[Bio] / FigKernelPackages / FIGMODELmodel.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGMODELmodel.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.13, Mon May 10 21:45:44 2010 UTC revision 1.19, Wed Jun 2 08:05:35 2010 UTC
# Line 28  Line 28 
28          }          }
29    
30          #Checking that the id exists          #Checking that the id exists
31          my $tbl = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODELS");          my $modelHandle = $self->figmodel()->database()->get_object_manager("model");
32          if (!defined($tbl)) {          if (!defined($modelHandle)) {
33                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not load MODELS table. Check database!");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not load MODELS table. Check database!");
34                  return undef;                  return undef;
35          }          }
36    
37          #If the id is a number, we get the model row by index          #If the id is a number, we get the model row by index
         my $index = $id;  
38          if ($id =~ m/^\d+$/) {          if ($id =~ m/^\d+$/) {
39                  $self->{_data} = $tbl->get_row($id);                  my $objects = $modelHandle->get_objects();
40          } else {                  $self->{_data} = $objects->[$id];
41                  $self->{_data} = $tbl->get_row_by_key($id,"id");                  $self->figmodel()->{_models}->{$id} = $self;
42                  if (!defined($self->{_data})) {          } else {
43                          if ($id =~ m/(.+)(V[^V]+)/) {                  my $objects = $modelHandle->get_objects({id => $id});
44                                  $self->{_data} = $tbl->get_row_by_key($1,"id");                  if (!defined($objects->[0]) && $id =~ m/(.+)(V[^V]+)/) {
45                                  if (!defined($self->{_data})) {                          $objects = $modelHandle->get_objects({id => $1});
46                            if (!defined($objects->[0])) {
47                                          $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find model ".$id." in database!");                                          $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find model ".$id." in database!");
48                                          return undef;                                          return undef;
49                                  }                                  }
50                                  $self->{_selectedversion} = $2;                                  $self->{_selectedversion} = $2;
51                          } else {                  } elsif (!defined($objects->[0])) {
52                                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find model ".$id." in database!");                                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find model ".$id." in database!");
53                                  return undef;                                  return undef;
54                          }                          }
55                  }                  $self->{_data} = $objects->[0];
                 $index = $tbl->row_index($self->{_data});  
56          }          }
57          if (!defined($self->{_data})) {          if (!defined($self->{_data})) {
58                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find specified id in database!");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODELmodel->new(figmodel,".$id."):could not find specified id in database!");
59                  return undef;                  return undef;
60          }          }
         $self->{_index} = $index;  
61          $self->figmodel()->{_models}->{$self->id()} = $self;          $self->figmodel()->{_models}->{$self->id()} = $self;
62          $self->figmodel()->{_models}->{$self->index()} = $self;  
63          return $self;          return $self;
64  }  }
65    
# Line 118  Line 116 
116  =cut  =cut
117  sub fig {  sub fig {
118          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
   
119          if (!defined($self->{_fig}) && $self->source() !~ /^MGRAST/) {          if (!defined($self->{_fig}) && $self->source() !~ /^MGRAST/) {
120                  if ($self->source() =~ /^RAST/) {                  if ($self->source() =~ /^RAST/) {
121                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();#$self->genome());                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();#$self->genome());
# Line 126  Line 123 
123                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();                          $self->{"_fig"} = $self->figmodel()->fig();
124                  }                  }
125          }          }
   
126          return $self->{"_fig"};          return $self->{"_fig"};
127  }  }
128    
# Line 170  Line 166 
166  =cut  =cut
167  sub mgdata {  sub mgdata {
168          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
   
169          if (!defined($self->{_mgdata}) && $self->source() =~ /^MGRAST/) {          if (!defined($self->{_mgdata}) && $self->source() =~ /^MGRAST/) {
170                  require MGRAST;                  require MGRAST;
171                  $self->{_mgdata} = $self->figmodel()->mgrast()->Job->get_objects( { 'genome_id' => $self->genome() } )                  $self->{_mgdata} = $self->figmodel()->mgrast()->Job->get_objects( { 'genome_id' => $self->genome() } )
172          }          }
   
173          return $self->{_mgdata};          return $self->{_mgdata};
174  }  }
175    
# Line 187  Line 181 
181  =cut  =cut
182  sub id {  sub id {
183          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
184          return $self->{_data}->{id}->[0];          return $self->{_data}->id();
185  }  }
186    
187  =head3 owner  =head3 owner
# Line 198  Line 192 
192  =cut  =cut
193  sub owner {  sub owner {
194          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
195          return $self->{_data}->{owner}->[0];          return $self->{_data}->owner();
 }  
   
 =head3 index  
 Definition:  
         string = FIGMODELmodel->index();  
 Description:  
         Returns model index  
 =cut  
 sub index {  
         my ($self) = @_;  
         return $self->{_index};  
196  }  }
197    
198  =head3 name  =head3 name
# Line 228  Line 211 
211                          if (defined($self->mgdata())) {                          if (defined($self->mgdata())) {
212                                  $self->{_name} = $self->mgdata()->genome_name;                                  $self->{_name} = $self->mgdata()->genome_name;
213                          }                          }
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_name} = $self->stats()->{'Organism name'}->[0];  
214                  } elsif ($source !~ /^RAST/) {                  } elsif ($source !~ /^RAST/) {
215                          $self->{_name} = $self->fig()->orgname_of_orgid($self->genome());                          $self->{_name} = $self->fig()->orgname_of_orgid($self->genome());
216                    } else {
217                            $self->{_name} = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome())->{NAME}->[0];
218                  }                  }
219          }          }
220    
221          return $self->{_name};          return $self->{_name};
222  }  }
223    
 =head3 stats  
 Definition:  
         string = FIGMODELmodel->stats();  
 Description:  
         Returns model stats  
 =cut  
 sub stats {  
         my ($self) = @_;  
   
         if (!defined($self->{_stats})) {  
                 $self->{_stats} = $self->figmodel()->database()->GetDBTable("MODEL STATS")->get_row_by_key($self->id(),"Model ID");  
         }  
         return $self->{_stats};  
 }  
   
