[Bio] / FigKernelPackages / FIGO.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGO.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Thu Feb 22 03:54:53 2007 UTC revision 1.6, Thu Feb 22 13:43:18 2007 UTC
# Line 882  Line 882 
882      my $fig  = $figO->{_fig};      my $fig  = $figO->{_fig};
883    
884      my @bbhs  = $fig->bbhs($self->id);      my @bbhs  = $fig->bbhs($self->id);
885      return map { my($peg2,$sc,$bs) = @$_; bless({ _peg1 => $self->id,      return map { my($peg2,$sc,$bs) = @$_; bless({ _figO => $figO,
886                                                      _peg1 => $self->id,
887                                                    _peg2 => $peg2,                                                    _peg2 => $peg2,
888                                                    _psc => $sc,                                                    _psc => $sc,
889                                                    _bit_score => $bs                                                    _bit_score => $bs
# Line 917  Line 918 
918  =cut  =cut
919    
920  sub new {  sub new {
921      my($class,$peg1,$peg2,$sc,$normalized_bitscore) = @_;      my($class,$figO,$peg1,$peg2,$sc,$normalized_bitscore) = @_;
922    
923      my $self = {};      my $self = {};
924        $self->{_figO}      = $figO;
925      $self->{_peg1}      = $peg1;      $self->{_peg1}      = $peg1;
926      $self->{_peg2}      = $peg2;      $self->{_peg2}      = $peg2;
927      $self->{_psc}       = $sc;      $self->{_psc}       = $sc;
# Line 935  Line 937 
937  sub peg1 {  sub peg1 {
938      my($self) = @_;      my($self) = @_;
939    
940      return $self->{_peg1};      my $figO = $self->{_figO};
941        return new FeatureO($figO,$self->{_peg1});
942  }  }
943    
944    =head3 peg2
   
 =head3 peg1  
945    
946  =cut  =cut
947    
948  sub peg2 {  sub peg2 {
949      my($self) = @_;      my($self) = @_;
950    
951      return $self->{_peg2};      my $figO = $self->{_figO};
952        return new FeatureO($figO,$self->{_peg2});
953  }  }
954    
955    

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.6

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3