[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.80, Thu May 13 20:59:56 2004 UTC revision 1.81, Fri May 14 18:06:51 2004 UTC
# Line 82  Line 82 
82          my @errors = `$FIG_Config::bin/verify_genome_directory $genomeF`;          my @errors = `$FIG_Config::bin/verify_genome_directory $genomeF`;
83          if (@errors == 0)          if (@errors == 0)
84          {          {
85              &run("cp -r $genomeF $FIG_Config::organisms; chmod -R 777 $FIG_Config::organisms/$genomeF");              &run("cp -r $genomeF $FIG_Config::organisms");
86                &run("chmod -R 777 $FIG_Config::organisms/$genome");
87              &run("index_contigs $genome");              &run("index_contigs $genome");
88              &run("compute_genome_counts $genome");              &run("compute_genome_counts $genome");
89              &run("load_features $genome");              &run("load_features $genome");
# Line 5162  Line 5163 
5163      }      }
5164  }  }
5165    
5166    ################################# Support for PEG Links  ####################################
5167    
5168    sub peg_links {
5169        my($fig,$peg) = @_;
5170        my($i,$got,$genome,$pegN);
5171    
5172        my @links = ();
5173        my @aliases = $fig->feature_aliases($peg);
5174        if (open(GLOBAL,"<$FIG_Config::global/peg.links"))
5175        {
5176            while (defined($_ = <GLOBAL>))
5177            {
5178                chop;
5179                my($pat,$link) = split(/\t/,$_);
5180                for ($i=0,$got=0; (! $got) && ($i < @aliases); $i++)
5181                {
5182                    if ($aliases[$i] =~ /$pat/)
5183                    {
5184                        push(@links,eval "\"$link\"");
5185                        $got = 1;
5186                    }
5187                }
5188            }
5189            close(GLOBAL);
5190        }
5191    
5192        if ($peg =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.(\d+)$/)
5193        {
5194            $genome = $1;
5195            $pegN = $2;
5196    
5197            if (-s "$FIG_Config::organisms/$genome/Features/links")
5198            {
5199                push(@links,grep { $_ =~ /^$pegN\t/ } `grep \"^$pegN\" $FIG_Config::organisms/$genome/Features/links`);
5200            }
5201        }
5202        return @links;
5203    }
5204    
5205  1  1

Legend:
Removed from v.1.80  
changed lines
  Added in v.1.81

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3