224  =head3 get_reaction_class  =head3 get_reaction_class
225  Definition:  Definition:
226          string = FIGMODELmodel->get_reaction_class(string::reaction ID);          string = FIGMODELmodel->get_reaction_class(string::reaction ID);
# Line 260  Line 228 
228          Returns reaction class          Returns reaction class
229  =cut  =cut
230  sub get_reaction_class {  sub get_reaction_class {
231          my ($self,$reaction,$nohtml) = @_;          my ($self,$reaction,$nohtml,$brief_flux) = @_;
232    
233          if (!-e $self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().".tbl") {          if (!-e $self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().".tbl") {
234                  if (!defined($self->{_reaction_classes})) {                  if (!defined($self->{_reaction_classes})) {
# Line 277  Line 245 
245                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[0];                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[0];
246                          if ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive") {                          if ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive") {
247                                  $class = "Essential =>";                                  $class = "Essential =>";
248                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
249                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative") {
250                                  $class = "Essential <=";                                  $class = "Essential <=";
251                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
252                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive variable") {
253                                  $class = "Active =>";                                  $class = "Active =>";
254                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
255                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative variable") {
256                                  $class = "Active <=";                                  $class = "Active <=";
257                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
258                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Variable") {
259                                  $class = "Active <=>";                                  $class = "Active <=>";
260                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $class.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
261                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Blocked") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Blocked") {
262                                  $class = "Inactive";                                  $class = "Inactive";
263                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Dead") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Dead") {
# Line 324  Line 292 
292                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[$i];                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[$i];
293                          if ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive") {                          if ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive") {
294                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential =>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential =>";
295                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
296                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative") {
297                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential <=";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential <=";
298                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
299                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive variable") {
300                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active =>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active =>";
301                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
302                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative variable") {
303                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=";
304                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
305                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Variable") {
306                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=>";
307                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";                                  $brief_flux ? $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>" : $NewClass.="<br>[Flux: ".$min." to ".$max."]<br>";
308                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Blocked") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Blocked") {
309                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Inactive";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Inactive";
310                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Dead") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Dead") {
# Line 363  Line 331 
331    
332          if (!defined($self->{_biomass})) {          if (!defined($self->{_biomass})) {
333                  my $rxntbl = $self->reaction_table();                  my $rxntbl = $self->reaction_table();
334                    if (defined($rxntbl)) {
335                  for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {                  for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {
336                          if ($rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0] =~ m/bio\d\d\d\d\d/) {                          if ($rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0] =~ m/bio\d\d\d\d\d/) {
337                                  $self->{_biomass} = $rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0];                                  $self->{_biomass} = $rxntbl->get_row($i)->{"LOAD"}->[0];
# Line 370  Line 339 
339                          }                          }
340                  }                  }
341          }          }
342            }
343    
344          return $self->get_reaction_data($self->{_biomass});          return $self->get_reaction_data($self->{_biomass});
345  }  }
# Line 417  Line 387 
387  =cut  =cut
388  sub load_model_table {  sub load_model_table {
389          my ($self,$name,$refresh) = @_;          my ($self,$name,$refresh) = @_;
390          if (!defined($refresh)) {          if (defined($refresh) && $refresh == 1) {
                 $refresh = 1;  
         }  
         if ($refresh == 1) {  
391                  delete $self->{"_".$name};                  delete $self->{"_".$name};
392          }          }
393          if (!defined($self->{"_".$name})) {          if (!defined($self->{"_".$name})) {
394                  my $tbldef = $self->figmodel()->config("$name");                  my $tbldef = $self->figmodel()->config($name);
395                  if (!defined($tbldef)) {                  if (!defined($tbldef)) {
396                          return undef;                          return undef;
397                  }                  }
398                  my $filename = $self->directory().$name."-".$self->id().$self->selected_version().".tbl";                  my $itemDelim = "|";
399                  $self->{"_".$name} = $self->figmodel()->database()->load_table($filename,"\t","|",$tbldef->{headingline}->[0],$tbldef->{hashcolumns});                  if (defined($tbldef->{itemdelimiter}->[0])) {
400                  if (!defined($self->{"_".$name})) {                          $itemDelim = $tbldef->{itemdelimiter}->[0];
401                            if ($itemDelim eq "SC") {
402                                    $itemDelim = ";";
403                            }
404                    }
405                    my $columnDelim = "\t";
406                    if (defined($tbldef->{columndelimiter}->[0])) {
407                            $columnDelim = $tbldef->{columndelimiter}->[0];
408                            if ($columnDelim eq "SC") {
409                                    $columnDelim = ";";
410                            }
411                    }
412                    my $suffix = ".tbl";
413                    if (defined($tbldef->{filename_suffix}->[0])) {
414                            $suffix = $tbldef->{filename_suffix}->[0];
415                    }
416                    my $filename = $self->directory().$name."-".$self->id().$self->selected_version().$suffix;
417                    if (defined($tbldef->{filename_prefix}->[0])) {
418                            if ($tbldef->{filename_prefix}->[0] eq "NONE") {
419                                    $filename = $self->directory().$self->id().$self->selected_version().$suffix;
420                            } else {
421                                    $filename = $self->directory().$tbldef->{filename_prefix}->[0]."-".$self->id().$self->selected_version().$suffix;
422                            }
423                    }
424                    if (-e $filename) {
425                            $self->{"_".$name} = $self->figmodel()->database()->load_table($filename,$columnDelim,$itemDelim,$tbldef->{headingline}->[0],$tbldef->{hashcolumns});
426                    } else {
427                          if (defined($tbldef->{prefix})) {                          if (defined($tbldef->{prefix})) {
428                                  $self->{"_".$name} = FIGMODELTable->new($tbldef->{columns},$filename,$tbldef->{hashcolumns},"\t","|",join(@{$tbldef->{prefix}},"\n"));                                  $self->{"_".$name} = FIGMODELTable->new($tbldef->{columns},$filename,$tbldef->{hashcolumns},$columnDelim,$itemDelim,join(@{$tbldef->{prefix}},"\n"));
429                          } else {                          } else {
430                                  $self->{"_".$name} = FIGMODELTable->new($tbldef->{columns},$filename,$tbldef->{hashcolumns},"\t","|");                                  $self->{"_".$name} = FIGMODELTable->new($tbldef->{columns},$filename,$tbldef->{hashcolumns},$columnDelim,$itemDelim);
431                          }                          }
432                  }                  }
433          }          }
434          return $self->{"_".$name};          return $self->{"_".$name};
435  }  }
436    
437    =head3 create_table_prototype
438    
439    Definition:
440            FIGMODELTable::table = FIGMODELmodel->create_table_prototype(string::table);
441    Description:
442            Returns a empty FIGMODELTable with all the metadata associated with the input table name
443    
444    =cut
445    sub create_table_prototype {
446            my ($self,$TableName) = @_;
447    
448            #Checking if the table definition exists in the FIGMODELconfig file
449            if (!defined($self->figmodel()->config($TableName))) {
450                    $self->figmodel()->error_message("FIGMODELdatabase:create_table_prototype:Definition not found for ".$TableName);
451                    return undef;
452            }
453            #Checking that this is a database table
454            if (!defined($self->config($TableName)->{tabletype}) || $self->config($TableName)->{tabletype}->[0] ne "ModelTable") {
455                    $self->figmodel()->error_message("FIGMODELdatabase:create_table_prototype:".$TableName." is not a model table!");
456                    return undef;
457            }
458            if (!defined($self->config($TableName)->{delimiter})) {
459                    $self->config($TableName)->{delimiter}->[0] = ";";
460            }
461            if (!defined($self->config($TableName)->{itemdelimiter})) {
462                    $self->config($TableName)->{itemdelimiter}->[0] = "|";
463            }
464            my $prefix;
465            if (defined($self->config($TableName)->{prefix})) {
466                    $prefix = join("\n",@{$self->config($TableName)->{prefix}});
467            }
468            my $tbl = FIGMODELTable->new($self->config($TableName)->{columns},$self->directory().$self->config($TableName)->{filename_prefix}->[0]."-".$self->id().$self->selected_version().".txt",$self->config($TableName)->{hashcolumns},$self->config($TableName)->{delimiter}->[0],$self->config($TableName)->{itemdelimiter}->[0],$prefix);
469            return $tbl;
470    }
471    
472  =head3 get_reaction_number  =head3 get_reaction_number
473  Definition:  Definition:
474          int = FIGMODELmodel->get_reaction_number();          int = FIGMODELmodel->get_reaction_number();
# Line 449  Line 477 
477  =cut  =cut
478  sub get_reaction_number {  sub get_reaction_number {
479          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
   
