[Bio] / FigKernelPackages / FigGFF.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FigGFF.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Tue Mar 15 19:47:15 2005 UTC revision 1.3, Thu Mar 17 20:02:40 2005 UTC
# Line 69  Line 69 
69      my $contig_data;      my $contig_data;
70      my $linelength = $options->{linelength};      my $linelength = $options->{linelength};
71    
72        my $beg = $self->{options}->{beg};
73        my $end = $self->{options}->{end};
74    
75      my $fig = $self->{fig};      my $fig = $self->{fig};
76    
77      #      #
# Line 252  Line 255 
255              # gene: SO:0000704              # gene: SO:0000704
256              # cds: SO:0000316              # cds: SO:0000316
257              # protein:  NOT VALID: should be protein_coding_primary_transcript SO:0000120              # protein:  NOT VALID: should be protein_coding_primary_transcript SO:0000120
258              foreach my $type (keys %outputtype)  
259              {              #
260                  my ($id, $type)=($trunc{$type} . "." . $geneid, $type);              # For now, we will only output CDS features, and include
261                # the translation as an attribute (attribuute name is
262                # translation_id, value is a key that corresponds to a FASTA
263                # section at the end of the file).
264                #
265    
266                my $type = "cds";
267    
268                my $protein_id = "pro.$geneid";
269                my $cds_id = "cds.$geneid";
270    
271                  # we want to store some sequences to be output                  # we want to store some sequences to be output
272                  if ($outputfasta && $type eq "protein")              if ($outputfasta)
273                  {                  {
274                      my $addseq = $fig->get_translation($fid);                      my $addseq = $fig->get_translation($fid);
275    
# Line 265  Line 278 
278                      #                      #
279                      $addseq =~ s/(.{$linelength})/$1\n/g;                      $addseq =~ s/(.{$linelength})/$1\n/g;
280                      chomp($addseq);                      chomp($addseq);
281                      $fastasequences .= ">$id\n$addseq\n";                  $fastasequences .= ">$protein_id\n$addseq\n";
282                  }  
                 if ($outputfasta && $type eq "cds")  
                 {  
283                      my $addseq = uc($fig->dna_seq($genome, $fig->feature_location($fid)));                      my $addseq = uc($fig->dna_seq($genome, $fig->feature_location($fid)));
284                      $addseq =~ s/(.{$linelength})/$1\n/g; chomp($addseq);                      $addseq =~ s/(.{$linelength})/$1\n/g; chomp($addseq);
285                      $fastasequences .= ">$id\n$addseq\n";  
286                  }                  $fastasequences .= ">$cds_id\n$addseq\n";
287                  # correct the incorrect sofa term  
288                  if ($type eq "protein")                  $allnotes .= ";translation_id=$protein_id";
                 {  
                     $type = "SO:0000120";  
289                  }                  }
290    
291                  push (@{$contig_data->{$contig_key}},                  push (@{$contig_data->{$contig_key}},
292                        (join "\t",                        (join "\t",
293                         ($contig, "The SEED", $type, $start, $stop, ".", $strand, ".", "ID=$id;$allnotes")));                     ($contig, "The SEED", $type, $start, $stop, ".", $strand, ".", "ID=$cds_id;$allnotes")));
294              } # end the foreach my $type          }
         } # end the if type==peg  
295          elsif ($type eq "rna")          elsif ($type eq "rna")
296          {          {
297              $fid =~ /\.rna\.(\d+)/;              $fid =~ /\.rna\.(\d+)/;

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.3

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3