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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.24 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 :     use Carp;
4 :     use Data::Dumper;
5 :     use LWP::UserAgent;
6 :     use LWP::Simple;
7 :     use URI::URL;
8 :     use HTTP::Request::Common;
9 : olson 1.16 use POSIX;
10 : efrank 1.1
11 :     sub show_page {
12 :     my($cgi,$html,$no_home) = @_;
13 :     my $i;
14 :    
15 : olson 1.2 #
16 :     # Find the HTML header
17 :     #
18 :    
19 :     my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
20 :     if (! -f $html_hdr_file)
21 :     {
22 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
23 :     }
24 :    
25 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
26 :     if (! -f $html_tail_file)
27 :     {
28 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
29 :     }
30 :    
31 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
32 : overbeek 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
33 :     push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
34 :    
35 : olson 1.15 if (@html_hdr)
36 :     {
37 :     my $insert_stuff;
38 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
39 :     my $ver = $ver[0];
40 :     chomp $ver;
41 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
42 :     {
43 :     my $d = asctime(localtime($1));
44 :     chomp($d);
45 :     $ver .= " ($d)";
46 :     }
47 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
48 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
49 :    
50 :     for $_ (@html_hdr)
51 :     {
52 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
53 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
54 :     {
55 :     $_ = $insert_stuff;
56 :     }
57 :     }
58 :     }
59 :    
60 : olson 1.2
61 : efrank 1.1 print $cgi->header;
62 : golsen 1.5
63 :     #
64 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
65 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
66 :     # missing ones.
67 : golsen 1.5 #
68 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
69 : golsen 1.5 #
70 :    
71 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
72 :     basefont => 1,
73 :     html => 1,
74 :     isindex => 1,
75 :     link => 1,
76 :     meta => 1,
77 :     nextid => 1,
78 :     style => 1,
79 :     title => 1
80 :     );
81 :    
82 :     #
83 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
84 :     #
85 :    
86 :     my %body_tag = ( a => 1,
87 :     br => 1,
88 :     center => 1,
89 :     form => 1,
90 :     h1 => 1,
91 :     h2 => 1,
92 :     h3 => 1,
93 :     hr => 1,
94 :     img => 1,
95 :     p => 1,
96 :     pre => 1,
97 :     table => 1
98 :     );
99 :    
100 :     my $html_line = -1;
101 :     my $head_line = -1;
102 :     my $base_line = -1;
103 :     my $head_end_line = -1;
104 :     my $body_line = -1;
105 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
106 :     my $done = 0;
107 :    
108 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
109 :     {
110 :     # Some special cases:
111 :    
112 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
113 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
114 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
115 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
116 :    
117 :     # The content goes after this line:
118 :    
119 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
120 :     {
121 :     $body_line = $i;
122 :     $last;
123 :     }
124 :    
125 :     # Now the general case.
126 :     # Analyze all the html tags on the line:
127 :    
128 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
129 :     {
130 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
131 :     # after the last line with a head tag:
132 :    
133 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
134 :     {
135 :     $done = 1;
136 :     last;
137 :     }
138 :    
139 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
140 :    
141 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
142 :     {
143 :     $last_head_line = $i;
144 :     }
145 :     }
146 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
147 : efrank 1.1 }
148 : golsen 1.6
149 :     # Some sanity checks on structure:
150 :    
151 :     if ( 1 )
152 : efrank 1.1 {
153 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
154 : efrank 1.1 {
155 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
156 :     {
157 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
158 :     }
159 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
160 :     {
161 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
162 :     }
163 : efrank 1.1 }
164 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
165 : efrank 1.1 {
166 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
167 :     {
168 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
169 :     }
170 : efrank 1.1 }
171 :     }
172 :    
173 : golsen 1.6 #
174 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
175 :     #
176 :     # <BODY> goes after last head line
177 :     #
178 : redwards 1.20 # RAE: Added the javascript for the buttons immediately after body.