480          if (!defined($self->reaction_table())) {          if (!defined($self->reaction_table())) {
481                  return 0;                  return 0;
482          }          }
   
483          return $self->reaction_table()->size();          return $self->reaction_table()->size();
484  }  }
485    
# Line 464  Line 490 
490          Returns FIGMODELTable with the reaction list for the model          Returns FIGMODELTable with the reaction list for the model
491  =cut  =cut
492  sub reaction_table {  sub reaction_table {
493          my ($self) = @_;          my ($self,$clear) = @_;
494            my $tbl = $self->load_model_table("ModelReactions",$clear);
         if (!defined($self->{_reaction_data})) {  
                 $self->{_reaction_data} = $self->figmodel()->database()->GetDBModel($self->id());  
495                  my $classTbl = $self->reaction_class_table();                  my $classTbl = $self->reaction_class_table();
496            if (defined($classTbl)) {
497                  for (my $i=0; $i < $classTbl->size(); $i++) {                  for (my $i=0; $i < $classTbl->size(); $i++) {
498                          my $row = $classTbl->get_row($i);                          my $row = $classTbl->get_row($i);
499                          my $rxnRow = $self->{_reaction_data}->get_row_by_key($row->{"REACTION"}->[0],"LOAD");                          if (defined($row->{REACTION})) {
500                                    my $rxnRow = $tbl->get_row_by_key($row->{"REACTION"}->[0],"LOAD");
501                                    if (defined($row->{MEDIA})) {
502                          for (my $j=0; $j < @{$row->{MEDIA}};$j++) {                          for (my $j=0; $j < @{$row->{MEDIA}};$j++) {
503                                  my $class = "Active <=>";                                  my $class = "Active <=>";
504                                  if ($row->{CLASS}->[$j] eq "Positive") {                                  if ($row->{CLASS}->[$j] eq "Positive") {
# Line 493  Line 520 
520                          }                          }
521                  }                  }
522          }          }
523                    }
524            }
525            return $tbl;
526    }
527    
528          return $self->{_reaction_data};  =head3 model_history
529    Definition:
530            FIGMODELTable = FIGMODELmodel->model_history();
531    Description:
532            Returns FIGMODELTable with the history of model changes
533    =cut
534    sub model_history {
535            my ($self,$clear) = @_;
536            return $self->load_model_table("ModelHistory",$clear);
537  }  }
538    
539  =head3 feature_table  =head3 feature_table
# Line 581  Line 620 
620          Returns FIGMODELTable with the reaction class data, and creates the table file  if it does not exist          Returns FIGMODELTable with the reaction class data, and creates the table file  if it does not exist
621  =cut  =cut
622  sub reaction_class_table {  sub reaction_class_table {
623          my ($self) = @_;          my ($self,$clear) = @_;
624            return $self->load_model_table("ModelReactionClasses",$clear);
         if (!defined($self->{_reaction_class_table})) {  
                 if (-e $self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl") {  
                         $self->{_reaction_class_table} = $self->figmodel()->database()->load_table($self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",";","|",0,["REACTION","CLASS","MEDIA"]);  
                 } else {  
                         $self->{_reaction_class_table} = FIGMODELTable->new(["REACTION","MEDIA","CLASS","MIN","MAX"],$self->directory()."ReactionClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",["REACTION","CLASS","MEDIA"],";","|",undef);  
                 }  
         }  
   
         return $self->{_reaction_class_table};  
625  }  }
626    
627  =head3 compound_class_table  =head3 compound_class_table
# Line 601  Line 631 
631          Returns FIGMODELTable with the compound class data, and creates the table file  if it does not exist          Returns FIGMODELTable with the compound class data, and creates the table file  if it does not exist
632  =cut  =cut
633  sub compound_class_table {  sub compound_class_table {
634          my ($self) = @_;          my ($self,$clear) = @_;
635            return $self->load_model_table("ModelCompoundClasses",$clear);
         if (!defined($self->{_compound_class_table})) {  
                 if (-e $self->directory()."CompoundClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl") {  
                         $self->{_compound_class_table} = $self->figmodel()->database()->load_table($self->directory()."CompoundClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",";","|",0,["COMPOUND","CLASS","MEDIA"]);  
                 } else {  
                         $self->{_compound_class_table} = FIGMODELTable->new(["COMPOUND","MEDIA","CLASS","MIN","MAX"],$self->directory()."CompoundClassification-".$self->id().$self->selected_version().".tbl",["COMPOUND","CLASS","MEDIA"],";","|",undef);  
                 }  
         }  
   
         return $self->{_compound_class_table};  
636  }  }
637    
638  =head3 get_essential_genes  =head3 get_essential_genes
# Line 698  Line 719 
719  =cut  =cut
720  sub genome {  sub genome {
721          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
722          return $self->{_data}->{genome}->[0];          return $self->{_data}->genome();
723  }  }
724    
725  =head3 source  =head3 source
# Line 709  Line 730 
730  =cut  =cut
731  sub source {  sub source {
732          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
733          return $self->{_data}->{source}->[0];          return $self->{_data}->source();
734  }  }
735    
736  =head3 rights  =head3 rights
# Line 720  Line 741 
741  =cut  =cut
742  sub rights {  sub rights {
743          my ($self,$username) = @_;          my ($self,$username) = @_;
   
744          if ($self->public()) {          if ($self->public()) {
745                  return 1;                  return 1;
746          }          }
# Line 728  Line 748 
748                  return 0;                  return 0;
749          }          }
750          if (!defined($self->{_userrights}->{$username})) {          if (!defined($self->{_userrights}->{$username})) {
751                  if (defined($self->{_data}->{master})) {                  $self->{_userrights}->{$self->{_data}->owner()} = 1;
752                          for (my $i=0; $i < @{$self->{_data}->{master}};$i++) {                  my @users = split(/\|/,$self->{_data}->users());
753                                  $self->{_userrights}->{$self->{_data}->{master}->[$i]} = 1;                  for (my $i=0; $i < @users;$i++) {
754                          }                          $self->{_userrights}->{$users[$i]} = 1;
                 }  
                 if (defined($self->{_data}->{users})) {  
                         for (my $i=0; $i < @{$self->{_data}->{users}};$i++) {  
                                 $self->{_userrights}->{$self->{_data}->{users}->[$i]} = 1;  
                         }  
755                  }                  }
756          }          }
757          return $self->{_userrights}->{$username};          return $self->{_userrights}->{$username};
# Line 750  Line 765 
765  =cut  =cut
766  sub public {  sub public {
767          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
768            if ($self->{_data}->users() eq "all") {
769          if (!defined($self->{_public})) {                  return 1;
                 $self->{_public} = 0;  
                 if (defined($self->{_data}->{users}->[0]) && $self->{_data}->{users}->[0] eq "all") {  
                         $self->{_public} = 1;  
                 }  
770          }          }
771          return $self->{_public};          return 0;
772  }  }
773    
774  =head3 directory  =head3 directory
# Line 805  Line 816 
816          return $self->directory().$self->id().$self->selected_version().".txt";          return $self->directory().$self->id().$self->selected_version().".txt";
817  }  }
818    
 =head3 set_metagenome_stats  
 Definition:  
         string = FIGMODELmodel->set_metagenome_stats();  
 Description:  
         Sets the values of many model stats for a metagenome  
 =cut  
 sub set_metagenome_stats {  
         my ($self) = @_;  
   
