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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.16 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 :     use Carp;
4 :     use Data::Dumper;
5 :     use LWP::UserAgent;
6 :     use LWP::Simple;
7 :     use URI::URL;
8 :     use HTTP::Request::Common;
9 : olson 1.16 use POSIX;
10 : efrank 1.1
11 :     sub show_page {
12 :     my($cgi,$html,$no_home) = @_;
13 :     my $i;
14 :    
15 : olson 1.2 #
16 :     # Find the HTML header
17 :     #
18 :    
19 :     my $html_hdr_file = "./Html/html.hdr";
20 :     if (! -f $html_hdr_file)
21 :     {
22 :     $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.hdr";
23 :     }
24 :    
25 :     my $html_tail_file = "./Html/html.tail";
26 :     if (! -f $html_tail_file)
27 :     {
28 :     $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/html.tail";
29 :     }
30 :    
31 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
32 :     if (@html_hdr)
33 :     {
34 :     my $insert_stuff;
35 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
36 :     my $ver = $ver[0];
37 :     chomp $ver;
38 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
39 :     {
40 :     my $d = asctime(localtime($1));
41 :     chomp($d);
42 :     $ver .= " ($d)";
43 :     }
44 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
45 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
46 :    
47 :     for $_ (@html_hdr)
48 :     {
49 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
50 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
51 :     {
52 :     $_ = $insert_stuff;
53 :     }
54 :     }
55 :     }
56 :    
57 : olson 1.2
58 : efrank 1.1 print $cgi->header;
59 : golsen 1.5
60 :     #
61 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
62 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
63 :     # missing ones.
64 : golsen 1.5 #
65 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
66 : golsen 1.5 #
67 :    
68 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
69 :     basefont => 1,
70 :     html => 1,
71 :     isindex => 1,
72 :     link => 1,
73 :     meta => 1,
74 :     nextid => 1,
75 :     style => 1,
76 :     title => 1
77 :     );
78 :    
79 :     #
80 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
81 :     #
82 :    
83 :     my %body_tag = ( a => 1,
84 :     br => 1,
85 :     center => 1,
86 :     form => 1,
87 :     h1 => 1,
88 :     h2 => 1,
89 :     h3 => 1,
90 :     hr => 1,
91 :     img => 1,
92 :     p => 1,
93 :     pre => 1,
94 :     table => 1
95 :     );
96 :    
97 :     my $html_line = -1;
98 :     my $head_line = -1;
99 :     my $base_line = -1;
100 :     my $head_end_line = -1;
101 :     my $body_line = -1;
102 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
103 :     my $done = 0;
104 :    
105 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
106 :     {
107 :     # Some special cases:
108 :    
109 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
110 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
111 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
112 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
113 :    
114 :     # The content goes after this line:
115 :    
116 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
117 :     {
118 :     $body_line = $i;
119 :     $last;
120 :     }
121 :    
122 :     # Now the general case.
123 :     # Analyze all the html tags on the line:
124 :    
125 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
126 :     {
127 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
128 :     # after the last line with a head tag:
129 :    
130 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
131 :     {
132 :     $done = 1;
133 :     last;
134 :     }
135 :    
136 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
137 :    
138 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
139 :     {
140 :     $last_head_line = $i;
141 :     }
142 :     }
143 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
144 : efrank 1.1 }
145 : golsen 1.6
146 :     # Some sanity checks on structure:
147 :    
148 :     if ( 1 )
149 : efrank 1.1 {
150 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
151 : efrank 1.1 {
152 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
153 :     {
154 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
155 :     }
156 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
157 :     {
158 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
159 :     }
160 : efrank 1.1 }
161 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
162 : efrank 1.1 {
163 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
164 :     {
165 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
166 :     }
167 : efrank 1.1 }
168 :     }
169 :    
170 : golsen 1.6 #
171 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
172 :     #
173 :     # <BODY> goes after last head line
174 :     #
175 :    
176 :     if ( $body_line < 0 )
177 :     {
178 :     $body_line = $last_head_line + 1;
179 :     splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n" );
180 :     }
181 :    
182 :     #
183 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
184 :     #
185 :    
186 : olson 1.15 if (@html_hdr)
187 : golsen 1.6 {
188 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
189 : golsen 1.6 }
190 :    
191 :     #
192 :     # </HEAD> goes before <BODY>
193 :     #
194 :    
195 :     if ( $head_end_line < 0 )
196 :     {
197 :     $head_end_line = $body_line;
198 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
199 :     }
200 :    
201 :     #
202 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
203 :     #
204 :    
205 :     if ( $base_line < 0 )
206 :     {
207 :     #
208 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
209 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
210 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
211 :     # from $cgi_url. -- GJO
212 :     #
213 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
214 :     #
215 :     #
216 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
217 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
218 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
219 :     # {
220 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
221 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
222 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
223 :     # }
224 : golsen 1.6
225 :     $base_line = $head_end_line;
226 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
227 : golsen 1.6 }
228 :    
229 :     #
230 :     # <HTML> goes at the top of the output
231 :     #
232 :    
233 :     if ( $html_line < 0 )
234 :     {
235 :     $html_line = 0;
236 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
237 :     }
238 :    
239 :     #
240 :     # <HEAD> goes after <HTML>
241 :     #
242 :    
243 :     if ( $head_line < 0 )
244 :     {
245 :     $head_line = $html_line + 1;
246 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
247 :     }
248 :    
249 :     #
250 :     # Place FIG search link at bottom of page
251 :     #
252 :    
253 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
254 : efrank 1.1 if (! $no_home)
255 :     {
256 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
257 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
258 : efrank 1.1 }
259 :    
260 : golsen 1.6 #
261 :     # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
262 :     # or before </html>, or at end of page.
