[Bio] / FigKernelPackages / FIGV.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGV.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.22, Fri Mar 23 20:52:59 2007 UTC revision 1.23, Tue Apr 3 12:24:31 2007 UTC
# Line 1165  Line 1165 
1165      my $maxP    = $maxP ? $maxP : 1.0e-5;      my $maxP    = $maxP ? $maxP : 1.0e-5;
1166      $select     = $select ? $select : "all";      $select     = $select ? $select : "all";
1167    
1168        my $sims_file = "$newGdir/expanded_similarities";
1169      if (not ($peg =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/ && ($1 eq $newG)))      if (not ($peg =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/ && ($1 eq $newG)))
1170      {      {
1171          return $fig->sims($peg,$max,$maxP,$select);          my @relevant = grep { ($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)/) && ($1 ne $peg) && ($2 eq $peg) } `grep '$peg' $sims_file`;
1172            my @flips    = ();
1173            foreach $_ (@relevant)
1174            {
1175                chop;
1176                my($id1,$id2,$iden,$f1,$f2,$f3,$b1,$e1,$b2,$e2,$psc,$bsc,$ln1,$ln2) = split(/\t/,$_);
1177                push(@flips, bless ( [$id2,$id1,$iden,$f1,$f2,$f3,$b2,$e2,$b1,$e1,$psc,$bsc,$ln2,$ln1],'Sim'));
1178            }
1179            my @flips = sort { $b->bsc <=> $a->bsc } @flips;
1180            my @old = $fig->sims($peg,$max,$maxP,$select);
1181            my @old = sort { $b->bsc <=> $a->bsc } @old;
1182    
1183            my @merged = ();
1184            my $i1 = 0;
1185            my $i2 = 0;
1186            while (($i1 < @flips) || ($i2 < @old))
1187            {
1188                if (($i1 == @flips) || (($i2 < @old) && ($flips[$i1]->[11] < $old[$i2]->[11])))
1189                {
1190                    push(@merged,$old[$i2]);
1191                    $i2++;
1192                }
1193                else
1194                {
1195                    push(@merged,$flips[$i1]);
1196                    $i1++;
1197                }
1198            }
1199            return @merged;
1200      }      }
1201    
1202      $self->load_sims_index();      $self->load_sims_index();
     my $sims_file = "$newGdir/expanded_similarities";  
1203    
1204      my $info = $self->{_sims_index}->{$peg};      my $info = $self->{_sims_index}->{$peg};
1205    

Legend:
Removed from v.1.22  
changed lines
  Added in v.1.23

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3