[Bio] / FigKernelPackages / FIGMODELmodel.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGMODELmodel.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Mon Mar 8 19:53:15 2010 UTC revision 1.22, Mon Jul 26 04:51:24 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
 package FIGMODELmodel;  
1  use strict;  use strict;
2    package FIGMODELmodel;
3    
4  =head1 FIGMODELmodel object  =head1 FIGMODELmodel object
5  =head2 Introduction  =head2 Introduction
# Line 13  Line 13 
13          This is the constructor for the FIGMODELmodel object.          This is the constructor for the FIGMODELmodel object.
14  =cut  =cut
15  sub new {  sub new {
16          my ($class,$figmodel,$id) = @_;          my ($class,$figmodel,$id,$metagenome) = @_;
17          #Error checking first          #Error checking first
18          if (!defined($figmodel)) {          if (!defined($figmodel)) {
19                  print STDERR "FIGMODELmodel->new(undef,".$id."):figmodel must be defined to create a model object!\n";                  print STDERR "FIGMODELmodel->new(undef,".$id."):figmodel must be defined to create a model object!\n";
# Line 25  Line 25 
25                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,undef):id must be defined to create a model object");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,undef):id must be defined to create a model object");
26                  return undef;                  return undef;
27          }          }
   
28          #Checking that the id exists          #Checking that the id exists
29          my $tbl = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODELS");          if (!defined($metagenome) || $metagenome != 1) {
30          if (!defined($tbl)) {                  my $modelHandle = $self->figmodel()->database()->get_object_manager("model");
31                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not load MODELS table. Check database!");                  if (defined($modelHandle)) {
                 return undef;  
         }  
   
32          #If the id is a number, we get the model row by index          #If the id is a number, we get the model row by index
         my $index = $id;  
33          if ($id =~ m/^\d+$/) {          if ($id =~ m/^\d+$/) {
34                  $self->{_data} = $tbl->get_row($id);                                  my $objects = $modelHandle->get_objects();
35                                    if (defined($objects->[$id])) {
36                                            $self->{_data} = $objects->[$id];
37                                            $self->figmodel()->{_models}->{$id} = $self;
38                                    }
39          } else {          } else {
40                  $self->{_data} = $tbl->get_row_by_key($id,"id");                                  my $objects = $modelHandle->get_objects({id => $id});
41                  if (!defined($self->{_data})) {                                  if (defined($objects->[0])) {
42                          if ($id =~ m/(.+)(V[^V]+)/) {                                          $self->{_data} = $objects->[0];
43                                  $self->{_data} = $tbl->get_row_by_key($1,"id");                                  } elsif (!defined($objects->[0]) && $id =~ m/(.+)(V[^V]+)/) {
44                                            $objects = $modelHandle->get_objects({id => $1});
45                                            if (defined($objects->[0])) {
46                                                    $self->{_selectedversion} = $2;
47                                                    $self->{_data} = $objects->[0];
48                                            }
49                                    }
50                            }
51                    }
52                    if (defined($self->{_data})) {
53                            $self->{_modeltype} = "genome";
54                    }
55            }
56                                  if (!defined($self->{_data})) {                                  if (!defined($self->{_data})) {
57                                          $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find model ".$id." in database!");                  my $modelHandle = $self->figmodel()->database()->get_object_manager("mgmodel");
58                                          return undef;                  if (defined($modelHandle)) {
59                            #If the id is a number, we get the model row by index
60                            if ($id =~ m/^\d+$/) {
61                                    my $objects = $modelHandle->get_objects();
62                                    if (defined($objects->[$id])) {
63                                            $self->{_data} = $objects->[$id];
64                                            $self->figmodel()->{_models}->{"MG".$id} = $self;
65                                  }                                  }
                                 $self->{_selectedversion} = $2;  
66                          } else {                          } else {
67                                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find model ".$id." in database!");                                  my $objects = $modelHandle->get_objects({id => $id});
68                                  return undef;                                  if (defined($objects->[0])) {
69                                            $self->{_data} = $objects->[0];
70                                    } elsif (!defined($objects->[0]) && $id =~ m/(.+)(V[^V]+)/) {
71                                            $objects = $modelHandle->get_objects({id => $1});
72                                            if (defined($objects->[0])) {
73                                                    $self->{_selectedversion} = $2;
74                                                    $self->{_data} = $objects->[0];
75                                            }
76                          }                          }
77                  }                  }
78                  $index = $tbl->row_index($self->{_data});                  }
79                    if (defined($self->{_data})) {
80                            $self->{_modeltype} = "metagenome";
81                    }
82          }          }
83          if (!defined($self->{_data})) {          if (!defined($self->{_data})) {
84                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find specified id in database!");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find model ".$id." in database!");
85                  return undef;                  return undef;
86          }          }
         $self->{_index} = $index;  
87          $self->figmodel()->{_models}->{$self->id()} = $self;          $self->figmodel()->{_models}->{$self->id()} = $self;
         $self->figmodel()->{_models}->{$self->index()} = $self;  
   
88          return $self;          return $self;
89  }  }
90    
# Line 118  Line 141 
141  =cut  =cut
142  sub fig {  sub fig {
143          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
   
144          if (!defined($self->{_fig}) && $self->source() !~ /^MGRAST/) {          if (!defined($self->{_fig}) && $self->source() !~ /^MGRAST/) {
145                  if ($self->source() =~ /^RAST/) {                  if ($self->source() =~ /^RAST/) {
146                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();#$self->genome());                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();#$self->genome());
# Line 126  Line 148 
148                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();
149                  }                  }
150          }          }
   
151          return $self->{"_fig"};          return $self->{"_fig"};
152  }  }
153    
154    =head3 aquireModelLock
155    
156    Definition:
157    
158            FIGMODELmodel->aquireModelLock();
159    
160    Description:
161    
162            Locks the database for alterations relating to the current model object
163    
164    =cut
165    sub aquireModelLock {
166            my ($self) = @_;
167            $self->figmodel()->database()->genericLock($self->id());
168    }
169    
170    =head3 releaseModelLock
171    
172    Definition:
173    
174            FIGMODELmodel->releaseModelLock();
175    
176    Description:
177    
178            Unlocks the database for alterations relating to the current model object
179    
180    =cut
181    sub releaseModelLock {
182            my ($self) = @_;
183            $self->figmodel()->database()->genericUnlock($self->id());
184    }
185    
186  =head3 mgdata  =head3 mgdata
187  Definition:  Definition:
188          FIGMODEL = FIGMODELmodel->mgdata();          FIGMODEL = FIGMODELmodel->mgdata();
# Line 138  Line 191 
191  =cut  =cut
192  sub mgdata {  sub mgdata {
193          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
194            if (!defined($self->{_mgdata})) {
195          if (!defined($self->{_mgdata}) && $self->source() =~ /^MGRAST/) {                  my $mgrastdbhandle = $self->figmodel()->database()->get_object_manager("mgjob");
196                  require MGRAST;                  my $objects = $mgrastdbhandle->get_objects( { 'genome_id' => $self->genome() } );
197                  $self->{_mgdata} = $self->figmodel()->mgrast()->Job->get_objects( { 'genome_id' => $self->genome() } )                  $self->{_mgdata} = $objects->[0];
198          }          }
   
199          return $self->{_mgdata};          return $self->{_mgdata};
200  }  }
201    
# Line 155  Line 207 
207  =cut  =cut
208  sub id {  sub id {
209          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
210          return $self->{_data}->{id}->[0];          return $self->{_data}->id();
211  }  }
212    
213  =head3 owner  =head3 get_model_type
214  Definition:  Definition:
215          string = FIGMODELmodel->owner();          string = FIGMODELmodel->get_model_type();
216  Description:  Description:
217          Returns the username for the model owner          Returns the type of the model
218  =cut  =cut
219  sub owner {  sub get_model_type {
220          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
221          return $self->{_data}->{owner}->[0];          return $self->{_modeltype};
222  }  }
223    
224  =head3 index  =head3 owner
225  Definition:  Definition:
226          string = FIGMODELmodel->index();          string = FIGMODELmodel->owner();
227  Description:  Description:
228          Returns model index          Returns the username for the model owner
229  =cut  =cut
230  sub index {  sub owner {
231          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
232          return $self->{_index};          return $self->{_data}->owner();
233  }  }
234    
235  =head3 name  =head3 name
# Line 196  Line 248 
248                          if (defined($self->mgdata())) {                          if (defined($self->mgdata())) {
249                                  $self->{_name} = $self->mgdata()->genome_name;                                  $self->{_name} = $self->mgdata()->genome_name;
250                          }                          }
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_name} = $self->stats()->{'Organism name'}->[0];  
251                  } elsif ($source !~ /^RAST/) {                  } elsif ($source !~ /^RAST/) {
252                          $self->{_name} = $self->fig()->orgname_of_orgid($self->genome());                          $self->{_name} = $self->fig()->orgname_of_orgid($self->genome());
253                    } else {
254                            $self->{_name} = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome())->{NAME}->[0];
255                  }                  }
256          }          }
257    
258          return $self->{_name};          return $self->{_name};
259  }  }
260    
 =head3 stats  
 Definition:  
         string = FIGMODELmodel->stats();  
 Description:  
         Returns model stats  
 =cut  
 sub stats {  
         my ($self) = @_;  
   
         if (!defined($self->{_stats})) {  
                 $self->{_stats} = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODEL STATS")->get_row_by_key($self->id(),"Model ID");  
         }  
         return $self->{_stats};  
 }  
   
261  =head3 get_reaction_class  =head3 get_reaction_class
262  Definition:  Definition:
263          string = FIGMODELmodel->get_reaction_class(string::reaction ID);          string = FIGMODELmodel->get_reaction_class(string::reaction ID);
# Line 228  Line 265 
265          Returns reaction class          Returns reaction class
266  =cut  =cut
267  sub get_reaction_class {  sub get_reaction_class {
268          my ($self,$reaction,$nohtml) = @_;          my ($self,$reaction,$nohtml,$brief_flux) = @_;
269    
270          if (!-e $self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().".tbl") {          if (!-e $self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().".tbl") {
271                  if (!defined($self->{_reaction_classes})) {                  if (!defined($self->{_reaction_classes})) {
# Line 241  Line 278 
278                  my $ClassRow = $self->{_reaction_classes}->get_row_by_key($reaction,"REACTION");                  my $ClassRow = $self->{_reaction_classes}->get_row_by_key($reaction,"REACTION");
279                  if (defined($ClassRow) && defined($ClassRow->{CLASS})) {                  if (defined($ClassRow) && defined($ClassRow->{CLASS})) {
280                          my $class;                          my $class;
281                            my $min = $ClassRow->{MIN}->[0];
282                            my $max = $ClassRow->{MAX}->[0];
283                          if ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive") {                          if ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive") {
284                                  $class = "Essential =>";                                  $class = "Essential =>";
285                                    $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
286                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative") {
287                                  $class = "Essential <=";                                  $class = "Essential <=";
288                                    $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
289                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive variable") {
290                                  $class = "Active =>";                                  $class = "Active =>";
291                                    $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
292                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative variable") {
293                                  $class = "Active <=";                                  $class = "Active <=";
294                                    $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
295                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Variable") {
296                                  $class = "Active <=>";                                  $class = "Active <=>";
297                                    $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
298                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Blocked") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Blocked") {
299                                  $class = "Inactive";                                  $class = "Inactive";
300                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Dead") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Dead") {
301                                  $class = "Disconnected";                                  $class = "Disconnected";
302                          }                          }
303    
304                          if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {                          if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {
305                                  $class = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[0]." to ".$ClassRow->{MAX}->[0]."\">".$class."</span>";                                  $class = "<span title=\"Flux:".$min." to ".$max."\">".$class."</span>";
306                          }                          }
307    
308                          return $class;                          return $class;
309                  }                  }
310                  return undef;                  return undef;
# Line 279  Line 325 
325                                  $classstring .= "<br>";                                  $classstring .= "<br>";
326                          }                          }
327                          my $NewClass;                          my $NewClass;
328                            my $min = $ClassRow->{MIN}->[$i];
329                            my $max = $ClassRow->{MAX}->[$i];
330                          if ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive") {                          if ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive") {
331                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential =>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential =>";
332                                  if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
                                         $NewClass = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[$i]." to ".$ClassRow->{MAX}->[$i]."\">".$NewClass."</span>";  
                                 }  
333                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative") {
334                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential <=";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential <=";
335                                  if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
                                         $NewClass = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[$i]." to ".$ClassRow->{MAX}->[$i]."\">".$NewClass."</span>";  
                                 }  
336                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive variable") {
337                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active =>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active =>";
338                                  if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
                                         $NewClass = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[$i]." to ".$ClassRow->{MAX}->[$i]."\">".$NewClass."</span>";  
                                 }  
339                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative variable") {
340                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=";
341                                  if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
                                         $NewClass = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[$i]." to ".$ClassRow->{MAX}->[$i]."\">".$NewClass."</span>";  
                                 }  
342                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Variable") {
343                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=>";
344                                  if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
                                         $NewClass = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[$i]." to ".$ClassRow->{MAX}->[$i]."\">".$NewClass."</span>";  
                                 }  
345                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Blocked") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Blocked") {
346                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Inactive";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Inactive";
                                 if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {  
                                         $NewClass = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[$i]." to ".$ClassRow->{MAX}->[$i]."\">".$NewClass."</span>";  
                                 }  
347                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Dead") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Dead") {
348                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Disconnected";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Disconnected";
                                 if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {  
                                         $NewClass = "<span title=\"Flux:".$ClassRow->{MIN}->[$i]." to ".$ClassRow->{MAX}->[$i]."\">".$NewClass."</span>";  
349                                  }                                  }
350    
351                            if (!defined($nohtml) || $nohtml ne "1") {
352                                    $NewClass = "<span title=\"Flux:".$min." to ".$max."\">".$NewClass."</span>";
353                          }                          }
354                          $classstring .= $NewClass;                          $classstring .= $NewClass;
355                  }                  }
# Line 332  Line 368 
368    
369          if (!defined($self->{_biomass})) {          if (!defined($self->{_biomass})) {
370                  my $rxntbl = $self->reaction_table();                  my $rxntbl = $self->reaction_table();
371                    if (defined($rxntbl)) {
372                  for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {                  for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {
373                          if ($rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0] =~ m/bio\d\d\d\d\d/) {                          if ($rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0] =~ m/bio\d\d\d\d\d/) {
374                                  $self->{_biomass} = $rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0];                                  $self->{_biomass} = $rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0];
# Line 339  Line 376 
376                          }                          }
377                  }                  }
378          }          }
379            }
380    
381          return $self->get_reaction_data($self->{_biomass});          return $self->get_reaction_data($self->{_biomass});
382  }  }
# Line 351  Line 389 
389  =cut  =cut
390  sub get_reaction_data {  sub get_reaction_data {
391          my ($self,$reaction) = @_;          my ($self,$reaction) = @_;
   
392          if (!defined($self->reaction_table())) {          if (!defined($self->reaction_table())) {
393                  return undef;                  return undef;
394          }          }
395          if ($reaction =~ m/^\d+$/) {          if ($reaction =~ m/^\d+$/) {
396                  $self->reaction_table()->get_row($reaction);                  return $self->reaction_table()->get_row($reaction);
397          }          }
398          return $self->reaction_table()->get_row_by_key($reaction,"LOAD");          return $self->reaction_table()->get_row_by_key($reaction,"LOAD");
399  }  }
# Line 377  Line 414 
414          return $Data->{LOAD}->[0];          return $Data->{LOAD}->[0];
415  }  }
416    
417    =head3 load_model_table
418    
419    Definition: FIGMODELTable = FIGMODELmodel->load_model_table(string:table name,0/1:refresh the table));
420    
421    Description: Returns the table specified by the input filename. Table will be stored in a file in the model directory.
422    
423    =cut
424    sub load_model_table {
425            my ($self,$name,$refresh) = @_;
426            if (defined($refresh) && $refresh == 1) {
427                    delete $self->{"_".$name};
428            }
429            if (!defined($self->{"_".$name})) {
430                    my $tbldef = $self->figmodel()->config($name);
431                    if (!defined($tbldef)) {
432                            return undef;
433                    }
434                    my $itemDelim = "|";
435                    if (defined($tbldef->{itemdelimiter}->[0])) {
436                            $itemDelim = $tbldef->{itemdelimiter}->[0];
437                            if ($itemDelim eq "SC") {
438                                    $itemDelim = ";";
439                            }
440                    }
441                    my $columnDelim = "\t";
442                    if (defined($tbldef->{columndelimiter}->[0])) {
443                            $columnDelim = $tbldef->{columndelimiter}->[0];
444                            if ($columnDelim eq "SC") {
445                                    $columnDelim = ";";
446                            }
447                    }
448                    my $suffix = ".tbl";
449                    if (defined($tbldef->{filename_suffix}->[0])) {
450                            $suffix = $tbldef->{filename_suffix}->[0];
451                    }
452                    my $filename = $self->directory().$name."-".$self->id().$self->selected_version().$suffix;
453                    if (defined($tbldef->{filename_prefix}->[0])) {
454                            if ($tbldef->{filename_prefix}->[0] eq "NONE") {
455                                    $filename = $self->directory().$self->id().$self->selected_version().$suffix;
456                            } else {
457                                    $filename = $self->directory().$tbldef->{filename_prefix}->[0]."-".$self->id().$self->selected_version().$suffix;
458                            }
459                    }
460                    print STDERR "KeyTable:".$filename.".\n";
461                    if (-e $filename) {
462                            $self->{"_".$name} = $self->figmodel()->database()->load_table($filename,$columnDelim,$itemDelim,$tbldef->{headingline}->[0],$tbldef->{hashcolumns});
463                    } else {
464                            if (defined($tbldef->{prefix})) {
465                                    $self->{"_".$name} = FIGMODELTable->new($tbldef->{columns},$filename,$tbldef->{hashcolumns},$columnDelim,$itemDelim,join(@{$tbldef->{prefix}},"\n"));
466                            } else {
467                                    $self->{"_".$name} = FIGMODELTable->new($tbldef->{columns},$filename,$tbldef->{hashcolumns},$columnDelim,$itemDelim);
468                            }
469                    }
470            }
471            return $self->{"_".$name};
472    }
473    
474    =head3 create_table_prototype
475    
476    Definition:
477            FIGMODELTable::table = FIGMODELmodel->create_table_prototype(string::table);
478    Description:
479            Returns a empty FIGMODELTable with all the metadata associated with the input table name
480    
481    =cut
482    sub create_table_prototype {
483            my ($self,$TableName) = @_;
484            #Checking if the table definition exists in the FIGMODELconfig file
485            my $tbldef = $self->figmodel()->config($TableName);
486            if (!defined($tbldef)) {
487                    $self->figmodel()->error_message("FIGMODELdatabase:create_table_prototype:Definition not found for ".$TableName);
488                    return undef;
489            }
490            #Checking that this is a database table
491            if (!defined($tbldef->{tabletype}) || $tbldef->{tabletype}->[0] ne "ModelTable") {
492                    $self->figmodel()->error_message("FIGMODELdatabase:create_table_prototype:".$TableName." is not a model table!");
493                    return undef;
494            }
495            #Setting default values for table parameters
496            my $prefix;
497            if (defined($tbldef->{prefix})) {
498                    $prefix = join("\n",@{$self->config($TableName)->{prefix}})."\n";
499            }
500            my $itemDelim = "|";
501            if (defined($tbldef->{itemdelimiter}->[0])) {
502                    $itemDelim = $tbldef->{itemdelimiter}->[0];
503                    if ($itemDelim eq "SC") {
504                            $itemDelim = ";";
505                    }
506            }
507            my $columnDelim = "\t";
508            if (defined($tbldef->{columndelimiter}->[0])) {
509                    $columnDelim = $tbldef->{columndelimiter}->[0];
510                    if ($columnDelim eq "SC") {
511                            $columnDelim = ";";
512                    }
513            }
514            my $suffix = ".tbl";
515            if (defined($tbldef->{filename_suffix}->[0])) {
516                    $suffix = $tbldef->{filename_suffix}->[0];
517            }
518            my $filename = $self->directory().$TableName."-".$self->id().$self->selected_version().$suffix;
519            if (defined($tbldef->{filename_prefix}->[0])) {
520                    if ($tbldef->{filename_prefix}->[0] eq "NONE") {
521                            $filename = $self->directory().$self->id().$self->selected_version().$suffix;
522                    } else {
523                            $filename = $self->directory().$tbldef->{filename_prefix}->[0]."-".$self->id().$self->selected_version().$suffix;
524                    }
525            }
526            #Creating the table prototype
527            my $tbl = FIGMODELTable->new($tbldef->{columns},$filename,$tbldef->{hashcolumns},$columnDelim,$itemDelim,$prefix);
528            return $tbl;
529    }
530    
531  =head3 get_reaction_number  =head3 get_reaction_number
532  Definition:  Definition:
533          int = FIGMODELmodel->get_reaction_number();          int = FIGMODELmodel->get_reaction_number();
# Line 385  Line 536 
536  =cut  =cut
537  sub get_reaction_number {  sub get_reaction_number {
538          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
   
