[Bio] / FigKernelPackages / FIGV.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGV.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.44, Thu Oct 11 18:30:52 2007 UTC revision 1.45, Thu Oct 11 18:59:14 2007 UTC
# Line 1724  Line 1724 
1724    
1725  }  }
1726    
1727    sub in_pch_pin_with
1728    {
1729        my($self, $peg1, $diverse) = @_;
1730    
1731        my @all = $self->in_pch_pin_with_and_evidence($peg1);
1732    
1733        if ($diverse)
1734        {
1735            return map { $_->[0] } grep { $_->[1] == 1 } @all;
1736        }
1737        else
1738        {
1739            return map { $_->[0] } @all;
1740        }
1741    }
1742    
1743    sub in_pch_pin_with_and_evidence
1744    {
1745        my($self,$peg1) = @_;
1746    
1747        my $fig     = $self->{_fig};
1748        my $newG    = $self->{_genome};
1749        my $newGdir = $self->{_orgdir};
1750    
1751        if ($peg1 !~ /^fig\|$newG\.peg/)
1752        {
1753            return $fig->in_pch_pin_with_and_evidence($peg1);
1754        }
1755    
1756        $self->load_coupling_index();
1757    
1758        my $evtie = $self->{_pch_ev_tie};
1759    
1760        my($key, $value, $st);
1761    
1762        my %max;
1763    
1764        $key = "$peg1$;";
1765        my $qkey = quotemeta($key);
1766        for ($st = $evtie->seq($key, $value, R_CURSOR); $st == 0 and $key =~ /^$qkey/; $st = $evtie->seq($key, $value, R_NEXT))
1767        {
1768    #       print "key=$key value=$value\n";
1769    
1770            my($peg3, $peg4, $iden3, $iden4, $rep) = split(/$;/, $value);
1771    
1772            if (exists($max{$peg3}))
1773            {
1774                $max{$peg3} = $rep if $rep > $max{$peg3};
1775            }
1776            else
1777            {
1778                $max{$peg3} = $rep;
1779            }
1780        }
1781    
1782        return map { [$_, $max{$_}] } keys %max;
1783    }
1784    
1785    
1786  sub load_coupling_index  sub load_coupling_index
1787  {  {
1788      my($self) = @_;      my($self) = @_;

Legend:
Removed from v.1.44  
changed lines
  Added in v.1.45

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3