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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.25 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 :     use URI::URL;
9 :     use HTTP::Request::Common;
10 : olson 1.16 use POSIX;
11 : efrank 1.1
12 : olson 1.25 sub compute_html_header
13 :     {
14 : olson 1.2 my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
15 :     if (! -f $html_hdr_file)
16 :     {
17 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
18 :     }
19 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
20 : overbeek 1.18 push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
21 :    
22 : olson 1.15 if (@html_hdr)
23 :     {
24 :     my $insert_stuff;
25 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
26 :     my $ver = $ver[0];
27 :     chomp $ver;
28 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
29 :     {
30 :     my $d = asctime(localtime($1));
31 :     chomp($d);
32 :     $ver .= " ($d)";
33 :     }
34 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
35 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
36 :    
37 :     for $_ (@html_hdr)
38 :     {
39 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
40 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
41 :     {
42 :     $_ = $insert_stuff;
43 :     }
44 :     }
45 :     }
46 :    
47 : olson 1.25 return @html_hdr;
48 :     }
49 :    
50 :     sub show_page {
51 :     my($cgi,$html,$no_home) = @_;
52 :     my $i;
53 :    
54 :     #
55 :     # Find the HTML header
56 :     #
57 :    
58 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
59 :     if (! -f $html_tail_file)
60 :     {
61 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
62 :     }
63 :    
64 :     my @html_hdr = compute_html_header();
65 :    
66 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
67 : olson 1.2
68 : efrank 1.1 print $cgi->header;
69 : golsen 1.5
70 :     #
71 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
72 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
73 :     # missing ones.
74 : golsen 1.5 #
75 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
76 : golsen 1.5 #
77 :    
78 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
79 :     basefont => 1,
80 :     html => 1,
81 :     isindex => 1,
82 :     link => 1,
83 :     meta => 1,
84 :     nextid => 1,
85 :     style => 1,
86 :     title => 1
87 :     );
88 :    
89 :     #
90 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
91 :     #
92 :    
93 :     my %body_tag = ( a => 1,
94 :     br => 1,
95 :     center => 1,
96 :     form => 1,
97 :     h1 => 1,
98 :     h2 => 1,
99 :     h3 => 1,
100 :     hr => 1,
101 :     img => 1,
102 :     p => 1,
103 :     pre => 1,
104 :     table => 1
105 :     );
106 :    
107 :     my $html_line = -1;
108 :     my $head_line = -1;
109 :     my $base_line = -1;
110 :     my $head_end_line = -1;
111 :     my $body_line = -1;
112 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
113 :     my $done = 0;
114 :    
115 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
116 :     {
117 :     # Some special cases:
118 :    
119 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
120 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
121 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
122 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
123 :    
124 :     # The content goes after this line:
125 :    
126 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
127 :     {
128 :     $body_line = $i;
129 :     $last;
130 :     }
131 :    
132 :     # Now the general case.
133 :     # Analyze all the html tags on the line:
134 :    
135 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
136 :     {
137 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
138 :     # after the last line with a head tag:
139 :    
140 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
141 :     {
142 :     $done = 1;
143 :     last;
144 :     }
145 :    
146 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
147 :    
148 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
149 :     {
150 :     $last_head_line = $i;
151 :     }
152 :     }
153 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
154 : efrank 1.1 }
155 : golsen 1.6
156 :     # Some sanity checks on structure:
157 :    
158 :     if ( 1 )
159 : efrank 1.1 {
160 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
161 : efrank 1.1 {
162 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
163 :     {
164 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
165 :     }
166 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
167 :     {
168 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
169 :     }
170 : efrank 1.1 }
171 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
172 : efrank 1.1 {
173 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
174 :     {
175 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
176 :     }
177 : efrank 1.1 }
178 :     }
179 :    
180 : golsen 1.6 #
181 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
182 :     #
183 :     # <BODY> goes after last head line
184 :     #
185 : redwards 1.20 # RAE: Added the javascript for the buttons immediately after body.
