[Bio] / FigKernelPackages / FIGO.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGO.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.22, Thu Apr 12 18:35:28 2007 UTC revision 1.23, Mon May 7 00:43:26 2007 UTC
# Line 72  Line 72 
72  use SproutFIG;  use SproutFIG;
73  use Tracer;  use Tracer;
74  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
75    use Carp;
76  use FigFams;  use FigFams;
77  use gjoparseblast;  use gjoparseblast;
78    
# Line 704  Line 705 
705  package FeatureO;  package FeatureO;
706  ########################################################################  ########################################################################
707  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
708    use Carp;
709    
710  =head1 FeatureO  =head1 FeatureO
711    
# Line 1189  Line 1191 
1191                      my $begA = &max(1, $beg - $adjL);                      my $begA = &max(1, $beg - $adjL);
1192                      my $endA = &min($end+$adjR, $contigO->contig_length);                      my $endA = &min($end+$adjR, $contigO->contig_length);
1193                      my $dna  = $contigO->dna_seq($begA,$endA);                      my $dna  = $contigO->dna_seq($begA,$endA);
1194                        if (defined($dna) && (length($dna) > 90))
1195                        {
1196                      #...Open tmp-file and write FASTA containing DNA subregion to be BLASTed:                      #...Open tmp-file and write FASTA containing DNA subregion to be BLASTed:
1197                      open( TMP, ">$tmp_dir/tmp_dna") || die "could not open tmp_dna";                      open( TMP, ">$tmp_dir/tmp_dna") || die "could not open tmp_dna";
1198                      print TMP  ">dna\n$dna\n";                      print TMP  ">dna\n$dna\n";
# Line 1200  Line 1203 
1203    
1204                      #...Fetch its translation, and print to tmp FASTA file for BLASTing:                      #...Fetch its translation, and print to tmp FASTA file for BLASTing:
1205                      my $prot  = $pegO2->prot_seq;                      my $prot  = $pegO2->prot_seq;
1206                            if (defined($prot) && (length($prot) > 30))
1207                            {
1208                      open( TMP, ">$tmp_dir/tmp_prot") || die "could not open tmp_prot";                      open( TMP, ">$tmp_dir/tmp_prot") || die "could not open tmp_prot";
1209                      print TMP  ">tmp_prot\n$prot\n";                      print TMP  ">tmp_prot\n$prot\n";
1210                      close(TMP);                      close(TMP);
# Line 1232  Line 1237 
1237              }              }
1238          }          }
1239      }      }
1240            }
1241        }
1242      return 0;      return 0;
1243  }  }
1244    
# Line 1262  Line 1269 
1269    
1270  sub run {  sub run {
1271      my($cmd) = @_;      my($cmd) = @_;
1272      (system($cmd) == 0) || Confess("FAILED: $cmd");      (system($cmd) == 0) || confess("FAILED: $cmd");
1273  }  }
1274    
1275    

Legend:
Removed from v.1.22  
changed lines
  Added in v.1.23

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3