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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : heiko 1.1 package FIGGenDB;
2 :    
3 : olson 1.2 use FIG;
4 : heiko 1.1 use strict;
5 :    
6 :     use Fcntl qw/:flock/; # import LOCK_* constants
7 :    
8 :     use POSIX;
9 :     use IPC::Open2;
10 :    
11 :     use DBrtns;
12 :     use FIG_Config;
13 :    
14 : olson 1.2 use constant GENDB_CGI => "http://localhost/GENDB/cgi-bin/";
15 :     use constant SEED_USER => "seed";
16 :     use constant SEED_PASS => 'seed';
17 :     use constant GENDB_PROJECT => "GenDB_SEED";
18 : heiko 1.1
19 :    
20 :     sub linkPEGGenDB {
21 :     my ($peg) = @_;
22 :     $peg =~ /fig\|(.+)\.peg/;
23 :     my $taxon = $1;
24 : olson 1.2
25 :     my $cgi = &FIG::plug_url(GENDB_CGI);
26 :    
27 :     return q(<a target="_blank" href=") . $cgi .
28 :     "seed_interface.cgi?action=view&login=" . SEED_USER .
29 :     "&pass=" . SEED_PASS . "&project=" . GENDB_PROJECT .
30 :     "&region=$peg&taxon_id=$taxon\">To View in GenDB</a>\n";
31 : heiko 1.1 }
32 :    
33 :     sub linkClusterGenDB {
34 :     my ($peg, $taxon) = @_;
35 :     my $html = "<form action=\"".GENDB_CGI."seed_interface.cgi\">\n
36 :     Action:<input type=\"text\" name=\"action\"/>\n
37 :     Organism (taxon ID):<input type=\"text\" name=\"taxon_id\"/>\n
38 :     [Start]:<input type=\"text\" name=\"start\"/>\n
39 :     [Stop]:<input type=\"text\" name=\"stop\"/>\n
40 :     <input type=\"hidden\" name=\"login\"/ value=\"".SEED_USER."\">\n
41 :     <input type=\"hidden\" name=\"pass\"/ value=\"".SEED_PASS."\">\n
42 :     <input type=\"submit\" name=\"GenDB\" value=\"GenDB\">\n
43 :     </form>";
44 :     return $html;
45 :     }
46 :    
47 :    
48 :    
49 :     1;

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