539          if (!defined($self->reaction_table())) {          if (!defined($self->reaction_table())) {
540                  return 0;                  return 0;
541          }          }
   
542          return $self->reaction_table()->size();          return $self->reaction_table()->size();
543  }  }
544    
# Line 400  Line 549 
549          Returns FIGMODELTable with the reaction list for the model          Returns FIGMODELTable with the reaction list for the model
550  =cut  =cut
551  sub reaction_table {  sub reaction_table {
552          my ($self) = @_;          my ($self,$clear) = @_;
553            if (defined($clear) && $clear == 1) {
554                    delete $self->{_reaction_table};
555            }
556            if (!defined($self->{_reaction_table})) {
557                    $self->{_reaction_table} = $self->load_model_table("ModelReactions",$clear);
558                    my $classTbl = $self->reaction_class_table();
559                    if (defined($classTbl)) {
560                            for (my $i=0; $i < $classTbl->size(); $i++) {
561                                    my $row = $classTbl->get_row($i);
562                                    if (defined($row->{REACTION})) {
563                                            my $rxnRow = $self->{_reaction_table}->get_row_by_key($row->{"REACTION"}->[0],"LOAD");
564                                            if (defined($row->{MEDIA})) {
565                                                    for (my $j=0; $j < @{$row->{MEDIA}};$j++) {
566                                                            my $class = "Active <=>";
567                                                            if ($row->{CLASS}->[$j] eq "Positive") {
568                                                                    $class = "Essential =>";
569                                                            } elsif ($row->{CLASS}->[$j] eq "Negative") {
570                                                                    $class = "Essential <=";
571                                                            } elsif ($row->{CLASS}->[$j] eq "Blocked") {
572                                                                    $class = "Inactive";
573                                                            } elsif ($row->{CLASS}->[$j] eq "Positive variable") {
574                                                                    $class = "Active =>";
575                                                            } elsif ($row->{CLASS}->[$j] eq "Negative variable") {
576                                                                    $class = "Active <=";
577                                                            } elsif ($row->{CLASS}->[$j] eq "Variable") {
578                                                                    $class = "Active <=>";
579                                                            } elsif ($row->{CLASS}->[$j] eq "Dead") {
580                                                                    $class = "Dead";
581                                                            }
582                                                            push(@{$rxnRow->{PREDICTIONS}},$row->{MEDIA}->[$j].":".$class);
583                                                    }
584                                            }
585                                    }
586                            }
587                    }
588            }
589            return $self->{_reaction_table};
590    }
591    
592          if (!defined($self->{_reaction_data})) {  =head3 essentials_table
593                  $self->{_reaction_data} = $self->figmodel()->database()->GetDBModel($self->id());  Definition:
594            FIGMODELTable = FIGMODELmodel->essentials_table();
595    Description:
596            Returns FIGMODELTable with the essential genes for the model
597    =cut
598    sub essentials_table {
599            my ($self,$clear) = @_;
600            my $tbl = $self->load_model_table("ModelEssentialGenes",$clear);
601            return $tbl;
602          }          }
603    
604          return $self->{_reaction_data};  =head3 model_history
605    Definition:
606            FIGMODELTable = FIGMODELmodel->model_history();
607    Description:
608            Returns FIGMODELTable with the history of model changes
609    =cut
610    sub model_history {
611            my ($self,$clear) = @_;
612            return $self->load_model_table("ModelHistory",$clear);
613  }  }
614    
615  =head3 reaction_class_table  =head3 feature_table
616  Definition:  Definition:
617          FIGMODELTable = FIGMODELmodel->reaction_class_table();          FIGMODELTable = FIGMODELmodel->feature_table();
618  Description:  Description:
619          Returns FIGMODELTable with the reaction class data, and creates the table file  if it does not exist          Returns FIGMODELTable with the feature list for the model
620  =cut  =cut
621  sub reaction_class_table {  sub feature_table {
622          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
623    
624          if (!defined($self->{_reaction_class_table})) {          if (!defined($self->{_feature_data})) {
625                  if (-e $self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl") {                  #Getting the genome feature list
626                          $self->{_reaction_class_table} = $self->figmodel()->database()->load_table($self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",";","|",0,["REACTION","CLASS","MEDIA"]);                  my $FeatureTable = $self->figmodel()->GetGenomeFeatureTable($self->genome());
627                    if (!defined($FeatureTable)) {
628                            print STDERR "FIGMODELmodel:feature_table:Could not get features for genome ".$self->genome()." in database!";
629                            return undef;
630                    }
631                    #Getting the reaction table for the model
632                    my $rxnTable = $self->reaction_table();
633                    if (!defined($rxnTable)) {
634                            print STDERR "FIGMODELmodel:feature_table:Could not get reaction table for model ".$self->id()." in database!";
635                            return undef;
636                    }
637                    #Cloning the feature table
638                    $self->{_feature_data} = $FeatureTable->clone_table_def();
639                    $self->{_feature_data}->add_headings(($self->id()."REACTIONS",$self->id()."PREDICTIONS"));
640                    for (my $i=0; $i < $rxnTable->size(); $i++) {
641                            my $Row = $rxnTable->get_row($i);
642                            if (defined($Row) && defined($Row->{"ASSOCIATED PEG"})) {
643                                    foreach my $GeneSet (@{$Row->{"ASSOCIATED PEG"}}) {
644                                            my $temp = $GeneSet;
645                                            $temp =~ s/\+/|/g;
646                                            $temp =~ s/\sAND\s/|/gi;
647                                            $temp =~ s/\sOR\s/|/gi;
648                                            $temp =~ s/[\(\)\s]//g;
649                                            my @GeneList = split(/\|/,$temp);
650                                            foreach my $Gene (@GeneList) {
651                                                    my $FeatureRow = $self->{_feature_data}->get_row_by_key("fig|".$self->genome().".".$Gene,"ID");
652                                                    if (!defined($FeatureRow)) {
653                                                            $FeatureRow = $FeatureTable->get_row_by_key("fig|".$self->genome().".".$Gene,"ID");
654                                                            if (defined($FeatureRow)) {
655                                                                    $self->{_feature_data}->add_row($FeatureRow);
656                                                            }
657                                                    }
658                                                    if (defined($FeatureRow)) {
659                                                            $self->{_feature_data}->add_data($FeatureRow,$self->id()."REACTIONS",$Row->{"LOAD"}->[0],1);
660                                                    }
661                                            }
662                                    }
663                            }
664                    }
665                    #Loading predictions
666                    my $esstbl = $self->essentials_table();
667                    for (my $i=0; $i < $self->{_feature_data}->size(); $i++) {
668                            my $Row = $self->{_feature_data}->get_row($i);
669                            if ($Row->{ID}->[0] =~ m/(peg\.\d+)/) {
670                                    my $gene = $1;
671                                    my @rows = $esstbl->get_rows_by_key($gene,"ESSENTIAL GENES");
672                                    my $mediahash;
673                                    for (my $j=0; $j < $esstbl->size(); $j++) {
674                                            $mediahash->{$esstbl->get_row($j)->{MEDIA}->[0]} = 0;
675                                    }
676                                    for (my $j=0; $j < @rows; $j++) {
677                                            $mediahash->{$rows[$j]->{MEDIA}->[0]} = 1;
678                                    }
679                                    my @mediaList = keys(%{$mediahash});
680                                    for (my $j=0; $j < @mediaList; $j++) {
681                                            if ($mediahash->{$mediaList[$j]} == 1) {
682                                                    push(@{$Row->{$self->id()."PREDICTIONS"}},$mediaList[$j].":essential");
683                  } else {                  } else {
684                          $self->{_reaction_class_table} = FIGMODELTable->new(["REACTION","MEDIA","CLASS","MIN","MAX"],$self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",["REACTION","CLASS","MEDIA"],";","|",undef);                                                  push(@{$Row->{$self->id()."PREDICTIONS"}},$mediaList[$j].":nonessential");
685                                            }
686                                    }
687                            }
688                    }
689                  }                  }
690            return $self->{_feature_data};
691          }          }
692    
693          return $self->{_reaction_class_table};  =head3 reaction_class_table
694    Definition:
695            FIGMODELTable = FIGMODELmodel->reaction_class_table();
696    Description:
697            Returns FIGMODELTable with the reaction class data, and creates the table file  if it does not exist
698    =cut
699    sub reaction_class_table {
700            my ($self,$clear) = @_;
701            return $self->load_model_table("ModelReactionClasses",$clear);
702  }  }
703    
704  =head3 compound_class_table  =head3 compound_class_table
# Line 436  Line 708 
708          Returns FIGMODELTable with the compound class data, and creates the table file  if it does not exist          Returns FIGMODELTable with the compound class data, and creates the table file  if it does not exist
709  =cut  =cut
710  sub compound_class_table {  sub compound_class_table {
711          my ($self) = @_;          my ($self,$clear) = @_;
712            return $self->load_model_table("ModelCompoundClasses",$clear);
         if (!defined($self->{_compound_class_table})) {  
                 if (-e $self->directory()."CompoundClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl") {  
                         $self->{_compound_class_table} = $self->figmodel()->database()->load_table($self->directory()."CompoundClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",";","|",0,["COMPOUND","CLASS","MEDIA"]);  
                 } else {  
                         $self->{_compound_class_table} = FIGMODELTable->new(["COMPOUND","MEDIA","CLASS","MIN","MAX"],$self->directory()."CompoundClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",["COMPOUND","CLASS","MEDIA"],";","|",undef);  
                 }  
         }  
   
         return $self->{_compound_class_table};  
713  }  }
714    
715  =head3 get_essential_genes  =head3 get_essential_genes
# Line 457  Line 720 
720  =cut  =cut
721  sub get_essential_genes {  sub get_essential_genes {
722          my ($self,$media) = @_;          my ($self,$media) = @_;
723            my $tbl = $self->essentials_table();
724          if (!defined($media)) {          my $row = $tbl->get_row_by_key($media,"MEDIA");
725                  $media = "Complete";          if (defined($row)) {
726                    return $row->{"ESSENTIAL GENES"};
727          }          }
728          if (!defined($self->{_essential_genes}->{$media})) {          return undef;
                 $self->{_essential_genes}->{$media} = undef;  
                 if (-e $self->directory()."EssentialGenes-".$self->id().$self->selected_version()."-".$media.".tbl") {  
                         $self->{_essential_genes}->{$media} = $self->figmodel()->database()->load_single_column_file($self->directory()."EssentialGenes-".$self->id().$self->selected_version()."-".$media.".tbl","");  
                 }  
         }  
   
         return $self->{_essential_genes}->{$media};  
729  }  }
730    
731  =head3 compound_table  =head3 compound_table
# Line 481  Line 738 
738          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
739    
740          if (!defined($self->{_compound_table})) {          if (!defined($self->{_compound_table})) {
741                  $self->{_compound_table} = $self->figmodel()->database()->GetDBModelCompounds($self->id());                  $self->{_compound_table} = $self->create_table_prototype("ModelCompounds");
742                    #Loading the reactions
743                    my $ReactionTable = $self->figmodel()->database()->get_table("REACTIONS");
744                    my $BiomassTable = $self->figmodel()->database()->get_table("BIOMASS");
745                    #Loading the model
746                    my $ModelTable = $self->reaction_table();
747                    #Checking that the tables were loaded
748                    if (!defined($ModelTable) || !defined($ReactionTable)) {
749                            return undef;
750                    }
751                    #Finding the biomass reaction
752                    for (my $i=0; $i < $ModelTable->size(); $i++) {
753                            my $ID = $ModelTable->get_row($i)->{"LOAD"}->[0];
754                            my $Row = $ReactionTable->get_row_by_key($ID,"DATABASE");
755                            my $IsBiomass = 0;
756                            if (!defined($Row)) {
757                                    $Row = $BiomassTable->get_row_by_key($ID,"DATABASE");
758                                    $IsBiomass = 1;
759                            }
760                            if (defined($Row->{"EQUATION"}->[0])) {
761                                    $_ = $Row->{"EQUATION"}->[0];
762                                    my @OriginalArray = /(cpd\d\d\d\d\d[\[\w]*)/g;
763                                    foreach my $Compound (@OriginalArray) {
764                                            my $ID = substr($Compound,0,8);
765                                            my $NewRow = $self->{_compound_table}->get_row_by_key($ID,"DATABASE",1);
766                                            if ($IsBiomass == 1) {
767                                                    $self->{_compound_table}->add_data($NewRow,"BIOMASS",$Row->{"DATABASE"}->[0],1);
768                                            }
769                                            if (length($Compound) > 8) {
770                                                    #print $Compound."\t".$Row->{"EQUATION"}->[0]."\t".$Row->{"DATABASE"}->[0]."\n";
771                                                    my $Compartment = substr($Compound,8,1);
772                                                    $self->{_compound_table}->add_data($NewRow,"COMPARTMENTS",$Compartment,1);
773                                                    $self->{_compound_table}->add_data($NewRow,"TRANSPORTERS",$Row->{"DATABASE"}->[0],1);
774                                            }
775                                    }
776                            }
777                    }
778          }          }
779    
780          return $self->{_compound_table};          return $self->{_compound_table};
# Line 489  Line 782 
782    
783  =head3 get_compound_data  =head3 get_compound_data
784  Definition:  Definition:
785          string = FIGMODELmodel->get_compound_data(string::compound ID);          {string:key=>[string]:values} = FIGMODELmodel->get_compound_data(string::compound ID);
786  Description:  Description:
787          Returns model compound data          Returns model compound data
788  =cut  =cut
# Line 500  Line 793 
793                  return undef;                  return undef;
794          }          }
795          if ($compound =~ m/^\d+$/) {          if ($compound =~ m/^\d+$/) {
796                  $self->compound_table()->get_row($compound);                  return $self->compound_table()->get_row($compound);
797          }          }
798          return $self->compound_table()->get_row_by_key($compound,"DATABASE");          return $self->compound_table()->get_row_by_key($compound,"DATABASE");
799  }  }
800    
801    =head3 get_feature_data
802    Definition:
803            {string:key=>[string]:values} = FIGMODELmodel->get_feature_data(string::feature ID);
804    Description:
805            Returns model feature data
806    =cut
807    sub get_feature_data {
808            my ($self,$feature) = @_;
809            if (!defined($self->feature_table())) {
810                    return undef;
811            }
812            if ($feature =~ m/^\d+$/) {
813                    return $self->feature_table()->get_row($feature);
814            }
815            if ($feature =~ m/(peg\.\d+)/) {
816                    $feature = $1;
817            }
818            return $self->feature_table()->get_row_by_key("fig|".$self->genome().".".$feature,"ID");
819    }
820    
821  =head3 genome  =head3 genome
822  Definition:  Definition:
823          string = FIGMODELmodel->genome();          string = FIGMODELmodel->genome();
# Line 513  Line 826 
826  =cut  =cut
827  sub genome {  sub genome {
828          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
829          return $self->{_data}->{genome}->[0];          return $self->{_data}->genome();
830  }  }
831    
832  =head3 source  =head3 source
# Line 524  Line 837 
837  =cut  =cut
838  sub source {  sub source {
839          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
840          return $self->{_data}->{source}->[0];          return $self->{_data}->source();
841  }  }
842    
843  =head3 rights  =head3 rights
# Line 535  Line 848 
848  =cut  =cut
849  sub rights {  sub rights {
850          my ($self,$username) = @_;          my ($self,$username) = @_;
   
