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revision 1.52, Fri Mar 26 21:38:38 2004 UTC revision 1.53, Mon Mar 29 23:12:40 2004 UTC
# Line 712  Line 712 
712    
713  =cut  =cut
714    
715  ##  
716  sub run {  sub run {
717      my($cmd) = @_;      my($cmd) = @_;
718    
# Line 789  Line 789 
789    
790  =cut  =cut
791    
792  ##  
793  sub display_id_and_seq {  sub display_id_and_seq {
794      my( $id, $seq, $fh ) = @_;      my( $id, $seq, $fh ) = @_;
795    
# Line 963  Line 963 
963    
964  =cut  =cut
965    
 ##  
966  sub ec_name {  sub ec_name {
967      my($self,$ec) = @_;      my($self,$ec) = @_;
968    
# Line 985  Line 984 
984    
985  =cut  =cut
986    
 ##  
987  sub all_roles {  sub all_roles {
988      my($self) = @_;      my($self) = @_;
989    
# Line 1005  Line 1003 
1003    
1004  =cut  =cut
1005    
 ##  
1006  sub expand_ec {  sub expand_ec {
1007      my($self,$ec) = @_;      my($self,$ec) = @_;
1008      my($name);      my($name);
# Line 1026  Line 1023 
1023    
1024  =cut  =cut
1025    
 ##  
1026  sub clean_tmp {  sub clean_tmp {
1027    
1028      my($file);      my($file);
# Line 1060  Line 1056 
1056    
1057  =cut  =cut
1058    
 ##  
1059  sub genomes {  sub genomes {
1060      my($self,$complete,$restrictions) = @_;      my($self,$complete,$restrictions) = @_;
1061    
# Line 1091  Line 1086 
1086      return @genomes;      return @genomes;
1087  }  }
1088    
 ##  
1089  sub genome_counts {  sub genome_counts {
1090      my($self,$complete) = @_;      my($self,$complete) = @_;
1091      my($x,$relational_db_response);      my($x,$relational_db_response);
# Line 1142  Line 1136 
1136    
1137  =cut  =cut
1138    
 ##  
1139  sub genome_version {  sub genome_version {
1140      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
1141    
# Line 1167  Line 1160 
1160    
1161  =cut  =cut
1162    
 ##  
1163  sub genus_species {  sub genus_species {
1164      my ($self,$genome) = @_;      my ($self,$genome) = @_;
1165      my $ans;      my $ans;
# Line 1199  Line 1191 
1191    
1192  =cut  =cut
1193    
 ##  
1194  sub org_of {  sub org_of {
1195      my($self,$prot_id) = @_;      my($self,$prot_id) = @_;
1196      my $relational_db_response;      my $relational_db_response;
# Line 1230  Line 1221 
1221    
1222  =cut  =cut
1223    
 ##  
1224  sub abbrev {  sub abbrev {
1225      my($genome_name) = @_;      my($genome_name) = @_;
1226    
# Line 1263  Line 1253 
1253    
1254  =cut  =cut
1255    
 ##  
1256  sub ftype {  sub ftype {
1257      my($feature_id) = @_;      my($feature_id) = @_;
1258    
# Line 1285  Line 1274 
1274  =cut  =cut
1275    
1276    
 ##  
1277  sub genome_of {  sub genome_of {
1278      my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];      my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
1279    
# Line 1303  Line 1291 
1291    
1292  =cut  =cut
1293    
 ##  
1294  sub by_fig_id {  sub by_fig_id {
1295      my($a,$b) = @_;      my($a,$b) = @_;
1296      my($g1,$g2,$t1,$t2,$n1,$n2);      my($g1,$g2,$t1,$t2,$n1,$n2);
# Line 1336  Line 1323 
1323  =cut  =cut
1324    
1325    
 ##  
1326  sub genes_in_region {  sub genes_in_region {
1327      my($self,$genome,$contig,$beg,$end) = @_;      my($self,$genome,$contig,$beg,$end) = @_;
1328      my($x,$relational_db_response,$feature_id,$b1,$e1,@feat,@tmp,$l,$u);      my($x,$relational_db_response,$feature_id,$b1,$e1,@feat,@tmp,$l,$u);
# Line 1377  Line 1363 
1363      return ([],$l,$u);      return ([],$l,$u);
1364  }  }
1365    
 ##  
1366  sub close_genes {  sub close_genes {
1367      my($self,$fid,$dist) = @_;      my($self,$fid,$dist) = @_;
1368    