         $self->{_total_compounds} = 0;  
         if (defined($self->compound_table())) {  
                 $self->{_total_compounds} = $self->compound_table()->size();  
         }  
         $self->{_gene_reactions} = 0;  
         $self->{_gapfilling_reactions} = 0;  
         $self->{_model_genes} = 0;  
         $self->{_total_reactions} = 0;  
         if (defined($self->reaction_table())) {  
                 $self->{_total_reactions} = $self->reaction_table()->size();  
                 my $tbl = $self->reaction_table();  
                 my $spontaneous = 0;  
                 for (my $i=0; $i < $tbl->size(); $i++) {  
                         my $row = $tbl->get_row($i);  
                         if (!defined($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0]) || $row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] !~ m/peg/) {  
                                 if ($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/SPONTANEOUS/) {  
                                         $spontaneous++;  
                                 } else {  
                                         $self->{_gapfilling_reactions}++;  
                                 }  
                         } else {  
                                 for (my $j=0; $j < @{$row->{"CONFIDENCE"}}; $j++) {  
                                         my @ecores = split(/;/,$row->{"CONFIDENCE"}->[$j]);  
                                         $self->{_model_genes} += @ecores;  
                                 }  
                         }  
                 }  
                 $self->{_gene_reactions} = $tbl->size() - $spontaneous - $self->{_gapfilling_reactions};  
         }  
 }  
   
819  =head3 version  =head3 version
820  Definition:  Definition:
821          string = FIGMODELmodel->version();          string = FIGMODELmodel->version();
# Line 856  Line 827 
827    
828          if (!defined($self->{_version})) {          if (!defined($self->{_version})) {
829                  if (!defined($self->{_selectedversion})) {                  if (!defined($self->{_selectedversion})) {
830                          if (defined($self->stats())) {                          $self->{_version} = "V".$self->{_data}->version().".".$self->{_data}->autocompleteVersion();
                                 $self->{_version} = "V".$self->stats()->{"Version"}->[0].".".$self->stats()->{"Gap fill version"}->[0];  
                         }  
831                  } else {                  } else {
832                          $self->{_version} = $self->{_selectedversion};                          $self->{_version} = $self->{_selectedversion};
833                  }                  }
# Line 889  Line 858 
858  =cut  =cut
859  sub modification_time {  sub modification_time {
860          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
861          if (!defined($self->{_modification_time})) {          return $self->{_data}->modificationDate();
                 my $stats = $self->stats();  
                 if (defined($stats)) {  
                         $self->{_modification_time} = 0;  
                         if (defined($stats->{"Build date"}->[0]) && $self->{_modification_time} < $stats->{"Build date"}->[0]) {  
                                 $self->{_modification_time} = $stats->{"Build date"}->[0];  
                         } elsif (defined($stats->{"Gap fill date"}->[0]) && $self->{_modification_time} < $stats->{"Gap fill date"}->[0]) {  
                                 $self->{_modification_time} = $stats->{"Gap fill date"}->[0];  
                         }  
                 } else {  
                         $self->{_modification_time} = $self->{_data}->{date}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_modification_time};  
862  }  }
863    
864  =head3 gene_reactions  =head3 gene_reactions
# Line 913  Line 869 
869  =cut  =cut
870  sub gene_reactions {  sub gene_reactions {
871          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
872            return ($self->{_data}->reactions() - $self->{_data}->autoCompleteReactions() - $self->{_data}->spontaneousReactions() - $self->{_data}->gapFillReactions());
         if (!defined($self->{_gene_reactions})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_gene_reactions} = $self->total_reactions() - $self->gapfilling_reactions() - $self->stats()->{'Spontaneous'}->[0] - $self->stats()->{'Growmatch reactions'}->[0] - $self->stats()->{'Biolog gap filling reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_gene_reactions};  
873  }  }
874    
875  =head3 total_compounds  =head3 total_compounds
# Line 932  Line 880 
880  =cut  =cut
881  sub total_compounds {  sub total_compounds {
882          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
883            return $self->{_data}->compounds();
         if (!defined($self->{_total_compounds})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_total_compounds} = $self->stats()->{'Metabolites'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_total_compounds};  
884  }  }
885    
886  =head3 gapfilling_reactions  =head3 gapfilling_reactions
# Line 951  Line 891 
891  =cut  =cut
892  sub gapfilling_reactions {  sub gapfilling_reactions {
893          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
894            return ($self->{_data}->autoCompleteReactions()+$self->{_data}->gapFillReactions());
         if (!defined($self->{_gapfilling_reactions})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_gapfilling_reactions} = $self->stats()->{'Gap filling reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_gapfilling_reactions};  
895  }  }
896    
897  =head3 total_reactions  =head3 total_reactions
# Line 970  Line 902 
902  =cut  =cut
903  sub total_reactions {  sub total_reactions {
904          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
905            return $self->{_data}->reactions();
         if (!defined($self->{_total_reactions})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_total_reactions} = $self->stats()->{'Number of reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_total_reactions};  
906  }  }
907    
908  =head3 model_genes  =head3 model_genes
# Line 989  Line 913 
913  =cut  =cut
914  sub model_genes {  sub model_genes {
915          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
916            return $self->{_data}->associatedGenes();
         if (!defined($self->{_model_genes})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->set_metagenome_stats();  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_model_genes} = $self->stats()->{'Genes with reactions'}->[0];  
                 }  
         }  
         return $self->{_model_genes};  
917  }  }
918    
919  =head3 class  =head3 class
# Line 1008  Line 924 
924  =cut  =cut
925  sub class {  sub class {
926          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
927            return $self->{_data}->cellwalltype();
         if (!defined($self->{_class})) {  
                 if ($self->source() =~ /^MGRAST/) {  
                         $self->{_class} = "Other";  
                 } elsif (defined($self->stats())) {  
                         $self->{_class} = $self->stats()->{Class}->[0];  
928                  }                  }
929          }  
930          return $self->{_class};  sub autocompleteMedia {
931            my ($self) = @_;
932            return $self->{_data}->autoCompleteMedia();
933  }  }
934    
935  =head3 taxonomy  =head3 taxonomy
# Line 1084  Line 997 
997                          if (defined($self->mgdata())) {                          if (defined($self->mgdata())) {
998                                  $self->{_genome_genes} = $self->mgdata()->genome_contig_count;                                  $self->{_genome_genes} = $self->mgdata()->genome_contig_count;
999                          }                          }
1000                  } elsif (defined($self->stats())) {                  } else {
1001                          $self->{_genome_genes} = $self->stats()->{'Total genes'}->[0];                          $self->{_genome_genes} = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome())->{"TOTAL GENES"}->[0];
1002                  }                  }
1003          }          }
1004    
# Line 1126  Line 1039 
1039          return $self->figmodel()->success();          return $self->figmodel()->success();
1040  }  }
1041    
 =head3 save_obsolete_stats  
 Definition:  
         FIGMODELmodel->save_obsolete_stats();  
 Description:  
 =cut  
 sub save_obsolete_stats {  
         my ($self) = @_;  
   
         #checking if stats exists  
         my $stats = $self->stats();  
         if (defined($stats)) {  
                 $stats->{"Model ID"}->[0] = $self->id()."V".$stats->{"Version"}->[0].".".$stats->{"Gap fill version"}->[0];  
                 $self->figmodel()->database()->update_row("OBSOLETE MODEL STATS",$stats,"Model ID");  
                 $stats->{"Model ID"}->[0] = $self->id();  
         }  
 }  
   