851          if ($self->public()) {          if ($self->public()) {
852                  return 1;                  return 1;
853          }          }
# Line 543  Line 855 
855                  return 0;                  return 0;
856          }          }
857          if (!defined($self->{_userrights}->{$username})) {          if (!defined($self->{_userrights}->{$username})) {
858                  if (defined($self->{_data}->{master})) {                  $self->{_userrights}->{$self->{_data}->owner()} = 1;
859                          for (my $i=0; $i < @{$self->{_data}->{master}};$i++) {                  my @users = split(/\|/,$self->{_data}->users());
860                                  $self->{_userrights}->{$self->{_data}->{master}->[$i]} = 1;                  for (my $i=0; $i < @users;$i++) {
861                          }                          $self->{_userrights}->{$users[$i]} = 1;
                 }  
                 if (defined($self->{_data}->{users})) {  
                         for (my $i=0; $i < @{$self->{_data}->{users}};$i++) {  
                                 $self->{_userrights}->{$self->{_data}->{users}->[$i]} = 1;  
                         }  
862                  }                  }
863          }          }
864          return $self->{_userrights}->{$username};          return $self->{_userrights}->{$username};
# Line 565  Line 872 
872  =cut  =cut
873  sub public {  sub public {
874          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
875            if ($self->{_data}->users() eq "all") {
876          if (!defined($self->{_public})) {                  return 1;
                 $self->{_public} = 0;  
                 if (defined($self->{_data}->{users}->[0]) && $self->{_data}->{users}->[0] eq "all") {  
                         $self->{_public} = 1;  
                 }  
877          }          }
878          return $self->{_public};          return 0;
879  }  }
880    
881  =head3 directory  =head3 directory
# Line 591  Line 894 
894                  }                  }
895                  my $source = $self->source();                  my $source = $self->source();
896                  if ($source =~ /^MGRAST/) {                  if ($source =~ /^MGRAST/) {
897                          $self->{_directory} = $self->figmodel()->config("organism directory")->[0].$userdirectory.$self->genome()."/";                          $self->{_directory} = $self->figmodel()->config("mgrast model directory")->[0].$userdirectory.$self->genome()."/";
898                  } elsif ($source =~ /^RAST/) {                  } elsif ($source =~ /^RAST/) {
899                          $self->{_directory} = $self->figmodel()->config("organism directory")->[0].$userdirectory.$self->genome()."/";                          $self->{_directory} = $self->figmodel()->config("organism directory")->[0].$userdirectory.$self->genome()."/";
900                  } elsif ($source =~ /^SEED/) {                  } elsif ($source =~ /^SEED/) {
# Line 620  Line 923 
923          return $self->directory().$self->id().$self->selected_version().".txt";          return $self->directory().$self->id().$self->selected_version().".txt";
924  }  }
925    
 =head3 set_metagenome_stats  
 Definition:  
         string = FIGMODELmodel->set_metagenome_stats();  
 Description:  
         Sets the values of many model stats for a metagenome  
 =cut  
 sub set_metagenome_stats {  
         my ($self) = @_;  
   
         $self->{_total_compounds} = 0;  
         if (defined($self->compound_table())) {  
                 $self->{_total_compounds} = $self->compound_table()->size();  
         }  
         $self->{_gene_reactions} = 0;  
         $self->{_gapfilling_reactions} = 0;  
         $self->{_model_genes} = 0;  
         $self->{_total_reactions} = 0;  
         if (defined($self->reaction_table())) {  
                 $self->{_total_reactions} = $self->reaction_table()->size();  
                 my $tbl = $self->reaction_table();  
                 my $spontaneous = 0;  
                 for (my $i=0; $i < $tbl->size(); $i++) {  
                         my $row = $tbl->get_row($i);  
                         if (!defined($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0]) || $row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] !~ m/peg/) {  
                                 if ($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/SPONTANEOUS/) {  
                                         $spontaneous++;  
                                 } else {  
                                         $self->{_gapfilling_reactions}++;  
                                 }  
                         } else {  
                                 for (my $j=0; $j < @{$row->{"CONFIDENCE"}}; $j++) {  
                                         my @ecores = split(/;/,$row->{"CONFIDENCE"}->[$j]);  
                                         $self->{_model_genes} += @ecores;  
                                 }  
                         }  
                 }  
                 $self->{_gene_reactions} = $tbl->size() - $spontaneous - $self->{_gapfilling_reactions};  
         }  
 }  
   
926  =head3 version  =head3 version
927  Definition:  Definition:
928          string = FIGMODELmodel->version();          string = FIGMODELmodel->version();
# Line 671  Line 934 
934    
935          if (!defined($self->{_version})) {          if (!defined($self->{_version})) {
936                  if (!defined($self->{_selectedversion})) {                  if (!defined($self->{_selectedversion})) {
937                          if (defined($self->stats())) {                          $self->{_version} = "V".$self->{_data}->version().".".$self->{_data}->autocompleteVersion();
                                 $self->{_version} = "V".$self->stats()->{"Version"}->[0].".".$self->stats()->{"Gap fill version"}->[0];  
                         }  
938                  } else {                  } else {
939                          $self->{_version} = $self->{_selectedversion};                          $self->{_version} = $self->{_selectedversion};
940                  }                  }
# Line 704  Line 965 
965  =cut  =cut
966  sub modification_time {  sub modification_time {
967          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
968          if (!defined($self->{_modification_time})) {          return $self->{_data}->modificationDate();
                 my $stats = $self->stats();  
                 if (defined($stats)) {  
                         $self->{_modification_time} = 0;  
                         if (defined($stats->{"Build date"}->[0]) && $self->{_modification_time} < $stats->{"Build date"}->[0]) {  
                                 $self->{_modification_time} = $stats->{"Build date"}->[0];  
                         } elsif (defined($stats->{"Gap fill date"}->[0]) && $self->{_modification_time} < $stats->{"Gap fill date"}->[0]) {  
                                 $self->{_modification_time} = $stats->{"Gap fill date"}->[0];  
                         }  
                 } else {  
                         $self->{_modification_time} = 0;  
                 }  
         }  
         return $self->{_modification_time};  
969  }  }
970    
971  =head3 gene_reactions  =head3 gene_reactions
# Line 728  Line 976 
976  =cut  =cut
977  sub gene_reactions {  sub gene_reactions {
978          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
979            return ($self->{_data}->reactions() - $self->{_data}->autoCompleteReactions() - $self->{_data}->spontaneousReactions() - $self->{_data}->gapFillReactions());
         if (!defined($self->{_gene_reactions})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_gene_reactions} = $self->total_reactions() - $self->gapfilling_reactions() - $self->stats()->{'Spontaneous'}->[0] - $self->stats()->{'Growmatch reactions'}->[0] - $self->stats()->{'Biolog gap filling reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_gene_reactions};  
980  }  }
981    
982  =head3 total_compounds  =head3 total_compounds
# Line 747  Line 987 
987  =cut  =cut
988  sub total_compounds {  sub total_compounds {
989          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
990            return $self->{_data}->compounds();
         if (!defined($self->{_total_compounds})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_total_compounds} = $self->stats()->{'Metabolites'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_total_compounds};  
991  }  }
992    
993  =head3 gapfilling_reactions  =head3 gapfilling_reactions
# Line 766  Line 998 
998  =cut  =cut
999  sub gapfilling_reactions {  sub gapfilling_reactions {
1000          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1001            return ($self->{_data}->autoCompleteReactions()+$self->{_data}->gapFillReactions());
         if (!defined($self->{_gapfilling_reactions})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_gapfilling_reactions} = $self->stats()->{'Gap filling reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_gapfilling_reactions};  
1002  }  }
1003    
1004  =head3 total_reactions  =head3 total_reactions
# Line 785  Line 1009 
1009  =cut  =cut
1010  sub total_reactions {  sub total_reactions {
1011          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1012            return $self->{_data}->reactions();
         if (!defined($self->{_total_reactions})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_total_reactions} = $self->stats()->{'Number of reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_total_reactions};  
1013  }  }
1014    
1015  =head3 model_genes  =head3 model_genes
# Line 804  Line 1020 
1020  =cut  =cut
1021  sub model_genes {  sub model_genes {
1022          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1023            return $self->{_data}->associatedGenes();
         if (!defined($self->{_model_genes})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_model_genes} = $self->stats()->{'Genes with reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_model_genes};  
1024  }  }
1025    
1026  =head3 class  =head3 class
# Line 823  Line 1031 
1031  =cut  =cut
1032  sub class {  sub class {
1033          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1034            return $self->{_data}->cellwalltype();
1035    }
1036    
1037          if (!defined($self->{_class})) {  sub autocompleteMedia {
1038                  if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {          my ($self,$newMedia) = @_;
1039                          $self->{_class} = "Other";          return $self->{_data}->autoCompleteMedia($newMedia);
1040                  } elsif (defined($self->stats())) {  }
1041                          $self->{_class} = $self->stats()->{Class}->[0];  
1042    sub biomassReaction {
1043            my ($self,$newBiomass) = @_;
1044            if (!defined($newBiomass)) {
1045                    return $self->{_data}->biomassReaction();
1046            } else {
1047                    #Figuring out what the old biomass is
1048                    my $oldBiomass = $self->{_data}->biomassReaction();
1049                    if ($newBiomass ne $oldBiomass) {
1050                            #Figuring out if the new biomass exists
1051                            my $handle = $self->database()->get_object_manager("bof");
1052                            my $objects = $handle->get_objects({"DATABASE" => [$newBiomass]});
1053                            if (!defined($objects) || !defined($objects->[0])) {
1054                                    print STDERR "Could not find new biomass reaction ".$newBiomass."\n";
1055                                    return $oldBiomass;
1056                            }
1057                            #Changing the biomass reaction in the model file
1058                            my $rxnTbl = $self->reaction_table();
1059                            for (my $i=0; $i < $rxnTbl->size(); $i++) {
1060                                    my $row = $rxnTbl->get_row($i);
1061                                    if ($row->{LOAD}->[0] =~ m/^bio/) {
1062                                            $row->{LOAD}->[0] = $newBiomass;
1063                                    }
1064                            }
1065                            $rxnTbl->save();
1066                            #Changing the biomass reaction in the database
1067                            return  $self->{_data}->biomassReaction($newBiomass);
1068                  }                  }
1069          }          }
         return $self->{_class};  
1070  }  }
1071    
1072  =head3 taxonomy  =head3 taxonomy
# Line 899  Line 1134 
1134                          if (defined($self->mgdata())) {                          if (defined($self->mgdata())) {
1135                                  $self->{_genome_genes} = $self->mgdata()->genome_contig_count;                                  $self->{_genome_genes} = $self->mgdata()->genome_contig_count;
1136                          }                          }
1137                  } elsif (defined($self->stats())) {                  } else {
1138                          $self->{_genome_genes} = $self->stats()->{'Total genes'}->[0];                          $self->{_genome_genes} = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome())->{"TOTAL GENES"}->[0];
1139                  }                  }
1140          }          }
1141    
# Line 917  Line 1152 
1152    
1153          #Assuming complete media if none is provided          #Assuming complete media if none is provided
1154          if (!defined($Media)) {          if (!defined($Media)) {
1155                  $Media = "Complete";                  $Media = $self->autocompleteMedia();
1156          }          }
1157    
1158          #Predicting essentiality          #Predicting essentiality
1159          my $result = $self->figmodel()->RunFBASimulation($self->id(),"SINGLEKO",undef,undef,[$self->id()],[$Media]);          my $result = $self->figmodel()->RunFBASimulation($self->id(),"SINGLEKO",undef,undef,[$self->id()],[$Media]);
1160          #Checking that the table is defined and the output file exists          #Checking that the table is defined and the output file exists
1161          if (defined($result) && defined($result->get_row(0)->{"ESSENTIALGENES"})) {          if (defined($result) && defined($result->get_row(0)->{"ESSENTIALGENES"})) {
1162                  $self->figmodel()->database()->print_array_to_file($self->directory()."EssentialGenes-".$self->id()."-".$Media.".tbl",[join("\n",@{$result->get_row(0)->{"ESSENTIALGENES"}})]);                  my $tbl = $self->essentials_table();
1163                    my $row = $tbl->get_row_by_key($Media,"MEDIA",1);
1164                    $row->{"ESSENTIAL GENES"} = $result->get_row(0)->{"ESSENTIALGENES"};
1165                    $tbl->save();
1166          } else {          } else {
1167                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel:run_default_model_predictions:could not identify essential reactions for model ".$self->id().$self->selected_version().".");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel:run_default_model_predictions:could not identify essential reactions for model ".$self->id().$self->selected_version().".");
1168                  return $self->figmodel()->fail();                  return $self->figmodel()->fail();
# Line 941  Line 1179 
1179          return $self->figmodel()->success();          return $self->figmodel()->success();
1180  }  }
1181    
 =head3 save_obsolete_stats  
 Definition:  
         FIGMODELmodel->save_obsolete_stats();  
 Description:  
 =cut  
 sub save_obsolete_stats {  
         my ($self) = @_;  
   
         #checking if stats exists  
         my $stats = $self->stats();  
         if (defined($stats)) {  
                 $stats->{"Model ID"}->[0] = $self->id()."V".$stats->{"Version"}->[0].".".$stats->{"Gap fill version"}->[0];  
                 $self->figmodel()->database()->update_row("OBSOLETE MODEL STATS",$stats,"Model ID");  
                 $stats->{"Model ID"}->[0] = $self->id();  
         }  
 }  
   
1182  =head3 update_stats_for_gap_filling  =head3 update_stats_for_gap_filling
1183  Definition:  Definition:
1184          {string => [string]} = FIGMODELmodel->update_stats_for_gap_filling(int::gapfill time);          {string => [string]} = FIGMODELmodel->update_stats_for_gap_filling(int::gapfill time);
# Line 965  Line 1186 
1186  =cut  =cut
1187  sub update_stats_for_gap_filling {  sub update_stats_for_gap_filling {
1188          my ($self,$gapfilltime) = @_;          my ($self,$gapfilltime) = @_;
1189            $self->{_data}->autoCompleteTime($gapfilltime);
1190          #preserving the stats for the now obselete model          $self->{_data}->autocompleteDate(time());
1191          $self->save_obsolete_stats();          $self->{_data}->modificationDate(time());
1192          my $stats = $self->update_model_stats(0);          my $version = $self->{_data}->autocompleteVersion();
1193          $stats->{"Gap filling time"}->[0] = $gapfilltime;          $self->{_data}->autocompleteVersion($version+1);
1194          $stats->{"Gap fill date"}->[0] = time();          $self->update_model_stats();
         if (!defined($stats->{"Gap fill version"}->[0])) {  
                 $stats->{"Gap fill version"}->[0] = 0;  
         }  
         $stats->{"Gap fill version"}->[0]++;  
   
         #Updating the stats stored in the table  
         $self->figmodel()->database()->update_row("MODEL STATS",$stats,"Model ID");  
         return $stats;  
1195  }  }
1196    
1197  =head3 update_stats_for_build  =head3 update_stats_for_build
# Line 988  Line 1201 
1201  =cut  =cut
1202  sub update_stats_for_build {  sub update_stats_for_build {
1203          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1204            $self->{_data}->builtDate(time());
1205          #preserving the stats for the now obselete model          $self->{_data}->modificationDate(time());
1206          $self->save_obsolete_stats();          my $version = $self->{_data}->version();
1207          my $stats = $self->update_model_stats(0);          $self->{_data}->version($version+1);
         $stats->{"Build date"}->[0] = time();  
         if (!defined($stats->{"Version"}->[0])) {  
                 $stats->{"Version"}->[0] = 0;  
         }  
         $stats->{"Version"}->[0]++;  
   
         #Updating the stats stored in the table  
         $self->figmodel()->database()->update_row("MODEL STATS",$stats,"Model ID");  
         return $stats;  
1208  }  }
1209    
1210  =head3 update_model_stats  =head3 update_model_stats
# Line 1019  Line 1223 
1223          }          }
1224          my $cpdtbl = $self->compound_table();          my $cpdtbl = $self->compound_table();
1225    
1226          #Creating empty status row          #Calculating all necessary stats
         my $CurrentStats = {"Genes with reactions" => [0],  
                                                  "Metabolites" => [$cpdtbl->size()],  
                                                  "Growmatch reactions" => [0],  
                                                  "Spontaneous" => [0],  
                                                  "Biolog gap filling reactions" => [0],  
                                                  "Number of reactions" => [$rxntbl->size()],  
                                                  "Transport reaction"=>[0],  
                                                  "Gap filling reactions" => [0],  
                                                  "Model ID" => [$self->id()],  
                                                  "Subsystem genes with reactions" => [0],  
                                                  "Nonsubsystem genes with reactions" => [0],  
                                                  Version => [0],  
                                                  "Gap fill version" => [0],  
                                                  Source => [$self->source()],  
                                                  "Genes with one reaction" => [0],  
                                                  "Genome ID" => [$self->genome()]};  
   
         my $genomestats = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome());  
         if (defined($genomestats)) {  
                 $CurrentStats->{SOURCE}->[0] = $genomestats->{SOURCE}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Organism name"}->[0] = $genomestats->{NAME}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Total genes"}->[0] = $genomestats->{"TOTAL GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gram positive genes"}->[0] = $genomestats->{"GRAM POSITIVE GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gram negative genes"}->[0] = $genomestats->{"GRAM NEGATIVE GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Class"}->[0] = $genomestats->{CLASS}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Genes with functions"}->[0] = $genomestats->{"GENES WITH FUNCTIONS"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Subsystem genes"}->[0] = $genomestats->{"SUBSYSTEM GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Nonsubsystem genes"}->[0] = $genomestats->{"NON SUBSYSTEM GENES"}->[0];  
                 if (defined($genomestats->{TAXONOMY})) {  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 0"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[0];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 1"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[1];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 2"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[2];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 3"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[3];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 4"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[4];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 5"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[5];  
                 }  
         }  
   
         #Transfering build, version, and gap fill data from existing stats  
         if (defined($self->stats())) {  
                 $CurrentStats->{Version}->[0] = $self->stats()->{Version}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gap fill version"}->[0] = $self->stats()->{"Gap fill version"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gap filling time"}->[0] = $self->stats()->{"Gap filling time"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gap fill date"}->[0] = $self->stats()->{"Gap fill date"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Build date"}->[0] = $self->stats()->{"Build date"}->[0];  
         }  
   
