 :    
622 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
623 :     {
624 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
625 :     }
626 :     }
627 :    
628 : efrank 1.1 sub gi_link {
629 :     my($cgi,$gi) = @_;
630 :    
631 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
632 :     {
633 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
634 :     }
635 :     return $gi;
636 :     }
637 :    
638 : overbeek 1.14 sub uni_link {
639 :     my($cgi,$uni) = @_;
640 :    
641 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
642 :     {
643 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
644 :     }
645 :     return $uni;
646 :     }
647 :    
648 : efrank 1.1 sub sp_link {
649 :     my($cgi,$sp) = @_;
650 :    
651 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
652 :     {
653 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
654 :     }
655 :     return $sp;
656 :     }
657 :    
658 :     sub pir_link {
659 :     my($cgi,$pir) = @_;
660 :    
661 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
662 :     {
663 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
664 :     }
665 :     return $pir;
666 :     }
667 :    
668 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
669 :     my($cgi,$kegg) = @_;
670 :    
671 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
672 :     {
673 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
674 :     }
675 :     return $kegg;
676 :     }
677 :    
678 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
679 :     my($cgi,$x) = @_;
680 :     my($before,$match,$after);
681 : efrank 1.1
682 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
683 :    
684 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
685 :     {
686 :     $before = $1;
687 :     $match = $2;
688 :     $after = $3;
689 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
690 :     }
691 :     return $x;
692 :     }
693 :    
694 :     sub map_link {
695 :     my($cgi,$map,$org) = @_;
696 :    
697 :     $user = $cgi->param('user');
698 :     $user = $user ? $user : "";
699 :     $org = $org ? $org : "";
700 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
701 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
702 :     return $link;
703 :     }
704 : redwards 1.20
705 :     sub javascript {
706 :     #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
707 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
708 :     # $html is the ref to the array with the html in it
709 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
710 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
711 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
712 :     #
713 :     # At the moment this add's four buttons:
714 :     # Check all, check's all
715 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
716 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
717 :     # Uncheck all will remove the checks.
718 :    
719 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
720 :     # field. The name is needed for the java script.
721 :     #
722 :    
723 :     $java_script=<<EOF;
724 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
725 :     <!-- Begin
726 :     function checkAll(field)
727 :     {
728 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
729 :     field[i].checked = true ;
730 :     }
731 :    
732 :     function checkFirst(field)
733 :     {
734 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
735 :     field[i].checked = true;
736 :     }
737 :    
738 :     function checkSecond(field)
739 :     {
740 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
741 :     field[i].checked = true ;
742 :     }
743 :    
744 :     function uncheckAll(field)
745 :     {
746 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
747 :     field[i].checked = false ;
748 :     }
749 :     // End -->
750 :     </script>
751 :     EOF
752 :     return $java_script;
753 :     }
754 :    
755 :     sub java_buttons {
756 :     ## ADDED BY RAE
757 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
758 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
759 :     # -name => field and the checkbox name
760 :     my ($form, $button)=@_;
761 :    
762 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
763 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
764 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
765 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
766 :    
767 :     return $java_script;
768 :     }
769 :    
770 : overbeek 1.22 sub sub_link {
771 :     my($cgi,$sub) = @_;
772 :     my($sub_link);
773 :    
774 :     my $user = $cgi->param('user');
775 :     if ($user)
776 :     {
777 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
778 :     }
779 :     else
780 :     {
781 :     $sub_link = $sub;
782 :     }
783 :     return $sub_link;
784 :     }
785 :    
786 : efrank 1.1 1

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