263 :     #
264 :    
265 :     my @tags = ();
266 :    
267 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
268 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
269 : efrank 1.1 {
270 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
271 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
272 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
273 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
274 : efrank 1.1 {
275 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
276 : efrank 1.1 }
277 :     }
278 : golsen 1.6
279 :     if ( @tail )
280 :     {
281 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
282 :     }
283 :     elsif ( @tags )
284 :     {
285 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
286 :     }
287 :    
288 : efrank 1.1 print @$html;
289 :     }
290 :    
291 :     sub make_table {
292 : overbeek 1.9 my($col_hdrs,$tab,$title) = @_;
293 : efrank 1.1 my(@tab);
294 :    
295 : golsen 1.6 push( @tab, "\n<table border>\n",
296 :     "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
297 :     "\t<tr>\n\t\t<th>"
298 :     . join( "</th>\n\t\t<th>", @$col_hdrs )
299 :     . "</th>\n\t</tr>\n"
300 :     );
301 : overbeek 1.9 my($i);
302 : efrank 1.1
303 : overbeek 1.3 my $row;
304 :     foreach $row (@$tab)
305 : efrank 1.1 {
306 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
307 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
308 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
309 :     );
310 : efrank 1.1 }
311 :     push(@tab,"</table>\n");
312 :     return join("",@tab);
313 :     }
314 :    
315 : overbeek 1.3 sub expand {
316 : overbeek 1.9 my($x) = @_;
317 : overbeek 1.3
318 : overbeek 1.9 if ($x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/)
319 : overbeek 1.3 {
320 : overbeek 1.9 return "\t\t<td $1>$2</td>";
321 : overbeek 1.3 }
322 :     else
323 :     {
324 : overbeek 1.9 return "\t\t<td>$x</td>";
325 : overbeek 1.3 }
326 :     }
327 :    
328 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
329 :     my($cgi,$x) = @_;
330 :     my($before,$match,$after);
331 :    
332 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
333 :     {
334 :     $before = $1;
335 :     $match = $2;
336 :     $after = $3;
337 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
338 :     }
339 :     return $x;
340 :     }
341 :    
342 : efrank 1.1 sub ec_link {
343 :     my($role) = @_;
344 :    
345 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
346 :     {
347 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
348 :     }
349 :     else
350 :     {
351 :     return $role;
352 :     }
353 :     }
354 :    
355 :     sub role_link {
356 :     my($cgi,$role) = @_;
357 :    
358 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
359 :     my $user = $cgi->param('user');
360 :     if (! $user) { $user = "" }
361 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
362 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
363 :     return "<a href=$link>$role</a>";
364 :     }
365 :    
366 : olson 1.13 #
367 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
368 :     # text of the link.
369 :     #
370 : efrank 1.1 sub fid_link {
371 :     my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
372 :     my($n);
373 :    
374 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
375 :     {
376 :     if ($local)
377 :     {
378 :     if ($1 eq "peg")
379 :     {
380 :     $n = $2;
381 :     }
382 :     else
383 :     {
384 :     $n = "$1.$2";
385 :     }
386 :     }
387 :     else
388 :     {
389 :     $n = $fid;
390 :     }
391 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
392 :     my $user = $cgi->param('user');
393 :     if (! $user) { $user = "" }
394 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
395 :     my $link = $cgi->url() . "?prot=$fid&user=$user$trans";
396 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
397 : olson 1.15 #
398 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
399 :     #
400 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
401 :    
402 : efrank 1.1 if ($just_url)
403 :     {
404 :     return $link;
405 :     }
406 :     else
407 :     {
408 :     return "<a href=$link>$n</a>";
409 :     }
410 :     }
411 :     return $fid;
412 :     }
413 :    
414 :     sub family_link {
415 :     my($family,$user) = @_;
416 :    
417 :     return $family;
418 :     }
419 :    
420 :     use URI::Escape;
421 :    
422 :     sub get_html {
423 :     my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
424 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
425 :    
426 :     $ua = new LWP::UserAgent;
427 :     $ua->timeout( 900 );
428 :    
429 :     if ($type =~/post/i)
430 :     {
431 :     $args = [];
432 :     foreach $x (@$kv_pairs)
433 :     {
434 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
435 :     }
436 :     my $request = POST $url, $args;
437 :     my $response = $ua->request($request);
438 :     $out = $response->content;
439 :     }
440 :     else
441 :     {
442 :     @args = ();
443 :     foreach $x (@$kv_pairs)
444 :     {
445 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
446 :     }
447 :    
448 :     if (@args > 0)
449 :     {
450 :     $url .= "?" . join("&",@args);
451 :     }
452 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
453 :     my $response = $ua->request($request);
454 :    
455 :     if ($response->is_success)
456 :     {
457 :     $out = $response->content;
458 :     }
459 :     else
460 :     {
461 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
462 :     }
463 :     }
464 :     # set up a document with proper eol characters
465 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
466 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
467 :    
468 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
469 :     # properly. Remove the header.