1042  =head3 update_stats_for_gap_filling  =head3 update_stats_for_gap_filling
1043  Definition:  Definition:
1044          {string => [string]} = FIGMODELmodel->update_stats_for_gap_filling(int::gapfill time);          {string => [string]} = FIGMODELmodel->update_stats_for_gap_filling(int::gapfill time);
# Line 1150  Line 1046 
1046  =cut  =cut
1047  sub update_stats_for_gap_filling {  sub update_stats_for_gap_filling {
1048          my ($self,$gapfilltime) = @_;          my ($self,$gapfilltime) = @_;
1049            $self->{_data}->autoCompleteTime($gapfilltime);
1050          #preserving the stats for the now obselete model          $self->{_data}->autocompleteDate(time());
1051          $self->save_obsolete_stats();          $self->{_data}->modificationDate(time());
1052          my $stats = $self->update_model_stats(0);          my $version = $self->{_data}->autocompleteVersion();
1053          $stats->{"Gap filling time"}->[0] = $gapfilltime;          $self->{_data}->autocompleteVersion($version+1);
         $stats->{"Gap fill date"}->[0] = time();  
         if (!defined($stats->{"Gap fill version"}->[0])) {  
                 $stats->{"Gap fill version"}->[0] = 0;  
         }  
         $stats->{"Gap fill version"}->[0]++;  
   
         #Updating the stats stored in the table  
         $self->figmodel()->database()->update_row("MODEL STATS",$stats,"Model ID");  
         return $stats;  
1054  }  }
1055    
1056  =head3 update_stats_for_build  =head3 update_stats_for_build
# Line 1173  Line 1060 
1060  =cut  =cut
1061  sub update_stats_for_build {  sub update_stats_for_build {
1062          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1063            $self->{_data}->builtDate(time());
1064          #preserving the stats for the now obselete model          $self->{_data}->modificationDate(time());
1065          $self->save_obsolete_stats();          my $version = $self->{_data}->version();
1066          my $stats = $self->update_model_stats(0);          $self->{_data}->version($version+1);
         $stats->{"Build date"}->[0] = time();  
         if (!defined($stats->{"Version"}->[0])) {  
                 $stats->{"Version"}->[0] = 0;  
         }  
         $stats->{"Version"}->[0]++;  
   
         #Updating the stats stored in the table  
         $self->figmodel()->database()->update_row("MODEL STATS",$stats,"Model ID");  
         return $stats;  
1067  }  }
1068    
1069  =head3 update_model_stats  =head3 update_model_stats
# Line 1204  Line 1082 
1082          }          }
1083          my $cpdtbl = $self->compound_table();          my $cpdtbl = $self->compound_table();
1084    
1085          #Creating empty status row          #Calculating all necessary stats
         my $CurrentStats = {"Genes with reactions" => [0],  
                                                  "Metabolites" => [$cpdtbl->size()],  
                                                  "Growmatch reactions" => [0],  
                                                  "Spontaneous" => [0],  
                                                  "Biolog gap filling reactions" => [0],  
                                                  "Number of reactions" => [$rxntbl->size()],  
                                                  "Transport reaction"=>[0],  
                                                  "Gap filling reactions" => [0],  
                                                  "Model ID" => [$self->id()],  
                                                  "Subsystem genes with reactions" => [0],  
                                                  "Nonsubsystem genes with reactions" => [0],  
                                                  Version => [0],  
                                                  "Gap fill version" => [0],  
                                                  Source => [$self->source()],  
                                                  "Genes with one reaction" => [0],  
                                                  "Genome ID" => [$self->genome()]};  
   
         my $genomestats = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome());  
         if (defined($genomestats)) {  
                 $CurrentStats->{SOURCE}->[0] = $genomestats->{SOURCE}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Organism name"}->[0] = $genomestats->{NAME}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Total genes"}->[0] = $genomestats->{"TOTAL GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gram positive genes"}->[0] = $genomestats->{"GRAM POSITIVE GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gram negative genes"}->[0] = $genomestats->{"GRAM NEGATIVE GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Class"}->[0] = $genomestats->{CLASS}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Genes with functions"}->[0] = $genomestats->{"GENES WITH FUNCTIONS"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Subsystem genes"}->[0] = $genomestats->{"SUBSYSTEM GENES"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Nonsubsystem genes"}->[0] = $genomestats->{"NON SUBSYSTEM GENES"}->[0];  
                 if (defined($genomestats->{TAXONOMY})) {  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 0"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[0];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 1"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[1];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 2"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[2];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 3"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[3];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 4"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[4];  
                         $CurrentStats->{"Taxonomy 5"}->[0] = $genomestats->{TAXONOMY}->[5];  
                 }  
         }  
   
         #Transfering build, version, and gap fill data from existing stats  
         if (defined($self->stats())) {  
                 $CurrentStats->{Version}->[0] = $self->stats()->{Version}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gap fill version"}->[0] = $self->stats()->{"Gap fill version"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gap filling time"}->[0] = $self->stats()->{"Gap filling time"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Gap fill date"}->[0] = $self->stats()->{"Gap fill date"}->[0];  
                 $CurrentStats->{"Build date"}->[0] = $self->stats()->{"Build date"}->[0];  
         }  
   