186 :     # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
187 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
188 : golsen 1.6
189 :     if ( $body_line < 0 )
190 :     {
191 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
192 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
193 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
194 : golsen 1.6 }
195 :    
196 :     #
197 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
198 :     #
199 :    
200 : olson 1.15 if (@html_hdr)
201 : golsen 1.6 {
202 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
203 : golsen 1.6 }
204 :    
205 :     #
206 :     # </HEAD> goes before <BODY>
207 :     #
208 :    
209 :     if ( $head_end_line < 0 )
210 :     {
211 :     $head_end_line = $body_line;
212 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
213 :     }
214 :    
215 :     #
216 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
217 :     #
218 :    
219 :     if ( $base_line < 0 )
220 :     {
221 :     #
222 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
223 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
224 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
225 :     # from $cgi_url. -- GJO
226 :     #
227 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
228 :     #
229 :     #
230 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
231 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
232 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
233 :     # {
234 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
235 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
236 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
237 :     # }
238 : golsen 1.6
239 :     $base_line = $head_end_line;
240 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
241 : golsen 1.6 }
242 :    
243 :     #
244 :     # <HTML> goes at the top of the output
245 :     #
246 :    
247 :     if ( $html_line < 0 )
248 :     {
249 :     $html_line = 0;
250 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
251 :     }
252 :    
253 :     #
254 :     # <HEAD> goes after <HTML>
255 :     #
256 :    
257 :     if ( $head_line < 0 )
258 :     {
259 :     $head_line = $html_line + 1;
260 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
261 :     }
262 :    
263 :     #
264 :     # Place FIG search link at bottom of page
265 :     #
266 :    
267 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
268 : efrank 1.1 if (! $no_home)
269 :     {
270 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
271 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
272 : efrank 1.1 }
273 :    
274 : golsen 1.6 #
275 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
276 :     #
277 :    
278 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
279 :     my $site_fh;
280 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
281 :     {
282 :     push(@tail, <$site_fh>);
283 :     close($site_fh);
284 :     }
285 :    
286 :     #
287 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
288 :     # or before </html>, or at end of page.
289 :     #
290 :    
291 :     my @tags = ();
292 :    
293 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
294 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
295 : efrank 1.1 {
296 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
297 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
298 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
299 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
300 : efrank 1.1 {
301 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
302 : efrank 1.1 }
303 :     }
304 : golsen 1.6
305 :     if ( @tail )
306 :     {
307 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
308 :     }
309 :     elsif ( @tags )
310 :     {
311 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
312 :     }
313 :    
314 : efrank 1.1 print @$html;
315 :     }
316 :    
317 :     sub make_table {
318 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
319 : efrank 1.1 my(@tab);
320 :    
321 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
322 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
323 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
324 :     "\t<tr>\n\t\t<th>"
325 :     . join( "</th>\n\t\t<th>", @$col_hdrs )
326 :     . "</th>\n\t</tr>\n"
327 :     );
328 : overbeek 1.9 my($i);
329 : efrank 1.1
330 : overbeek 1.3 my $row;
331 :     foreach $row (@$tab)
332 : efrank 1.1 {
333 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
334 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
335 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
336 :     );
337 : efrank 1.1 }
338 :     push(@tab,"</table>\n");
339 :     return join("",@tab);
340 :     }
341 :    
342 : overbeek 1.3 sub expand {
343 : overbeek 1.9 my($x) = @_;
344 : overbeek 1.3
345 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
346 : overbeek 1.3 {
347 : overbeek 1.9 return "\t\t<td $1>$2</td>";
348 : overbeek 1.3 }
349 :     else
350 :     {
351 : overbeek 1.9 return "\t\t<td>$x</td>";
352 : overbeek 1.3 }
353 :     }
354 :    
355 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
356 :     my($cgi,$x) = @_;
357 :     my($before,$match,$after);
358 :    
359 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
360 :     {
361 :     $before = $1;
362 :     $match = $2;
363 :     $after = $3;
364 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
365 :     }
366 :     return $x;
367 :     }
368 :    
369 : efrank 1.1 sub ec_link {
370 :     my($role) = @_;
371 :    
372 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
373 :     {
374 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
375 :     }
376 :     else
377 :     {
378 :     return $role;
379 :     }
380 :     }
381 :    
382 :     sub role_link {
383 :     my($cgi,$role) = @_;
384 :    
385 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
386 :     my $user = $cgi->param('user');
387 :     if (! $user) { $user = "" }
388 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
389 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
390 :     return "<a href=$link>$role</a>";
391 :     }
392 :    
393 : olson 1.13 #
394 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
395 :     # text of the link.