470 :    
471 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
472 :     if ($i < @output)
473 :     {
474 :    
475 :     splice(@output,0,$i);
476 :     }
477 :    
478 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
479 :     if ($i == @output)
480 :     {
481 :     $i = -1;
482 :     }
483 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
484 :     return @output;
485 :     }
486 :    
487 :     sub trim_output {
488 :     my($out) = @_;
489 :     my $i;
490 :    
491 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
492 :     splice(@$out,0,$i);
493 :    
494 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
495 :     if ($i == @$out)
496 :     {
497 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
498 :     if ($i == @$out)
499 :     {
500 :     $i = -1;
501 :     }
502 :     }
503 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
504 :     if ($j < @$out)
505 :     {
506 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
507 :     }
508 :    
509 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
510 :     if ($i == @$out)
511 :     {
512 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
513 :     }
514 :    
515 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
516 :     if ($j > 0)
517 :     {
518 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
519 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
520 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
521 :     }
522 :     }
523 :    
524 :     sub set_prot_links {
525 :     my($cgi,$x) = @_;
526 :     my($before,$match,$after);
527 :    
528 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
529 : efrank 1.1 {
530 :     $before = $1;
531 :     $match = $2;
532 :     $after = $3;
533 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
534 : efrank 1.1 }
535 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
536 : efrank 1.1 {
537 :     $before = $1;
538 :     $match = $2;
539 :     $after = $3;
540 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
541 : efrank 1.1 }
542 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
543 :     {
544 :     $before = $1;
545 :     $match = $2;
546 :     $after = $3;
547 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
548 :     }
549 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
550 : efrank 1.1 {
551 :     $before = $1;
552 :     $match = $2;
553 :     $after = $3;
554 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
555 : efrank 1.1 }
556 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
557 : efrank 1.1 {
558 :     $before = $1;
559 :     $match = $2;
560 :     $after = $3;
561 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
562 : efrank 1.1 }
563 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
564 :     {
565 :     $before = $1;
566 :     $match = $2;
567 :     $after = $3;
568 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
569 :     }
570 : efrank 1.1 return $x;
571 :     }
572 :    
573 :     sub gi_link {
574 :     my($cgi,$gi) = @_;
575 :    
576 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
577 :     {
578 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
579 :     }
580 :     return $gi;
581 :     }
582 :    
583 : overbeek 1.14 sub uni_link {
584 :     my($cgi,$uni) = @_;
585 :    
586 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
587 :     {
588 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
589 :     }
590 :     return $uni;
591 :     }
592 :    
593 : efrank 1.1 sub sp_link {
594 :     my($cgi,$sp) = @_;
595 :    
596 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
597 :     {
598 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
599 :     }
600 :     return $sp;
601 :     }
602 :    
603 :     sub pir_link {
604 :     my($cgi,$pir) = @_;
605 :    
606 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
607 :     {
608 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
609 :     }
610 :     return $pir;
611 :     }
612 :    
613 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
614 :     my($cgi,$kegg) = @_;
615 :    
616 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
617 :     {
618 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
619 :     }
620 :     return $kegg;
621 :     }
622 :    
623 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
624 :     my($cgi,$x) = @_;
625 :     my($before,$match,$after);
626 : efrank 1.1
627 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
628 :    
629 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
630 :     {
631 :     $before = $1;
632 :     $match = $2;
633 :     $after = $3;
634 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
635 :     }
636 :     return $x;
637 :     }
638 :    
639 :     sub map_link {
640 :     my($cgi,$map,$org) = @_;
641 :    
642 :     $user = $cgi->param('user');
643 :     $user = $user ? $user : "";
644 :     $org = $org ? $org : "";
645 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
646 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
647 :     return $link;
648 :     }
649 :    
650 : efrank 1.1 1

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