# Line 1415  Line 1400 
1400    
1401  =cut  =cut
1402    
 ##  
1403  sub feature_location {  sub feature_location {
1404      my($self,$feature_id) = @_;      my($self,$feature_id) = @_;
1405      my($relational_db_response,$locations,$location);      my($relational_db_response,$locations,$location);
# Line 1453  Line 1437 
1437    
1438  =cut  =cut
1439    
 ##  
1440  sub boundaries_of {  sub boundaries_of {
1441      my($location) = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];      my($location) = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
1442      my($contigQ);      my($contigQ);
# Line 1490  Line 1473 
1473    
1474  =cut  =cut
1475    
 ##  
1476  sub all_features {  sub all_features {
1477      my($self,$genome,$type) = @_;      my($self,$genome,$type) = @_;
1478    
# Line 1516  Line 1498 
1498    
1499  =cut  =cut
1500    
 ##  
1501  sub pegs_of {  sub pegs_of {
1502      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
1503    
# Line 1534  Line 1515 
1515    
1516  =cut  =cut
1517    
 ##  
1518  sub rnas_of {  sub rnas_of {
1519      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
1520    
# Line 1555  Line 1535 
1535    
1536  =cut  =cut
1537    
 ##  
1538  sub feature_aliases {  sub feature_aliases {
1539      my($self,$feature_id) = @_;      my($self,$feature_id) = @_;
1540      my($rdbH,$relational_db_response,$aliases);      my($rdbH,$relational_db_response,$aliases);
# Line 1580  Line 1559 
1559    
1560  =cut  =cut
1561    
 ##  
1562  sub by_alias {  sub by_alias {
1563      my($self,$alias) = @_;      my($self,$alias) = @_;
1564      my($rdbH,$relational_db_response,$peg);      my($rdbH,$relational_db_response,$peg);
# Line 1605  Line 1583 
1583    
1584  =cut  =cut
1585    
 ##  
1586  sub possibly_truncated {  sub possibly_truncated {
1587      my($self,$feature_id) = @_;      my($self,$feature_id) = @_;
1588      my($loc);      my($loc);
# Line 1628  Line 1605 
1605      return (($x < 300) || ($x > ($self->contig_ln($genome,$contig) - 300)));      return (($x < 300) || ($x > ($self->contig_ln($genome,$contig) - 300)));
1606  }  }
1607    
 ##  
1608  sub is_real_feature {  sub is_real_feature {
1609      my($self,$fid) = @_;      my($self,$fid) = @_;
1610      my($relational_db_response);      my($relational_db_response);
1611    
1612      my $rdbH = $self->db_handle;      my $rdbH = $self->db_handle;
1613      return (($relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT id FROM features WHERE ( id = \'$fid\' )")) &&      return (($relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT id FROM features WHERE ( id = \'$fid\' )")) &&
1614              (@$relational_db_response == 1));              (@$relational_db_response == 1)) ? 1 : 0;
1615  }  }
1616    
1617  ################ Routines to process functional coupling for PEGs  ##########################  ################ Routines to process functional coupling for PEGs  ##########################
# Line 1661  Line 1637 
1637    
1638  =cut  =cut
1639    
 ##  
1640  sub coupling_and_evidence {  sub coupling_and_evidence {
1641      my($self,$feature_id,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,$keep_record) = @_;      my($self,$feature_id,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,$keep_record) = @_;
1642      my($neighbors,$neigh,$similar1,$similar2,@hits,$sc,$ev,$genome1);      my($neighbors,$neigh,$similar1,$similar2,@hits,$sc,$ev,$genome1);
# Line 1699  Line 1674 
1674      return sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @hits;      return sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @hits;
1675  }  }
1676    
