[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.803, Tue Sep 22 15:01:59 2009 UTC revision 1.804, Wed Sep 23 20:29:30 2009 UTC
# Line 1137  Line 1137 
1137          my $func = $funcs->{$fid};          my $func = $funcs->{$fid};
1138          my $orig = $func;          my $orig = $func;
1139          my $new;          my $new;
1140          while ($new = $rename->{$func})          my $last_n;
1141            while (my $new_ent = $rename->{$func})
1142          {          {
1143                my($new, $n) = @$new_ent;
1144                if ($n < $last_n)
1145                {
1146                    warn "Breaking off renames for $fid $orig due to $n < $last_n\n";
1147                    last;
1148                }
1149                $last_n = $n;
1150              $func = $new;              $func = $new;
1151          }          }
1152          if ($func ne $orig)          if ($func ne $orig)
# Line 1166  Line 1174 
1174          return $log;          return $log;
1175      }      }
1176    
1177        my $n = 0;
1178    
1179      while (<$lf>)      while (<$lf>)
1180      {      {
1181          if (/^Role\s+(.*)\s+was\s+replaced\s+by\s+(.*)/)          if (/^Role\s+(.*)\s+was\s+replaced\s+by\s+(.*)/)
1182          {          {
1183              $log->{$1} = $2;              $n++;
1184                if ($1 eq $2)
1185                {
1186                    warn "CYCLE $1->$2 in rename table\n";
1187                    next;
1188                }
1189                $log->{$1} = [$2, $n];
1190          }          }
1191      }      }
1192      close($lf);      close($lf);
# Line 5926  Line 5942 
5942                             }                             }
5943                        map  { $_->[0] }           # extract the id                        map  { $_->[0] }           # extract the id
5944                        @$relational_db_response;                        @$relational_db_response;
5945                # @tmp contains [$id, $contig, $beg, $end, $type, $numb]
5946              if ( @tmp )              if ( @tmp )
5947              {              {
5948                  #  This sort produces an unambiguous ordering of all features.                  #  This sort produces an unambiguous ordering of all features.

Legend:
Removed from v.1.803  
changed lines
  Added in v.1.804

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3