[Bio] / FigKernelPackages / FigFam.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FigFam.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.50, Thu May 10 13:12:02 2007 UTC revision 1.51, Mon May 14 14:19:16 2007 UTC
# Line 317  Line 317 
317          }          }
318      }      }
319    
320      if ((-s "$dir/Split/set.sizes") && (! -s "$dir/built"))  #   if ((-s "$dir/Split/set.sizes") && (! -s "$dir/built"))
321      {  #   {
322          my @to_align = map { (($_ =~ /^(\d+)\t(\d+)/) && ($2 > 1)) ? $1 : () } `cat $dir/Split/set.sizes`;  #       my @to_align = map { (($_ =~ /^(\d+)\t(\d+)/) && ($2 > 1)) ? $1 : () } `cat $dir/Split/set.sizes`;
323          foreach my $n (@to_align)  #       foreach my $n (@to_align)
324          {  #       {
325              if (! -s "$dir/Split/$n.aln")  #           if (! -s "$dir/Split/$n.aln")
326              {  #           {
327                  system "runclustalw $dir/Split/$n";  #               system "runclustalw $dir/Split/$n";
328              }  #           }
329          }  #       }
330      }  #   }
331    
332      if ((-s $blast_file) && (! -s $rep_file) && (! -s "$dir/built"))      if ((-s $blast_file) && (! -s $rep_file) && (! -s "$dir/built"))
333      {      {
# Line 597  Line 597 
597      my($fig,$func,$func2,$id2,$fam) = @_;      my($fig,$func,$func2,$id2,$fam) = @_;
598    
599      my $i;      my $i;
600      if (&loose_same_func($func,$func2) || ($func eq $fig->function_of($id2))) { return 1 }      if ($func eq $fig->function_of($id2)) { return 1 }
601        my @roles = split(/(\s*;\s+)|( [\@\/] )/,$func2);
602        for ($i=0; ($i < @roles) && (! &in_sub($fig,$roles[$i],$fam)); $i++) {}
603        if ($i < @roles)  { return 0 }
604        if (&loose_same_func($func,$func2)) { return 1 }
605  #  #
606      my $funcI;      my $funcI;
607      if (defined($funcI = $fam->{ignorable_func}->{"$id2\t$func"}))      if (defined($funcI = $fam->{ignorable_func}->{"$id2\t$func"}))
# Line 617  Line 621 
621      return $fam->{ignorable_func}->{"$id2\t$func"}      return $fam->{ignorable_func}->{"$id2\t$func"}
622  }  }
623    
624    sub in_sub {
625        my($fig,$role,$fam) = @_;
626    
627        my $x;
628        if (! defined($x = $fam->{in_sub}->{$role}))
629        {
630            my @sub = grep { $fig->usable_subsystem($_) } $fig->role_to_subsystems($role);
631            $x = $fam->{in_sub}->{$role} = (@sub > 0);
632        }
633        return $x;
634    }
635    
636  =head3 member  =head3 member
637    

Legend:
Removed from v.1.50  
changed lines
  Added in v.1.51

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3