[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.50, Thu Mar 25 17:10:50 2004 UTC revision 1.51, Fri Mar 26 13:01:46 2004 UTC
# Line 1740  Line 1740 
1740    
1741  sub score {  sub score {
1742      my($self,$pegs) = @_;      my($self,$pegs) = @_;
1743        my(@ids);
1744    
1745      my @ids = map { $self->maps_to_id($_) } @$pegs;      if ($self->{_no9s_scoring})
1746        {
1747            @ids = map { $self->maps_to_id($_) } grep { $_ !~ /^fig\|999999/ } @$pegs;
1748        }
1749        else
1750        {
1751            @ids = map { $self->maps_to_id($_) } @$pegs;
1752        }
1753      return &score1($self,\@ids) - 1;      return &score1($self,\@ids) - 1;
1754  }  }
1755    
# Line 1917  Line 1925 
1925          if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)          if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)
1926          {          {
1927              my $genome = $1;              my $genome = $1;
1928              if ($self->is_prokaryotic($genome))              if (! $self->is_eukaryotic($genome))
1929              {              {
1930                  push(@{$by_org{$genome}},$id2);                  push(@{$by_org{$genome}},$id2);
1931              }              }
# Line 2265  Line 2273 
2273      if (! $x)                             { return 1 }      if (! $x)                             { return 1 }
2274      if ($x =~ /hypoth/i)                  { return 1 }      if ($x =~ /hypoth/i)                  { return 1 }
2275      if ($x =~ /conserved protein/i)       { return 1 }      if ($x =~ /conserved protein/i)       { return 1 }
2276        if ($x =~ /similar to/i)              { return 1 }
2277      if ($x =~ /unknown/i)                 { return 1 }      if ($x =~ /unknown/i)                 { return 1 }
2278      return 0;      return 0;
2279  }  }

Legend:
Removed from v.1.50  
changed lines
  Added in v.1.51

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3