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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.19 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 :     use Carp;
4 :     use Data::Dumper;
5 :     use LWP::UserAgent;
6 :     use LWP::Simple;
7 :     use URI::URL;
8 :     use HTTP::Request::Common;
9 : olson 1.16 use POSIX;
10 : efrank 1.1
11 :     sub show_page {
12 :     my($cgi,$html,$no_home) = @_;
13 :     my $i;
14 :    
15 : olson 1.2 #
16 :     # Find the HTML header
17 :     #
18 :    
19 :     my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
20 :     if (! -f $html_hdr_file)
21 :     {
22 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
23 :     }
24 :    
25 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
26 :     if (! -f $html_tail_file)
27 :     {
28 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
29 :     }
30 :    
31 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
32 : overbeek 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
33 :     push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
34 :    
35 : olson 1.15 if (@html_hdr)
36 :     {
37 :     my $insert_stuff;
38 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
39 :     my $ver = $ver[0];
40 :     chomp $ver;
41 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
42 :     {
43 :     my $d = asctime(localtime($1));
44 :     chomp($d);
45 :     $ver .= " ($d)";
46 :     }
47 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
48 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
49 :    
50 :     for $_ (@html_hdr)
51 :     {
52 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
53 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
54 :     {
55 :     $_ = $insert_stuff;
56 :     }
57 :     }
58 :     }
59 :    
60 : olson 1.2
61 : efrank 1.1 print $cgi->header;
62 : golsen 1.5
63 :     #
64 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
65 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
66 :     # missing ones.
67 : golsen 1.5 #
68 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
69 : golsen 1.5 #
70 :    
71 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
72 :     basefont => 1,
73 :     html => 1,
74 :     isindex => 1,
75 :     link => 1,
76 :     meta => 1,
77 :     nextid => 1,
78 :     style => 1,
79 :     title => 1
80 :     );
81 :    
82 :     #
83 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
84 :     #
85 :    
86 :     my %body_tag = ( a => 1,
87 :     br => 1,
88 :     center => 1,
89 :     form => 1,
90 :     h1 => 1,
91 :     h2 => 1,
92 :     h3 => 1,
93 :     hr => 1,
94 :     img => 1,
95 :     p => 1,
96 :     pre => 1,
97 :     table => 1
98 :     );
99 :    
100 :     my $html_line = -1;
101 :     my $head_line = -1;
102 :     my $base_line = -1;
103 :     my $head_end_line = -1;
104 :     my $body_line = -1;
105 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
106 :     my $done = 0;
107 :    
108 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
109 :     {
110 :     # Some special cases:
111 :    
112 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
113 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
114 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
115 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
116 :    
117 :     # The content goes after this line:
118 :    
119 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
120 :     {
121 :     $body_line = $i;
122 :     $last;
123 :     }
124 :    
125 :     # Now the general case.
126 :     # Analyze all the html tags on the line:
127 :    
128 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
129 :     {
130 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
131 :     # after the last line with a head tag:
132 :    
133 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
134 :     {
135 :     $done = 1;
136 :     last;
137 :     }
138 :    
139 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
140 :    
141 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
142 :     {
143 :     $last_head_line = $i;
144 :     }
145 :     }
146 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
147 : efrank 1.1 }
148 : golsen 1.6
149 :     # Some sanity checks on structure:
150 :    
151 :     if ( 1 )
152 : efrank 1.1 {
153 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
154 : efrank 1.1 {
155 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
156 :     {
157 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
158 :     }
159 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
160 :     {
161 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
162 :     }
163 : efrank 1.1 }
164 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
165 : efrank 1.1 {
166 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
167 :     {
168 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
169 :     }
170 : efrank 1.1 }
171 :     }
172 :    
173 : golsen 1.6 #
174 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
175 :     #
176 :     # <BODY> goes after last head line
177 :     #
178 :    
179 :     if ( $body_line < 0 )
180 :     {
181 :     $body_line = $last_head_line + 1;
182 :     splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n" );
183 :     }
184 :    
185 :     #
186 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
187 :     #
188 :    
189 : olson 1.15 if (@html_hdr)
190 : golsen 1.6 {
191 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
192 : golsen 1.6 }
193 :    
194 :     #
195 :     # </HEAD> goes before <BODY>
196 :     #
197 :    
198 :     if ( $head_end_line < 0 )
199 :     {
200 :     $head_end_line = $body_line;
201 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
202 :     }
203 :    
204 :     #
205 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
206 :     #
207 :    
208 :     if ( $base_line < 0 )
209 :     {
210 :     #
211 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
212 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
213 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
214 :     # from $cgi_url. -- GJO
215 :     #
216 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
217 :     #
218 :     #
219 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
220 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
221 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
222 :     # {
223 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
224 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
225 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
226 :     # }
227 : golsen 1.6
228 :     $base_line = $head_end_line;
229 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
230 : golsen 1.6 }
231 :    
232 :     #
233 :     # <HTML> goes at the top of the output
234 :     #
235 :    
236 :     if ( $html_line < 0 )
237 :     {
238 :     $html_line = 0;
239 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
240 :     }
241 :    
242 :     #
243 :     # <HEAD> goes after <HTML>
244 :     #
245 :    
246 :     if ( $head_line < 0 )
247 :     {
248 :     $head_line = $html_line + 1;
249 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
250 :     }
251 :    
252 :     #
253 :     # Place FIG search link at bottom of page
254 :     #
255 :    
256 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
257 : efrank 1.1 if (! $no_home)
258 :     {
259 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
260 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
261 : efrank 1.1 }
262 :    
263 : golsen 1.6 #
264 :     # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
265 :     # or before </html>, or at end of page.
