[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.707, Thu Jul 10 19:35:33 2008 UTC revision 1.708, Sat Jul 12 22:51:27 2008 UTC
# Line 3721  Line 3721 
3721    
3722      if (UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__)) {      if (UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__)) {
3723          shift @_;          shift @_;
3724          Trace("Invalid call to display_id_and_seq.");          #Trace("Invalid call to display_id_and_seq.");
3725      }      }
3726    
3727      my( $id, $seqP, $fh ) = @_;      my( $id, $seqP, $fh ) = @_;
# Line 8784  Line 8784 
8784      if ($self->is_deleted_fid($id)) { return '' }      if ($self->is_deleted_fid($id)) { return '' }
8785    
8786      $rdbH = $self->db_handle;      $rdbH = $self->db_handle;
8787        my $orig_id = $id;
8788      $id =~ s/^([^\|]+\|[^\|]+)\|.*$/$1/;      $id =~ s/^([^\|]+\|[^\|]+)\|.*$/$1/;
8789    
8790      $relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT fileno, seek, len FROM protein_sequence_seeks WHERE  id = \'$id\' ");      $relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT fileno, seek, len FROM protein_sequence_seeks WHERE  id = \'$id\' ");
# Line 8808  Line 8809 
8809              return $tran;              return $tran;
8810          }          }
8811      }      }
8812    
8813        #
8814        # If it is a xxx identifier, try finding it in the indexed NR.
8815        #
8816        if ($orig_id =~ /^xxx/)
8817        {
8818            my $nr = "$FIG_Config::global/nr-std";
8819            if (-f "$nr.pal" or -f "$nr.phr")
8820            {
8821                my $pipe;
8822                if (!open($pipe, "-|", "$FIG_Config::ext_bin/fastacmd", "-d", $nr, "-s", "lcl|$orig_id"))
8823                {
8824                    return '';
8825                }
8826                my $h = <$pipe>;
8827                local $/;
8828                undef $/;
8829                my $ret = <$pipe>;
8830                close($pipe);
8831                $ret =~ s/\s*//g;
8832                return $ret;
8833            }
8834        }
8835    
8836      return '';      return '';
8837  }  }
8838    

Legend:
Removed from v.1.707  
changed lines
  Added in v.1.708

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3