[Bio] / FigKernelPackages / FigFam.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FigFam.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.10, Wed May 3 13:18:22 2006 UTC revision 1.11, Sun May 7 04:03:10 2006 UTC
# Line 302  Line 302 
302      return $fam;      return $fam;
303  }  }
304    
305    sub display {
306        my($self) = @_;
307    
308        my $fam_id   = $self->family_id;
309        my $fig      = $self->{fig};
310        my $fam_func = $self->family_function;
311        my $fam_dir  = $self->{dir};
312        my @pegs     = map { chomp; $_ } `cut -f2 $fam_dir/PEGs`;
313    
314        my $peg;
315        my @disp  = ( "ID:        $fam_id",
316                      "Function:  $fam_func",
317                      "Directory: $fam_dir",
318                      "PEGs:",
319                      map { $peg = $_; "    " . join("\t",($peg,
320                                                           $fig->genus_species(&FIG::genome_of($peg)),
321                                                           scalar $fig->function_of($_)))
322                          } @pegs
323                   );
324    
325        return join("\n", @disp) . "\n";
326    }
327    
328  sub ok_func {  sub ok_func {
329      my($fig,$func,$func2,$id2,$fam) = @_;      my($fig,$func,$func2,$id2,$fam) = @_;
330    
# Line 315  Line 338 
338      }      }
339    
340      my @sims = $fig->sims($id2,5,1.0e-30,"fig");      my @sims = $fig->sims($id2,5,1.0e-30,"fig");
341        if ($ENV{'DEBUG'}) { print STDERR &Dumper(\@sims) }
342      my($func3);      my($func3);
343      for ($i=0; ($i < @sims) && (defined($func3 = $fig->function_of($sims[$i]->id2))) &&      for ($i=0; ($i < @sims) && (defined($func3 = $fig->function_of($sims[$i]->id2))) &&
344                 (&FIG::hypo($func3) || &SameFunc::same_func($func,$func3)); $i++) {}                 (&FIG::hypo($func3) || &SameFunc::same_func($func,$func3)); $i++) {}

Legend:
Removed from v.1.10  
changed lines
  Added in v.1.11

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3