[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.36, Sun Mar 14 03:46:16 2004 UTC revision 1.37, Mon Mar 15 04:37:50 2004 UTC
# Line 2153  Line 2153 
2153              }              }
2154              my $delta = $maps_to[0]->[1] - $entry[0]->[1];              my $delta = $maps_to[0]->[1] - $entry[0]->[1];
2155              my @raw_sims = &get_raw_sims($self,$rep_id,$maxN,$maxP);              my @raw_sims = &get_raw_sims($self,$rep_id,$maxN,$maxP);
   
2156              if ($id ne $rep_id)              if ($id ne $rep_id)
2157              {              {
2158                  foreach $sim (@raw_sims)                  foreach $sim (@raw_sims)
# Line 2165  Line 2164 
2164                  }                  }
2165              }              }
2166              unshift(@raw_sims,bless([$id,$rep_id,100.00,undef,undef,undef,1,$entry[0]->[1],$delta+1,$maps_to[0]->[1],0.0,,undef,$entry[0]->[1],$maps_to[0]->[1],"blastp",0,0],'Sim'));              unshift(@raw_sims,bless([$id,$rep_id,100.00,undef,undef,undef,1,$entry[0]->[1],$delta+1,$maps_to[0]->[1],0.0,,undef,$entry[0]->[1],$maps_to[0]->[1],"blastp",0,0],'Sim'));
2167              @sims = grep { $_->id1 ne $_->id2 } &expand_raw_sims($self,\@raw_sims,$maxP,$select,0,$max_expand);              @sims = grep { $_->id1 ne $_->id2 } &expand_raw_sims($self,\@raw_sims,$maxP,$select,0,$max_expand+1);
2168          }          }
2169      }      }
2170      return @sims;      return @sims;
# Line 2182  Line 2181 
2181          $id2 = $sim->id2;          $id2 = $sim->id2;
2182          next if ($others{$id2} && (! $dups));          next if ($others{$id2} && (! $dups));
2183          $others{$id2} = 1;          $others{$id2} = 1;
2184            if (($select && ($select eq "raw")) || ($max_expand <= 0))
         if ($select && ($select eq "raw") || ($max_expand <= 0))  
2185          {          {
2186              push(@sims,$sim);              push(@sims,$sim);
2187          }          }

Legend:
Removed from v.1.36  
changed lines
  Added in v.1.37

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3