1227          my %GeneHash;          my %GeneHash;
1228          my %NonpegHash;          my %NonpegHash;
1229          my %CompoundHash;          my %CompoundHash;
1230            my $spontaneousReactions = 0;
1231            my $gapFillReactions = 0;
1232            my $biologReactions = 0;
1233            my $transporters = 0;
1234            my $autoCompleteReactions = 0;
1235            my $associatedSubsystemGenes = 0;
1236          for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {          for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {
1237                  my $Row = $rxntbl->get_row($i);                  my $Row = $rxntbl->get_row($i);
1238                  if (defined($Row) && defined($Row->{"ASSOCIATED PEG"})) {                  if (defined($Row) && defined($Row->{"ASSOCIATED PEG"})) {
# Line 1077  Line 1240 
1240                          if (defined($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0])) {                          if (defined($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0])) {
1241                                  #Checking for extracellular metabolites which indicate that this is a transporter                                  #Checking for extracellular metabolites which indicate that this is a transporter
1242                                  if ($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0] =~ m/\[e\]/) {                                  if ($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0] =~ m/\[e\]/) {
1243                                          $CurrentStats->{"Transport reaction"}->[0]++;                                          $transporters++;
1244                                  }                                  }
1245                          }                          }
1246                          #Identifying spontaneous/biolog/gapfilling/gene associated reactions                          #Identifying spontaneous/biolog/gapfilling/gene associated reactions
1247                          if ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/i) {                          if ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/i) {
1248                                  $CurrentStats->{"Biolog gap filling reactions"}->[0]++;                                  $biologReactions++;
1249                            } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GROW/i) {
1250                                    $gapFillReactions++;
1251                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/SPONTANEOUS/i) {                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/SPONTANEOUS/i) {
1252                                  $CurrentStats->{"Spontaneous"}->[0]++;                                  $spontaneousReactions++;
1253                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GAP/ || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNIVERSAL/i || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNKNOWN/i) {                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GAP/ || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNIVERSAL/i || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNKNOWN/i) {
1254                                  $CurrentStats->{"Gap filling reactions"}->[0]++;                                  $autoCompleteReactions++;
1255                          } else {                          } else {
1256                                  foreach my $GeneSet (@{$Row->{"ASSOCIATED PEG"}}) {                                  foreach my $GeneSet (@{$Row->{"ASSOCIATED PEG"}}) {
1257                                          $_ = $GeneSet;                                          $_ = $GeneSet;
# Line 1104  Line 1269 
1269          }          }
1270          my @genes = keys(%GeneHash);          my @genes = keys(%GeneHash);
1271          my @othergenes = keys(%NonpegHash);          my @othergenes = keys(%NonpegHash);
         $CurrentStats->{"Genes with reactions"}->[0] = @genes + @othergenes;  
1272    
1273          #Updating the stats stored in the table          #Setting the reaction count
1274          $self->figmodel()->database()->update_row("MODEL STATS",$CurrentStats,"Model ID");          $self->{_data}->reactions($rxntbl->size());
1275          $self->{_stats} = $CurrentStats;          #Setting the metabolite count
1276          return $CurrentStats;          $self->{_data}->compounds($cpdtbl->size());
1277            #Setting the gene count
1278            my $geneCount = @genes + @othergenes;
1279            $self->{_data}->associatedGenes($geneCount);
1280            #Setting remaining stats
1281            $self->{_data}->spontaneousReactions($spontaneousReactions);
1282            $self->{_data}->gapFillReactions($gapFillReactions);
1283            $self->{_data}->biologReactions($biologReactions);
1284            $self->{_data}->transporters($transporters);
1285            $self->{_data}->autoCompleteReactions($autoCompleteReactions);
1286            $self->{_data}->associatedSubsystemGenes($associatedSubsystemGenes);
1287            #Setting the model class
1288            my $class = "";
1289            for (my $i=0; $i < @{$self->figmodel()->config("class list")}; $i++) {
1290                    if (defined($self->figmodel()->config($self->figmodel()->config("class list")->[$i]))) {
1291                            if (defined($self->figmodel()->config($self->figmodel()->config("class list")->[$i])->{$self->id()})) {
1292                                    $class = $self->figmodel()->config("class list")->[$i];
1293                                    last;
1294                            }
1295                            if ($class eq "" && defined($self->figmodel()->config($self->figmodel()->config("class list")->[$i])->{$self->genome()})) {
1296                                    $class = $self->figmodel()->config("class list")->[$i];
1297                            }
1298                    }
1299            }
1300            if ($class eq "") {
1301                    $class = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome())->{CLASS}->[0];
1302            }
1303            if ($class eq "") {
1304                    $class = "unknown";
1305            }
1306            $self->{_data}->cellwalltype($class);
1307  }  }
1308    
1309  =head3 GapFillModel  =head3 GapFillModel
# Line 1129  Line 1323 
1323          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();
1324          my $StartTime = time();          my $StartTime = time();
1325    
1326          #Archiving the existing model          #Reading original reaction table
1327          $self->ArchiveModel();          my $OriginalRxn = $self->reaction_table();
1328            #Clearing the table
1329            $self->reaction_table(1);
1330    
1331          #Removing any gapfilling reactions that may be currently present in the model          #Removing any gapfilling reactions that may be currently present in the model
1332          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {
1333                  my $ModelTable = $self->reaction_table();                  my $ModelTable = $self->reaction_table();
1334                  for (my $i=0; $i < $ModelTable->size(); $i++) {                  for (my $i=0; $i < $ModelTable->size(); $i++) {
1335                          if (!defined($ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0]) || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] eq "GAP FILLING" || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/ || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GROWMATCH/) {                          if (!defined($ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0]) || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] eq "AUTOCOMPLETION" || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] eq "GAP FILLING" || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/ || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GROWMATCH/) {
1336                                  $ModelTable->delete_row($i);                                  $ModelTable->delete_row($i);
1337                                  $i--;                                  $i--;
1338                          }                          }
# Line 1145  Line 1341 
1341          }          }
1342    
1343          #Calling the MFAToolkit to run the gap filling optimization          #Calling the MFAToolkit to run the gap filling optimization
1344          my $MinimalMediaTable = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("MINIMAL MEDIA TABLE");          my $Media = $self->autocompleteMedia();
1345          my $Media = "Complete";          if ($Media eq "Complete") {
1346          if (defined($MinimalMediaTable->get_row_by_key($self->genome(),"Organism"))) {                  system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),undef,["GapFilling"],{"Reactions to knockout" => $self->config("permanently knocked out reactions")->[0]},"GapFill".$self->id().".log",undef));
1347                  $Media = $MinimalMediaTable->get_row_by_key($self->genome(),"Organism")->{"Minimal media"}->[0];          } else {
1348                  #Loading media, changing bounds, saving media as a test media                  #Loading media, changing bounds, saving media as a test media
1349                  my $MediaTable = FIGMODELTable::load_table($self->config("Media directory")->[0].$Media.".txt",";","",0,["VarName"]);                  my $MediaTable = FIGMODELTable::load_table($self->config("Media directory")->[0].$Media.".txt",";","",0,["VarName"]);
1350                  for (my $i=0; $i < $MediaTable->size(); $i++) {                  for (my $i=0; $i < $MediaTable->size(); $i++) {
# Line 1160  Line 1356 
1356                          }                          }
1357                  }                  }
1358                  $MediaTable->save($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");                  $MediaTable->save($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");
1359                  system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$UniqueFilename."TestMedia",["GapFilling"],{"Default max drain flux" => 0},"GapFill".$self->id().".log",undef));                  #print $self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$UniqueFilename."TestMedia",["GapFilling"],{"Default max drain flux" => 0,"Reactions to knockout" => $self->config("permanently knocked out reactions")->[0]},"GapFill".$self->id().".log",undef)."\n";
1360                    system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$UniqueFilename."TestMedia",["GapFilling"],{"Default max drain flux" => 0,"Reactions to knockout" => $self->config("permanently knocked out reactions")->[0]},"GapFill".$self->id().".log",undef));
1361                  unlink($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");                  unlink($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");
         } else {  
                 system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),undef,["GapFilling"],undef,"GapFill".$self->id().".log",undef));  
1362          }          }
1363    
1364          #Parse the solutions file for the model and get the reaction list from it          #Parse the solutions file for the model and get the reaction list from it
1365          my $SolutionData = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);          my $SolutionData = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);
1366    
1367          #Clearing the mfatoolkit output and log file          #Clearing the mfatoolkit output and log file
1368          $self->figmodel()->clearing_output($UniqueFilename,"GapFill".$self->id().".log");          $self->figmodel()->clearing_output($UniqueFilename,"GapFill".$self->id().".log");
1369          if (!defined($SolutionData) || $SolutionData->size() == 0) {          if (!defined($SolutionData) || $SolutionData->size() == 0) {
# Line 1175  Line 1371 
1371                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:GapFillModel: Gap filling report not found!");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:GapFillModel: Gap filling report not found!");
1372                  return $self->fail();                  return $self->fail();
1373          }          }
         $SolutionData->save("/home/chenry/Solution.txt");  
1374    
1375          #Looking for the last printed recursive MILP solution          #Looking for the last printed recursive MILP solution
1376          for (my $i=($SolutionData->size()-1); $i >=0; $i--) {          for (my $i=($SolutionData->size()-1); $i >=0; $i--) {
# Line 1203  Line 1398 
1398                                                  push(@{$ReactionList},$ID);                                                  push(@{$ReactionList},$ID);
1399                                          }                                          }
1400                                  }                                  }
1401                                  $self->figmodel()->IntegrateGrowMatchSolution($self->id(),undef,$ReactionList,$DirectionList,"GAP FILLING",0,1);                                  $self->figmodel()->IntegrateGrowMatchSolution($self->id(),undef,$ReactionList,$DirectionList,"AUTOCOMPLETION",0,1);
1402                          }                          }
1403                          last;                          last;
1404                  }                  }
1405          }          }
1406    
1407          #Updating model stats with gap filling results          #Updating model stats with gap filling results
1408          my $ElapsedTime = time() - $StartTime;          my $ElapsedTime = time() - $StartTime;
1409          $self->figmodel()->ClearDBModel($self->id(),1);          $self->reaction_table(1);
1410            $self->calculate_model_changes($OriginalRxn,"AUTOCOMPLETION");
1411    
1412          #Determining why each gap filling reaction was added          #Determining why each gap filling reaction was added
1413          $self->figmodel()->IdentifyDependancyOfGapFillingReactions($self->id(),$Media);          $self->figmodel()->IdentifyDependancyOfGapFillingReactions($self->id(),$Media);
1414          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {
                 $self->figmodel()->AddBiologTransporters($self->id());  
1415                  if ($self->id() !~ m/MGRast/) {                  if ($self->id() !~ m/MGRast/) {
1416                          $self->update_stats_for_gap_filling($ElapsedTime);                          $self->update_stats_for_gap_filling($ElapsedTime);
1417                  }                  }
1418          } else {          } else {
1419                  $self->update_model_stats();                  $self->update_model_stats();
1420            }
1421            #Printing the updated SBML file
1422            $self->PrintSBMLFile();
1423            $self->PrintModelLPFile($self->id());
1424            $self->set_status(1,"Auto completion successfully finished");
1425            $self->run_default_model_predictions();
1426    
1427            return $self->success();
1428    }
1429    
1430    =head3 calculate_model_changes
1431    Definition:
1432            FIGMODELmodel->calculate_model_changes(FIGMODELTable:original reaction table,string:modification cause);
1433    Description:
1434    
1435    =cut
1436    
1437    sub calculate_model_changes {
1438            my ($self,$originalReactions,$cause,$tbl,$version) = @_;
1439            my $modTime = time();
1440            if (!defined($version)) {
1441                    $version = $self->selected_version();
1442            }
1443            my $user = $self->figmodel()->user();
1444            #Getting the history table
1445            my $histTbl = $self->model_history();
1446            #Checking for differences
1447            if (!defined($tbl)) {
1448                    $tbl = $self->reaction_table();
1449            }
1450            for (my $i=0; $i < $tbl->size(); $i++) {
1451                    my $row = $tbl->get_row($i);
1452                    my $orgRow = $originalReactions->get_row_by_key($row->{LOAD}->[0],"LOAD");
1453                    if (!defined($orgRow)) {
1454                            $histTbl->add_row({Reaction => [$row->{LOAD}->[0]], DirectionChange => $row->{DIRECTIONALITY}, GeneChange => $row->{"ASSOCIATED PEG"}, Action => ["ADDED"], ModificationTime => [$modTime], ModifcationCause => [$cause], User => [$user], Version => [$version]});
1455                    } else {
1456                            my $geneChanges;
1457                            my $directionChange;
1458                            if ($orgRow->{"DIRECTIONALITY"}->[0] ne $row->{"DIRECTIONALITY"}->[0]) {
1459                                    $directionChange = $orgRow->{"DIRECTIONALITY"}->[0]." to ".$row->{"DIRECTIONALITY"}->[0];
1460                            }
1461                            for (my $j=0; $j < @{$row->{"ASSOCIATED PEG"}}; $j++) {
1462                                    my $match = 0;
1463                                    if (defined($orgRow->{"ASSOCIATED PEG"})) {
1464                                            for (my $k=0; $k < @{$orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}}; $k++) {
1465                                                    if ($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j] eq $orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$k]) {
1466                                                            $match = 1;
1467                                                    }
1468                                            }
1469                                    }
1470                                    if ($match == 0) {
1471                                            push(@{$geneChanges},"Added ".$row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j]);
1472                                    }
1473                            }
1474                            if (defined($orgRow->{"ASSOCIATED PEG"})) {
1475                                    for (my $k=0; $k < @{$orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}}; $k++) {
1476                                            my $match = 0;
1477                                            if (defined($row->{"ASSOCIATED PEG"})) {
1478                                                    for (my $j=0; $j < @{$row->{"ASSOCIATED PEG"}}; $j++) {
1479                                                            if ($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j] eq $orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$k]) {
1480                                                                    $match = 1;
1481                                                            }
1482                                                    }
1483                                            }
1484                                            if ($match == 0) {
1485                                                    push(@{$geneChanges},"Removed ".$orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$k]);
1486                                            }
1487                                    }
1488                            }
1489                            if ((defined($directionChange) && length($directionChange) > 0) || defined($geneChanges) && @{$geneChanges} > 0) {
1490                                    $histTbl->add_row({Reaction => [$row->{LOAD}->[0]], DirectionChange => [$directionChange], GeneChange => $geneChanges, Action => ["CHANGE"], ModificationTime => [$modTime], ModifcationCause => [$cause], User => [$user], Version => [$version]});
1491                            }
1492                    }
1493            }
1494            #Looking for removed reactions
1495            for (my $i=0; $i < $originalReactions->size(); $i++) {
1496                    my $row = $originalReactions->get_row($i);
1497                    my $orgRow = $tbl->get_row_by_key($row->{LOAD}->[0],"LOAD");
1498                    if (!defined($orgRow)) {
1499                            $histTbl->add_row({Reaction => [$row->{LOAD}->[0]], DirectionChange => $row->{DIRECTIONALITY}, GeneChange => $row->{"ASSOCIATED PEG"}, Action => ["REMOVED"], ModificationTime => [$modTime], ModifcationCause => [$cause], User => [$user], Version => [$version]});
1500                    }
1501            }
1502            $histTbl->save();
1503    }
1504    
1505    =head3 GapGenModel
1506    Definition:
1507            FIGMODELmodel->GapGenModel();
1508    Description:
1509            Runs the gap generation algorithm to correct a single false positive prediction. Results are loaded into a table.
1510    =cut
1511    
1512    sub GapGenModel {
1513            my ($self,$Media,$KOList,$NoKOList,$Experiment,$SolutionLimit) = @_;
1514    
1515            #Enforcing nonoptional arguments
1516            if (!defined($Media)) {
1517                    return undef;
1518            }
1519            if (!defined($KOList)) {
1520                    $KOList->[0] = "none";
1521            }
1522            if (!defined($NoKOList)) {
1523                    $NoKOList->[0] = "none";
1524            }
1525            if (!defined($Experiment)) {
1526                    $Experiment= "ReactionKO";
1527            }
1528            if (!defined($SolutionLimit)) {
1529                    $SolutionLimit = "10";
1530            }
1531    
1532            #Translating the KO lists into arrays
1533            if (ref($KOList) ne "ARRAY") {
1534                    my $temp = $KOList;
1535                    $KOList = ();
1536                    push(@{$KOList},split(/[,;]/,$temp));
1537            }
1538            my $noKOHash;
1539            if (defined($NoKOList) && ref($NoKOList) ne "ARRAY") {
1540                    my $temp = $NoKOList;
1541                    $NoKOList = ();
1542                    push(@{$NoKOList},split(/[,;]/,$temp));
1543                    foreach my $rxn (@{$NoKOList}) {
1544                            $noKOHash->{$rxn} = 1;
1545                    }
1546            }
1547    
1548            #Checking if solutions exist for the input parameters
1549            $self->aquireModelLock();
1550            my $tbl = $self->load_model_table("GapGenSolutions");
1551            my $solutionRow = $tbl->get_table_by_key($Experiment,"Experiment")->get_table_by_key($Media,"Media")->get_row_by_key(join(",",@{$KOList}),"KOlist");
1552            my $solutions;
1553            if (defined($solutionRow)) {
1554                    #Checking if any solutions conform to the no KO list
1555                    foreach my $solution (@{$solutionRow->{Solutions}}) {
1556                            my @reactions = split(/,/,$solution);
1557                            my $include = 1;
1558                            foreach my $rxn (@reactions) {
1559                                    if ($rxn =~ m/(rxn\d\d\d\d\d)/) {
1560                                            if (defined($noKOHash->{$1})) {
1561                                                    $include = 0;
1562                                            }
1563                                    }
1564                            }
1565                            if ($include == 1) {
1566                                    push(@{$solutions},$solution);
1567                            }
1568                    }
1569            } else {
1570                    $solutionRow = {Media => [$Media],Experiment => [$Experiment],KOlist => [join(",",@{$KOList})]};
1571                    $tbl->add_row($solutionRow);
1572                    $self->figmodel()->database()->save_table($tbl);
1573            }
1574            $self->releaseModelLock();
1575    
1576            #Returning solution list of solutions were found
1577            if (defined($solutions) && @{$solutions} > 0) {
1578                    return $solutions;
1579            }
1580    
1581            #Getting unique filename
1582            my $Filename = $self->figmodel()->filename();
1583    
1584            #Running the gap generation
1585            system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($Filename,$self->id().$self->selected_version(),$Media,["GapGeneration"],{"Recursive MILP solution limit" => $SolutionLimit ,"Reactions that should always be active" => join(";",@{$NoKOList}),"Reactions to knockout" => join(";",@{$KOList}),"Reactions that are always blocked" => "none"},"Gapgeneration-".$self->id().$self->selected_version()."-".$Filename.".log",undef,undef));
1586            my $ProblemReport = $self->figmodel()->LoadProblemReport($Filename);
1587            if (!defined($ProblemReport)) {
1588                    $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:GapGenerationAlgorithm;No problem report;".$Filename.";".$self->id().$self->selected_version().";".$Media.";".$KOList.";".$NoKOList);
1589                    return undef;
1590            }
1591    
1592            #Clearing the output folder and log file
1593            $self->figmodel()->clearing_output($Filename,"Gapgeneration-".$self->id().$self->selected_version()."-".$Filename.".log");
1594    
1595            #Saving the solution
1596            $self->aquireModelLock();
1597            $tbl = $self->load_model_table("GapGenSolutions");
1598            $solutionRow = $tbl->get_table_by_key($Experiment,"Experiment")->get_table_by_key($Media,"Media")->get_row_by_key(join(",",@{$KOList}),"KOlist");
1599            for (my $j=0; $j < $ProblemReport->size(); $j++) {
1600                    if ($ProblemReport->get_row($j)->{"Notes"}->[0] =~ m/^Recursive\sMILP\s([^)]+)/) {
1601                            my @SolutionList = split(/\|/,$1);
1602                            for (my $k=0; $k < @SolutionList; $k++) {
1603                                    if ($SolutionList[$k] =~ m/(\d+):(.+)/) {
1604                                            push(@{$solutionRow->{Solutions}},$2);
1605                                            push(@{$solutions},$2);
1606                                    }
1607                            }
1608          }          }
1609          #Printing the updated SBML file          }
1610          $self->PrintSBMLFile();          $self->figmodel()->database()->save_table($tbl);
1611          $self->PrintModelLPFile($self->id());          $self->releaseModelLock();
         $self->set_status(1,"Auto completion successfully finished");  
         $self->run_default_model_predictions();  
1612    
1613          return $self->success();          return $solutions;
1614  }  }
1615    
1616  =head3 datagapfill  =head3 datagapfill
# Line 1261  Line 1644 
1644          return undef;          return undef;
1645  }  }
1646    
 =head3 datagapgen  
 Definition:  
         $model->datagapgen($NumberOfProcessors,$ProcessorIndex,$Filename);  
 =cut  
   