 ##  
1677  sub fast_coupling {  sub fast_coupling {
1678      my($self,$peg,$bound,$coupling_cutoff) = @_;      my($self,$peg,$bound,$coupling_cutoff) = @_;
1679      my($genome,$genome1,$genome2,$peg1,$peg2,$peg3,%maps,$loc,$loc1,$loc2,$loc3);      my($genome,$genome1,$genome2,$peg1,$peg2,$peg3,%maps,$loc,$loc1,$loc2,$loc3);
# Line 1824  Line 1798 
1798    
1799  =cut  =cut
1800    
 ##  
1801  sub add_chr_clusters_and_pins {  sub add_chr_clusters_and_pins {
1802      my($self,$peg,$hits) = @_;      my($self,$peg,$hits) = @_;
1803      my(@clusters,@pins,$x,$sc,$neigh,$pairs,$y,@corr,@orgs,%projection);      my(@clusters,@pins,$x,$sc,$neigh,$pairs,$y,@corr,@orgs,%projection);
# Line 1972  Line 1945 
1945    
1946  =cut  =cut
1947    
 ##  
1948  sub translatable {  sub translatable {
1949      my($self,$prot) = @_;      my($self,$prot) = @_;
1950    
# Line 1994  Line 1966 
1966    
1967  =cut  =cut
1968    
 ##  
1969  sub translation_length {  sub translation_length {
1970      my($self,$prot) = @_;      my($self,$prot) = @_;
1971    
# Line 2020  Line 1991 
1991    
1992  =cut  =cut
1993    
 ##  
1994  sub get_translation {  sub get_translation {
1995      my($self,$id) = @_;      my($self,$id) = @_;
1996      my($rdbH,$relational_db_response,$fileN,$file,$fh,$seek,$ln,$tran);      my($rdbH,$relational_db_response,$fileN,$file,$fh,$seek,$ln,$tran);
# Line 2059  Line 2029 
2029    
2030  =cut  =cut
2031    
 ##  
2032  sub mapped_prot_ids {  sub mapped_prot_ids {
2033      my($self,$id) = @_;      my($self,$id) = @_;
2034    
# Line 2081  Line 2050 
2050      }      }
2051  }  }
2052    
 ##  
2053  sub maps_to_id {  sub maps_to_id {
2054      my($self,$id) = @_;      my($self,$id) = @_;
2055    
# Line 2114  Line 2082 
2082  # Note that we do not return confidence.  I propose a separate function to get both  # Note that we do not return confidence.  I propose a separate function to get both
2083  # function and confidence  # function and confidence
2084  #  #
 ##  
2085  sub function_of {  sub function_of {
2086      my($self,$id,$user) = @_;      my($self,$id,$user) = @_;
2087      my($relational_db_response,@tmp,$entry,$i);      my($relational_db_response,@tmp,$entry,$i);
# Line 2163  Line 2130 
2130    
2131  =cut  =cut
2132    
 ##  
2133  sub translated_function_of {  sub translated_function_of {
2134      my($self,$id,$user) = @_;      my($self,$id,$user) = @_;
2135    
# Line 2195  Line 2161 
2161    
2162  =cut  =cut
2163    
 ##  
2164  sub translate_function {  sub translate_function {
2165      my($self,$function) = @_;      my($self,$function) = @_;
2166    
# Line 2245  Line 2210 
2210    
2211  =cut  =cut
2212    
 ##  
2213  sub assign_function {  sub assign_function {
2214      my($self,$peg,$user,$function,$confidence) = @_;      my($self,$peg,$user,$function,$confidence) = @_;
2215      my($role,$roleQ);      my($role,$roleQ);
# Line 2284  Line 2248 
2248      return 0;      return 0;
2249  }  }
2250    
 ##  
2251  sub hypo {  sub hypo {
2252      my $x = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];      my $x = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2253    
# Line 2322  Line 2285 
2285    
2286  =cut  =cut
2287    
 ##  
2288  sub sims {  sub sims {
2289      my ($self,$id,$maxN,$maxP,$select,$max_expand) = @_;      my ($self,$id,$maxN,$maxP,$select,$max_expand) = @_;
2290      my($sim);      my($sim);
# Line 2497  Line 2459 
2459    
2460  =cut  =cut
2461    
 ##  
2462  sub dsims {  sub dsims {
2463      my($self,$id,$seq,$maxN,$maxP,$select) = @_;      my($self,$id,$seq,$maxN,$maxP,$select) = @_;
2464      my($sim,$sub_dir,$db,$hit,@hits,%in);      my($sim,$sub_dir,$db,$hit,@hits,%in);
