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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : heiko 1.1 package FIGGenDB;
2 :    
3 :     use strict;
4 :    
5 :     use Fcntl qw/:flock/; # import LOCK_* constants
6 :    
7 :     use POSIX;
8 :     use IPC::Open2;
9 :    
10 :     use DBrtns;
11 :     use FIG_Config;
12 :    
13 :     use constant GENDB_CGI=>"http://localhost/GENDB2.2/gendb-cgi/";
14 :     use constant SEED_USER=>"seed";
15 :     use constant SEED_PASS=>'seed';
16 :     use constant GENDB_PROJECT=>"GenDB_SEED";
17 :    
18 :    
19 :     sub linkPEGGenDB {
20 :     my ($peg) = @_;
21 :     $peg =~ /fig\|(.+)\.peg/;
22 :     my $taxon = $1;
23 :     return "<a target=\"_blank\" href=\"".GENDB_CGI."seed_interface.cgi?action=view&login=".SEED_USER."&pass=".SEED_PASS."&project=".GENDB_PROJECT."&region=$peg&taxon_id=$taxon\">To View in GenDB</a>\n";
24 :     }
25 :    
26 :     sub linkClusterGenDB {
27 :     my ($peg, $taxon) = @_;
28 :     my $html = "<form action=\"".GENDB_CGI."seed_interface.cgi\">\n
29 :     Action:<input type=\"text\" name=\"action\"/>\n
30 :     Organism (taxon ID):<input type=\"text\" name=\"taxon_id\"/>\n
31 :     [Start]:<input type=\"text\" name=\"start\"/>\n
32 :     [Stop]:<input type=\"text\" name=\"stop\"/>\n
33 :     <input type=\"hidden\" name=\"login\"/ value=\"".SEED_USER."\">\n
34 :     <input type=\"hidden\" name=\"pass\"/ value=\"".SEED_PASS."\">\n
35 :     <input type=\"submit\" name=\"GenDB\" value=\"GenDB\">\n
36 :     </form>";
37 :     return $html;
38 :     }
39 :    
40 :    
41 :    
42 :     1;

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