[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.722, Thu Sep 11 22:01:23 2008 UTC revision 1.723, Fri Sep 12 01:47:15 2008 UTC
# Line 3194  Line 3194 
3194      return $code;      return $code;
3195  }  }
3196    
3197    sub trans_tab {
3198        my($code) = @_;
3199    
3200        my $tt = &FIG::standard_genetic_code;
3201        if ($code == 4)
3202        {
3203            $tt->{'TGA'} = "W";
3204        }
3205        return $tt;
3206    }
3207    
3208  sub fr_to_go {  sub fr_to_go {
3209      my($self,$role) = @_;      my($self,$role) = @_;
# Line 18794  Line 18804 
18804              $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein              $retVal = $rdbH->SQL(qq(SELECT DISTINCT subsystem,role,protein
18805                                              FROM subsystem_index                                              FROM subsystem_index
18806                                              WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%' AND                                              WHERE (protein like 'fig\|$genomeID.peg.%' AND
18807                                                     variant != '-1')                                                     (variant != '-1') AND (variant != '0'))
18808                                             ));                                             ));
18809          };          };
18810      }      }

Legend:
Removed from v.1.722  
changed lines
  Added in v.1.723

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3