 sub datagapgen {  
         my ($self,$Media,$KOList,$NoKOList,$suffix) = @_;  
         #Setting default values for inputs  
         if (!defined($NoKOList)) {  
                 $NoKOList = "none";  
         }  
         if (!defined($KOList)) {  
                 $KOList = "none";  
         }  
         #Getting unique filename  
         my $Filename = $self->figmodel()->filename();  
         if (!defined($suffix)) {  
                 $suffix = "-".$Media."-".$KOList."-S";  
         }  
         $KOList =~ s/,/;/g;  
         $NoKOList =~ s/,/;/g;  
         #Running the gap generation  
         system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($Filename,$self->id().$self->selected_version(),$Media,["GapGeneration"],{"Reactions that should always be active" => $NoKOList,"Reactions to knockout" => $KOList,"Reactions that are always blocked" => "none"},"Gapgeneration-".$self->id().$self->selected_version()."-".$Filename.".log",undef,undef));  
         my $ProblemReport = $self->figmodel()->LoadProblemReport($Filename);  
         if (!defined($ProblemReport)) {  
                 $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:GapGenerationAlgorithm;No problem report;".$Filename.";".$self->id().$self->selected_version().";".$Media.";".$KOList.";".$NoKOList);  
                 return undef;  
         }  
         #Clearing the output folder and log file  
         $self->figmodel()->clearing_output($Filename,$self->directory()."Gapgeneration-".$self->id().$self->selected_version()."-".$Filename.".log");  
         #Scheduling the testing of this gap filling solution  
         my $Tbl = FIGMODELTable->new(["Experiment","Solution index","Solution cost","Solution reactions"],$self->directory().$self->id().$self->selected_version()."-GG".$suffix.".txt",undef,";","|",undef);  
         for (my $j=0; $j < $ProblemReport->size(); $j++) {  
                 if ($ProblemReport->get_row($j)->{"Notes"}->[0] =~ m/^Recursive\sMILP\s([^)]+)/) {  
                         my @SolutionList = split(/\|/,$1);  
                         for (my $k=0; $k < @SolutionList; $k++) {  
                                 if ($SolutionList[$k] =~ m/(\d+):(.+)/) {  
                                         $Tbl->add_row({"Experiment"=>[$Media],"Solution index"=>[$k],"Solution cost"=>[$1],"Solution reactions"=>[$2]});  
                                 }  
                         }  
                 }  
         }  
         return $Tbl;  
 }  
   
1647  =head3 TestSolutions  =head3 TestSolutions
1648  Definition:  Definition:
1649          $model->TestSolutions($ModelID,$NumProcessors,$ProcessorIndex,$GapFill);          $model->TestSolutions($ModelID,$NumProcessors,$ProcessorIndex,$GapFill);
# Line 1401  Line 1739 
1739  =cut  =cut
1740  sub status {  sub status {
1741          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1742          return $self->{_data}->{status}->[0];          return $self->{_data}->status();
1743  }  }
1744    
1745  =head3 message  =head3 message
# Line 1412  Line 1750 
1750  =cut  =cut
1751  sub message {  sub message {
1752          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1753          return $self->{_data}->{message}->[0];          return $self->{_data}->message();
1754  }  }
1755    
1756  =head3 set_status  =head3 set_status
# Line 1427  Line 1765 
1765  =cut  =cut
1766  sub set_status {  sub set_status {
1767          my ($self,$NewStatus,$Message) = @_;          my ($self,$NewStatus,$Message) = @_;
1768            $self->{_data}->status($NewStatus);
1769          #Getting the model row from the MODELS table          $self->{_data}->message($Message);
         $self->{_data}->{status}->[0] = $NewStatus;  
         $self->{_data}->{message}->[0] = $Message;  
         $self->figmodel()->database()->update_row("MODELS",$self->{_data},"id");  
1770          return $self->config("SUCCESS")->[0];          return $self->config("SUCCESS")->[0];
1771  }  }
1772    
# Line 1470  Line 1805 
1805          }          }
1806          #Setting up needed variables          #Setting up needed variables
1807          my $OriginalModelTable = undef;          my $OriginalModelTable = undef;
1808          #Locking model status table          if ($self->status() == 0) {
         my $ModelTable = $self->figmodel()->database()->LockDBTable("MODELS");  
         my $Row = $ModelTable->get_row_by_key($self->id(),"id");  
         if (!defined($Row) || !defined($Row->{status}->[0])) {  
                 $self->figmodel()->database()->UnlockDBTable("MODELS");  
                 $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateSingleGenomeReactionList: ".$self->id()." has no row in models table!");  
                 return $self->fail();  
         } elsif ($Row->{status}->[0] == 0) {  
1809                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateSingleGenomeReactionList:Model is already being built. Canceling current build.");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateSingleGenomeReactionList:Model is already being built. Canceling current build.");
                 $self->figmodel()->database()->UnlockDBTable("MODELS");  
1810                  return $self->fail();                  return $self->fail();
1811          }elsif ($Row->{status}->[0] == 1) {          }elsif ($self->status() == 1) {
1812                  $OriginalModelTable = $self->reaction_table();                  $OriginalModelTable = $self->reaction_table();
1813                  $self->ArchiveModel();                  $self->set_status(0,"Rebuilding preliminary reconstruction");
                 $Row->{status}->[0] = 0;  
                 $Row->{message}->[0] = "Rebuilding preliminary reconstruction";  
1814          } else {          } else {
1815                  $Row->{status}->[0] = 0;                  $self->set_status(0,"Preliminary reconstruction");
                 $Row->{message}->[0] = "Preliminary reconstruction";  
1816          }          }
         #Updating the status table  
         $self->figmodel()->database()->save_table($ModelTable);  
         $self->figmodel()->database()->UnlockDBTable("MODELS");  
1817          #Sorting GenomeData by gene location on the chromosome          #Sorting GenomeData by gene location on the chromosome
1818            my $ftrTbl = $self->figmodel()->database()->get_table("ROLERXNMAPPING");
1819          $FeatureTable->sort_rows("MIN LOCATION");          $FeatureTable->sort_rows("MIN LOCATION");
1820          my ($ComplexHash,$SuggestedMappings,$UnrecognizedReactions,$ReactionHash);          my ($ComplexHash,$SuggestedMappings,$UnrecognizedReactions,$ReactionHash);
1821          my %LastGenePosition;          my %LastGenePosition;
# Line 1565  Line 1887 
1887                          }                          }
1888                  }                  }
1889          }          }
   
1890          #Creating nonadjacent complexes          #Creating nonadjacent complexes
1891          my @ReactionList = keys(%{$ReactionHash});          my @ReactionList = keys(%{$ReactionHash});
1892          foreach my $Reaction (@ReactionList) {          foreach my $Reaction (@ReactionList) {
# Line 1671  Line 1992 
1992                  $NewModelTable->add_row({"LOAD" => [$ReactionID],"DIRECTIONALITY" => [$Directionality],"COMPARTMENT" => ["c"],"ASSOCIATED PEG" => [join("|",@{$ReactionHash->{$ReactionID}->{"GENES"}})],"SUBSYSTEM" => [$Subsystem],"CONFIDENCE" => [$ReactionHash->{$ReactionID}->{"CONFIDENCE"}->[0]],"REFERENCE" => [$Source],"NOTES" => ["NONE"]});                  $NewModelTable->add_row({"LOAD" => [$ReactionID],"DIRECTIONALITY" => [$Directionality],"COMPARTMENT" => ["c"],"ASSOCIATED PEG" => [join("|",@{$ReactionHash->{$ReactionID}->{"GENES"}})],"SUBSYSTEM" => [$Subsystem],"CONFIDENCE" => [$ReactionHash->{$ReactionID}->{"CONFIDENCE"}->[0]],"REFERENCE" => [$Source],"NOTES" => ["NONE"]});
1993          }          }
1994    
1995            #Getting feature rows for features that are lumped
1996            my @rows = $ftrTbl->get_rows_by_key("2","MASTER");
1997            for (my $i=0; $i < @rows; $i++) {
1998                    my $rxn = $rows[$i]->{REACTION}->[0];
1999                    my $role = $rows[$i]->{ROLE}->[0];
2000                    my @orgrows = $FeatureTable->get_rows_by_key($role,"ROLES");
2001                    my $genes;
2002                    for (my $j=0; $j < @orgrows; $j++) {
2003                            if ($orgrows[$j]->{ID}->[0] =~ m/(peg\.\d+)/) {
2004                                    push(@{$genes},$1);
2005                            }
2006                    }
2007                    if (defined($genes) && @{$genes} > 0) {
2008                            my $row = $NewModelTable->get_row_by_key($rxn,"LOAD");
2009                            my $newGeneAssociations;
2010                            for (my $k=0; $k < @{$genes}; $k++) {
2011                                    for (my $j=0; $j < @{$row->{"ASSOCIATED PEG"}}; $j++) {
2012                                            my $peg = $genes->[$k];
2013                                            if ($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j] !~ m/$peg/) {
2014                                                    push(@{$newGeneAssociations},$row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j]."+".$peg);
2015                                            }
2016                                    }
2017                            }
2018                            $row->{"ASSOCIATED PEG"} = $newGeneAssociations;
2019                    }
2020            }
2021    
2022          #Adding the spontaneous and universal reactions          #Adding the spontaneous and universal reactions
2023          foreach my $ReactionID (@{$self->config("spontaneous reactions")}) {          foreach my $ReactionID (@{$self->config("spontaneous reactions")}) {
2024                  #Getting the thermodynamic reversibility from the database                  #Getting the thermodynamic reversibility from the database
# Line 1690  Line 2038 
2038          }          }
2039    
2040          #Checking if a biomass reaction already exists          #Checking if a biomass reaction already exists
2041          my $BiomassReactionRow = $self->figmodel()->database()->get_row_by_key("BIOMASS TABLE",$self->id(),"MODELS");          my $BiomassReactionRow = $self->BuildSpecificBiomassReaction();
         if (!defined($BiomassReactionRow)) {  
                 $BiomassReactionRow = $self->BuildSpecificBiomassReaction();  
2042                  if (!defined($BiomassReactionRow)) {                  if (!defined($BiomassReactionRow)) {
2043                          $self->set_status(-2,"Preliminary reconstruction failed: could not generate biomass reaction");                          $self->set_status(-2,"Preliminary reconstruction failed: could not generate biomass reaction");
2044                          $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateModelReactionList: Could not generate biomass function for ".$self->id()."!");                          $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateModelReactionList: Could not generate biomass function for ".$self->id()."!");
2045                          return $self->fail();                          return $self->fail();
2046                  }                  }
         }  
2047          my $ReactionList = $BiomassReactionRow->{"ESSENTIAL REACTIONS"};          my $ReactionList = $BiomassReactionRow->{"ESSENTIAL REACTIONS"};
2048          push(@{$ReactionList},$BiomassReactionRow->{DATABASE}->[0]);          push(@{$ReactionList},$BiomassReactionRow->{DATABASE}->[0]);
2049    
# Line 1730  Line 2075 
2075                  }                  }
2076          }          }
2077    
2078            #If an original model exists, we copy the gap filling solution from that model
2079            if (defined($OriginalModelTable)) {
2080                    for (my $i=0; $i < $OriginalModelTable->size(); $i++) {
2081                            if ($OriginalModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GAP/ && $OriginalModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] ne "INITIAL GAP FILLING") {
2082                                    my $Row = $NewModelTable->get_row_by_key($OriginalModelTable->get_row($i)->{"LOAD"}->[0],"LOAD");
2083                                    if (!defined($Row)) {
2084                                            $NewModelTable->add_row($OriginalModelTable->get_row($i));
2085                                    }
2086                            }
2087                    }
2088            }
2089    
2090          #Now we compare the model to the previous model to determine if any differences exist that aren't gap filling reactions          #Now we compare the model to the previous model to determine if any differences exist that aren't gap filling reactions
2091          if (defined($OriginalModelTable)) {          if (defined($OriginalModelTable)) {
2092                  my $PerfectMatch = 1;                  my $PerfectMatch = 1;
# Line 1789  Line 2146 
2146          #Saving the new model to file          #Saving the new model to file
2147          $self->set_status(1,"Preliminary reconstruction complete");          $self->set_status(1,"Preliminary reconstruction complete");
2148          $self->figmodel()->database()->save_table($NewModelTable);          $self->figmodel()->database()->save_table($NewModelTable);
2149          $self->{_reaction_data} = $NewModelTable;          $self->reaction_table(1);
         #Clearing the previous model from the cache  
         $self->figmodel()->ClearDBModel($self->id(),1);  
2150          #Updating the model stats table          #Updating the model stats table
2151          $self->update_stats_for_build();          $self->update_stats_for_build();
2152          $self->PrintSBMLFile();          $self->PrintSBMLFile();
2153            if (defined($OriginalModelTable)) {
2154                    $self->calculate_model_changes($OriginalModelTable,"REBUILD");
2155            }
2156    
2157          #Adding model to gapfilling queue          #Adding model to gapfilling queue
2158          if (defined($RunGapFilling) && $RunGapFilling == 1) {          if (defined($RunGapFilling) && $RunGapFilling == 1) {
# Line 1813  Line 2171 
2171    
2172  sub CreateMetaGenomeReactionList {  sub CreateMetaGenomeReactionList {
2173          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
   
2174          #Checking if the metagenome file exists          #Checking if the metagenome file exists
2175          if (!-e $self->config("raw MGRAST directory")->[0].$self->genome().".summary") {          if (!-e $self->config("raw MGRAST directory")->[0].$self->genome().".summary") {
2176                  $self->error_message("FIGMODEL:CreateMetaGenomeReactionList: could not find raw data file for metagenome ".$self->genome());                  $self->error_message("FIGMODEL:CreateMetaGenomeReactionList: could not find raw data file for metagenome ".$self->genome());
2177                    return $self->fail();
2178          }          }
2179          #Loading metagenome data          #Loading metagenome data
2180          my $MGRASTData = $self->figmodel()->database()->load_multiple_column_file($self->config("raw MGRAST directory")->[0].$self->genome().".summary","\t");          my $MGRASTData = $self->figmodel()->database()->load_multiple_column_file($self->config("raw MGRAST directory")->[0].$self->genome().".summary","\t");
2181          if (!defined($MGRASTData)) {          if (!defined($MGRASTData)) {
2182                  $self->error_message("FIGMODEL:CreateMetaGenomeReactionList: could not find raw data file for metagenome ".$self->genome());                  $self->error_message("FIGMODEL:CreateMetaGenomeReactionList: could not find raw data file for metagenome ".$self->genome());
2183                    return $self->fail();
2184          }          }
   
2185          #Setting up needed variables          #Setting up needed variables
2186          my $OriginalModelTable = undef;          my $OriginalModelTable = undef;
   