# Line 2529  Line 2490 
2490      return &expand_raw_sims($self,\@hits,$maxP,$select,0);      return &expand_raw_sims($self,\@hits,$maxP,$select,0);
2491  }  }
2492    
 ##  
2493  sub blastit {  sub blastit {
2494      my($id,$seq,$db,$maxP) = @_;      my($id,$seq,$db,$maxP) = @_;
2495    
# Line 2543  Line 2503 
2503      return ();      return ();
2504  }  }
2505    
 ##  
2506  sub related_by_func_sim {  sub related_by_func_sim {
2507      my($self,$peg,$user) = @_;      my($self,$peg,$user) = @_;
2508      my($func,$sim,$id2,%related);      my($func,$sim,$id2,%related);
# Line 2575  Line 2534 
2534    
2535  =cut  =cut
2536    
 ##  
2537  sub in_cluster_with {  sub in_cluster_with {
2538      my($self,$peg) = @_;      my($self,$peg) = @_;
2539      my($set,$id,%in);      my($set,$id,%in);
# Line 2596  Line 2554 
2554  =cut  =cut
2555    
2556    
 ##  
2557  sub add_chromosomal_clusters {  sub add_chromosomal_clusters {
2558      my($self,$file) = @_;      my($self,$file) = @_;
2559      my($set,$added);      my($set,$added);
# Line 2637  Line 2594 
2594      $self->export_set("chromosomal_clusters","cluster_id","$FIG_Config::global/chromosomal_clusters");      $self->export_set("chromosomal_clusters","cluster_id","$FIG_Config::global/chromosomal_clusters");
2595  }  }
2596    
 ##  
2597  sub add_chromosomal_cluster {  sub add_chromosomal_cluster {
2598      my($self,$ids) = @_;      my($self,$ids) = @_;
2599      my($id,$set,%existing,%in,$new,$existing,$new_id);      my($id,$set,%existing,%in,$new,$existing,$new_id);
# Line 2694  Line 2650 
2650    
2651  =cut  =cut
2652    
 ##  
2653  sub in_pch_pin_with {  sub in_pch_pin_with {
2654      my($self,$peg) = @_;      my($self,$peg) = @_;
2655      my($set,$id,%in);      my($set,$id,%in);
# Line 2714  Line 2669 
2669    
2670  =cut  =cut
2671    
 ##  
2672  sub add_pch_pins {  sub add_pch_pins {
2673      my($self,$file) = @_;      my($self,$file) = @_;
2674      my($set,$added);      my($set,$added);
# Line 2742  Line 2696 
2696      return 0;      return 0;
2697  }  }
2698    
 ##  
2699  sub export_pch_pins {  sub export_pch_pins {
2700      my($self) = @_;      my($self) = @_;
2701    
2702      $self->export_set("pch_pins","pin","$FIG_Config::global/pch_pins");      $self->export_set("pch_pins","pin","$FIG_Config::global/pch_pins");
2703  }  }
2704    
 ##  
2705  sub add_pch_pin {  sub add_pch_pin {
2706      my($self,$ids) = @_;      my($self,$ids) = @_;
2707      my($id,$set,%existing,%in,$new,$existing,$new_id);      my($id,$set,%existing,%in,$new,$existing,$new_id);
# Line 2814  Line 2766 
2766    
2767  =cut  =cut
2768    
 ##  
2769  sub add_annotation {  sub add_annotation {
2770      my($self,$feature_id,$user,$annotation) = @_;      my($self,$feature_id,$user,$annotation) = @_;
2771      my($genome);      my($genome);
# Line 2860  Line 2811 
2811    
2812  =cut  =cut
2813    
 ##  
2814  sub merged_related_annotations {  sub merged_related_annotations {
2815      my($self,$fids) = @_;      my($self,$fids) = @_;
2816      my($fid);      my($fid);
# Line 2885  Line 2835 
2835  =cut  =cut
2836    
2837    
 ##  
2838  sub feature_annotations {  sub feature_annotations {
2839      my($self,$feature_id) = @_;      my($self,$feature_id) = @_;
2840    
# Line 2935  Line 2884 
2884      return $readC;      return $readC;
2885  }  }
2886    
 ##  
2887  sub epoch_to_readable {  sub epoch_to_readable {
2888      my($epoch) = @_;      my($epoch) = @_;
2889    
# Line 2945  Line 2893 
2893      return "$mm-$dd-$yr:$hr:$min:$sec";      return "$mm-$dd-$yr:$hr:$min:$sec";
2894  }  }
2895    