1086          my %GeneHash;          my %GeneHash;
1087          my %NonpegHash;          my %NonpegHash;
1088          my %CompoundHash;          my %CompoundHash;
1089            my $spontaneousReactions = 0;
1090            my $gapFillReactions = 0;
1091            my $biologReactions = 0;
1092            my $transporters = 0;
1093            my $autoCompleteReactions = 0;
1094            my $associatedSubsystemGenes = 0;
1095          for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {          for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {
1096                  my $Row = $rxntbl->get_row($i);                  my $Row = $rxntbl->get_row($i);
1097                  if (defined($Row) && defined($Row->{"ASSOCIATED PEG"})) {                  if (defined($Row) && defined($Row->{"ASSOCIATED PEG"})) {
# Line 1262  Line 1099 
1099                          if (defined($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0])) {                          if (defined($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0])) {
1100                                  #Checking for extracellular metabolites which indicate that this is a transporter                                  #Checking for extracellular metabolites which indicate that this is a transporter
1101                                  if ($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0] =~ m/\[e\]/) {                                  if ($ReactionRow->{"EQUATION"}->[0] =~ m/\[e\]/) {
1102                                          $CurrentStats->{"Transport reaction"}->[0]++;                                          $transporters++;
1103                                  }                                  }
1104                          }                          }
1105                          #Identifying spontaneous/biolog/gapfilling/gene associated reactions                          #Identifying spontaneous/biolog/gapfilling/gene associated reactions
1106                          if ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/i) {                          if ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/i) {
1107                                  $CurrentStats->{"Biolog gap filling reactions"}->[0]++;                                  $biologReactions++;
1108                            } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GROW/i) {
1109                                    $gapFillReactions++;
1110                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/SPONTANEOUS/i) {                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/SPONTANEOUS/i) {
1111                                  $CurrentStats->{"Spontaneous"}->[0]++;                                  $spontaneousReactions++;
1112                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GAP/ || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNIVERSAL/i || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNKNOWN/i) {                          } elsif ($Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GAP/ || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNIVERSAL/i || $Row->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/UNKNOWN/i) {
1113                                  $CurrentStats->{"Gap filling reactions"}->[0]++;                                  $autoCompleteReactions++;
1114                          } else {                          } else {
1115                                  foreach my $GeneSet (@{$Row->{"ASSOCIATED PEG"}}) {                                  foreach my $GeneSet (@{$Row->{"ASSOCIATED PEG"}}) {
1116                                          $_ = $GeneSet;                                          $_ = $GeneSet;
# Line 1289  Line 1128 
1128          }          }
1129          my @genes = keys(%GeneHash);          my @genes = keys(%GeneHash);
1130          my @othergenes = keys(%NonpegHash);          my @othergenes = keys(%NonpegHash);
         $CurrentStats->{"Genes with reactions"}->[0] = @genes + @othergenes;  
1131    
1132          #Updating the stats stored in the table          #Setting the reaction count
1133          $self->figmodel()->database()->update_row("MODEL STATS",$CurrentStats,"Model ID");          $self->{_data}->reactions($rxntbl->size());
1134          $self->{_stats} = $CurrentStats;          #Setting the metabolite count
1135          return $CurrentStats;          $self->{_data}->compounds($rxntbl->size());
1136            #Setting the gene count
1137            my $geneCount = @genes + @othergenes;
1138            $self->{_data}->associatedGenes($geneCount);
1139            #Setting remaining stats
1140            $self->{_data}->spontaneousReactions($spontaneousReactions);
1141            $self->{_data}->gapFillReactions($gapFillReactions);
1142            $self->{_data}->biologReactions($biologReactions);
1143            $self->{_data}->transporters($transporters);
1144            $self->{_data}->autoCompleteReactions($autoCompleteReactions);
1145            $self->{_data}->associatedSubsystemGenes($associatedSubsystemGenes);
1146            #Setting the model class
1147            my $class = "";
1148            for (my $i=0; $i < @{$self->figmodel()->config("class list")}; $i++) {
1149                    if (defined($self->figmodel()->config($self->figmodel()->config("class list")->[$i]))) {
1150                            if (defined($self->figmodel()->config($self->figmodel()->config("class list")->[$i])->{$self->id()})) {
1151                                    $class = $self->figmodel()->config("class list")->[$i];
1152                                    last;
1153                            }
1154                            if ($class eq "" && defined($self->figmodel()->config($self->figmodel()->config("class list")->[$i])->{$self->genome()})) {
1155                                    $class = $self->figmodel()->config("class list")->[$i];
1156                            }
1157                    }
1158            }
1159            if ($class eq "") {
1160                    $class = $self->figmodel()->get_genome_stats($self->genome())->{CLASS}->[0];
1161            }
1162            if ($class eq "") {
1163                    $class = "unknown";
1164            }
1165            $self->{_data}->cellwalltype($class);
1166  }  }
1167    
1168  =head3 GapFillModel  =head3 GapFillModel
# Line 1314  Line 1182 
1182          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();
1183          my $StartTime = time();          my $StartTime = time();
1184    
1185          #Archiving the existing model          #Reading original reaction table
1186          $self->ArchiveModel();          my $OriginalRxn = $self->reaction_table();
1187            #Clearing the table
1188            $self->reaction_table(1);
1189    
1190          #Removing any gapfilling reactions that may be currently present in the model          #Removing any gapfilling reactions that may be currently present in the model
1191          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {
1192                  my $ModelTable = $self->reaction_table();                  my $ModelTable = $self->reaction_table();
1193                  for (my $i=0; $i < $ModelTable->size(); $i++) {                  for (my $i=0; $i < $ModelTable->size(); $i++) {
1194                          if (!defined($ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0]) || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] eq "GAP FILLING" || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/ || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GROWMATCH/) {                          if (!defined($ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0]) || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] eq "AUTOCOMPLETION" || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] eq "GAP FILLING" || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/BIOLOG/ || $ModelTable->get_row($i)->{"ASSOCIATED PEG"}->[0] =~ m/GROWMATCH/) {
1195                                  $ModelTable->delete_row($i);                                  $ModelTable->delete_row($i);
1196                                  $i--;                                  $i--;
1197                          }                          }
# Line 1353  Line 1223 
1223    
1224          #Parse the solutions file for the model and get the reaction list from it          #Parse the solutions file for the model and get the reaction list from it
1225          my $SolutionData = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);          my $SolutionData = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);
1226    
1227          #Clearing the mfatoolkit output and log file          #Clearing the mfatoolkit output and log file
1228          $self->figmodel()->clearing_output($UniqueFilename,"GapFill".$self->id().".log");          $self->figmodel()->clearing_output($UniqueFilename,"GapFill".$self->id().".log");
1229          if (!defined($SolutionData) || $SolutionData->size() == 0) {          if (!defined($SolutionData) || $SolutionData->size() == 0) {
# Line 1388  Line 1259 
1259                                                  push(@{$ReactionList},$ID);                                                  push(@{$ReactionList},$ID);
1260                                          }                                          }
1261                                  }                                  }
1262                                  $self->figmodel()->IntegrateGrowMatchSolution($self->id(),undef,$ReactionList,$DirectionList,"GAP FILLING",0,1);                                  $self->figmodel()->IntegrateGrowMatchSolution($self->id(),undef,$ReactionList,$DirectionList,"AUTOCOMPLETION",0,1);
1263                          }                          }
1264                          last;                          last;
1265                  }                  }
1266          }          }
1267    
1268          #Updating model stats with gap filling results          #Updating model stats with gap filling results
1269          my $ElapsedTime = time() - $StartTime;          my $ElapsedTime = time() - $StartTime;
1270          $self->figmodel()->database()->ClearDBModel($self->id(),1);          $self->reaction_table(1);
1271            $self->calculate_model_changes($OriginalRxn,"AUTOCOMPLETION");
1272    
1273          #Determining why each gap filling reaction was added          #Determining why each gap filling reaction was added
