[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.66, Mon Apr 19 11:36:39 2004 UTC revision 1.67, Fri Apr 23 16:59:40 2004 UTC
# Line 2946  Line 2946 
2946              ($fid,$when,$fileno,$seek,$len) = @$entry;              ($fid,$when,$fileno,$seek,$len) = @$entry;
2947              if (($fid =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) && $genomes{$1})              if (($fid =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) && $genomes{$1})
2948              {              {
2949                    if ($len < 4)
2950                    {
2951                        print STDERR "BAD: fid=$fid when=$when fileno=$fileno seek=$seek len=$len\n";
2952                        next;
2953                    }
2954                  $ann = $self->read_annotation($fileno,$seek,$len);                  $ann = $self->read_annotation($fileno,$seek,$len);
2955    
2956                  if (($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\nSet ([^\n]*)function[^\n]*\n(\S[^\n]+\S)/s) &&                  if (($ann =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\n(\d+)\n(\S+)\nSet ([^\n]*)function[^\n]*\n(\S[^\n]+\S)/s) &&
# Line 4017  Line 4022 
4022  sub best_bbh_candidates {  sub best_bbh_candidates {
4023      my($self,$genome,$cutoff,$requested,$known) = @_;      my($self,$genome,$cutoff,$requested,$known) = @_;
4024      my($i,$j,$k,$sim,@sims,$peg,$id2,$genome2,$sim_back);      my($i,$j,$k,$sim,@sims,$peg,$id2,$genome2,$sim_back);
4025      my($bbh,%seen,%computed_sims);      my($bbh,%seen,%computed_sims,$genome1);
4026    
4027      my @got = ();      my @got = ();
4028      my @cand = $self->candidates_for_role_from_known($genome,$cutoff,$known);      my @cand = $self->candidates_for_role_from_known($genome,$cutoff,$known);
4029      if (@cand > 0)      if (@cand > 0)
4030      {      {
4031          my %genomes = map { $genome = &FIG::genome_of($_); $genome => 1 } @$known;          my %genomes = map { $genome1 = &FIG::genome_of($_); $genome1 => 1 } @$known;
4032          my %pegs    = map { $_ => 1 } @$known;          my %pegs    = map { $_ => 1 } @$known;
4033          for ($i=0; (@got < $requested) && ($i < @cand); $i++)          for ($i=0; (@got < $requested) && ($i < @cand); $i++)
4034          {          {
# Line 4053  Line 4058 
4058                                  $sim_back = $computed_sims{$id2} = 0;                                  $sim_back = $computed_sims{$id2} = 0;
4059                              }                              }
4060                          }                          }
   
4061                          if ($sim_back)                          if ($sim_back)
4062                          {                          {
4063                              if ($self->ok_match($sim_back))                              if ($self->ok_match($sim_back))
# Line 4086  Line 4090 
4090      my $b2  = $sim->b2;      my $b2  = $sim->b2;
4091      my $e2  = $sim->e2;      my $e2  = $sim->e2;
4092    
4093      return (((($e1 - $b1) / $ln1) >= 0.7) &&      return (((($e1 - $b1) / $ln1) >= 0.6) &&
4094              ((($e2 - $b2) / $ln2) >= 0.7))              ((($e2 - $b2) / $ln2) >= 0.6))
4095  }  }
4096    
4097  #################################   DNA sequence Stuff ####################################  #################################   DNA sequence Stuff ####################################

Legend:
Removed from v.1.66  
changed lines
  Added in v.1.67

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3