[Bio] / FigKernelPackages / FIGO.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGO.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.33, Tue May 6 16:45:37 2008 UTC revision 1.34, Sat Aug 23 16:05:38 2008 UTC
# Line 124  Line 124 
124    
125      my $fig;      my $fig;
126      if (@argv) {      if (@argv) {
127          if (-d $argv[0]) {          print STDERR ("New FIGO using FIGV( ",
             print STDERR ("FIGO using FIGV, argv = ( ",  
128                            join(qq(, ), @argv),                            join(qq(, ), @argv),
129                            " )\n",                            " )\n",
130                            ) if $ENV{FIG_DEBUG};                            ) if $ENV{FIG_DEBUG};
# Line 133  Line 132 
132              $fig = FIGV->new(@argv);              $fig = FIGV->new(@argv);
133          }          }
134          else {          else {
135            print STDERR "FIGO using FIG with installed SEED orgs\n" if $ENV{FIG_DEBUG};
             if ($argv[0] =~ /sprout/io) {  
                 print STDERR "FIGO using SPROUT\n";  
                 $fig = SproutFIG->new($FIG_Config::sproutDB, $FIG_Config::sproutData);  
             }  
         }  
     }  
     else {  
         print STDERR "FIGO using FIG with installed orgs\n";  
136          $fig = FIG->new();          $fig = FIG->new();
137      }      }
138    
# Line 383  Line 374 
374  ########################################################################  ########################################################################
375  package GenomeO;  package GenomeO;
376  ########################################################################  ########################################################################
377    use Carp;
378  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
379    
380  =head1 GenomeO  =head1 GenomeO
# Line 463  Line 455 
455      my($self) = @_;      my($self) = @_;
456    
457      my $fig = $self->{_figO}->{_fig};      my $fig = $self->{_figO}->{_fig};
458        if (defined($fig)) {
459      return $fig->genus_species($self->{_id});      return $fig->genus_species($self->{_id});
460  }  }
461        else {
462            confess "Undefined FIG or FIGV\n", Dumper($self);
463        }
464    }
465    
466    
467    

Legend:
Removed from v.1.33  
changed lines
  Added in v.1.34

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3