179 :     # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
180 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
181 : golsen 1.6
182 :     if ( $body_line < 0 )
183 :     {
184 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
185 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
186 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
187 : golsen 1.6 }
188 :    
189 :     #
190 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
191 :     #
192 :    
193 : olson 1.15 if (@html_hdr)
194 : golsen 1.6 {
195 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
196 : golsen 1.6 }
197 :    
198 :     #
199 :     # </HEAD> goes before <BODY>
200 :     #
201 :    
202 :     if ( $head_end_line < 0 )
203 :     {
204 :     $head_end_line = $body_line;
205 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
206 :     }
207 :    
208 :     #
209 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
210 :     #
211 :    
212 :     if ( $base_line < 0 )
213 :     {
214 :     #
215 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
216 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
217 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
218 :     # from $cgi_url. -- GJO
219 :     #
220 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
221 :     #
222 :     #
223 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
224 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
225 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
226 :     # {
227 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
228 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
229 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
230 :     # }
231 : golsen 1.6
232 :     $base_line = $head_end_line;
233 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
234 : golsen 1.6 }
235 :    
236 :     #
237 :     # <HTML> goes at the top of the output
238 :     #
239 :    
240 :     if ( $html_line < 0 )
241 :     {
242 :     $html_line = 0;
243 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
244 :     }
245 :    
246 :     #
247 :     # <HEAD> goes after <HTML>
248 :     #
249 :    
250 :     if ( $head_line < 0 )
251 :     {
252 :     $head_line = $html_line + 1;
253 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
254 :     }
255 :    
256 :     #
257 :     # Place FIG search link at bottom of page
258 :     #
259 :    
260 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
261 : efrank 1.1 if (! $no_home)
262 :     {
263 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
264 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
265 : efrank 1.1 }
266 :    
267 : golsen 1.6 #
268 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
269 :     #
270 :    
271 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
272 :     my $site_fh;
273 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
274 :     {
275 :     push(@tail, <$site_fh>);
276 :     close($site_fh);
277 :     }
278 :    
279 :     #
280 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
281 :     # or before </html>, or at end of page.
282 :     #
283 :    
284 :     my @tags = ();
285 :    
286 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
287 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
288 : efrank 1.1 {
289 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
290 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
291 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
292 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
293 : efrank 1.1 {
294 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
295 : efrank 1.1 }
296 :     }
297 : golsen 1.6
298 :     if ( @tail )
299 :     {
300 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
301 :     }
302 :     elsif ( @tags )
303 :     {
304 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
305 :     }
306 :    
307 : efrank 1.1 print @$html;
308 :     }
309 :    
310 :     sub make_table {
311 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
312 : efrank 1.1 my(@tab);
313 :    
314 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
315 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
316 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
317 :     "\t<tr>\n\t\t<th>"
318 :     . join( "</th>\n\t\t<th>", @$col_hdrs )
319 :     . "</th>\n\t</tr>\n"
320 :     );
321 : overbeek 1.9 my($i);
322 : efrank 1.1
323 : overbeek 1.3 my $row;
324 :     foreach $row (@$tab)
325 : efrank 1.1 {
326 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
327 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
328 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
329 :     );
330 : efrank 1.1 }
331 :     push(@tab,"</table>\n");
332 :     return join("",@tab);
333 :     }
334 :    
335 : overbeek 1.3 sub expand {
336 : overbeek 1.9 my($x) = @_;
337 : overbeek 1.3
338 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
339 : overbeek 1.3 {
340 : overbeek 1.9 return "\t\t<td $1>$2</td>";
341 : overbeek 1.3 }
342 :     else
343 :     {
344 : overbeek 1.9 return "\t\t<td>$x</td>";
345 : overbeek 1.3 }
346 :     }
347 :    
348 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
349 :     my($cgi,$x) = @_;
350 :     my($before,$match,$after);
351 :    
352 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
353 :     {
354 :     $before = $1;
355 :     $match = $2;
356 :     $after = $3;
357 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
358 :     }
359 :     return $x;
360 :     }
361 :    
362 : efrank 1.1 sub ec_link {
363 :     my($role) = @_;
364 :    
365 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
366 :     {
367 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
368 :     }
369 :     else
370 :     {
371 :     return $role;
372 :     }
373 :     }
374 :    
375 :     sub role_link {
376 :     my($cgi,$role) = @_;
377 :    
378 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
379 :     my $user = $cgi->param('user');
380 :     if (! $user) { $user = "" }
381 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
382 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
383 :     return "<a href=$link>$role</a>";
384 :     }
385 :    
386 : olson 1.13 #
387 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
388 :     # text of the link.