396 :     #
397 : efrank 1.1 sub fid_link {
398 :     my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
399 :     my($n);
400 :    
401 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
402 :     {
403 :     if ($local)
404 :     {
405 :     if ($1 eq "peg")
406 :     {
407 :     $n = $2;
408 :     }
409 :     else
410 :     {
411 :     $n = "$1.$2";
412 :     }
413 :     }
414 :     else
415 :     {
416 :     $n = $fid;
417 :     }
418 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
419 :     my $user = $cgi->param('user');
420 :     if (! $user) { $user = "" }
421 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
422 : overbeek 1.24 my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans";
423 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
424 : olson 1.15 #
425 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
426 :     #
427 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
428 :    
429 : efrank 1.1 if ($just_url)
430 :     {
431 :     return $link;
432 :     }
433 :     else
434 :     {
435 :     return "<a href=$link>$n</a>";
436 :     }
437 :     }
438 :     return $fid;
439 :     }
440 :    
441 :     sub family_link {
442 :     my($family,$user) = @_;
443 :    
444 :     return $family;
445 :     }
446 :    
447 :     use URI::Escape;
448 :    
449 :     sub get_html {
450 :     my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
451 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
452 :    
453 :     $ua = new LWP::UserAgent;
454 :     $ua->timeout( 900 );
455 :    
456 :     if ($type =~/post/i)
457 :     {
458 :     $args = [];
459 :     foreach $x (@$kv_pairs)
460 :     {
461 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
462 :     }
463 :     my $request = POST $url, $args;
464 :     my $response = $ua->request($request);
465 :     $out = $response->content;
466 :     }
467 :     else
468 :     {
469 :     @args = ();
470 :     foreach $x (@$kv_pairs)
471 :     {
472 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
473 :     }
474 :    
475 :     if (@args > 0)
476 :     {
477 :     $url .= "?" . join("&",@args);
478 :     }
479 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
480 :     my $response = $ua->request($request);
481 :    
482 :     if ($response->is_success)
483 :     {
484 :     $out = $response->content;
485 :     }
486 :     else
487 :     {
488 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
489 :     }
490 :     }
491 :     # set up a document with proper eol characters
492 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
493 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
494 :    
495 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
496 :     # properly. Remove the header.
497 :    
498 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
499 :     if ($i < @output)
500 :     {
501 :    
502 :     splice(@output,0,$i);
503 :     }
504 :    
505 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
506 :     if ($i == @output)
507 :     {
508 :     $i = -1;
509 :     }
510 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
511 :     return @output;
512 :     }
513 :    
514 :     sub trim_output {
515 :     my($out) = @_;
516 :     my $i;
517 :    
518 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
519 :     splice(@$out,0,$i);
520 :    
521 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
522 :     if ($i == @$out)
523 :     {
524 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
525 :     if ($i == @$out)
526 :     {
527 :     $i = -1;
528 :     }
529 :     }
530 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
531 :     if ($j < @$out)
532 :     {
533 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
534 :     }
535 :    
536 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
537 :     if ($i == @$out)
538 :     {
539 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
540 :     }
541 :    
542 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
543 :     if ($j > 0)
544 :     {
545 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
546 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
547 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
548 :     }
549 :     }
550 :    
551 :     sub set_prot_links {
552 :     my($cgi,$x) = @_;
553 :     my($before,$match,$after);
554 :    
555 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
556 : efrank 1.1 {
557 :     $before = $1;
558 :     $match = $2;
559 :     $after = $3;
560 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
561 : efrank 1.1 }
562 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
563 :     {
564 :     $before = $1;
565 :     $match = $2;
566 :     $after = $3;
567 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
568 :     }
569 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
570 : efrank 1.1 {
571 :     $before = $1;
572 :     $match = $2;
573 :     $after = $3;
574 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
575 : efrank 1.1 }
576 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
577 :     {
578 :     $before = $1;
579 :     $match = $2;
580 :     $after = $3;
581 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
582 :     }
583 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
584 : efrank 1.1 {
585 :     $before = $1;
586 :     $match = $2;
587 :     $after = $3;
588 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
589 : efrank 1.1 }
590 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
