[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.785, Tue May 26 18:03:10 2009 UTC revision 1.786, Tue Jun 16 20:27:25 2009 UTC
# Line 17130  Line 17130 
17130      my($active,$file,$variant);      my($active,$file,$variant);
17131    
17132      $active = {};      $active = {};
17133      foreach $_ (`grep \"^$genome\" $FIG_Config::data/Subsystems/*/spreadsheet`)  
17134        my $dh;
17135        if (!opendir($dh, "$FIG_Config::data/Subsystems"))
17136        {
17137            warn "Cannot open subsystem dir $FIG_Config::data/Subsystems: $!";
17138            return $active;
17139        }
17140    
17141        while (my $ssname = readdir($dh))
17142      {      {
17143          if (($_ =~ /^(.*?)\/spreadsheet:$genome\t(\S+)/))          if (open(my $fh, "<", "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssname/spreadsheet"))
17144          {          {
17145              next if (!($all) && (($2 eq '0') || ($2 eq '-1')));              while (<$fh>)
17146              $file = $1;              {
17147              $variant = $2;                  if (/^$genome\t(\S+)/)
             if ($file =~ /^.*?([^\/]+)$/)  
17148              {              {
17149                  $active->{$1} = $variant;                      my $variant = $1;
17150                        last if (!$all && ($variant eq '0' || $variant eq '-1'));
17151                        $active->{$ssname} = $variant;
17152              }              }
17153          }          }
17154                close($fh);
17155      }      }
17156        }
17157        closedir($dh);
17158    
17159    #     foreach $_ (`grep \"^$genome\" $FIG_Config::data/Subsystems/*/spreadsheet`)
17160    #     {
17161    #         if (($_ =~ /^(.*?)\/spreadsheet:$genome\t(\S+)/))
17162    #         {
17163    #             next if (!($all) && (($2 eq '0') || ($2 eq '-1')));
17164    #             $file = $1;
17165    #             $variant = $2;
17166    #             if ($file =~ /^.*?([^\/]+)$/)
17167    #             {
17168    #                 $active->{$1} = $variant;
17169    #             }
17170    #         }
17171    #     }
17172      return $active;      return $active;
17173  }  }
17174    

Legend:
Removed from v.1.785  
changed lines
  Added in v.1.786

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3