389 :     #
390 : efrank 1.1 sub fid_link {
391 :     my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
392 :     my($n);
393 :    
394 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
395 :     {
396 :     if ($local)
397 :     {
398 :     if ($1 eq "peg")
399 :     {
400 :     $n = $2;
401 :     }
402 :     else
403 :     {
404 :     $n = "$1.$2";
405 :     }
406 :     }
407 :     else
408 :     {
409 :     $n = $fid;
410 :     }
411 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
412 :     my $user = $cgi->param('user');
413 :     if (! $user) { $user = "" }
414 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
415 : overbeek 1.24 my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans";
416 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
417 : olson 1.15 #
418 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
419 :     #
420 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
421 :    
422 : efrank 1.1 if ($just_url)
423 :     {
424 :     return $link;
425 :     }
426 :     else
427 :     {
428 :     return "<a href=$link>$n</a>";
429 :     }
430 :     }
431 :     return $fid;
432 :     }
433 :    
434 :     sub family_link {
435 :     my($family,$user) = @_;
436 :    
437 :     return $family;
438 :     }
439 :    
440 :     use URI::Escape;
441 :    
442 :     sub get_html {
443 :     my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
444 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
445 :    
446 :     $ua = new LWP::UserAgent;
447 :     $ua->timeout( 900 );
448 :    
449 :     if ($type =~/post/i)
450 :     {
451 :     $args = [];
452 :     foreach $x (@$kv_pairs)
453 :     {
454 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
455 :     }
456 :     my $request = POST $url, $args;
457 :     my $response = $ua->request($request);
458 :     $out = $response->content;
459 :     }
460 :     else
461 :     {
462 :     @args = ();
463 :     foreach $x (@$kv_pairs)
464 :     {
465 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
466 :     }
467 :    
468 :     if (@args > 0)
469 :     {
470 :     $url .= "?" . join("&",@args);
471 :     }
472 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
473 :     my $response = $ua->request($request);
474 :    
475 :     if ($response->is_success)
476 :     {
477 :     $out = $response->content;
478 :     }
479 :     else
480 :     {
481 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
482 :     }
483 :     }
484 :     # set up a document with proper eol characters
485 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
486 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
487 :    
488 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
489 :     # properly. Remove the header.
490 :    
491 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
492 :     if ($i < @output)
493 :     {
494 :    
495 :     splice(@output,0,$i);
496 :     }
497 :    
498 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
499 :     if ($i == @output)
500 :     {
501 :     $i = -1;
502 :     }
503 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
504 :     return @output;
505 :     }
506 :    
507 :     sub trim_output {
508 :     my($out) = @_;
509 :     my $i;
510 :    
511 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
512 :     splice(@$out,0,$i);
513 :    
514 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
515 :     if ($i == @$out)
516 :     {
517 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
518 :     if ($i == @$out)
519 :     {
520 :     $i = -1;
521 :     }
522 :     }
523 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
524 :     if ($j < @$out)
525 :     {
526 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
527 :     }
528 :    
529 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
530 :     if ($i == @$out)
531 :     {
532 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
533 :     }
534 :    
535 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
536 :     if ($j > 0)
537 :     {
538 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
539 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
540 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
541 :     }
542 :     }
543 :    
544 :     sub set_prot_links {
545 :     my($cgi,$x) = @_;
546 :     my($before,$match,$after);
547 :    
548 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
549 : efrank 1.1 {
550 :     $before = $1;
551 :     $match = $2;
552 :     $after = $3;
553 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
554 : efrank 1.1 }
555 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
556 :     {
557 :     $before = $1;
558 :     $match = $2;
559 :     $after = $3;
560 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
561 :     }
562 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
563 : efrank 1.1 {
564 :     $before = $1;
565 :     $match = $2;
566 :     $after = $3;
567 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
568 : efrank 1.1 }
569 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
570 :     {
571 :     $before = $1;
572 :     $match = $2;
573 :     $after = $3;
574 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
575 :     }
576 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
577 : efrank 1.1 {
578 :     $before = $1;
579 :     $match = $2;
580 :     $after = $3;
581 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
582 : efrank 1.1 }
583 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
