[Bio] / FigKernelPackages / FileIOFunctions.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FileIOFunctions.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.13, Fri May 7 18:51:30 2010 UTC revision 1.14, Thu May 13 05:05:19 2010 UTC
# Line 638  Line 638 
638          return $OriginalNumber;          return $OriginalNumber;
639  }  }
640    
 sub ConvertToSearchNames {  
         my ($InName) = @_;  
   
         if ($InName =~ m/-$/) {  
                 return $InName;  
         }  
   
         #I convert all names to lowercase to help with matching  
         $InName = lc($InName);  
         #I remove all spaces from all names to help with matching  
         $InName =~ s/\s//g;  
         $InName =~ s/,//g;  
         $InName =~ s/-//g;  
         $InName =~ s/_//g;  
         $InName =~ s/\(//g;  
         $InName =~ s/\)//g;  
         $InName =~ s/\[//g;  
         $InName =~ s/\]//g;  
         $InName =~ s/\://g;  
         $InName =~ s///g;  
         $InName =~ s/'//g;  
         $InName =~ s/\;//g;  
   
         my $NameOne = $InName;  
         $InName =~ s/icacid/ate/g;  
         if ($NameOne eq $InName) {  
                 return ($NameOne);  
         } else {  
                 return ($NameOne,$InName);  
         }  
 }  
   
 sub ConvertToNeutralFormula {  
         my ($NeutralFormula,$Charge) = @_;  
   
         if (!defined($NeutralFormula)) {  
                 $NeutralFormula = "";  
         } elsif ($NeutralFormula eq "H") {  
                 #Do nothing  
         } elsif (defined($Charge) && $Charge ne "0") {  
                 my $CurrentH = 0;  
                 if ($NeutralFormula =~ m/H(\d+)/) {  
                         $CurrentH = $1;  
                 } elsif ($NeutralFormula =~ m/H[A-Z]/ || $NeutralFormula =~ m/H$/) {  
                         $CurrentH = 1;  
                 }  
                 my $NewH = $CurrentH;  
                 if ($Charge >= $CurrentH) {  
                         $NewH = 0;  
                 } else {  
                         $NewH = $CurrentH - $Charge;  
                 }  
                 my $Replace = "H";  
                 if ($NewH > 1) {  
                         $Replace = "H".$NewH;  
                 } elsif ($NewH == 0) {  
                         $Replace = "";  
                 }  
                 if ($CurrentH == 0 && $NewH > 0) {  
                         $NeutralFormula .= "H";  
                         if ($NewH > 1) {  
                                 $NeutralFormula .= $NewH;  
                         }  
                 } elsif ($CurrentH == 1) {  
                         $NeutralFormula =~ s/H$/$Replace/;  
                         $NeutralFormula =~ s/H([A-Z])/$Replace$1/;  
                 } else {  
                         my $Match = "H".$CurrentH;  
                         $NeutralFormula =~ s/$Match/$Replace/;  
                 }  
         }  
   
         return $NeutralFormula;  
 }  
   
641  sub CountFileLines {  sub CountFileLines {
642          my ($filename) = @_;          my ($filename) = @_;
643          my $lines = 0;          my $lines = 0;
# Line 774  Line 699 
699          return ($StandardFormula,$CompareFormula);          return ($StandardFormula,$CompareFormula);
700  }  }
701    
   
   
702  sub ParseGPRFile {  sub ParseGPRFile {
703          my ($Filename,$ReactionData) = @_;          my ($Filename,$ReactionData) = @_;
704    

Legend:
Removed from v.1.13  
changed lines
  Added in v.1.14

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3