2187          #Checking status          #Checking status
2188          if ($self->status() < 0) {          if ($self->status() < 0) {
2189                  $self->set_status(0,"Preliminary reconstruction");                  $self->set_status(0,"Preliminary reconstruction");
# Line 1838  Line 2195 
2195                  $self->ArchiveModel();                  $self->ArchiveModel();
2196                  $self->set_status(0,"Rebuilding preliminary reconstruction");                  $self->set_status(0,"Rebuilding preliminary reconstruction");
2197          }          }
2198            #Creating a hash of escores and pegs associated with each role
2199            my $rolePegHash;
2200            my $roleEscores;
2201            for (my $i=0; $i < @{$MGRASTData};$i++) {
2202                    #MD5,PEG,number of sims,role,sim e-scores,max escore,min escore,ave escore,stdev escore,ave exponent,stddev exponent
2203                    $rolePegHash->{$MGRASTData->[$i]->[3]}->{substr($MGRASTData->[$i]->[1],4)} = 1;
2204                    push(@{$roleEscores->{$MGRASTData->[$i]->[3]}},split(/;/,$MGRASTData->[$i]->[4]));
2205            }
2206          #Getting the reaction table          #Getting the reaction table
2207          my $ReactionTable = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("REACTIONS");          my $ReactionTable = $self->figmodel()->database()->get_table("REACTIONS");
2208          #Creating model table          #Creating model table
2209          my $ModelTable = FIGMODELTable->new(["LOAD","DIRECTIONALITY","COMPARTMENT","ASSOCIATED PEG","SUBSYSTEM","CONFIDENCE","REFERENCE","NOTES"],$self->directory().$self->id().".txt",["LOAD"],";","|","REACTIONS\n");          my $ModelTable = $self->create_table_prototype("ModelReactions");
2210          for (my $i=0; $i < @{$MGRASTData};$i++) {          print $ModelTable->filename();
2211                  #MD5,PEG,number of sims,role,sim e-scores          my @roles = keys(%{$rolePegHash});
2212                  my $Role = $MGRASTData->[$i]->[3];          for (my $i=0; $i < @roles; $i++) {
2213                  my $MD5 = $MGRASTData->[$i]->[0];                  my $min = -1;
2214                  my $peg = $MGRASTData->[$i]->[1];                  my $max = -1;
2215                  my $sims = $MGRASTData->[$i]->[4];                  my $count = @{$roleEscores->{$roles[$i]}};
2216                  $sims =~ s/;/,/g;                  my $ave = 0;
2217                    my $stdev = 0;
2218                    my $aveexp = 0;
2219                    my $stdevexp = 0;
2220                    for (my $j=0; $j < @{$roleEscores->{$roles[$i]}}; $j++) {
2221                            if ($roleEscores->{$roles[$i]} < $min || $min == -1) {
2222                                    $min = $roleEscores->{$roles[$i]};
2223                            }
2224                            if ($roleEscores->{$roles[$i]} > $max || $max == -1) {
2225                                    $max = $roleEscores->{$roles[$i]};
2226                            }
2227                            $ave += $roleEscores->{$roles[$i]}->[$j];
2228                            if ($roleEscores->{$roles[$i]}->[$j] =~ m/e(-\d+$)/) {
2229                                    $aveexp += $1;
2230                            }
2231                    }
2232                    $ave = $ave/$count;
2233                    $aveexp = $aveexp/$count;
2234                    for (my $j=0; $j < @{$roleEscores->{$roles[$i]}}; $j++) {
2235                            $stdev += ($roleEscores->{$roles[$i]}->[$j]-$ave)*($roleEscores->{$roles[$i]}->[$j]-$ave);
2236                            if ($roleEscores->{$roles[$i]}->[$j] =~ m/e(-\d+$)/) {
2237                                    $stdevexp += ($1-$aveexp)*($1-$aveexp);
2238                            }
2239                    }
2240                    $stdev = sqrt($stdev/$count);
2241                    $stdevexp = sqrt($stdevexp/$count);
2242                  #Checking for subsystems                  #Checking for subsystems
2243                  my $GeneSubsystems = $self->figmodel()->subsystems_of_role($Role);                  my $GeneSubsystems = $self->figmodel()->subsystems_of_role($roles[$i]);
2244                  #Checking if there are reactions associated with this role                  #Checking if there are reactions associated with this role
2245                  my $ReactionHashArrayRef = $self->figmodel()->reactions_of_role($Role);                  my $ReactionHashArrayRef = $self->figmodel()->reactions_of_role($roles[$i]);
2246                  if ($ReactionHashArrayRef != 0) {                  if ($ReactionHashArrayRef != 0) {
2247                          foreach my $Mapping (@{$ReactionHashArrayRef}) {                          foreach my $Mapping (@{$ReactionHashArrayRef}) {
2248                                  if (defined($Mapping->{"REACTION"}) && defined($Mapping->{"MASTER"}) && defined($Mapping->{"SUBSYSTEM"}) && defined($Mapping->{"SOURCE"})) {                                  if (defined($Mapping->{"REACTION"}) && defined($Mapping->{"MASTER"}) && defined($Mapping->{"SUBSYSTEM"}) && defined($Mapping->{"SOURCE"})) {
# Line 1866  Line 2254 
2254                                                                  $ReactionRow = {"LOAD" => [$Mapping->{"REACTION"}->[0]],"DIRECTIONALITY" => [$self->figmodel()->reversibility_of_reaction($Mapping->{"REACTION"}->[0])],"COMPARTMENT" => ["c"]};                                                                  $ReactionRow = {"LOAD" => [$Mapping->{"REACTION"}->[0]],"DIRECTIONALITY" => [$self->figmodel()->reversibility_of_reaction($Mapping->{"REACTION"}->[0])],"COMPARTMENT" => ["c"]};
2255                                                                  $ModelTable->add_row($ReactionRow);                                                                  $ModelTable->add_row($ReactionRow);
2256                                                          }                                                          }
2257                                                          push(@{$ReactionRow->{"ASSOCIATED PEG"}},substr($peg,4));                                                          my %pegHash = %{$rolePegHash->{$roles[$i]}};
2258                                                          push(@{$ReactionRow->{"REFERENCE"}},$MD5.":".$Role);                                                          if (defined($ReactionRow->{"ASSOCIATED PEG"})) {
2259                                                          push(@{$ReactionRow->{"CONFIDENCE"}},$sims);                                                                  for (my $j=0; $j < @{$ReactionRow->{"ASSOCIATED PEG"}}; $j++) {
2260                                                                            $pegHash{$ReactionRow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j]} = 1;
2261                                                                    }
2262                                                            }
2263                                                            delete $ReactionRow->{"ASSOCIATED PEG"};
2264                                                            push(@{$ReactionRow->{"ASSOCIATED PEG"}},keys(%pegHash));
2265                                                            push(@{$ReactionRow->{"REFERENCE"}},$count.":".$ave.":".$stdev.":".$aveexp.":".$stdevexp.":".$min.":".$max);
2266                                                          if (defined($GeneSubsystems)) {                                                          if (defined($GeneSubsystems)) {
2267                                                                  push(@{$ReactionRow->{"SUBSYSTEM"}},@{$GeneSubsystems});                                                                  push(@{$ReactionRow->{"SUBSYSTEM"}},@{$GeneSubsystems});
2268                                                          }                                                          }
# Line 1912  Line 2306 
2306          }          }
2307    
2308          #Clearing the previous model from the cache          #Clearing the previous model from the cache
2309          $self->figmodel()->ClearDBModel($self->id(),1);          $self->figmodel()->database()->ClearDBModel($self->id(),1);
2310          $ModelTable->save();          $ModelTable->save();
2311    
2312          return $self->success();          return $self->success();
# Line 1928  Line 2322 
2322  sub ArchiveModel {  sub ArchiveModel {
2323          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
2324    
         #Making sure the model exists  
         if (!defined($self->stats())) {  
                 $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:ArchiveModel: Could not find specified ".$self->id()." in database!");  
                 return $self->fail();  
         }  
   
2325          #Checking that the model file exists          #Checking that the model file exists
2326          if (!(-e $self->filename())) {          if (!(-e $self->filename())) {
2327                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:ArchiveModel: Model file ".$self->filename()." not found!");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:ArchiveModel: Model file ".$self->filename()." not found!");
# Line 2120  Line 2508 
2508          }          }
2509    
2510          #Writing output to file          #Writing output to file
2511          $self->figmodel()->database()->print_array_to_file($self->directory()."MinimalPathways-".$media."-".$objective."-".$self->id()."-".$AllReversible."-".$self->selected_version().".txt",[join(",",@Array)]);          $self->figmodel()->database()->print_array_to_file($self->directory()."MinimalPathways-".$media."-".$objective."-".$self->id()."-".$AllReversible."-".$self->selected_version().".txt",[join("|",@Array)]);
2512  }  }
2513    
2514  =head3 find_minimal_pathways  =head3 find_minimal_pathways
# Line 2238  Line 2626 
2626          }          }
2627    
2628          #Writing output to file          #Writing output to file
2629          $self->figmodel()->database()->print_array_to_file($self->directory()."MinimalPathways-".$media."-".$objective."-".$self->id()."-".$AllReversible."-".$self->selected_version().".txt",[join(",",@Array)]);          $self->figmodel()->database()->print_array_to_file($self->directory()."MinimalPathways-".$media."-".$objective."-".$self->id()."-".$AllReversible."-".$self->selected_version().".txt",[join("|",@Array)]);
2630  }  }
2631    
2632  sub combine_minimal_pathways {  sub combine_minimal_pathways {
# Line 2300  Line 2688 
2688          Calculating growth in the input media          Calculating growth in the input media
2689  =cut  =cut
2690  sub calculate_growth {  sub calculate_growth {
2691          my ($self,$Media) = @_;          my ($self,$Media,$outputDirectory,$InParameters,$saveLPFile) = @_;
2692            #Setting the Media
2693            if (!defined($Media) || length($Media) == 0) {
2694                    $Media = $self->autocompleteMedia();
2695            }
2696            #Setting parameters for the run
2697            my $DefaultParameters = $self->figmodel()->defaultParameters();
2698            if (defined($InParameters)) {
2699                    my @parameters = keys(%{$InParameters});
2700                    for (my $i=0; $i < @parameters; $i++) {
2701                            $DefaultParameters->{$parameters[$i]} = $InParameters->{$parameters[$i]};
2702                    }
2703            }
2704            $DefaultParameters->{"optimize metabolite production if objective is zero"} = 1;
2705            #Setting filenames
2706          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();
2707          system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$Media,["ProductionMFA"],{"optimize metabolite production if objective is zero" => 1},$self->id()."-".$Media."-GrowthTest.txt",undef,$self->selected_version()));          if (!defined($outputDirectory)) {
2708                    $outputDirectory = $self->config("database message file directory")->[0];
2709            }
2710            my $fluxFilename = $outputDirectory."Fluxes-".$self->id()."-".$Media.".txt";
2711            my $cpdFluxFilename = $outputDirectory."CompoundFluxes-".$self->id()."-".$Media.".txt";
2712            #Running FBA
2713            #print $self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$Media,["ProductionMFA"],$DefaultParameters,$self->id()."-".$Media."-GrowthTest.txt",undef,$self->selected_version())."\n";
2714            system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$Media,["ProductionMFA"],$DefaultParameters,$self->id()."-".$Media."-GrowthTest.txt",undef,$self->selected_version()));
2715            #Saving LP file if requested
2716            if (defined($saveLPFile) && $saveLPFile == 1 && -e $self->figmodel()->{"MFAToolkit output directory"}->[0].$UniqueFilename."/CurrentProblem.lp") {
2717                    system("cp ".$self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/CurrentProblem.lp ".$self->directory().$self->id().".lp");
2718            }
2719          my $ProblemReport = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);          my $ProblemReport = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);
2720          my $Result;          my $Result;
2721          if (defined($ProblemReport)) {          if (defined($ProblemReport)) {
2722                  my $Row = $ProblemReport->get_row(0);                  my $Row = $ProblemReport->get_row(0);
2723                  if (defined($Row) && defined($Row->{"Objective"}->[0])) {                  if (defined($Row) && defined($Row->{"Objective"}->[0])) {
2724                          if ($Row->{"Objective"}->[0] < 0.00000001) {                          if ($Row->{"Objective"}->[0] < 0.00000001 || $Row->{"Objective"}->[0] == 1e7) {
2725                                  $Result = "NOGROWTH:".$Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0];                                  $Result = "NOGROWTH";
2726                                    if (defined($Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0]) && $Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0] =~ m/cpd\d\d\d\d\d/) {
2727                                            $Result .= ":".$Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0];
2728                                    }
2729                          } else {                          } else {
2730                                    if (-e $self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/SolutionReactionData0.txt") {
2731                                            system("cp ".$self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/SolutionReactionData0.txt ".$fluxFilename);
2732                                            system("cp ".$self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/SolutionCompoundData0.txt ".$cpdFluxFilename);
2733                                    }
2734                                  $Result = $Row->{"Objective"}->[0];                                  $Result = $Row->{"Objective"}->[0];
2735                          }                          }
2736                  }                  }
2737          }          }
2738            #Deleting files if necessary
2739            if ($self->figmodel()->config("preserve all log files")->[0] ne "yes") {
2740                    $self->figmodel()->cleardirectory($UniqueFilename);
2741                    unlink($self->figmodel()->config("database message file directory")->[0].$self->id()."-".$Media."-GrowthTest.txt");
2742            }
2743            #Returning result
2744          return $Result;          return $Result;
2745  }  }
2746    
# Line 3338  Line 3764 
3764          my $OrganismID = $self->genome();          my $OrganismID = $self->genome();
3765          #Checking for a biomass override          #Checking for a biomass override
3766          if (defined($self->config("biomass reaction override")->{$OrganismID})) {          if (defined($self->config("biomass reaction override")->{$OrganismID})) {
3767                  $biomassrxn = $self->config("biomass reaction override")->{$OrganismID};                  my $biomassID = $self->config("biomass reaction override")->{$OrganismID};
3768                  print "Overriding biomass template and selecting ".$biomassrxn." for ".$OrganismID.".\n";                  my $tbl = $self->database()->get_table("BIOMASS",1);
3769                    $biomassrxn = $tbl->get_row_by_key($biomassID,"DATABASE");
3770                    print "Overriding biomass template and selecting ".$biomassID." for ".$OrganismID.".\n";
3771          } else {#Creating biomass reaction from the template          } else {#Creating biomass reaction from the template
3772                  #Getting the genome stats                  #Getting the genome stats
3773                  my $genomestats = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome());                  my $genomestats = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome());
# Line 3630  Line 4058 
4058    
4059                  #Adding the biomass equation to the biomass table                  #Adding the biomass equation to the biomass table
4060                  my $NewRow = $self->figmodel()->add_biomass_reaction($Equation,$self->id(),"Template:".$self->genome());                  my $NewRow = $self->figmodel()->add_biomass_reaction($Equation,$self->id(),"Template:".$self->genome());
4061                  $biomassrxn = $NewRow->{DATABASE}->[0];                  $biomassrxn = $NewRow;
                 print $biomassrxn."\n";  
4062          }          }
4063          print $biomassrxn."\n";          return $biomassrxn;
         my $BiomassRow = $self->figmodel()->add_model_to_biomass_reaction($biomassrxn,$self->id());  
         return $BiomassRow;  
4064  }  }
4065    
4066  =head3 PrintSBMLFile  =head3 PrintSBMLFile
# Line 3648  Line 4073 
4073          my($self) = @_;          my($self) = @_;
4074    
4075          #Opening the SBML file for printing          #Opening the SBML file for printing
4076          my $Filename = $self->config("SBML files")->[0].$self->id().".xml";          my $Filename = $self->directory().$self->id().".xml";
         if ($self->owner() ne "master") {  
                 if (!-d $self->config("SBML files")->[0].$self->owner()."/") {  
                         system("mkdir ".$self->config("SBML files")->[0].$self->owner()."/");  
                 }  
                 $Filename = $self->config("SBML files")->[0].$self->owner()."/".$self->id().".xml";  
         }  
4077          if (!open (SBMLOUTPUT, ">$Filename")) {          if (!open (SBMLOUTPUT, ">$Filename")) {
4078                  return;                  return;
4079          }          }
4080    
4081          #Loading and parsing the model data          #Loading and parsing the model data
4082          my $ModelTable = $self->reaction_table();          my $mdlTbl = $self->reaction_table();
4083          if (!defined($ModelTable) || !defined($ModelTable->{"array"})) {          if (!defined($mdlTbl) || !defined($mdlTbl->{"array"})) {
4084                  print "Failed to load ".$self->id()."\n";                  return $self->fail();
                 return;  
4085          }          }
4086            my $rxnTbl = $self->figmodel()->database()->get_table("REACTIONS");
4087            my $bioTbl = $self->figmodel()->database()->get_table("BIOMASS");
4088            my $cpdTbl = $self->figmodel()->database()->get_table("COMPOUNDS");
4089            my $cmpTbl = $self->figmodel()->database()->get_table("COMPARTMENTS");
4090    
4091          #Adding intracellular metabolites that also need exchange fluxes to the exchange hash          #Adding intracellular metabolites that also need exchange fluxes to the exchange hash
4092          my $ExchangeHash = {"cpd11416" => "c"};          my $ExchangeHash = {"cpd11416" => "c"};
   