591 : efrank 1.1 {
592 :     $before = $1;
593 :     $match = $2;
594 :     $after = $3;
595 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
596 : efrank 1.1 }
597 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
598 :     {
599 :     $before = $1;
600 :     $match = $2;
601 :     $after = $3;
602 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
603 :     }
604 : efrank 1.1 return $x;
605 :     }
606 :    
607 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
608 :     my($cgi,$id) = @_;
609 :    
610 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
611 :     {
612 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
613 :     }
614 :     }
615 :    
616 : efrank 1.1 sub gi_link {
617 :     my($cgi,$gi) = @_;
618 :    
619 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
620 :     {
621 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
622 :     }
623 :     return $gi;
624 :     }
625 :    
626 : overbeek 1.14 sub uni_link {
627 :     my($cgi,$uni) = @_;
628 :    
629 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
630 :     {
631 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
632 :     }
633 :     return $uni;
634 :     }
635 :    
636 : efrank 1.1 sub sp_link {
637 :     my($cgi,$sp) = @_;
638 :    
639 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
640 :     {
641 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
642 :     }
643 :     return $sp;
644 :     }
645 :    
646 :     sub pir_link {
647 :     my($cgi,$pir) = @_;
648 :    
649 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
650 :     {
651 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
652 :     }
653 :     return $pir;
654 :     }
655 :    
656 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
657 :     my($cgi,$kegg) = @_;
658 :    
659 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
660 :     {
661 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
662 :     }
663 :     return $kegg;
664 :     }
665 :    
666 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
667 :     my($cgi,$x) = @_;
668 :     my($before,$match,$after);
669 : efrank 1.1
670 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
671 :    
672 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
673 :     {
674 :     $before = $1;
675 :     $match = $2;
676 :     $after = $3;
677 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
678 :     }
679 :     return $x;
680 :     }
681 :    
682 :     sub map_link {
683 :     my($cgi,$map,$org) = @_;
684 :    
685 :     $user = $cgi->param('user');
686 :     $user = $user ? $user : "";
687 :     $org = $org ? $org : "";
688 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
689 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
690 :     return $link;
691 :     }
692 : redwards 1.20
693 :     sub javascript {
694 :     #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
695 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
696 :     # $html is the ref to the array with the html in it
697 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
698 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
699 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
700 :     #
701 :     # At the moment this add's four buttons:
702 :     # Check all, check's all
703 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
704 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
705 :     # Uncheck all will remove the checks.
706 :    
707 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
708 :     # field. The name is needed for the java script.
709 :     #
710 :    
711 :     $java_script=<<EOF;
712 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
713 :     <!-- Begin
714 :     function checkAll(field)
715 :     {
716 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
717 :     field[i].checked = true ;
718 :     }
719 :    
720 :     function checkFirst(field)
721 :     {
722 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
723 :     field[i].checked = true;
724 :     }
725 :    
726 :     function checkSecond(field)
727 :     {
728 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
729 :     field[i].checked = true ;
730 :     }
731 :    
732 :     function uncheckAll(field)
733 :     {
734 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
735 :     field[i].checked = false ;
736 :     }
737 :     // End -->
738 :     </script>
739 :     EOF
740 :     return $java_script;
741 :     }
742 :    
743 :     sub java_buttons {
744 :     ## ADDED BY RAE
745 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
746 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
747 :     # -name => field and the checkbox name
748 :     my ($form, $button)=@_;
749 :    
750 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
751 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
752 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
753 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
754 :    
755 :     return $java_script;
756 :     }
757 :    
758 : overbeek 1.22 sub sub_link {
759 :     my($cgi,$sub) = @_;
760 :     my($sub_link);
761 :    
762 :     my $user = $cgi->param('user');
763 :     if ($user)
764 :     {
765 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
766 :     }
767 :     else
768 :     {
769 :     $sub_link = $sub;
770 :     }
771 :     return $sub_link;
772 :     }
773 :    
774 : efrank 1.1 1

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