1274          $self->figmodel()->IdentifyDependancyOfGapFillingReactions($self->id(),$Media);          $self->figmodel()->IdentifyDependancyOfGapFillingReactions($self->id(),$Media);
1275          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {          if (!defined($donotclear) || $donotclear != 1) {
# Line 1415  Line 1289 
1289          return $self->success();          return $self->success();
1290  }  }
1291    
1292    =head3 calculate_model_changes
1293    Definition:
1294            FIGMODELmodel->calculate_model_changes(FIGMODELTable:original reaction table,string:modification cause);
1295    Description:
1296    
1297    =cut
1298    
1299    sub calculate_model_changes {
1300            my ($self,$originalReactions,$cause) = @_;
1301            my $modTime = time();
1302            my $version = $self->selected_version();
1303            my $user = $self->figmodel()->user();
1304            #Getting the history table
1305            my $histTbl = $self->model_history();
1306            #Checking for differences
1307            my $tbl = $self->reaction_table();
1308            for (my $i=0; $i < $tbl->size(); $i++) {
1309                    my $row = $tbl->get_row($i);
1310                    my $orgRow = $originalReactions->get_row_by_key($row->{LOAD}->[0],"LOAD");
1311                    if (!defined($orgRow)) {
1312                            $histTbl->add_row({Reaction => [$row->{LOAD}->[0]], DirectionChange => $row->{DIRECTIONALITY}, GeneChange => $row->{"ASSOCIATED PEG"}, Action => ["ADDED"], ModificationTime => [$modTime], ModifcationCause => [$cause], User => [$user], Version => [$version]});
1313                    } else {
1314                            my $geneChanges;
1315                            my $directionChange;
1316                            if ($orgRow->{"DIRECTIONALITY"}->[0] ne $row->{"DIRECTIONALITY"}->[0]) {
1317                                    $directionChange = $orgRow->{"DIRECTIONALITY"}->[0]." to ".$row->{"DIRECTIONALITY"}->[0];
1318                            }
1319                            for (my $j=0; $j < @{$row->{"ASSOCIATED PEG"}}; $j++) {
1320                                    my $match = 0;
1321                                    for (my $k=0; $k < @{$orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}}; $k++) {
1322                                            if ($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j] eq $orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$k]) {
1323                                                    $match = 1;
1324                                            }
1325                                    }
1326                                    if ($match == 0) {
1327                                            push(@{$geneChanges},"Added ".$row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j]);
1328                                    }
1329                            }
1330                            for (my $k=0; $k < @{$orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}}; $k++) {
1331                                    my $match = 0;
1332                                    for (my $j=0; $j < @{$row->{"ASSOCIATED PEG"}}; $j++) {
1333                                            if ($row->{"ASSOCIATED PEG"}->[$j] eq $orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$k]) {
1334                                                    $match = 1;
1335                                            }
1336                                    }
1337                                    if ($match == 0) {
1338                                            push(@{$geneChanges},"Removed ".$orgRow->{"ASSOCIATED PEG"}->[$k]);
1339                                    }
1340                            }
1341                            if ((defined($directionChange) && length($directionChange) > 0) || defined($geneChanges) && @{$geneChanges} > 0) {
1342                                    $histTbl->add_row({Reaction => [$row->{LOAD}->[0]], DirectionChange => [$directionChange], GeneChange => $geneChanges, Action => ["CHANGE"], ModificationTime => [$modTime], ModifcationCause => [$cause], User => [$user], Version => [$version]});
1343                            }
1344                    }
1345            }
1346            #Looking for removed reactions
1347            for (my $i=0; $i < $originalReactions->size(); $i++) {
1348                    my $row = $originalReactions->get_row($i);
1349                    my $orgRow = $tbl->get_row_by_key($row->{LOAD}->[0],"LOAD");
1350                    if (!defined($orgRow)) {
1351                            $histTbl->add_row({Reaction => [$row->{LOAD}->[0]], DirectionChange => $row->{DIRECTIONALITY}, GeneChange => $row->{"ASSOCIATED PEG"}, Action => ["REMOVED"], ModificationTime => [$modTime], ModifcationCause => [$cause], User => [$user], Version => [$version]});
1352                    }
1353            }
1354            $histTbl->save();
1355    }
1356    
1357  =head3 GapGenModel  =head3 GapGenModel
1358  Definition:  Definition:
1359          FIGMODELmodel->GapGenModel();          FIGMODELmodel->GapGenModel();
# Line 1652  Line 1591 
1591  =cut  =cut
1592  sub status {  sub status {
1593          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1594          return $self->{_data}->{status}->[0];          return $self->{_data}->status();
1595  }  }
1596    
1597  =head3 message  =head3 message
# Line 1663  Line 1602 
1602  =cut  =cut
1603  sub message {  sub message {
1604          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
1605          return $self->{_data}->{message}->[0];          return $self->{_data}->message();
1606  }  }
1607    
1608  =head3 set_status  =head3 set_status
# Line 1678  Line 1617 
1617  =cut  =cut
1618  sub set_status {  sub set_status {
1619          my ($self,$NewStatus,$Message) = @_;          my ($self,$NewStatus,$Message) = @_;
1620            $self->{_data}->status($NewStatus);
1621          #Getting the model row from the MODELS table          $self->{_data}->message($Message);
         $self->{_data}->{status}->[0] = $NewStatus;  
         $self->{_data}->{message}->[0] = $Message;  
         $self->figmodel()->database()->update_row("MODELS",$self->{_data},"id");  
1622          return $self->config("SUCCESS")->[0];          return $self->config("SUCCESS")->[0];
1623  }  }
1624    
# Line 1721  Line 1657 
1657          }          }
1658          #Setting up needed variables          #Setting up needed variables
1659          my $OriginalModelTable = undef;          my $OriginalModelTable = undef;
1660          #Locking model status table          if ($self->status() == 0) {
         my $ModelTable = $self->figmodel()->database()->LockDBTable("MODELS");  
         my $Row = $ModelTable->get_row_by_key($self->id(),"id");  
         if (!defined($Row) || !defined($Row->{status}->[0])) {  
                 $self->figmodel()->database()->UnlockDBTable("MODELS");  
                 $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateSingleGenomeReactionList: ".$self->id()." has no row in models table!");  
                 return $self->fail();  
         } elsif ($Row->{status}->[0] == 0) {  
1661                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateSingleGenomeReactionList:Model is already being built. Canceling current build.");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:CreateSingleGenomeReactionList:Model is already being built. Canceling current build.");
                 $self->figmodel()->database()->UnlockDBTable("MODELS");  
1662                  return $self->fail();                  return $self->fail();
1663          }elsif ($Row->{status}->[0] == 1) {          }elsif ($self->status() == 1) {
1664                  $OriginalModelTable = $self->reaction_table();                  $OriginalModelTable = $self->reaction_table();
1665                  $self->ArchiveModel();                  $self->set_status(0,"Rebuilding preliminary reconstruction");
                 $Row->{status}->[0] = 0;  
                 $Row->{message}->[0] = "Rebuilding preliminary reconstruction";  
1666          } else {          } else {
1667                  $Row->{status}->[0] = 0;                  $self->set_status(0,"Preliminary reconstruction");
                 $Row->{message}->[0] = "Preliminary reconstruction";  
1668          }          }
         #Updating the status table  
         $self->figmodel()->database()->save_table($ModelTable);  
         $self->figmodel()->database()->UnlockDBTable("MODELS");  
1669          #Sorting GenomeData by gene location on the chromosome          #Sorting GenomeData by gene location on the chromosome
1670          $FeatureTable->sort_rows("MIN LOCATION");          $FeatureTable->sort_rows("MIN LOCATION");
1671          my ($ComplexHash,$SuggestedMappings,$UnrecognizedReactions,$ReactionHash);          my ($ComplexHash,$SuggestedMappings,$UnrecognizedReactions,$ReactionHash);
# Line 2037  Line 1959 
1959          #Saving the new model to file          #Saving the new model to file
1960          $self->set_status(1,"Preliminary reconstruction complete");          $self->set_status(1,"Preliminary reconstruction complete");
1961          $self->figmodel()->database()->save_table($NewModelTable);          $self->figmodel()->database()->save_table($NewModelTable);
1962          $self->{_reaction_data} = $NewModelTable;          $self->reaction_table(1);
         #Clearing the previous model from the cache  
         $self->figmodel()->database()->ClearDBModel($self->id(),1);  
1963          #Updating the model stats table          #Updating the model stats table
1964          $self->update_stats_for_build();          $self->update_stats_for_build();
1965          $self->PrintSBMLFile();          $self->PrintSBMLFile();
1966            if (defined($OriginalModelTable)) {
1967                    $self->calculate_model_changes($OriginalModelTable,"REBUILD");
1968            }
1969    
1970          #Adding model to gapfilling queue          #Adding model to gapfilling queue
1971          if (defined($RunGapFilling) && $RunGapFilling == 1) {          if (defined($RunGapFilling) && $RunGapFilling == 1) {
# Line 2176  Line 2099 
2099  sub ArchiveModel {  sub ArchiveModel {
2100          my ($self) = @_;          my ($self) = @_;
2101    
         #Making sure the model exists  
         if (!defined($self->stats())) {  
                 $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:ArchiveModel: Could not find specified ".$self->id()." in database!");  
                 return $self->fail();  
         }  
   