4093          my %CompartmentsPresent;          my %CompartmentsPresent;
4094          $CompartmentsPresent{"c"} = 1;          $CompartmentsPresent{"c"} = 1;
4095          my %CompoundList;          my %CompoundList;
4096          my @ReactionList;          my @ReactionList;
4097          my $ReactionTable = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("REACTIONS");          for (my $i=0; $i < $mdlTbl->size(); $i++) {
4098          for (my $i=0; $i < $ModelTable->size(); $i++) {                  my $Reaction = $mdlTbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0];
4099                  my $Reaction = $ModelTable->get_row($i)->{"LOAD"}->[0];                  my $row = $rxnTbl->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE");
4100                  if (defined($ReactionTable->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE")) && defined($ReactionTable->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE")->{"EQUATION"}->[0])) {                  if (!defined($row)) {
4101                            $row = $bioTbl->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE");
4102                            if (!defined($row)) {
4103                                    next;
4104                            }
4105                    }
4106                    if (!defined($row->{"EQUATION"}->[0])) {
4107                            next;
4108                    }
4109                          push(@ReactionList,$Reaction);                          push(@ReactionList,$Reaction);
4110                          $_ = $ReactionTable->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE")->{"EQUATION"}->[0];                  $_ = $row->{"EQUATION"}->[0];
4111                          my @MatchArray = /(cpd\d\d\d\d\d)/g;                          my @MatchArray = /(cpd\d\d\d\d\d)/g;
4112                          for (my $j=0; $j < @MatchArray; $j++) {                          for (my $j=0; $j < @MatchArray; $j++) {
4113                                  $CompoundList{$MatchArray[$j]}->{"c"} = 1;                                  $CompoundList{$MatchArray[$j]}->{"c"} = 1;
4114                          }                          }
4115                          $_ = $ReactionTable->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE")->{"EQUATION"}->[0];                  $_ = $row->{"EQUATION"}->[0];
4116                          @MatchArray = /(cpd\d\d\d\d\d\[\D\])/g;                          @MatchArray = /(cpd\d\d\d\d\d\[\D\])/g;
4117                          for (my $j=0; $j < @MatchArray; $j++) {                          for (my $j=0; $j < @MatchArray; $j++) {
4118                                  if ($MatchArray[$j] =~ m/(cpd\d\d\d\d\d)\[(\D)\]/) {                                  if ($MatchArray[$j] =~ m/(cpd\d\d\d\d\d)\[(\D)\]/) {
# Line 3692  Line 4121 
4121                                  }                                  }
4122                          }                          }
4123                  }                  }
         }  
4124    
4125          #Printing header to SBML file          #Printing header to SBML file
4126          my $ModelName = $self->id();          my $ModelName = $self->id().$self->selected_version();
4127          $ModelName =~ s/\./_/;          $ModelName =~ s/\./_/;
4128          print SBMLOUTPUT '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>'."\n";          print SBMLOUTPUT '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>'."\n";
4129      print SBMLOUTPUT '<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2" level="2" version="1" xmlns:html="http://www.w3.org/1999/xhtml">' . "\n";      print SBMLOUTPUT '<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2" level="2" version="1" xmlns:html="http://www.w3.org/1999/xhtml">' . "\n";
4130      if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODEL STATS")->{$self->id()}->[0]->{"Organism name"}->[0])) {          if (defined($self->name())) {
4131          print SBMLOUTPUT '<model id="'.$ModelName.'" name="'.$self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODEL STATS")->{$self->id()}->[0]->{"Organism name"}->[0].' SEED model">'."\n";                  print SBMLOUTPUT '<model id="'.$ModelName.'" name="'.$self->name().' SEED model">'."\n";
4132      } else {      } else {
4133          print SBMLOUTPUT '<model id="'.$ModelName.'" name="'.$self->id().' SEED model">'."\n";                  print SBMLOUTPUT '<model id="'.$ModelName.'" name="'.$self->id().$self->selected_version().' SEED model">'."\n";
4134      }      }
4135    
4136          #Printing the unit data          #Printing the unit data
# Line 3719  Line 4147 
4147      #Printing compartments for SBML file      #Printing compartments for SBML file
4148      print SBMLOUTPUT '<listOfCompartments>'."\n";      print SBMLOUTPUT '<listOfCompartments>'."\n";
4149      foreach my $Compartment (keys(%CompartmentsPresent)) {      foreach my $Compartment (keys(%CompartmentsPresent)) {
4150          if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPARTMENTS")->{$Compartment}->[0]->{"Name"}->[0])) {                  my $row = $cmpTbl->get_row_by_key($Compartment,"Abbreviation");
4151                  my @OutsideList = split(/\//,$self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPARTMENTS")->{$Compartment}->[0]->{"Outside"}->[0]);                  if (!defined($row) && !defined($row->{"Name"}->[0])) {
4152                            next;
4153                    }
4154                    my @OutsideList = split(/\//,$row->{"Outside"}->[0]);
4155                  my $Printed = 0;                  my $Printed = 0;
4156                  foreach my $Outside (@OutsideList) {                  foreach my $Outside (@OutsideList) {
4157                                  if (defined($CompartmentsPresent{$Outside}) && defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPARTMENTS")->{$Outside}->[0]->{"Name"}->[0])) {                          if (defined($CompartmentsPresent{$Outside}) && defined($row->{"Name"}->[0])) {
4158                                  print SBMLOUTPUT '<compartment id="'.$self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPARTMENTS")->{$Compartment}->[0]->{"Name"}->[0].'" outside="'.$self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPARTMENTS")->{$Outside}->[0]->{"Name"}->[0].'"/>'."\n";                                  print SBMLOUTPUT '<compartment id="'.$row->{"Name"}->[0].'" outside="'.$row->{"Name"}->[0].'"/>'."\n";
4159                                  $Printed = 1;                                  $Printed = 1;
4160                                  last;                                  last;
4161                          }                          }
4162                  }                  }
4163                  if ($Printed eq 0) {                  if ($Printed eq 0) {
4164                          print SBMLOUTPUT '<compartment id="'.$self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPARTMENTS")->{$Compartment}->[0]->{"Name"}->[0].'"/>'."\n";                          print SBMLOUTPUT '<compartment id="'.$row->{"Name"}->[0].'"/>'."\n";
                         }  
4165          }          }
4166      }      }
4167      print SBMLOUTPUT '</listOfCompartments>'."\n";      print SBMLOUTPUT '</listOfCompartments>'."\n";
# Line 3739  Line 4169 
4169      #Printing the list of metabolites involved in the model      #Printing the list of metabolites involved in the model
4170          print SBMLOUTPUT '<listOfSpecies>'."\n";          print SBMLOUTPUT '<listOfSpecies>'."\n";
4171      foreach my $Compound (keys(%CompoundList)) {      foreach my $Compound (keys(%CompoundList)) {
4172                    my $row = $cpdTbl->get_row_by_key($Compound,"DATABASE");
4173                    if (!defined($row)) {
4174                            next;
4175                    }
4176          my $Name = $Compound;          my $Name = $Compound;
4177                  my $Formula = "";                  my $Formula = "";
4178                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"FORMULA"}->[0])) {                  if (defined($row->{"FORMULA"}->[0])) {
4179                          $Formula = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"FORMULA"}->[0];                          $Formula = $row->{"FORMULA"}->[0];
4180                  }                  }
4181                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"NAME"}->[0])) {                  if (defined($row->{"NAME"}->[0])) {
4182                          $Name = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"NAME"}->[0];                          $Name = $row->{"NAME"}->[0];
4183                          $Name =~ s/\s/_/;                          $Name =~ s/\s/_/;
4184                          $Name .= "_".$Formula;                          $Name .= "_".$Formula;
4185                  }                  }
4186                  $Name =~ s/[<>;&\*]//;                  $Name =~ s/[<>;&\*]//;
4187                  my $Charge = 0;                  my $Charge = 0;
4188                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"CHARGE"}->[0])) {                  if (defined($row->{"CHARGE"}->[0])) {
4189                          $Charge = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"CHARGE"}->[0];                          $Charge = $row->{"CHARGE"}->[0];
4190                  }                  }
4191                  foreach my $Compartment (keys(%{$CompoundList{$Compound}})) {                  foreach my $Compartment (keys(%{$CompoundList{$Compound}})) {
4192                  if ($Compartment eq "e") {                  if ($Compartment eq "e") {
4193                          $ExchangeHash->{$Compound} = "e";                          $ExchangeHash->{$Compound} = "e";
4194                  }                  }
4195                  print SBMLOUTPUT '<species id="'.$Compound.'_'.$Compartment.'" name="'.$Name.'" compartment="'.$self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPARTMENTS")->{$Compartment}->[0]->{"Name"}->[0].'" charge="'.$Charge.'" boundaryCondition="false"/>'."\n";                          my $cmprow = $cmpTbl->get_row_by_key($Compartment,"Abbreviation");
4196                            print SBMLOUTPUT '<species id="'.$Compound.'_'.$Compartment.'" name="'.$Name.'" compartment="'.$cmprow->{"Name"}->[0].'" charge="'.$Charge.'" boundaryCondition="false"/>'."\n";
4197          }          }
4198      }      }
4199    
4200          #Printing the boundary species          #Printing the boundary species
4201          foreach my $Compound (keys(%{$ExchangeHash})) {          foreach my $Compound (keys(%{$ExchangeHash})) {
4202                  my $Name = $Compound;                  my $Name = $Compound;
4203                  my $Formula = "";                  my $Formula = "";
4204                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"FORMULA"}->[0])) {                  my $row = $cpdTbl->get_row_by_key($Compound,"DATABASE");
4205                          $Formula = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"FORMULA"}->[0];                  if (!defined($row)) {
4206                            next;
4207                    }
4208                    if (defined($row->{"FORMULA"}->[0])) {
4209                            $Formula = $row->{"FORMULA"}->[0];
4210                  }                  }
4211                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"NAME"}->[0])) {                  if (defined($row->{"NAME"}->[0])) {
4212                          $Name = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"NAME"}->[0];                          $Name = $row->{"NAME"}->[0];
4213                          $Name =~ s/\s/_/;                          $Name =~ s/\s/_/;
4214                          $Name .= "_".$Formula;                          $Name .= "_".$Formula;
4215                  }                  }
4216                  $Name =~ s/[<>;&\*]//;                  $Name =~ s/[<>;&\*]//;
4217                  my $Charge = 0;                  my $Charge = 0;
4218                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"CHARGE"}->[0])) {                  if (defined($row->{"CHARGE"}->[0])) {
4219                          $Charge = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->{$Compound}->[0]->{"CHARGE"}->[0];                          $Charge = $row->{"CHARGE"}->[0];
4220                  }                  }
4221                  print SBMLOUTPUT '<species id="'.$Compound.'_b" name="'.$Name.'" compartment="Extracellular" charge="'.$Charge.'" boundaryCondition="true"/>'."\n";                  print SBMLOUTPUT '<species id="'.$Compound.'_b" name="'.$Name.'" compartment="Extracellular" charge="'.$Charge.'" boundaryCondition="true"/>'."\n";
4222          }          }
# Line 3785  Line 4225 
4225      #Printing the list of reactions involved in the model      #Printing the list of reactions involved in the model
4226          my $ObjectiveCoef;          my $ObjectiveCoef;
4227      print SBMLOUTPUT '<listOfReactions>'."\n";      print SBMLOUTPUT '<listOfReactions>'."\n";
4228    
4229          foreach my $Reaction (@ReactionList) {          foreach my $Reaction (@ReactionList) {
4230          $ObjectiveCoef = "0.0";          $ObjectiveCoef = "0.0";
4231                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("REACTIONS")->{$Reaction}->[0]->{"EQUATION"}->[0])) {                  my $mdlrow = $mdlTbl->get_row_by_key($Reaction,"LOAD");
4232                    my $Reaction = $mdlrow->{"LOAD"}->[0];
4233                    my $row = $rxnTbl->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE");
4234                    if (!defined($row)) {
4235                            $row = $bioTbl->get_row_by_key($Reaction,"DATABASE");
4236                            if (!defined($row)) {
4237                                    next;
4238                            }
4239                    }
4240                    if (!defined($row->{"EQUATION"}->[0])) {
4241                            next;
4242                    }
4243                  if ($Reaction =~ m/^bio/) {                  if ($Reaction =~ m/^bio/) {
4244                                  $ObjectiveCoef = "1.0";                                  $ObjectiveCoef = "1.0";
4245                          }                          }
4246                          my $LowerBound = -10000;                          my $LowerBound = -10000;
4247                  my $UpperBound = 10000;                  my $UpperBound = 10000;
4248                          my ($Reactants,$Products) = $self->figmodel()->GetReactionSubstrateData($Reaction);                  my ($Reactants,$Products) = $self->figmodel()->GetReactionSubstrateDataFromEquation($row->{"EQUATION"}->[0]);
4249                  my $Name = $Reaction;                  my $Name = $Reaction;
4250                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("REACTIONS")->{$Reaction}->[0]->{"NAME"}->[0])) {                  if (defined($row->{"NAME"}->[0])) {
4251                          $Name = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("REACTIONS")->{$Reaction}->[0]->{"NAME"}->[0];                          $Name = $row->{"NAME"}->[0];
4252                                  $Name =~ s/[<>;&]//g;                                  $Name =~ s/[<>;&]//g;
4253                  }                  }
4254                  my $Reversibility = "true";                  my $Reversibility = "true";
4255                  if (defined($ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"DIRECTIONALITY"}->[0])) {                  if (defined($mdlrow->{"DIRECTIONALITY"}->[0])) {
4256                          if ($ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"DIRECTIONALITY"}->[0] ne "<=>") {                          if ($mdlrow->{"DIRECTIONALITY"}->[0] ne "<=>") {
4257                                  $LowerBound = 0;                                  $LowerBound = 0;
4258                                          $Reversibility = "false";                                          $Reversibility = "false";
4259                          }                          }
4260                          if ($ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"DIRECTIONALITY"}->[0] eq "<=") {                          if ($mdlrow->{"DIRECTIONALITY"}->[0] eq "<=") {
4261                                  my $Temp = $Products;                                  my $Temp = $Products;
4262                                  $Products = $Reactants;                                  $Products = $Reactants;
4263                                  $Reactants = $Temp;                                  $Reactants = $Temp;
# Line 3814  Line 4266 
4266                          print SBMLOUTPUT '<reaction id="'.$Reaction.'" name="'.$Name.'" reversible="'.$Reversibility.'">'."\n";                          print SBMLOUTPUT '<reaction id="'.$Reaction.'" name="'.$Name.'" reversible="'.$Reversibility.'">'."\n";
4267                          print SBMLOUTPUT "<notes>\n";                          print SBMLOUTPUT "<notes>\n";
4268                          my $ECData = "";                          my $ECData = "";
4269                          if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("REACTIONS")->{$Reaction}->[0]->{"ENZYME"}->[0])) {                  if (defined($row->{"ENZYME"}->[0])) {
4270                                  $ECData = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("REACTIONS")->{$Reaction}->[0]->{"ENZYME"}->[0];                          $ECData = $row->{"ENZYME"}->[0];
4271                          }                          }
4272                          my $SubsystemData = "";                          my $SubsystemData = "";
4273                          if (defined($ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"SUBSYSTEM"}->[0])) {                  if (defined($mdlrow->{"SUBSYSTEM"}->[0])) {
4274                                  $SubsystemData = $ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"SUBSYSTEM"}->[0];                          $SubsystemData = $mdlrow->{"SUBSYSTEM"}->[0];
4275                          }                          }
4276                          my $GeneAssociation = "";                          my $GeneAssociation = "";
4277                          my $ProteinAssociation = "";                          my $ProteinAssociation = "";
4278                          if (defined($ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}->[0])) {                  if (defined($mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}->[0])) {
4279                                  if (@{$ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}} == 1 && $ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] !~ m/\+/) {                          if (@{$mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}} == 1 && $mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] !~ m/\+/) {
4280                                          $GeneAssociation = $ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}->[0];                                  $GeneAssociation = $mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}->[0];
4281                                  } else {                                  } else {
4282                                          if (@{$ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}} > 1) {                                  if (@{$mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}} > 1) {
4283                                                  $GeneAssociation = "( ";                                                  $GeneAssociation = "( ";
4284                                          }                                          }
4285                                          for (my $i=0; $i < @{$ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}}; $i++) {                                  for (my $i=0; $i < @{$mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}}; $i++) {
4286                                                  if ($i > 0) {                                                  if ($i > 0) {
4287                                                          $GeneAssociation .= " )  or  ( ";                                                          $GeneAssociation .= " )  or  ( ";
4288                                                  }                                                  }
4289                                                  $GeneAssociation .= $ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}->[$i];                                          $GeneAssociation .= $mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$i];
4290                                          }                                          }
4291                                          if (@{$ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}} > 1) {                                  if (@{$mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}} > 1) {
4292                                                  $GeneAssociation .= " )";                                                  $GeneAssociation .= " )";
4293                                          }                                          }
4294                                  }                                  }
# Line 3845  Line 4297 
4297                                          $GeneAssociation = "( ".$GeneAssociation." )";                                          $GeneAssociation = "( ".$GeneAssociation." )";
4298                                  }                                  }
4299                                  $ProteinAssociation = $GeneAssociation;                                  $ProteinAssociation = $GeneAssociation;
4300                                  if (defined($self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODEL STATS")->{$self->id()}->[0]->{"Genome ID"}->[0])) {                          if (defined($self->genome())) {
4301                                          $ProteinAssociation = $self->figmodel()->translate_gene_to_protein($ModelTable->{$Reaction}->[0]->{"ASSOCIATED PEG"}->[0],$self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODEL STATS")->{$self->id()}->[0]->{"Genome ID"}->[0]);                                  $ProteinAssociation = $self->figmodel()->translate_gene_to_protein($mdlrow->{"ASSOCIATED PEG"}->[0],$self->genome());
4302                                  }                                  }
4303                          }                          }
4304                          print SBMLOUTPUT "<html:p>GENE_ASSOCIATION:".$GeneAssociation."</html:p>\n";                          print SBMLOUTPUT "<html:p>GENE_ASSOCIATION:".$GeneAssociation."</html:p>\n";
# Line 3877  Line 4329 
4329              print SBMLOUTPUT "</kineticLaw>\n";              print SBMLOUTPUT "</kineticLaw>\n";
4330                          print SBMLOUTPUT '</reaction>'."\n";                          print SBMLOUTPUT '</reaction>'."\n";
4331                  }                  }
         }  
4332    
4333          my @ExchangeList = keys(%{$ExchangeHash});          my @ExchangeList = keys(%{$ExchangeHash});
4334          foreach my $ExCompound (@ExchangeList) {          foreach my $ExCompound (@ExchangeList) {
4335                  my $ExCompoundName = $ExCompound;                  my $ExCompoundName = $ExCompound;
4336                  my $Row = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("COMPOUNDS")->get_row_by_key($ExCompound,"DATABASE");                  my $Row = $cpdTbl->get_row_by_key($ExCompound,"DATABASE");
4337                  if (defined($Row) && defined($Row->{"NAME"}->[0])) {                  if (defined($Row) && defined($Row->{"NAME"}->[0])) {
