[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.732, Thu Oct 23 16:20:48 2008 UTC revision 1.733, Sat Oct 25 13:37:47 2008 UTC
# Line 6414  Line 6414 
6414      return ();      return ();
6415  }  }
6416    
6417    ## returns (Subsys,[pegs]) for the Subsystem containing the most pegs
6418    
6419    sub close_in_subsystem {
6420        my($self,$peg) = @_;
6421    
6422        my %close;
6423        my %sub = map { $_ => 1 } grep { $self->usable_subsystem($_) } $self->peg_to_subsystems($peg);
6424        foreach my $peg1 ($self->close_genes($peg,5000))
6425        {
6426            next if ($peg eq $peg1);
6427            foreach my $sub1 ($self->peg_to_subsystems($peg1))
6428            {
6429                if ($sub{$sub1})
6430                {
6431                    $close{$sub1}->{$peg1} = 1;
6432                }
6433            }
6434        }
6435    
6436        my $sofar;
6437        my $best;
6438        foreach my $sub1 (keys(%close))
6439        {
6440            my $x = $close{$sub1};
6441            my @others = keys(%$x);
6442            if (@others > $best)
6443            {
6444                $sofar = [@others];
6445                $best = $sub1;
6446            }
6447        }
6448        return $best ? ($best,$sofar) : undef;
6449    }
6450    
6451  =head3 adjacent_genes  =head3 adjacent_genes
6452    
6453      my ($left_fid, $right_fid) = $fig->adjacent_genes($fid, $dist);      my ($left_fid, $right_fid) = $fig->adjacent_genes($fid, $dist);

Legend:
Removed from v.1.732  
changed lines
  Added in v.1.733

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3