[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.83, Tue May 18 00:44:54 2004 UTC revision 1.84, Wed May 19 13:17:39 2004 UTC
# Line 922  Line 922 
922      @fxs = keys(%$fxs);      @fxs = keys(%$fxs);
923      if (defined($fh = new FileHandle "<$file"))      if (defined($fh = new FileHandle "<$file"))
924      {      {
925          if (@fxs >= 50)          if (@fxs >= 205)
926          {          {
927              @fxs = sort { $fxs->{$a}->[1] <=> $fxs->{$b}->[1] } @fxs;              @fxs = sort { $fxs->{$a}->[1] <=> $fxs->{$b}->[1] } @fxs;
928              $x = $fxs->{$fxs[0]};              $x = $fxs->{$fxs[0]};
# Line 1150  Line 1150 
1150      my(@tmp);      my(@tmp);
1151      if ((-s "$FIG_Config::organisms/$genome/VERSION") &&      if ((-s "$FIG_Config::organisms/$genome/VERSION") &&
1152          (@tmp = `cat $FIG_Config::organisms/$genome/VERSION`) &&          (@tmp = `cat $FIG_Config::organisms/$genome/VERSION`) &&
1153          ($tmp[0] =~ /^(\d+(\.\d+)?)$/))          ($tmp[0] =~ /^(\S+)$/))
1154      {      {
1155          return $1;          return $1;
1156      }      }
# Line 2407  Line 2407 
2407    
2408  sub get_raw_sims {  sub get_raw_sims {
2409      my($self,$rep_id,$maxN,$maxP) = @_;      my($self,$rep_id,$maxN,$maxP) = @_;
2410      my(@sims,$seek,$fileN,$ln,$fh,$file,$readN,$readC,@lines,$i,$sim);      my(@sims,$seek,$fileN,$ln,$fh,$file,$readC,@lines,$i,$sim);
2411      my($sim_chunk,$psc,$id2);      my($sim_chunk,$psc,$id2);
2412    
2413      $maxN = $maxN ? $maxN : 500;      $maxN = $maxN ? $maxN : 500;
# Line 2424  Line 2424 
2424          {          {
2425              confess "could not open sims for $file";              confess "could not open sims for $file";
2426          }          }
2427          seek($fh,$seek,0);          $readC = &read_block($fh,$seek,$ln-1);
         $readN = read($fh,$readC,$ln-1);  
         ($readN == ($ln-1))  
             || confess "could not read the block of sims at $seek for $ln - 1 characters; $readN actually read from $file\n$readC";  
2428          @lines = grep    {          @lines = grep    {
2429                               (@$_ == 15) &&                               (@$_ == 15) &&
2430                               ($_->[12] =~ /^\d+$/) &&                               ($_->[12] =~ /^\d+$/) &&
# Line 2460  Line 2457 
2457      return @sims;      return @sims;
2458  }  }
2459    
2460    sub read_block {
2461        my($fh,$seek,$ln) = @_;
2462        my($piece,$readN);
2463    
2464        seek($fh,$seek,0);
2465        my @pieces = ();
2466        while ($ln > 0)
2467        {
2468            my $ln1 = ($ln <= 10000) ? $ln : 10000;
2469            $readN = read($fh,$piece,$ln1);
2470            ($readN == $ln1)
2471                || confess "could not read the block of sims at $seek for $ln1 characters; $readN actually read";
2472            push(@pieces,$piece);
2473            $ln -= 10000;
2474        }
2475        return join("",@pieces);
2476    }
2477    
2478    
2479  sub bbhs {  sub bbhs {
2480      my($self,$peg,$cutoff) = @_;      my($self,$peg,$cutoff) = @_;
2481      my($sim,$peg2,$genome2,$i,@sims2,%seen);      my($sim,$peg2,$genome2,$i,@sims2,%seen);
# Line 5256  Line 5272 
5272          $rdbH->SQL("DELETE FROM peg_links WHERE ( peg = \'$peg\' AND link = \'$link\' )");          $rdbH->SQL("DELETE FROM peg_links WHERE ( peg = \'$peg\' AND link = \'$link\' )");
5273          my @links = `cat $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links`;          my @links = `cat $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links`;
5274          for ($i=0; ($i < @links) && (! (($links[$i] =~ /^(\S+)\t(\S.*\S)/) && ($1 eq $peg) && ($2 eq $link))); $i++) {}          for ($i=0; ($i < @links) && (! (($links[$i] =~ /^(\S+)\t(\S.*\S)/) && ($1 eq $peg) && ($2 eq $link))); $i++) {}
5275          if (($i < @links) && open(TMP.">$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links"))          if (($i < @links) && open(TMP,">$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links"))
5276          {          {
5277              splice(@links,$i,1);              splice(@links,$i,1);
5278              print TMP join("",@links);              print TMP join("",@links);
# Line 5277  Line 5293 
5293          $rdbH->SQL("DELETE FROM peg_links WHERE ( peg = \'$peg\' )");          $rdbH->SQL("DELETE FROM peg_links WHERE ( peg = \'$peg\' )");
5294          my @links = `cat $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links`;          my @links = `cat $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links`;
5295          my @links1 = grep { ! (($_ =~ /^(\S+)/) && ($1 eq $peg)) } @links;          my @links1 = grep { ! (($_ =~ /^(\S+)/) && ($1 eq $peg)) } @links;
5296          if ((@links1 < @links) && open(TMP.">$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links"))          if ((@links1 < @links) && open(TMP,">$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/peg.links"))
5297          {          {
5298              print TMP join("",@links1);              print TMP join("",@links1);
5299              close(TMP);              close(TMP);

Legend:
Removed from v.1.83  
changed lines
  Added in v.1.84

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3