[Bio] / FigKernelPackages / FIGO.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGO.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Tue Nov 21 18:20:53 2006 UTC revision 1.2, Thu Nov 23 16:15:30 2006 UTC
# Line 324  Line 324 
324      return map { &AnnotationO::new('AnnotationO',@$_) } $fig->feature_annotations($self->id,1);      return map { &AnnotationO::new('AnnotationO',@$_) } $fig->feature_annotations($self->id,1);
325  }  }
326    
327    use Sim;
328    sub sims {
329        my($self,%args) = @_;
330    
331        my $figO = $self->{_figO};
332        my $fig  = $figO->{_fig};
333    
334        my $cutoff = $args{-cutoff} ? $args{-cutoff} : 1.0e-5;
335        my $all    = $args{-all}    ? $args{-all}    : "fig";
336        my $max    = $args{-max}    ? $args{-max}    : 10000;
337    
338        return $fig->sims($self->id,$max,$cutoff,$all);
339    }
340    
341    sub bbhs {
342        my($self) = @_;
343    
344        my $figO = $self->{_figO};
345        my $fig  = $figO->{_fig};
346    
347        my @bbhs  = $fig->bbhs($self->id);
348        return map { my($peg2,$sc,$bs) = @$_; bless({ _peg1 => $self->id,
349                                                      _peg2 => $peg2,
350                                                      _psc => $sc,
351                                                      _bit_score => $bs
352                                                    },'BBHO') } @bbhs;
353    }
354    
355  sub display {  sub display {
356      my($self) = @_;      my($self) = @_;
357    
# Line 332  Line 360 
360            $self->prot_seq,"\n";            $self->prot_seq,"\n";
361  }  }
362    
363    package BBHO;
364    
365    sub new {
366        my($class,$peg1,$peg2,$sc,$normalized_bitscore) = @_;
367    
368        my $self = {};
369        $self->{_peg1}      = $peg1;
370        $self->{_peg2}      = $peg2;
371        $self->{_psc}       = $sc;
372        $self->{_bit_score} = $normalized_bitscore
373    
374    }
375    
376    sub peg1 {
377        my($self) = @_;
378    
379        return $self->{_peg1};
380    }
381    
382    sub peg2 {
383        my($self) = @_;
384    
385        return $self->{_peg2};
386    }
387    
388    sub psc {
389        my($self) = @_;
390    
391        return $self->{_psc};
392    }
393    
394    sub norm_bitscore {
395        my($self) = @_;
396    
397        return $self->{_bit_score};
398    }
399    
400  package AnnotationO;  package AnnotationO;
401    
402  sub new {  sub new {

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3