[Bio] / FigKernelPackages / FIGO.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGO.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.27, Thu Oct 4 00:58:56 2007 UTC revision 1.28, Sat Oct 13 15:10:06 2007 UTC
# Line 1207  Line 1207 
1207      my $fig = $figO->{_fig};      my $fig = $figO->{_fig};
1208      my($tmp_dir) = $figO->{_tmp_dir};      my($tmp_dir) = $figO->{_tmp_dir};
1209    
1210        my $tmp_dna  = "$tmp_dir/tmp_dna.$$.fasta";
1211        my $tmp_prot = "$tmp_dir/tmp_prot.$$.fasta";
1212    
1213      #...Skip tests and return '0' if truncated...      #...Skip tests and return '0' if truncated...
1214      if (! $self->possibly_truncated)      if (! $self->possibly_truncated)
1215      {      {
# Line 1261  Line 1264 
1264                      if (defined($dna) && (length($dna) > 90))                      if (defined($dna) && (length($dna) > 90))
1265                      {                      {
1266                          #...Open tmp-file and write FASTA containing DNA subregion to be BLASTed:                          #...Open tmp-file and write FASTA containing DNA subregion to be BLASTed:
1267                          open( TMP, ">$tmp_dir/tmp_dna") || die "could not open tmp_dna";                          open( TMP, ">$tmp_dna") || die "could not open $tmp_dna";
1268                          print TMP  ">dna\n$dna\n";                          print TMP  ">dna\n$dna\n";
1269                          close(TMP);                          close(TMP);
1270    
# Line 1272  Line 1275 
1275                          my $prot  = $pegO2->prot_seq;                          my $prot  = $pegO2->prot_seq;
1276                          if (defined($prot) && (length($prot) > 30))                          if (defined($prot) && (length($prot) > 30))
1277                          {                          {
1278                              open( TMP, ">$tmp_dir/tmp_prot") || die "could not open tmp_prot";                              open( TMP, ">$tmp_prot") || die "could not open $tmp_prot";
1279                              print TMP  ">tmp_prot\n$prot\n";                              print TMP  ">tmp_prot\n$prot\n";
1280                              close(TMP);                              close(TMP);
1281    
1282                              #...Build BLAST nucleotide database for extracted DNA region,                              #...Build BLAST nucleotide database for extracted DNA region,
1283                              #   and TBLASTN $peg2 against the DNA:                              #   and TBLASTN $peg2 against the DNA:
1284                              &run("formatdb -i $tmp_dir/tmp_dna -pF");                              &run("formatdb -i $tmp_dna -pF");
1285                              open(BLAST,"blastall -i $tmp_dir/tmp_prot -d $tmp_dir/tmp_dna -p tblastn -FF -e 1.0e-20 |")                              open(BLAST,"blastall -i $tmp_prot -d $tmp_dna -p tblastn -FF -e 1.0e-20 |")
1286                                  || die "could not blast";                                  || die "could not blast";
1287    
1288                              #...Parse the TBLASTN output; find and sort HSPs by left boundary:                              #...Parse the TBLASTN output; find and sort HSPs by left boundary:
# Line 1300  Line 1303 
1303                              #   w/ gaps < 9 bp (but not a multiple of 3), suspect a possible frameshift:                              #   w/ gaps < 9 bp (but not a multiple of 3), suspect a possible frameshift:
1304                              if (&covers(\@prot,length($prot),3,0) && &covers(\@dna,3*length($prot),9,1))                              if (&covers(\@prot,length($prot),3,0) && &covers(\@dna,3*length($prot),9,1))
1305                              {                              {
1306                                    unlink($tmp_dna,$tmp_prot);
1307                                  return 1;                                  return 1;
1308                              }                              }
1309                          }                          }
# Line 1308  Line 1312 
1312              }              }
1313          }          }
1314      }      }
1315        unlink($tmp_dna,$tmp_prot);
1316      return 0;      return 0;
1317  }  }
1318    

Legend:
Removed from v.1.27  
changed lines
  Added in v.1.28

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3