 ##  
2896  sub assignments_made {  sub assignments_made {
2897      my($self,$genomes,$who,$date) = @_;      my($self,$genomes,$who,$date) = @_;
2898      my($relational_db_response,$entry,$fid,$fileno,$seek,$len,$ann);      my($relational_db_response,$entry,$fid,$fileno,$seek,$len,$ann);
# Line 3018  Line 2965 
2965    
2966  =cut  =cut
2967    
 ##  
2968  sub search_index {  sub search_index {
2969      my($self,$pattern) = @_;      my($self,$pattern) = @_;
2970      my($patternQ,@raw,@pegs,@roles);      my($patternQ,@raw,@pegs,@roles);
# Line 3053  Line 2999 
2999  #  #
3000  #=cut  #=cut
3001    
 ##  
3002  sub load_all {  sub load_all {
3003    
3004      &run("index_contigs");      &run("index_contigs");
# Line 3095  Line 3040 
3040    
3041  =cut  =cut
3042    
 ##  
3043  sub auto_assign {  sub auto_assign {
3044      my($peg,$seq) = @_;      my($peg,$seq) = @_;
3045    
# Line 3124  Line 3068 
3068    
3069  =cut  =cut
3070    
 ##  
3071  sub all_protein_families {  sub all_protein_families {
3072      my($self) = @_;      my($self) = @_;
3073    
# Line 3141  Line 3084 
3084    
3085  =cut  =cut
3086    
 ##  
3087  sub ids_in_family {  sub ids_in_family {
3088      my($self,$family) = @_;      my($self,$family) = @_;
3089    
# Line 3160  Line 3102 
3102    
3103  =cut  =cut
3104    
 ##  
3105  sub family_function {  sub family_function {
3106      my($self,$family) = @_;      my($self,$family) = @_;
3107      my($relational_db_response);      my($relational_db_response);
# Line 3185  Line 3126 
3126    
3127  =cut  =cut
3128    
 ##  
3129  sub sz_family {  sub sz_family {
3130      my($self,$family) = @_;      my($self,$family) = @_;
3131    
# Line 3202  Line 3142 
3142    
3143  =cut  =cut
3144    
 ##  
3145  sub in_family {  sub in_family {
3146      my($self,$id) = @_;      my($self,$id) = @_;
3147    
# Line 3362  Line 3301 
3301    
3302  =cut  =cut
3303    
 ##  
3304  sub all_compounds {  sub all_compounds {
3305      my($self) = @_;      my($self) = @_;
3306    
# Line 3386  Line 3324 
3324    
3325  =cut  =cut
3326    
 ##  
3327  sub names_of_compound {  sub names_of_compound {
3328      my($self,$cid) = @_;      my($self,$cid) = @_;
3329    
# Line 3411  Line 3348 
3348    
3349  =cut  =cut
3350    
 ##  
3351  sub comp2react {  sub comp2react {
3352      my($self,$cid) = @_;      my($self,$cid) = @_;
3353    
# Line 3434  Line 3370 
3370    
3371  =cut  =cut
3372    
 ##  
3373  sub cas {  sub cas {
3374      my($self,$cid) = @_;      my($self,$cid) = @_;
3375    
# Line 3457  Line 3392 
3392    
3393  =cut  =cut
3394    
 ##  
3395  sub cas_to_cid {  sub cas_to_cid {
3396      my($self,$cas) = @_;      my($self,$cas) = @_;
3397    
# Line 3480  Line 3414 
3414    
3415  =cut  =cut
3416    
 ##  
3417  sub all_reactions {  sub all_reactions {
3418      my($self) = @_;      my($self) = @_;
3419    
# Line 3503  Line 3436 
3436    
3437  =cut  =cut
3438    
 ##  
3439  sub reversible {  sub reversible {
3440      my($self,$rid) = @_;      my($self,$rid) = @_;
3441    
# Line 3532  Line 3464 
3464    
3465  =cut  =cut
3466    
 ##  
3467  sub reaction2comp {  sub reaction2comp {
3468      my($self,$rid,$which) = @_;      my($self,$rid,$which) = @_;
3469    
# Line 3557  Line 3488 
3488    
3489  =cut  =cut
3490    
 ##  
3491  sub catalyzed_by {  sub catalyzed_by {
3492      my($self,$rid) = @_;      my($self,$rid) = @_;
3493    
# Line 3580  Line 3510 
3510    
3511  =cut  =cut
3512    
 ##  
3513  sub catalyzes {  sub catalyzes {
3514      my($self,$role) = @_;      my($self,$role) = @_;
3515    
# Line 3604  Line 3533 
3533    
3534  =cut  =cut
3535    
