[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.780, Thu May 21 13:53:12 2009 UTC revision 1.781, Thu May 21 14:32:26 2009 UTC
# Line 19240  Line 19240 
19240    
19241  sub get_genome_subsystem_data {  sub get_genome_subsystem_data {
19242      # Get the parameters.      # Get the parameters.
19243      my ($self, $genomeID) = @_;      my ($self, $genomeID,$all) = @_;
19244      # Declare the return variable.      # Declare the return variable.
19245      my $retVal;      my $retVal;
19246      # Get the database handle.      # Get the database handle.
# Line 19255  Line 19255 
19255          my $dbh = $rdbH->{_dbh};          my $dbh = $rdbH->{_dbh};
19256          local $dbh->{RaiseError} = 1;          local $dbh->{RaiseError} = 1;
19257          local $dbh->{PrintError} = 0;          local $dbh->{PrintError} = 0;
19258            my $constraint = "WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%')";
19259            if (! $all)
19260            {
19261                $constraint = $constraint . " AND (variant != '-1') AND (variant != '0')";
19262            }
19263    
19264          eval {          eval {
19265              $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein              $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein
19266                                              FROM subsystem_index                                              FROM subsystem_index
19267                                              WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%' AND                                              $constraint
                                                    (variant != '-1') AND (variant != '0'))  
19268                                             ));                                             ));
19269          };          };
19270      }      }
19271    
19272      if ($@ =~ /variant/)      if ($@ =~ /variant/)
19273      {      {
19274          $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein          $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein

Legend:
Removed from v.1.780  
changed lines
  Added in v.1.781

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3