[Bio] / FigKernelPackages / FigFam.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FigFam.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.18, Wed Sep 13 23:20:54 2006 UTC revision 1.19, Sun Oct 1 22:19:24 2006 UTC
# Line 403  Line 403 
403      if ($ENV{'DEBUG'}) { print &Dumper([$self->family_id,$seq]) }      if ($ENV{'DEBUG'}) { print &Dumper([$self->family_id,$seq]) }
404    
405      my $query_ln = length($seq);      my $query_ln = length($seq);
406      open(BLAST,"blastall -i $FIG_Config::temp/tmp$$.fasta -d $dir/PEGs.fasta -m 8 -FF -p blastp | head -n 10 |")  
407          || die "could not open blast";      my @tmp = `blastall -i $FIG_Config::temp/tmp$$.fasta -d $dir/PEGs.fasta -m 8 -FF -p blastp`;
408      my $sims = [];  
409      my %seen;      my %seen;
410      my $should_be = 0;      my $should_be = 0;
411      my $yes = 0;      my $yes = 0;
# Line 414  Line 414 
414      my $ln1 = length($seq);      my $ln1 = length($seq);
415      my $good = 0;      my $good = 0;
416    
417      while (defined($_ = <BLAST>))      my $sims = [];
418        foreach $_ (@tmp)
419      {      {
420          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR $_ }          if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR $_ }
421          chop;          chop;
422    
423          my $sim = [split(/\t/,$_)];          my $sim = [split(/\t/,$_)];
424          my $peg = $sim->[1];          my $peg = $sim->[1];
425          next if (($_ = $ENV{'IGNORE'}) && (&FIG::genome_of($peg) eq $_)); # for debugging          next if (($_ = $ENV{'IGNORE'}) && (&FIG::genome_of($peg) eq $_)); # for debugging
# Line 437  Line 439 
439              push @$sim, $query_ln, $self->{peg_lengths}->{$peg};              push @$sim, $query_ln, $self->{peg_lengths}->{$peg};
440              bless $sim, 'Sim';              bless $sim, 'Sim';
441              push @$sims, $sim;              push @$sims, $sim;
442    
443              my $bounds = $self->{bounds}->{$peg};              my $bounds = $self->{bounds}->{$peg};
444              if ($bounds)              if ($bounds && (@$sims <= 10))
445              {              {
446                  if (($bit_score > $bounds->[1]) && ((! $bounds->[2]) || $bounds->[3] < $bit_score))                  if (($bit_score > $bounds->[1]) && ((! $bounds->[2]) || $bounds->[3] < $bit_score))
447                  {                  {
448                      if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "    yes - $peg\n" }                      if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "    yes - $peg\n" }
449                      $yes++;                      ++$yes;
450                      if ($yes > ($no+1)) { $good = 1 }                      if ($yes > ($no+1)) { $good = 1 }
451                  }                  }
452                  else                  else
453                  {                  {
454                      my $bad_func = $bounds->[2] ? $fig->function_of($bounds->[2]) : "";                      my $bad_func = $bounds->[2] ? $fig->function_of($bounds->[2]) : "";
455                      if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "    no - $peg ",join(",",@$bounds)," $bad_func\n" }                      if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR "    no - $peg ",join(",",@$bounds)," $bad_func\n" }
456                      $no++;                      ++$no;
457                  }                  }
458              }              }
459          }          }

Legend:
Removed from v.1.18  
changed lines
  Added in v.1.19

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3