 ##  
3536  sub displayable_reaction {  sub displayable_reaction {
3537      my($self,$rid) = @_;      my($self,$rid) = @_;
3538    
# Line 3628  Line 3556 
3556    
3557  =cut  =cut
3558    
 ##  
3559  sub all_maps {  sub all_maps {
3560      my($self,$ec) = @_;      my($self,$ec) = @_;
3561    
# Line 3652  Line 3579 
3579    
3580  =cut  =cut
3581    
 ##  
3582  sub ec_to_maps {  sub ec_to_maps {
3583      my($self,$ec) = @_;      my($self,$ec) = @_;
3584    
# Line 3677  Line 3603 
3603    
3604  =cut  =cut
3605    
 ##  
3606  sub map_to_ecs {  sub map_to_ecs {
3607      my($self,$map) = @_;      my($self,$map) = @_;
3608    
# Line 3700  Line 3625 
3625    
3626  =cut  =cut
3627    
 ##  
3628  sub map_name {  sub map_name {
3629      my($self,$map) = @_;      my($self,$map) = @_;
3630    
# Line 3725  Line 3649 
3649    
3650  =cut  =cut
3651    
 ##  
3652  sub neighborhood_of_role {  sub neighborhood_of_role {
3653      my($self,$role) = @_;      my($self,$role) = @_;
3654      my($readC);      my($readC);
# Line 3757  Line 3680 
3680    
3681  =cut  =cut
3682    
 ##  
3683  sub roles_of_function {  sub roles_of_function {
3684      my($func) = @_;      my($func) = @_;
3685    
# Line 3778  Line 3700 
3700    
3701  =cut  =cut
3702    
 ##  
3703  sub seqs_with_role {  sub seqs_with_role {
3704      my($self,$role,$who,$genome) = @_;      my($self,$role,$who,$genome) = @_;
3705      my($relational_db_response,$query);      my($relational_db_response,$query);
# Line 3829  Line 3750 
3750    
3751  =cut  =cut
3752    
 ##  
3753  sub seqs_with_roles_in_genomes {  sub seqs_with_roles_in_genomes {
3754      my($self,$genomes,$roles,$made_by) = @_;      my($self,$genomes,$roles,$made_by) = @_;
3755      my($genome,$role,$roleQ,$role_cond,$made_by_cond,$query,$relational_db_response,$peg,$genome_cond,$hit);      my($genome,$role,$roleQ,$role_cond,$made_by_cond,$query,$relational_db_response,$peg,$genome_cond,$hit);
# Line 3867  Line 3787 
3787    
3788  =cut  =cut
3789    
 ##  
3790  sub largest_clusters {  sub largest_clusters {
3791      my($self,$roles,$user,$sort_by_unique_functions) = @_;      my($self,$roles,$user,$sort_by_unique_functions) = @_;
3792      my($genome,$x,$role,$y,$peg,$loc,$contig,$beg,$end,%pegs,@pegs,$i,$j);      my($genome,$x,$role,$y,$peg,$loc,$contig,$beg,$end,%pegs,@pegs,$i,$j);
# Line 3915  Line 3834 
3834      return @clusters;      return @clusters;
3835  }  }
3836    
 ##  
3837  sub unique_functions {  sub unique_functions {
3838      my($self,$pegs,$user) = @_;      my($self,$pegs,$user) = @_;
3839      my($peg,$func,%seen);      my($peg,$func,%seen);
# Line 3955  Line 3873 
3873    
3874  =cut  =cut
3875    
 ##  
3876  sub extract_seq {  sub extract_seq {
3877      my($contigs,$loc) = @_;      my($contigs,$loc) = @_;
3878      my($contig,$beg,$end,$contig_seq);      my($contig,$beg,$end,$contig_seq);
# Line 4018  Line 3935 
3935    
3936  =cut  =cut
3937    
 ##  
3938  sub contig_ln {  sub contig_ln {
3939      my($self,$genome,$contig) = @_;      my($self,$genome,$contig) = @_;
3940      my($rdbH,$relational_db_response);      my($rdbH,$relational_db_response);
# Line 4052  Line 3968 
3968    
3969  =cut  =cut
3970    
 ##  
3971  sub dna_seq {  sub dna_seq {
3972      my($self,$genome,@locations) = @_;      my($self,$genome,@locations) = @_;
3973      my(@pieces,$loc,$contig,$beg,$end,$ln,$rdbH);      my(@pieces,$loc,$contig,$beg,$end,$ln,$rdbH);
# Line 4125  Line 4040 
4040    
4041  =cut  =cut
4042    
 ##  
4043  sub taxonomy_of {  sub taxonomy_of {
4044      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
4045      my($ans);      my($ans);
