[Bio] / FigKernelPackages / FIGO.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGO.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.13, Wed Feb 28 21:55:44 2007 UTC revision 1.14, Sun Mar 4 18:35:59 2007 UTC
# Line 1162  Line 1162 
1162                                       @{$db_seq_out->[6]};                                       @{$db_seq_out->[6]};
1163                      my @prot = map { [$_->[0],$_->[1]] } @hsps;                      my @prot = map { [$_->[0],$_->[1]] } @hsps;
1164                      my @dna  = map { [$_->[2],$_->[3]] } @hsps;                      my @dna  = map { [$_->[2],$_->[3]] } @hsps;
1165                      if (&covers(\@prot,length($prot),3) && &covers(\@dna,3*length($prot),9))                      if (&covers(\@prot,length($prot),3,0) && &covers(\@dna,3*length($prot),9,1))
1166                      {                      {
1167                          return 1;                          return 1;
1168                      }                      }
# Line 1276  Line 1276 
1276  =cut  =cut
1277    
1278  sub covers {  sub covers {
1279      my($hsps,$ln,$diff) = @_;      my($hsps,$ln,$diff,$must_shift) = @_;
1280    
1281      my $hsp1 = shift @$hsps;      my $hsp1 = shift @$hsps;
1282      my $hsp2;      my $hsp2;
1283      while ($hsp1 && ($hsp2 = shift @$hsps) && ($hsp1 = &merge($hsp1,$hsp2,$diff))) {}      while ($hsp1 && ($hsp2 = shift @$hsps) &&
1284               ($must_shift ? &diff_frames($hsp1,$hsp2) : 1) &&
1285               ($hsp1 = &merge($hsp1,$hsp2,$diff))) {}
1286      return ($hsp1 && (($hsp1->[1] - $hsp1->[0]) > (0.9 * $ln)));      return ($hsp1 && (($hsp1->[1] - $hsp1->[0]) > (0.9 * $ln)));
1287  }  }
1288    
1289    sub diff_frames {
1290        my($hsp1,$hsp2) = @_;
1291    
1292        return (($hsp1->[0] % 3) != ($hsp2->[0] % 3));
1293    }
1294    
1295  =head3 merge  =head3 merge
1296    

Legend:
Removed from v.1.13  
changed lines
  Added in v.1.14

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3