[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.779, Thu May 21 13:44:59 2009 UTC revision 1.780, Thu May 21 13:53:12 2009 UTC
# Line 18145  Line 18145 
18145    
18146          my $sql="SELECT DISTINCT subsystem from subsystem_index WHERE (protein like 'fig\|$genome.peg.%'";          my $sql="SELECT DISTINCT subsystem from subsystem_index WHERE (protein like 'fig\|$genome.peg.%'";
18147          if (defined($all) && ($all == 2)) {          if (defined($all) && ($all == 2)) {
18148            $sql .= " AND (variant ne '-1')";            $sql .= " AND (variant != '-1')";
18149          } elsif (!$all) {$sql .= " AND (variant != '-1' AND variant != '0')"}          } elsif (!$all) {$sql .= " AND (variant != '-1' AND variant != '0')"}
18150          $sql .= ")";          $sql .= ")";
18151    
# Line 19165  Line 19165 
19165    $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT COUNT(DISTINCT subsystem)    $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT COUNT(DISTINCT subsystem)
19166                                              FROM subsystem_index                                              FROM subsystem_index
19167                                              WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%' AND                                              WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%' AND
19168                                                     variant ne '-1')                                                     variant != '-1')
19169                                             ));                                             ));
19170    return $retVal->[0]->[0];    return $retVal->[0]->[0];
19171  }  }
# Line 19260  Line 19260 
19260              $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein              $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein
19261                                              FROM subsystem_index                                              FROM subsystem_index
19262                                              WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%' AND                                              WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%' AND
19263                                                     (variant ne '-1') AND (variant != '0'))                                                     (variant != '-1') AND (variant != '0'))
19264                                             ));                                             ));
19265          };          };
19266      }      }

Legend:
Removed from v.1.779  
changed lines
  Added in v.1.780

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3