# Line 4155  Line 4069 
4069    
4070  =cut  =cut
4071    
 ##  
4072  sub is_bacterial {  sub is_bacterial {
4073      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
4074    
4075      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Bacteria/);      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Bacteria/) ? 1 : 0;
4076  }  }
4077    
4078    
# Line 4173  Line 4086 
4086    
4087  =cut  =cut
4088    
 ##  
4089  sub is_archaeal {  sub is_archaeal {
4090      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
4091    
4092      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Archaea/);      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Archaea/) ? 1 : 0;
4093  }  }
4094    
4095    
# Line 4191  Line 4103 
4103    
4104  =cut  =cut
4105    
 ##  
4106  sub is_prokaryotic {  sub is_prokaryotic {
4107      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
4108    
4109      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^(Archaea|Bacteria)/);      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^(Archaea|Bacteria)/) ? 1 : 0;
4110  }  }
4111    
4112    
# Line 4209  Line 4120 
4120    
4121  =cut  =cut
4122    
 ##  
4123  sub is_eukaryotic {  sub is_eukaryotic {
4124      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
4125    
4126      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Eukaryota/);      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Eukaryota/) ? 1 : 0;
4127  }  }
4128    
4129  =pod  =pod
# Line 4227  Line 4137 
4137    
4138  =cut  =cut
4139    
 ##  
4140  sub sort_genomes_by_taxonomy {  sub sort_genomes_by_taxonomy {
4141      my($self,@fids) = @_;      my($self,@fids) = @_;
4142    
# Line 4251  Line 4160 
4160    
4161  =cut  =cut
4162    
 ##  
4163  sub crude_estimate_of_distance {  sub crude_estimate_of_distance {
4164      my($self,$genome1,$genome2) = @_;      my($self,$genome1,$genome2) = @_;
4165      my($i,$v,$d,$dist);      my($i,$v,$d,$dist);
# Line 4300  Line 4208 
4208    
4209  =cut  =cut
4210    
 ##  
4211  sub sort_fids_by_taxonomy {  sub sort_fids_by_taxonomy {
4212      my($self,@fids) = @_;      my($self,@fids) = @_;
4213    
# Line 4310  Line 4217 
4217             @fids;             @fids;
4218  }  }
4219    
 ##  
4220  sub build_tree_of_complete {  sub build_tree_of_complete {
4221      my($self,$min_for_label) = @_;      my($self,$min_for_label) = @_;
4222      my(@last,@tax,$i,$prefix,$lev,$genome,$tax);      my(@last,@tax,$i,$prefix,$lev,$genome,$tax);
# Line 4369  Line 4275 
4275      }      }
4276  }  }
4277    
 ##  
4278  sub taxonomic_groups_of_complete {  sub taxonomic_groups_of_complete {
4279      my($self,$min_for_labels) = @_;      my($self,$min_for_labels) = @_;
4280    
# Line 4421  Line 4326 
4326    
4327  ################################# Subsystems  ####################################  ################################# Subsystems  ####################################
4328    
 ##  
4329  sub exportable_subsystem {  sub exportable_subsystem {
4330      my($self,$ssa) = @_;      my($self,$ssa) = @_;
4331      my(%seqs,@genomes);      my(%seqs,@genomes);
# Line 4515  Line 4419 
4419      return ($spreadsheet,$notes);      return ($spreadsheet,$notes);
4420  }  }
4421    
 ##  
4422  sub is_exchangable_subsystem {  sub is_exchangable_subsystem {
4423      my $ssa = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];      my $ssa = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
4424      $ssa =~ s/ /_/g;      $ssa =~ s/ /_/g;

Legend:
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changed lines
  Added in v.1.53

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