4338                          $ExCompoundName = $Row->{"NAME"}->[0];                          $ExCompoundName = $Row->{"NAME"}->[0];
4339                          $ExCompoundName =~ s/[<>;&]//g;                          $ExCompoundName =~ s/[<>;&]//g;
# Line 3922  Line 4373 
4373          close(SBMLOUTPUT);          close(SBMLOUTPUT);
4374  }  }
4375    
4376    =head3 PrintModelSimpleReactionTable
4377    Definition:
4378            success()/fail() FIGMODELmodel->PrintModelSimpleReactionTable();
4379    Description:
4380            Prints the table of model data
4381    =cut
4382    sub PrintModelSimpleReactionTable {
4383            my ($self) = @_;
4384    
4385            my $rxntbl = $self->reaction_table();
4386            my $tbl = $self->create_table_prototype("ModelSimpleReactionTable");
4387            for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {
4388                    my $row = $rxntbl->get_row($i);
4389                    $row->{DATABASE} = $row->{LOAD};
4390                    $tbl->add_row($row);
4391            }
4392            $tbl->save();
4393    }
4394    
4395  =head3 PrintModelLPFile  =head3 PrintModelLPFile
4396  Definition:  Definition:
4397          success()/fail() FIGMODELmodel->PrintModelLPFile();          success()/fail() FIGMODELmodel->PrintModelLPFile();
# Line 4109  Line 4579 
4579          $self->reaction_table()->save();          $self->reaction_table()->save();
4580  }  }
4581    
4582    =head3 feature_web_data
4583    Definition:
4584            string:web output for feature/model connection = FIGMODELmodel->feature_web_data(FIGMODELfeature:feature);
4585    Description:
4586    =cut
4587    sub feature_web_data {
4588            my ($self,$feature) = @_;
4589    
4590            #First checking if the feature is in the model
4591            my $featureGenome = $feature->{GENOME}->[0];
4592            if ($feature->{GENOME}->[0] =~ m/\>(\d+\.\d+)\</) {
4593                    $featureGenome = $1;
4594            }
4595            if ($featureGenome ne $self->genome()) {
4596                    return "Not in model";
4597            }
4598            my $data = $self->get_feature_data($feature->{ID}->[0]);
4599            if (!defined($data)) {
4600                    return "Not in model";
4601            }
4602    
4603            my $output;
4604            #Printing predictions
4605            if (defined($data->{$self->id()."PREDICTIONS"})) {
4606                    #Parsing essentiality data
4607                    my $essentialityData;
4608                    if (defined($feature->{ESSENTIALITY})) {
4609                            for (my $i=0; $i < @{$feature->{ESSENTIALITY}};$i++) {
4610                                    my @temp = split(/:/,$feature->{ESSENTIALITY}->[$i]);
4611                                    $essentialityData->{$temp[0]} = $temp[1];
4612                            }
4613                    }
4614                    my $predictionHash;
4615                    for (my $i=0; $i < @{$data->{$self->id()."PREDICTIONS"}};$i++) {
4616                            my @temp = split(/:/,$data->{$self->id()."PREDICTIONS"}->[$i]);
4617                            if (defined($essentialityData->{$temp[0]})) {
4618                                    if ($temp[1] eq "essential" && $essentialityData->{$temp[0]} eq "essential") {
4619                                            push(@{$predictionHash->{"Correct negative"}},$temp[0]);
4620                                    } elsif ($temp[1] eq "nonessential" && $essentialityData->{$temp[0]} eq "essential") {
4621                                            push(@{$predictionHash->{"False positive"}},$temp[0]);
4622                                    } elsif ($temp[1] eq "essential" && $essentialityData->{$temp[0]} eq "nonessential") {
4623                                            push(@{$predictionHash->{"False negative"}},$temp[0]);
4624                                    } elsif ($temp[1] eq "nonessential" && $essentialityData->{$temp[0]} eq "nonessential") {
4625                                            push(@{$predictionHash->{"Correct positive"}},$temp[0]);
4626                                    }
4627                            } else {
4628                                    push(@{$predictionHash->{$temp[1]}},$temp[0]);
4629                            }
4630                    }
4631                    foreach my $key (keys(%{$predictionHash})) {
4632                            my $string = $key;
4633                            $string = ucfirst($string);
4634                            push(@{$output},'<span title="'.join(", ",@{$predictionHash->{$key}}).'">'.$string.'</span>');
4635                    }
4636            }
4637    
4638            #Printing reactions
4639            if (defined($data->{$self->id()."REACTIONS"})) {
4640                    for (my $i=0; $i < @{$data->{$self->id()."REACTIONS"}};$i++) {
4641                            my $rxnData = $self->get_reaction_data($data->{$self->id()."REACTIONS"}->[$i]);
4642                            my $reactionString = $self->figmodel()->web()->create_reaction_link($data->{$self->id()."REACTIONS"}->[$i],join(" or ",@{$rxnData->{"ASSOCIATED PEG"}}),$self->id());
4643                            if (defined($rxnData->{PREDICTIONS})) {
4644                                    my $predictionHash;
4645                                    for (my $i=0; $i < @{$rxnData->{PREDICTIONS}};$i++) {
4646                                            my @temp = split(/:/,$rxnData->{PREDICTIONS}->[$i]);
4647                                            push(@{$predictionHash->{$temp[1]}},$temp[0]);
4648                                    }
4649                                    $reactionString .= "(";
4650                                    foreach my $key (keys(%{$predictionHash})) {
4651                                            if ($key eq "Essential =>") {
4652                                                    $reactionString .= '<span title="Essential in '.join(",",@{$predictionHash->{$key}}).'">E=></span>,';
4653                                            } elsif ($key eq "Essential <=") {
4654                                                    $reactionString .= '<span title="Essential in '.join(",",@{$predictionHash->{$key}}).'">E<=</span>,';
4655                                            } elsif ($key eq "Active =>") {
4656                                                    $reactionString .= '<span title="Active in '.join(",",@{$predictionHash->{$key}}).'">A=></span>,';
4657                                            } elsif ($key eq "Active <=") {
4658                                                    $reactionString .= '<span title="Active in '.join(",",@{$predictionHash->{$key}}).'">A<=</span>,';
4659                                            } elsif ($key eq "Active <=>") {
4660                                                    $reactionString .= '<span title="Active in '.join(",",@{$predictionHash->{$key}}).'">A</span>,';
4661                                            } elsif ($key eq "Inactive") {
4662                                                    $reactionString .= '<span title="Inactive in '.join(",",@{$predictionHash->{$key}}).'">I</span>,';
4663                                            } elsif ($key eq "Dead") {
4664                                                    $reactionString .= '<span title="Dead">D</span>,';
4665                                            }
4666                                    }
4667                                    $reactionString =~ s/,$/)/;
4668                            }
4669                            push(@{$output},$reactionString);
4670                    }
4671            }
4672    
4673            #Returning output
4674            return join("<br>",@{$output});
4675    }
4676    
4677    =head3 remove_obsolete_reactions
4678    Definition:
4679            void FIGMODELmodel->remove_obsolete_reactions();
4680    Description:
4681    =cut
4682    sub remove_obsolete_reactions {
4683            my ($self) = @_;
4684    
4685            (my $dummy,my $translation) = $self->figmodel()->put_two_column_array_in_hash($self->figmodel()->database()->load_multiple_column_file($self->figmodel()->config("Translation directory")->[0]."ObsoleteRxnIDs.txt","\t"));
4686            my $rxnTbl = $self->reaction_table();
4687            if (defined($rxnTbl)) {
4688                    for (my $i=0; $i < $rxnTbl->size(); $i++) {
4689                            my $row = $rxnTbl->get_row($i);
4690                            if (defined($translation->{$row->{LOAD}->[0]}) || defined($translation->{$row->{LOAD}->[0]."r"})) {
4691                                    my $direction = $row->{DIRECTION}->[0];
4692                                    my $newRxn;
4693                                    if (defined($translation->{$row->{LOAD}->[0]."r"})) {
4694                                            $newRxn = $translation->{$row->{LOAD}->[0]."r"};
4695                                            if ($direction eq "<=") {
4696                                                    $direction = "=>";
4697                                            } elsif ($direction eq "=>") {
4698                                                    $direction = "<=";
4699                                            }
4700                                    } else {
4701                                            $newRxn = $translation->{$row->{LOAD}->[0]};
4702                                    }
4703                                    #Checking if the new reaction is already in the model
4704                                    my $newRow = $rxnTbl->get_row_by_key($newRxn,"LOAD");
4705                                    if (defined($newRow)) {
4706                                            #Handling direction
4707                                            if ($newRow->{DIRECTION}->[0] ne $direction) {
4708                                                    $newRow->{DIRECTION}->[0] = "<=>";
4709                                            }
4710                                            push(@{$row->{"ASSOCIATED PEG"}},@{$rxnTbl->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}});
4711                                    } else {
4712                                            $rxnTbl->get_row($i)->{LOAD}->[0] = $newRxn;
4713                                            $rxnTbl->get_row($i)->{DIRECTION}->[0] = $direction;
4714                                    }
4715                            }
4716                    }
4717                    $rxnTbl->save();
4718            }
4719    }
4720    
4721    =pod
4722    
4723    =item * [string]:I<list of essential genes> = B<run_geneKO_slow> (string:I<media>,0/1:I<max growth>,0/1:I<save results>);
4724    
4725    =cut
4726    
4727    sub run_geneKO_slow {
4728            my ($self,$media,$maxGrowth,$save) = @_;
4729            my $output;
4730            my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();
4731            if (defined($maxGrowth) && $maxGrowth == 1) {
4732                    system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$media,["ProductionMFA"],{"perform single KO experiments" => 1,"MFASolver" => "GLPK","Constrain objective to this fraction of the optimal value" => 0.999},"SlowGeneKO-".$self->id().$self->selected_version()."-".$UniqueFilename.".log",undef,$self->selected_version()));
4733            } else {
4734                    system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$media,["ProductionMFA"],{"perform single KO experiments" => 1,"MFASolver" => "GLPK","Constrain objective to this fraction of the optimal value" => 0.1},"SlowGeneKO-".$self->id().$self->selected_version()."-".$UniqueFilename.".log",undef,$self->selected_version()));
4735            }
4736            if (!-e $self->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."DeletionStudyResults.txt") {
4737                    print "Deletion study file not found!.\n";
4738                    return undef;
4739            }
4740            my $deltbl = $self->figmodel()->database()->load_table($self->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."DeletionStudyResults.txt",";","|",1,["Experiment"]);
4741            for (my $i=0; $i < $deltbl->size(); $i++) {
4742                    my $row = $deltbl->get_row($i);
4743                    if ($row->{"Insilico growth"}->[0] < 0.0000001) {
4744                            push(@{$output},$row->{Experiment}->[0]);
4745                    }
4746            }
4747            if (defined($output)) {
4748                    if (defined($save) && $save == 1) {
4749                            my $tbl = $self->essentials_table();
4750                            my $row = $tbl->get_row_by_key($media,"MEDIA",1);
4751                            $row->{"ESSENTIAL GENES"} = $output;
4752                            $tbl->save();
4753                    }
4754            }
4755            return $output;
4756    }
4757    
4758    =pod
4759    
4760    =item * [string]:I<list of minimal genes> = B<run_gene_minimization> (string:I<media>,0/1:I<max growth>,0/1:I<save results>);
4761    
4762    =cut
4763    
4764    sub run_gene_minimization {
4765            my ($self,$media,$maxGrowth,$save) = @_;
4766            my $output;
4767    
4768            #Running the MFAToolkit
4769            my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();
4770            if (defined($maxGrowth) && $maxGrowth == 1) {
4771                    system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$media,["ProductionMFA"],{"optimize organism genes" => 1,"MFASolver" => "CPLEX","Constrain objective to this fraction of the optimal value" => 0.999},"MinimizeGenes-".$self->id().$self->selected_version()."-".$UniqueFilename.".log",undef,$self->selected_version()));
4772            } else {
4773                    system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$media,["ProductionMFA"],{"optimize organism genes" => 1,"MFASolver" => "CPLEX","Constrain objective to this fraction of the optimal value" => 0.1},"MinimizeGenes-".$self->id().$self->selected_version()."-".$UniqueFilename.".log",undef,$self->selected_version()));
4774            }
4775            my $tbl = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);
4776            if (!defined($tbl)) {
4777                    return undef;
4778            }
4779            for (my $i=0; $i < $tbl->size(); $i++) {
4780                    my $row = $tbl->get_row($i);
4781                    if ($row->{Notes}->[0] =~ m/Recursive\sMILP\sGENE_USE\soptimization/) {
4782                            my @array = split(/\|/,$row->{Notes}->[0]);
4783                            my $solution = $array[0];
4784                            $_ = $solution;
4785                            my @OriginalArray = /(peg\.\d+)/g;
4786                            push(@{$output},@OriginalArray);
4787                            last;
4788                    }
4789            }
4790    
4791            if (defined($output)) {
4792                    if (defined($save) && $save == 1) {
4793                            my $tbl = $self->load_model_table("MinimalGenes");
4794                            my $row = $tbl->get_table_by_key("MEDIA",$media)->get_row_by_key("MAXGROWTH",$maxGrowth);
4795                            if (defined($row)) {
4796                                    $row->{GENES} = $output;
4797                            } else {
4798                                    $tbl->add_row({GENES => $output,MEDIA => [$media],MAXGROWTH => [$maxGrowth]});
4799                            }
4800                            $tbl->save();
4801                    }
4802            }
4803            return $output;
4804    }
4805    
4806    =pod
4807    
4808    =item * [string]:I<list of inactive genes> = B<identify_inactive_genes> (string:I<media>,0/1:I<max growth>,0/1:I<save results>);
4809    
4810    =cut
4811    
4812    sub identify_inactive_genes {
4813            my ($self,$media,$maxGrowth,$save) = @_;
4814            my $output;
4815            #Running the MFAToolkit
4816            my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();
4817            if (defined($maxGrowth) && $maxGrowth == 1) {
4818                    system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$media,["ProductionMFA"],{"find tight bounds" => 1,"MFASolver" => "GLPK","Constrain objective to this fraction of the optimal value" => 0.999},"Classify-".$self->id().$self->selected_version()."-".$UniqueFilename.".log",undef,$self->selected_version()));
4819            } else {
4820                    system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$media,["ProductionMFA"],{"find tight bounds" => 1,"MFASolver" => "GLPK","Constrain objective to this fraction of the optimal value" => 0.1},"Classify-".$self->id().$self->selected_version()."-".$UniqueFilename.".log",undef,$self->selected_version()));
4821            }
4822            #Reading in the output bounds file
4823            my $ReactionTB;
4824            if (-e $self->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/TightBoundsReactionData0.txt") {
4825                    $ReactionTB = $self->figmodel()->database()->load_table($self->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/TightBoundsReactionData0.txt",";","|",1,["DATABASE ID"]);
4826            }
4827            if (!defined($ReactionTB)) {
4828                    print STDERR "FIGMODEL:ClassifyModelReactions: Classification file not found when classifying reactions in ".$self->id().$self->selected_version()." with ".$media." media. Most likely the model did not grow.\n";
4829                    return undef;
4830            }
4831            #Clearing output
4832            $self->figmodel()->clearing_output($UniqueFilename,"Classify-".$self->id().$self->selected_version()."-".$UniqueFilename.".log");
4833            my $geneHash;
4834            my $activeGeneHash;
4835            for (my $i=0; $i < $ReactionTB->size(); $i++) {
4836                    my $Row = $ReactionTB->get_row($i);
4837                    if (defined($Row->{"Min FLUX"}) && defined($Row->{"Max FLUX"}) && defined($Row->{"DATABASE ID"}) && $Row->{"DATABASE ID"}->[0] =~ m/rxn\d\d\d\d\d/) {
4838                            my $data = $self->get_reaction_data($Row->{"DATABASE ID"}->[0]);
4839                            if (defined($data->{"ASSOCIATED PEG"})) {
4840                                    my $active = 0;
4841                                    if ($Row->{"Min FLUX"}->[0] > 0.00000001 || $Row->{"Max FLUX"}->[0] < -0.00000001 || ($Row->{"Max FLUX"}->[0]-$Row->{"Min FLUX"}->[0]) > 0.00000001) {
4842                                            $active = 1;
4843                                    }
4844                                    for (my $j=0; $j < @{$data->{"ASSOCIATED PEG"}}; $j++) {
4845                                            $_ = $data->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j];
4846                                            my @OriginalArray = /(peg\.\d+)/g;
4847                                            for (my $k=0; $k < @OriginalArray; $k++) {
4848                                                    if ($active == 1) {
4849                                                            $activeGeneHash->{$OriginalArray[$k]} = 1;
4850                                                    }
4851                                                    $geneHash->{$OriginalArray[$k]} = 1;
4852                                            }
4853                                    }
4854                            }
4855                    }
4856            }
4857            my @allGenes = keys(%{$geneHash});
4858            for (my $i=0; $i < @allGenes; $i++) {
4859                    if (!defined($activeGeneHash->{$allGenes[$i]})) {
4860                            push(@{$output},$allGenes[$i]);
4861                    }
4862            }
4863            if (defined($output)) {
4864                    if (defined($save) && $save == 1) {
4865                            my $tbl = $self->load_model_table("InactiveGenes");
4866                            my $row = $tbl->get_table_by_key("MEDIA",$media)->get_row_by_key("MAXGROWTH",$maxGrowth);
4867                            if (defined($row)) {
4868                                    $row->{GENES} = $output;
4869                            } else {
4870                                    $tbl->add_row({GENES => $output,MEDIA => [$media],MAXGROWTH => [$maxGrowth]});
4871                            }
4872                            $tbl->save();
4873                    }
4874            }
4875            return $output;
4876    }
4877    
4878    sub ConvertVersionsToHistoryFile {
4879            my ($self) = @_;
4880            my $vone = 0;
4881            my $vtwo = 0;
4882            my $continue = 1;
4883            my $lastTable;
4884            my $currentTable;
4885            my $cause;
4886            my $lastChanged = 0;
4887            my $noHitCount = 0;
4888            while ($continue == 1) {
4889                    $cause = "NONE";
4890                    $currentTable = undef;
4891                    if (-e $self->directory().$self->id()."V".($vone+1).".".$vtwo.".txt") {
4892                            $noHitCount = 0;
4893                            $lastChanged = 0;
4894                            $vone = $vone+1;
4895                            $currentTable = $self->figmodel()->database()->load_table($self->directory().$self->id()."V".$vone.".".$vtwo.".txt",";","|",1,["LOAD","DIRECTIONALITY","COMPARTMENT","ASSOCIATED PEG"]);
4896                            $cause = "RECONSTRUCTION";
4897                    } elsif (-e $self->directory().$self->id()."V".$vone.".".($vtwo+1).".txt") {
4898                            $noHitCount = 0;
4899                            $lastChanged = 0;
4900                            $vtwo = $vtwo+1;
4901                            $currentTable = $self->figmodel()->database()->load_table($self->directory().$self->id()."V".$vone.".".$vtwo.".txt",";","|",1,["LOAD","DIRECTIONALITY","COMPARTMENT","ASSOCIATED PEG"]);
4902                            $cause = "AUTOCOMPLETION";
4903                    } elsif ($lastChanged == 0) {
4904                            $lastChanged = 1;
4905                            $vone = $vone+1;
4906                            $cause = "RECONSTRUCTION";
4907                    } elsif ($lastChanged == 1) {
4908                            $lastChanged = 2;
4909                            $vone = $vone-1;
4910                            $vtwo = $vtwo+1;
4911                            $cause = "AUTOCOMPLETION";
4912                    } elsif ($lastChanged == 2) {
4913                            $lastChanged = 0;
4914                            $vone = $vone+1;
4915                            $cause = "RECONSTRUCTION";
4916                    }
4917                    if (defined($currentTable)) {
4918                            if (defined($lastTable)) {
4919                                    print $cause."\t".$self->directory().$self->id()."V".$vone.".".$vtwo.".txt\n";
4920                                    $self->calculate_model_changes($lastTable,$cause,$currentTable,"V".$vone.".".$vtwo);
4921                            }
4922                            $lastTable = $currentTable;
4923                    } else {
4924                            $noHitCount++;
4925                            if ($noHitCount >= 40) {
4926                                    last;
4927                            }
4928                    }
4929            }
4930    }
4931    
4932  1;  1;

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.22

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3