2102          #Checking that the model file exists          #Checking that the model file exists
2103          if (!(-e $self->filename())) {          if (!(-e $self->filename())) {
2104                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:ArchiveModel: Model file ".$self->filename()." not found!");                  $self->figmodel()->error_message("FIGMODEL:ArchiveModel: Model file ".$self->filename()." not found!");
# Line 2548  Line 2465 
2465          Calculating growth in the input media          Calculating growth in the input media
2466  =cut  =cut
2467  sub calculate_growth {  sub calculate_growth {
2468          my ($self,$Media) = @_;          my ($self,$Media,$outputDirectory,$InParameters,$saveLPFile) = @_;
2469            #Setting the Media
2470            if (!defined($Media) || length($Media) == 0) {
2471                    $Media = $self->autocompleteMedia();
2472            }
2473            #Setting parameters for the run
2474            my $DefaultParameters = $self->figmodel()->defaultParameters();
2475            if (defined($InParameters)) {
2476                    my @parameters = keys(%{$InParameters});
2477                    for (my $i=0; $i < @parameters; $i++) {
2478                            $DefaultParameters->{$parameters[$i]} = $InParameters->{$parameters[$i]};
2479                    }
2480            }
2481            $DefaultParameters->{"optimize metabolite production if objective is zero"} = 1;
2482            #Setting filenames
2483          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();          my $UniqueFilename = $self->figmodel()->filename();
2484          system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$Media,["ProductionMFA"],{"optimize metabolite production if objective is zero" => 1},$self->id()."-".$Media."-GrowthTest.txt",undef,$self->selected_version()));          if (!defined($outputDirectory)) {
2485                    $outputDirectory = $self->config("database message file directory")->[0];
2486            }
2487            my $fluxFilename = $outputDirectory."Fluxes-".$self->id()."-".$Media.".txt";
2488            my $cpdFluxFilename = $outputDirectory."CompoundFluxes-".$self->id()."-".$Media.".txt";
2489            #Running FBA
2490            system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$Media,["ProductionMFA"],$DefaultParameters,$self->id()."-".$Media."-GrowthTest.txt",undef,$self->selected_version()));
2491            #Saving LP file if requested
2492            if (defined($saveLPFile) && $saveLPFile == 1 && -e $self->figmodel()->{"MFAToolkit output directory"}->[0].$UniqueFilename."/CurrentProblem.lp") {
2493                    system("cp ".$self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/CurrentProblem.lp ".$self->figmodel()->config("SBML files")->[0].$self->id().".lp");
2494            }
2495          my $ProblemReport = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);          my $ProblemReport = $self->figmodel()->LoadProblemReport($UniqueFilename);
2496          my $Result;          my $Result;
2497          if (defined($ProblemReport)) {          if (defined($ProblemReport)) {
2498                  my $Row = $ProblemReport->get_row(0);                  my $Row = $ProblemReport->get_row(0);
2499                  if (defined($Row) && defined($Row->{"Objective"}->[0])) {                  if (defined($Row) && defined($Row->{"Objective"}->[0])) {
2500                          if ($Row->{"Objective"}->[0] < 0.00000001) {                          if ($Row->{"Objective"}->[0] < 0.00000001 || $Row->{"Objective"}->[0] == 1e7) {
2501                                  $Result = "NOGROWTH:".$Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0];                                  $Result = "NOGROWTH";
2502                                    if (defined($Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0]) && $Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0] =~ m/cpd\d\d\d\d\d/) {
2503                                            $Result .= ":".$Row->{"Individual metabolites with zero production"}->[0];
2504                                    }
2505                          } else {                          } else {
2506                                    if (-e $self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/SolutionReactionData0.txt") {
2507                                            system("cp ".$self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/SolutionReactionData0.txt ".$fluxFilename);
2508                                            system("cp ".$self->figmodel()->config("MFAToolkit output directory")->[0].$UniqueFilename."/MFAOutput/SolutionCompoundData0.txt ".$cpdFluxFilename);
2509                                    }
2510                                  $Result = $Row->{"Objective"}->[0];                                  $Result = $Row->{"Objective"}->[0];
2511                          }                          }
2512                  }                  }
2513          }          }
2514            #Deleting files if necessary
2515            if ($self->figmodel()->config("preserve all log files")->[0] ne "yes") {
2516                    $self->figmodel()->cleardirectory($UniqueFilename);
2517                    unlink($self->figmodel()->config("database message file directory")->[0].$self->id()."-".$Media."-GrowthTest.txt");
2518            }
2519            #Returning result
2520          return $Result;          return $Result;
2521  }  }
2522    
# Line 4169  Line 4123 
4123          close(SBMLOUTPUT);          close(SBMLOUTPUT);
4124  }  }
4125    
4126    =head3 PrintModelSimpleReactionTable
4127    Definition:
4128            success()/fail() FIGMODELmodel->PrintModelSimpleReactionTable();
4129    Description:
4130            Prints the table of model data
4131    =cut
4132    sub PrintModelSimpleReactionTable {
4133            my ($self) = @_;
4134    
4135            my $rxntbl = $self->reaction_table();
4136            my $tbl = $self->create_table_prototype("ModelSimpleReactionTable");
4137            for (my $i=0; $i < $rxntbl->size(); $i++) {
4138                    my $row = $rxntbl->get_row($i);
4139                    $row->{DATABASE} = $row->{LOAD};
4140                    $tbl->add_row($row);
4141            }
4142            $tbl->save();
4143            system("cp ".$tbl->filename()." ".$self->figmodel()->config("Model table download directory")->[0].$self->figmodel()->config("ModelSimpleReactionTable")->{filename_prefix}->[0]."-".$self->id().".txt");
4144    }
4145    
4146  =head3 PrintModelLPFile  =head3 PrintModelLPFile
4147  Definition:  Definition:
4148          success()/fail() FIGMODELmodel->PrintModelLPFile();          success()/fail() FIGMODELmodel->PrintModelLPFile();
# Line 4365  Line 4339 
4339          my ($self,$feature) = @_;          my ($self,$feature) = @_;
4340    
4341          #First checking if the feature is in the model          #First checking if the feature is in the model
4342            my $featureGenome = $feature->{GENOME}->[0];
4343            if ($feature->{GENOME}->[0] =~ m/\>(\d+\.\d+)\</) {
4344                    $featureGenome = $1;
4345            }
4346            if ($featureGenome ne $self->genome()) {
4347                    return "Not in model";
4348            }
4349          my $data = $self->get_feature_data($feature->{ID}->[0]);          my $data = $self->get_feature_data($feature->{ID}->[0]);
4350          if (!defined($data)) {          if (!defined($data)) {
4351                  return "Not in model";                  return "Not in model";

Legend:
Removed from v.1.13  
changed lines
  Added in v.1.19

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3