584 : efrank 1.1 {
585 :     $before = $1;
586 :     $match = $2;
587 :     $after = $3;
588 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
589 : efrank 1.1 }
590 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
591 :     {
592 :     $before = $1;
593 :     $match = $2;
594 :     $after = $3;
595 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
596 :     }
597 : efrank 1.1 return $x;
598 :     }
599 :    
600 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
601 :     my($cgi,$id) = @_;
602 :    
603 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
604 :     {
605 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
606 :     }
607 :     }
608 :    
609 : efrank 1.1 sub gi_link {
610 :     my($cgi,$gi) = @_;
611 :    
612 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
613 :     {
614 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
615 :     }
616 :     return $gi;
617 :     }
618 :    
619 : overbeek 1.14 sub uni_link {
620 :     my($cgi,$uni) = @_;
621 :    
622 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
623 :     {
624 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
625 :     }
626 :     return $uni;
627 :     }
628 :    
629 : efrank 1.1 sub sp_link {
630 :     my($cgi,$sp) = @_;
631 :    
632 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
633 :     {
634 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
635 :     }
636 :     return $sp;
637 :     }
638 :    
639 :     sub pir_link {
640 :     my($cgi,$pir) = @_;
641 :    
642 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
643 :     {
644 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
645 :     }
646 :     return $pir;
647 :     }
648 :    
649 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
650 :     my($cgi,$kegg) = @_;
651 :    
652 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
653 :     {
654 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
655 :     }
656 :     return $kegg;
657 :     }
658 :    
659 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
660 :     my($cgi,$x) = @_;
661 :     my($before,$match,$after);
662 : efrank 1.1
663 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
664 :    
665 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
666 :     {
667 :     $before = $1;
668 :     $match = $2;
669 :     $after = $3;
670 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
671 :     }
672 :     return $x;
673 :     }
674 :    
675 :     sub map_link {
676 :     my($cgi,$map,$org) = @_;
677 :    
678 :     $user = $cgi->param('user');
679 :     $user = $user ? $user : "";
680 :     $org = $org ? $org : "";
681 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
682 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
683 :     return $link;
684 :     }
685 : redwards 1.20
686 :     sub javascript {
687 :     #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
688 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
689 :     # $html is the ref to the array with the html in it
690 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
691 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
692 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
693 :     #
694 :     # At the moment this add's four buttons:
695 :     # Check all, check's all
696 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
697 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
698 :     # Uncheck all will remove the checks.
699 :    
700 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
701 :     # field. The name is needed for the java script.
702 :     #
703 :    
704 :     $java_script=<<EOF;
705 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
706 :     <!-- Begin
707 :     function checkAll(field)
708 :     {
709 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
710 :     field[i].checked = true ;
711 :     }
712 :    
713 :     function checkFirst(field)
714 :     {
715 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
716 :     field[i].checked = true;
717 :     }
718 :    
719 :     function checkSecond(field)
720 :     {
721 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
722 :     field[i].checked = true ;
723 :     }
724 :    
725 :     function uncheckAll(field)
726 :     {
727 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
728 :     field[i].checked = false ;
729 :     }
730 :     // End -->
731 :     </script>
732 :     EOF
733 :     return $java_script;
734 :     }
735 :    
736 :     sub java_buttons {
737 :     ## ADDED BY RAE
738 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
739 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
740 :     # -name => field and the checkbox name
741 :     my ($form, $button)=@_;
742 :    
743 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
744 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
745 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
746 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
747 :    
748 :     return $java_script;
749 :     }
750 :    
751 : overbeek 1.22 sub sub_link {
752 :     my($cgi,$sub) = @_;
753 :     my($sub_link);
754 :    
755 :     my $user = $cgi->param('user');
756 :     if ($user)
757 :     {
758 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
759 :     }
760 :     else
761 :     {
762 :     $sub_link = $sub;
763 :     }
764 :     return $sub_link;
765 :     }
766 :    
767 : efrank 1.1 1

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