266 :     #
267 :    
268 :     my @tags = ();
269 :    
270 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
271 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
272 : efrank 1.1 {
273 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
274 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
275 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
276 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
277 : efrank 1.1 {
278 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
279 : efrank 1.1 }
280 :     }
281 : golsen 1.6
282 :     if ( @tail )
283 :     {
284 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
285 :     }
286 :     elsif ( @tags )
287 :     {
288 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
289 :     }
290 :    
291 : efrank 1.1 print @$html;
292 :     }
293 :    
294 :     sub make_table {
295 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
296 : efrank 1.1 my(@tab);
297 :    
298 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
299 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
300 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
301 :     "\t<tr>\n\t\t<th>"
302 :     . join( "</th>\n\t\t<th>", @$col_hdrs )
303 :     . "</th>\n\t</tr>\n"
304 :     );
305 : overbeek 1.9 my($i);
306 : efrank 1.1
307 : overbeek 1.3 my $row;
308 :     foreach $row (@$tab)
309 : efrank 1.1 {
310 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
311 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
312 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
313 :     );
314 : efrank 1.1 }
315 :     push(@tab,"</table>\n");
316 :     return join("",@tab);
317 :     }
318 :    
319 : overbeek 1.3 sub expand {
320 : overbeek 1.9 my($x) = @_;
321 : overbeek 1.3
322 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
323 : overbeek 1.3 {
324 : overbeek 1.9 return "\t\t<td $1>$2</td>";
325 : overbeek 1.3 }
326 :     else
327 :     {
328 : overbeek 1.9 return "\t\t<td>$x</td>";
329 : overbeek 1.3 }
330 :     }
331 :    
332 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
333 :     my($cgi,$x) = @_;
334 :     my($before,$match,$after);
335 :    
336 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
337 :     {
338 :     $before = $1;
339 :     $match = $2;
340 :     $after = $3;
341 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
342 :     }
343 :     return $x;
344 :     }
345 :    
346 : efrank 1.1 sub ec_link {
347 :     my($role) = @_;
348 :    
349 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
350 :     {
351 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
352 :     }
353 :     else
354 :     {
355 :     return $role;
356 :     }
357 :     }
358 :    
359 :     sub role_link {
360 :     my($cgi,$role) = @_;
361 :    
362 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
363 :     my $user = $cgi->param('user');
364 :     if (! $user) { $user = "" }
365 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
366 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
367 :     return "<a href=$link>$role</a>";
368 :     }
369 :    
370 : olson 1.13 #
371 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
372 :     # text of the link.
373 :     #
374 : efrank 1.1 sub fid_link {
375 :     my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
376 :     my($n);
377 :    
378 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
379 :     {
380 :     if ($local)
381 :     {
382 :     if ($1 eq "peg")
383 :     {
384 :     $n = $2;
385 :     }
386 :     else
387 :     {
388 :     $n = "$1.$2";
389 :     }
390 :     }
391 :     else
392 :     {
393 :     $n = $fid;
394 :     }
395 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
396 :     my $user = $cgi->param('user');
397 :     if (! $user) { $user = "" }
398 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
399 :     my $link = $cgi->url() . "?prot=$fid&user=$user$trans";
400 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
401 : olson 1.15 #
402 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
403 :     #
404 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
405 :    
406 : efrank 1.1 if ($just_url)
407 :     {
408 :     return $link;
409 :     }
410 :     else
411 :     {
412 :     return "<a href=$link>$n</a>";
413 :     }
414 :     }
415 :     return $fid;
416 :     }
417 :    
418 :     sub family_link {
419 :     my($family,$user) = @_;
420 :    
421 :     return $family;
422 :     }
423 :    
424 :     use URI::Escape;
425 :    
426 :     sub get_html {
427 :     my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
428 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
429 :    
430 :     $ua = new LWP::UserAgent;
431 :     $ua->timeout( 900 );
432 :    
433 :     if ($type =~/post/i)
434 :     {
435 :     $args = [];
436 :     foreach $x (@$kv_pairs)
437 :     {
438 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
439 :     }
440 :     my $request = POST $url, $args;
441 :     my $response = $ua->request($request);
442 :     $out = $response->content;
443 :     }
444 :     else
445 :     {
446 :     @args = ();
447 :     foreach $x (@$kv_pairs)
448 :     {
449 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
450 :     }
451 :    
452 :     if (@args > 0)
453 :     {
454 :     $url .= "?" . join("&",@args);
455 :     }
456 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
457 :     my $response = $ua->request($request);
458 :    
459 :     if ($response->is_success)
460 :     {
461 :     $out = $response->content;
462 :     }
463 :     else
464 :     {
465 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
466 :     }
467 :     }
468 :     # set up a document with proper eol characters
469 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
470 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
471 :    
472 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
473 :     # properly. Remove the header.
