[Bio] / FigKernelPackages / FIGMODELmodel.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIGMODELmodel.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.10, Mon Apr 12 17:13:26 2010 UTC revision 1.11, Thu Apr 15 21:51:15 2010 UTC
# Line 277  Line 277 
277                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[0];                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[0];
278                          if ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive") {                          if ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive") {
279                                  $class = "Essential =>";                                  $class = "Essential =>";
280                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
281                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative") {
282                                  $class = "Essential <=";                                  $class = "Essential <=";
283                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
284                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Positive variable") {
285                                  $class = "Active =>";                                  $class = "Active =>";
286                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
287                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Negative variable") {
288                                  $class = "Active <=";                                  $class = "Active <=";
289                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
290                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Variable") {
291                                  $class = "Active <=>";                                  $class = "Active <=>";
292                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $class.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
293                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Blocked") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Blocked") {
294                                  $class = "Inactive";                                  $class = "Inactive";
295                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Dead") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[0] eq "Dead") {
# Line 324  Line 324 
324                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[$i];                          my $max = $ClassRow->{MAX}->[$i];
325                          if ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive") {                          if ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive") {
326                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential =>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential =>";
327                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
328                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative") {
329                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential <=";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Essential <=";
330                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
331                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Positive variable") {
332                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active =>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active =>";
333                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
334                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Negative variable") {
335                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=";
336                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
337                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Variable") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Variable") {
338                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=>";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Active <=>";
339                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]";                                  $NewClass.="<br>[Flux: ".sprintf("%.3g",$min)." to ".sprintf("%.3g",$max)."]<br>";
340                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Blocked") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Blocked") {
341                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Inactive";                                  $NewClass = $ClassRow->{MEDIA}->[$i].":Inactive";
342                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Dead") {                          } elsif ($ClassRow->{CLASS}->[$i] eq "Dead") {
# Line 1344  Line 1344 
1344                          }                          }
1345                  }                  }
1346                  $MediaTable->save($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");                  $MediaTable->save($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");
1347                  system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$UniqueFilename."TestMedia",["GapFilling"],{"Default max drain flux" => 0},"GapFill".$self->id().".log",undef));                  system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),$UniqueFilename."TestMedia",["GapFilling"],{"Default max drain flux" => 0,"Reactions to knockout" => $self->config("permanently knocked out reactions")->[0]},"GapFill".$self->id().".log",undef));
1348                  unlink($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");                  unlink($self->config("Media directory")->[0].$UniqueFilename."TestMedia.txt");
1349          } else {          } else {
1350                  system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),undef,["GapFilling"],undef,"GapFill".$self->id().".log",undef));                  system($self->figmodel()->GenerateMFAToolkitCommandLineCall($UniqueFilename,$self->id(),undef,["GapFilling"],{"Reactions to knockout" => $self->config("permanently knocked out reactions")->[0]},"GapFill".$self->id().".log",undef));
1351          }          }
1352    
1353          #Parse the solutions file for the model and get the reaction list from it          #Parse the solutions file for the model and get the reaction list from it

Legend:
Removed from v.1.10  
changed lines
  Added in v.1.11

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3