[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.43, Fri Mar 19 18:45:36 2004 UTC revision 1.44, Fri Mar 19 21:58:31 2004 UTC
# Line 78  Line 78 
78              {              {
79                  &run("index_translations $genome");                  &run("index_translations $genome");
80                  my @tmp = `cut -f1 $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/tbl`;                  my @tmp = `cut -f1 $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/tbl`;
81                  chop @tmp;                  chomp @tmp;
82                  &run("cat $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta >> $FIG_Config::data/Global/nr");                  &run("cat $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/fasta >> $FIG_Config::data/Global/nr");
83                  &make_similarities(\@tmp);                  &make_similarities(\@tmp);
84              }              }
# Line 115  Line 115 
115      my $tcp = getprotobyname('tcp');      my $tcp = getprotobyname('tcp');
116    
117      my $hostname = `hostname`;      my $hostname = `hostname`;
118      chop($hostname);      chomp($hostname);
119    
120      my @hostent = gethostbyname($hostname);      my @hostent = gethostbyname($hostname);
121    
# Line 372  Line 372 
372  sub plug_url {  sub plug_url {
373      my($url) = @_;      my($url) = @_;
374    
375      my $name = &get_local_hostname;      my $name;
376      if ($name && ($url =~ /^http:\/\/[^\/]+(.*)/))  
377      {      #  Revised by GJO
378          $url = "http://$name$1";      #  First try to get url from the current http request
379      }  
380        if (      defined( $ENV{ 'HTTP_HOST' } )   # This is where $cgi->url gets its value
381             && ( $name =  $ENV{ 'HTTP_HOST' } )
382             && ( $url  =~ s~^http://[^/]*~http://$name~ )  # ~ is delimiter
383           ) {}
384    
385        #  Otherwise resort to alternative sources
386    
387        elsif ( ( $name = &get_local_hostname )
388             && ( $url  =~ s~^http://[^/]*~http://$name~ )  # ~ is delimiter
389           ) {}
390    
391      return $url;      return $url;
392  }  }
393    
# Line 682  Line 693 
693  sub run {  sub run {
694      my($cmd) = @_;      my($cmd) = @_;
695    
696  #   my @tmp = `date`; chop @tmp; print STDERR "$tmp[0]: running $cmd\n";  #   my @tmp = `date`; chomp @tmp; print STDERR "$tmp[0]: running $cmd\n";
697      (system($cmd) == 0) || confess "FAILED: $cmd";      (system($cmd) == 0) || confess "FAILED: $cmd";
698  }  }
699    
# Line 2107  Line 2118 
2118          {          {
2119              while (defined($line = <TMP>))              while (defined($line = <TMP>))
2120              {              {
2121                  chop $line;                  chomp $line;
2122                  ($from,$to) = split(/\t/,$line);                  ($from,$to) = split(/\t/,$line);
2123                  $tran->{$from} = $to;                  $tran->{$from} = $to;
2124              }              }
# Line 2505  Line 2516 
2516      while (defined($set = <TMPCLUST>))      while (defined($set = <TMPCLUST>))
2517      {      {
2518          print STDERR ".";          print STDERR ".";
2519          chop $set;          chomp $set;
2520          $added += $self->add_chromosomal_cluster([split(/[\t,]+/,$set)]);          $added += $self->add_chromosomal_cluster([split(/[\t,]+/,$set)]);
2521      }      }
2522      close(TMPCLUST);      close(TMPCLUST);
# Line 2623  Line 2634 
2634      while (defined($set = <TMPCLUST>))      while (defined($set = <TMPCLUST>))
2635      {      {
2636          print STDERR ".";          print STDERR ".";
2637          chop $set;          chomp $set;
2638          my @tmp = split(/[\t,]+/,$set);          my @tmp = split(/[\t,]+/,$set);
2639          if (@tmp < 200)          if (@tmp < 200)
2640          {          {
# Line 3510  Line 3521 
3521      my @tmp = `grep $rid $FIG_Config::data/KEGG/reaction_name.lst`;      my @tmp = `grep $rid $FIG_Config::data/KEGG/reaction_name.lst`;
3522      if (@tmp > 0)      if (@tmp > 0)
3523      {      {
3524          chop $tmp[0];          chomp $tmp[0];
3525          return $tmp[0];          return $tmp[0];
3526      }      }
3527      return $rid;      return $rid;
# Line 4350  Line 4361 
4361          while (defined($_ = <SSA>))          while (defined($_ = <SSA>))
4362          {          {
4363              push(@$spreadsheet,$_);              push(@$spreadsheet,$_);
4364              chop;              chomp;
4365              my @flds = split(/\t/,$_);              my @flds = split(/\t/,$_);
4366              my $genome = $flds[0];              my $genome = $flds[0];
4367              push(@genomes,$genome);              push(@genomes,$genome);

Legend:
Removed from v.1.43  
changed lines
  Added in v.1.44

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3