[Bio] / FigKernelPackages / FigFam.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FigFam.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.52, Thu May 17 12:42:28 2007 UTC revision 1.53, Sun May 20 02:53:33 2007 UTC
# Line 131  Line 131 
131    
132      if (@$pegsL < 2)      if (@$pegsL < 2)
133      {      {
134          if (-w "$dir/built") {          if (-w $dir) {
135              open( TMP, ">$dir/built") || die "Could not write-open $dir/built";              open( TMP, ">$dir/built") || die "Could not write-open $dir/built";
136              print TMP "1\n";              print TMP "1\n";
137              close(TMP) || die "Could not close $dir/built";              close(TMP) || die "Could not close $dir/built";
# Line 189  Line 189 
189          open(SIMS,">$dir/bounds.sims")          open(SIMS,">$dir/bounds.sims")
190              || die "could not open $dir/bounds.sims";              || die "could not open $dir/bounds.sims";
191    
192          foreach $peg (@$pegsL)          my($i,$n,$j,@sims,$req);
193            for ($i=0; ($i < @$pegsL); $i += 50)
194            {
195                $n = ((@$pegsL - $i) > 50) ? $i+49 : (@$pegsL - 1);
196                $req = [@$pegsL[$i..$n]];
197                @sims = sort { ($a->id1 cmp $b->id1)  } $fig->sims($req,50000,1.0e-10,"fig");
198                if (@sims == 0) { print STDERR "no similarities returned for ",join(",",@$req),"\n"; }
199    
200                if ($ENV{'DEBUG'})
201          {          {
202              my @sims = $fig->sims($peg,1000,1.0e-20,"fig");                  print STDERR "extracting similarities\n";
203              foreach my $sim (@sims)                  print STDERR &Dumper($req);
204                    foreach $_ (@sims) { print join("\t",($_->id1,$_->id2,$_->psc)),"\n";}
205                }
206    
207                for ($j=0; ($j < @sims); $j++)
208              {              {
209                    my $sim = $sims[$j];
210                  print SIMS join("\t",$sim->id1,                  print SIMS join("\t",$sim->id1,
211                                       $sim->id2,                                       $sim->id2,
212                                       $sim->bit_score,                                       $sim->bit_score,
213                                       scalar $fig->function_of($sim->id2)),"\n";                                       scalar $fig->function_of($sim->id2)),"\n";
214              }                  if (($j == $#sims) || ($sim->id1 ne $sims[$j+1]->id1))
215                    {
216              print SIMS "//\n";              print SIMS "//\n";
217          }          }
218                }
219            }
220          close(SIMS);          close(SIMS);
221      }      }
222    
# Line 218  Line 234 
234              my @sims = sort { $b->[2] <=> $a->[2] } map { [split(/\t/,$_)] } split(/\n/,$sims);              my @sims = sort { $b->[2] <=> $a->[2] } map { [split(/\t/,$_)] } split(/\n/,$sims);
235              if ($peg = $sims[0]->[0])              if ($peg = $sims[0]->[0])
236              {              {
237    #               print STDERR "processing $peg\n";
238                  my($i,$hits,$bad,$bad_sc,$last_good,$func2);                  my($i,$hits,$bad,$bad_sc,$last_good,$func2);
239                  for ($i=0, $hits=0, $bad="", $bad_sc=0, $last_good=1; ($i < @sims) && (! $bad); $i++)                  for ($i=0, $hits=0, $bad="", $bad_sc=0, $last_good=1; ($i < @sims) && (! $bad); $i++)
240                  {                  {
# Line 243  Line 260 
260                  {                  {
261                      print BOUNDS join("\t",($peg,$hits,$last_good,$bad,$bad_sc)),"\n";                      print BOUNDS join("\t",($peg,$hits,$last_good,$bad,$bad_sc)),"\n";
262                  }                  }
263                    else
264                    {
265    #                   print STDERR "    failed\n";
266                    }
267              }              }
268          }          }
269          close(BOUNDS);          close(BOUNDS);
# Line 389  Line 410 
410  #   }  #   }
411    
412      if ((! -s "$dir/built") && $fam->{bounds}) {      if ((! -s "$dir/built") && $fam->{bounds}) {
413          if (-w "$dir/built") {          if (-w $dir) {
414              open( TMP, ">$dir/built") || die "Could not write-open $dir/built";              open( TMP, ">$dir/built") || die "Could not write-open $dir/built";
415              print TMP "1\n";              print TMP "1\n";
416              close(TMP) || die "Could not close $dir/built";              close(TMP) || die "Could not close $dir/built";

Legend:
Removed from v.1.52  
changed lines
  Added in v.1.53

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3