474 :    
475 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
476 :     if ($i < @output)
477 :     {
478 :    
479 :     splice(@output,0,$i);
480 :     }
481 :    
482 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
483 :     if ($i == @output)
484 :     {
485 :     $i = -1;
486 :     }
487 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
488 :     return @output;
489 :     }
490 :    
491 :     sub trim_output {
492 :     my($out) = @_;
493 :     my $i;
494 :    
495 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
496 :     splice(@$out,0,$i);
497 :    
498 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
499 :     if ($i == @$out)
500 :     {
501 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
502 :     if ($i == @$out)
503 :     {
504 :     $i = -1;
505 :     }
506 :     }
507 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
508 :     if ($j < @$out)
509 :     {
510 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
511 :     }
512 :    
513 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
514 :     if ($i == @$out)
515 :     {
516 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
517 :     }
518 :    
519 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
520 :     if ($j > 0)
521 :     {
522 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
523 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
524 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
525 :     }
526 :     }
527 :    
528 :     sub set_prot_links {
529 :     my($cgi,$x) = @_;
530 :     my($before,$match,$after);
531 :    
532 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
533 : efrank 1.1 {
534 :     $before = $1;
535 :     $match = $2;
536 :     $after = $3;
537 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
538 : efrank 1.1 }
539 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
540 :     {
541 :     $before = $1;
542 :     $match = $2;
543 :     $after = $3;
544 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
545 :     }
546 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
547 : efrank 1.1 {
548 :     $before = $1;
549 :     $match = $2;
550 :     $after = $3;
551 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
552 : efrank 1.1 }
553 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
554 :     {
555 :     $before = $1;
556 :     $match = $2;
557 :     $after = $3;
558 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
559 :     }
560 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
561 : efrank 1.1 {
562 :     $before = $1;
563 :     $match = $2;
564 :     $after = $3;
565 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
566 : efrank 1.1 }
567 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
568 : efrank 1.1 {
569 :     $before = $1;
570 :     $match = $2;
571 :     $after = $3;
572 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
573 : efrank 1.1 }
574 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
575 :     {
576 :     $before = $1;
577 :     $match = $2;
578 :     $after = $3;
579 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
580 :     }
581 : efrank 1.1 return $x;
582 :     }
583 :    
584 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
585 :     my($cgi,$id) = @_;
586 :    
587 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
588 :     {
589 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
590 :     }
591 :     }
592 :    
593 : efrank 1.1 sub gi_link {
594 :     my($cgi,$gi) = @_;
595 :    
596 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
597 :     {
598 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
599 :     }
600 :     return $gi;
601 :     }
602 :    
603 : overbeek 1.14 sub uni_link {
604 :     my($cgi,$uni) = @_;
605 :    
606 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
607 :     {
608 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
609 :     }
610 :     return $uni;
611 :     }
612 :    
613 : efrank 1.1 sub sp_link {
614 :     my($cgi,$sp) = @_;
615 :    
616 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
617 :     {
618 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
619 :     }
620 :     return $sp;
621 :     }
622 :    
623 :     sub pir_link {
624 :     my($cgi,$pir) = @_;
625 :    
626 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
627 :     {
628 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
629 :     }
630 :     return $pir;
631 :     }
632 :    
633 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
634 :     my($cgi,$kegg) = @_;
635 :    
636 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
637 :     {
638 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
639 :     }
640 :     return $kegg;
641 :     }
642 :    
643 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
644 :     my($cgi,$x) = @_;
645 :     my($before,$match,$after);
646 : efrank 1.1
647 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
648 :    
649 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
650 :     {
651 :     $before = $1;
652 :     $match = $2;
653 :     $after = $3;
654 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
655 :     }
656 :     return $x;
657 :     }
658 :    
659 :     sub map_link {
660 :     my($cgi,$map,$org) = @_;
661 :    
662 :     $user = $cgi->param('user');
663 :     $user = $user ? $user : "";
664 :     $org = $org ? $org : "";
665 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
666 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
667 :     return $link;
668 :     }
669 :    
670 : efrank 1.1 1

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