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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 : olson 1.2 # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4 :     #
5 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
6 :     #
7 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9 :     # Public License.
10 :     #
11 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
13 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16 :     #
17 :    
18 :     #
19 : olson 1.1 # Package of simple fig utility fns. Names exported to calling namespace.
20 :     #
21 :    
22 :     package FIGUtilities;
23 :    
24 :     use base 'Exporter';
25 :    
26 :     @EXPORT = qw(
27 :     max
28 :     min
29 :     ftype
30 :     genome_of
31 :     );
32 :    
33 :    
34 :     sub max {
35 :     my(@x) = @_;
36 :     my($max,$i);
37 :    
38 :     (@x > 0) || return undef;
39 :     $max = $x[0];
40 :     for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
41 :     $max = ($max < $x[$i]) ? $x[$i] : $max;
42 :     }
43 :     return $max;
44 :     }
45 :    
46 :     sub min {
47 :     my(@x) = @_;
48 :     my($min,$i);
49 :    
50 :     (@x > 0) || return undef;
51 :     $min = $x[0];
52 :     for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
53 :     $min = ($min > $x[$i]) ? $x[$i] : $min;
54 :     }
55 :     return $min;
56 :     }
57 :     sub ftype {
58 :     my($feature_id) = @_;
59 :    
60 :     if ($feature_id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)/) {
61 :     return $1;
62 :     }
63 :     return undef;
64 :     }
65 :    
66 :     sub genome_of {
67 :     my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
68 :    
69 :     if ($prot_id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) { return $1; }
70 :     return undef;
71 :     }
72 :    
73 :    
74 :     1;

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