[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.327, Mon Aug 1 18:52:58 2005 UTC revision 1.328, Mon Aug 1 22:23:15 2005 UTC
# Line 2447  Line 2447 
2447  #  #
2448  #=cut  #=cut
2449  #  #
2450  sub file2N :scalar {  sub file2N :Scalar {
2451      my($self,$file) = @_;      my($self,$file) = @_;
2452      my($relational_db_response);      my($relational_db_response);
2453    
# Line 2478  Line 2478 
2478  #  #
2479  #=cut  #=cut
2480  #  #
2481  sub N2file :scalar {  sub N2file :Scalar {
2482      my($self,$fileno) = @_;      my($self,$fileno) = @_;
2483      my($relational_db_response);      my($relational_db_response);
2484    
# Line 2688  Line 2688 
2688    
2689  =cut  =cut
2690  #: Return Type @;  #: Return Type @;
2691  sub genomes  :remote :list {  sub genomes  :Remote :List {
2692      my( $self, $complete, $restrictions, $domain ) = @_;      my( $self, $complete, $restrictions, $domain ) = @_;
2693    
2694      my $rdbH = $self->db_handle;      my $rdbH = $self->db_handle;
# Line 2979  Line 2979 
2979    
2980  =cut  =cut
2981    
2982  sub genome_version :scalar {  sub genome_version :Scalar {
2983      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
2984    
2985      my(@tmp);      my(@tmp);
# Line 3020  Line 3020 
3020    
3021  =cut  =cut
3022    
3023  sub genome_md5sum :scalar {  sub genome_md5sum :Scalar {
3024      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
3025      my $relational_db_response;      my $relational_db_response;
3026      my $rdbH = $self->db_handle;      my $rdbH = $self->db_handle;
# Line 3058  Line 3058 
3058    
3059  =cut  =cut
3060    
3061  sub genome_with_md5sum :scalar {  sub genome_with_md5sum :Scalar {
3062      my($self,$cksum) = @_;      my($self,$cksum) = @_;
3063      my $relational_db_response;      my $relational_db_response;
3064      my $rdbH = $self->db_handle;      my $rdbH = $self->db_handle;
# Line 3100  Line 3100 
3100    
3101  =cut  =cut
3102    
3103  sub contig_md5sum :scalar {  sub contig_md5sum :Scalar {
3104      my($self, $genome, $contig) = @_;      my($self, $genome, $contig) = @_;
3105      my $relational_db_response;      my $relational_db_response;
3106      my $rdbH = $self->db_handle;      my $rdbH = $self->db_handle;
# Line 3141  Line 3141 
3141    
3142  =cut  =cut
3143  #: Return Type $;  #: Return Type $;
3144  sub genus_species :scalar {  sub genus_species :Scalar {
3145      my ($self,$genome) = @_;      my ($self,$genome) = @_;
3146      my $ans;      my $ans;
3147    
# Line 3367  Line 3367 
3367    
3368  =cut  =cut
3369    
3370  sub abbrev :scalar {  sub abbrev :Scalar {
3371      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
3372      my($genome_name) = @_;      my($genome_name) = @_;
3373    
# Line 3451  Line 3451 
3451  =cut  =cut
3452    
3453    
3454  sub genome_of :scalar {  sub genome_of :Scalar {
3455      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
3456      my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];      my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
3457    
# Line 4059  Line 4059 
4059    
4060  =cut  =cut
4061    
4062  sub feature_location :scalar :list {  sub feature_location :Scalar :List {
4063      my($self,$feature_id) = @_;      my($self,$feature_id) = @_;
4064      my($relational_db_response,$locations,$location);      my($relational_db_response,$locations,$location);
4065    
# Line 9157  Line 9157 
9157    
9158  =cut  =cut
9159    
9160  sub taxonomy_of :scalar {  sub taxonomy_of :Scalar {
9161      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
9162      my($ans);      my($ans);
9163      my $taxonomy = $self->cached('_taxonomy');      my $taxonomy = $self->cached('_taxonomy');
# Line 9184  Line 9184 
9184    
9185  =cut  =cut
9186    
9187  sub is_bacterial :scalar {  sub is_bacterial :Scalar {
9188      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
9189    
9190      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Bacteria/) ? 1 : 0;      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Bacteria/) ? 1 : 0;
# Line 9199  Line 9199 
9199    
9200  =cut  =cut
9201    
9202  sub is_archaeal :scalar {  sub is_archaeal :Scalar {
9203      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
9204    
9205      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Archaea/) ? 1 : 0;      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Archaea/) ? 1 : 0;
# Line 9214  Line 9214 
9214    
9215  =cut  =cut
9216    
9217  sub is_prokaryotic :scalar {  sub is_prokaryotic :Scalar {
9218      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
9219    
9220      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^(Archaea|Bacteria)/) ? 1 : 0;      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^(Archaea|Bacteria)/) ? 1 : 0;
# Line 9229  Line 9229 
9229    
9230  =cut  =cut
9231    
9232  sub is_eukaryotic :scalar {  sub is_eukaryotic :Scalar {
9233      my($self,$genome) = @_;      my($self,$genome) = @_;
9234    
9235      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Eukaryota/) ? 1 : 0;      return ($self->taxonomy_of($genome) =~ /^Eukaryota/) ? 1 : 0;
# Line 9265  Line 9265 
9265    
9266  =cut  =cut
9267    
9268  sub crude_estimate_of_distance :scalar {  sub crude_estimate_of_distance :Scalar {
9269      my($self,$genome1,$genome2) = @_;      my($self,$genome1,$genome2) = @_;
9270      my($i,$v,$d,$dist);      my($i,$v,$d,$dist);
9271    
# Line 9282  Line 9282 
9282      return $self->crude_estimate_of_distance1($genome1,$genome2);      return $self->crude_estimate_of_distance1($genome1,$genome2);
9283  }  }
9284    
9285  sub crude_estimate_of_distance1 :scalar {  sub crude_estimate_of_distance1 :Scalar {
9286      my($self,$genome1,$genome2) = @_;      my($self,$genome1,$genome2) = @_;
9287      my($i,$v,$d,$dist);      my($i,$v,$d,$dist);
9288    
# Line 9668  Line 9668 
9668      return ($spreadsheet,$notes);      return ($spreadsheet,$notes);
9669  }  }
9670    
9671  sub is_exchangable_subsystem :scalar {  sub is_exchangable_subsystem :Scalar {
9672      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
9673      my $ssa = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];      my $ssa = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
9674      $ssa =~ s/[ \/]/_/g;      $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
# Line 9798  Line 9798 
9798    
9799  =cut  =cut
9800    
9801  sub subsystem_version :scalar {  sub subsystem_version :Scalar {
9802      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
9803      my $ssa = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];      my $ssa = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
9804      $ssa =~ s/[ \/]/_/g;      $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
# Line 9863  Line 9863 
9863    
9864  =cut  =cut
9865    
9866  sub subsystem_curator :scalar {  sub subsystem_curator :Scalar {
9867      my($self, $ssa) = @_;      my($self, $ssa) = @_;
9868      my($who) = "";      my($who) = "";
9869    
# Line 9883  Line 9883 
9883      return $who;      return $who;
9884  }  }
9885    
9886  sub reset_subsystem_curator :scalar {  sub reset_subsystem_curator :Scalar {
9887      my($self, $ssa, $who) = @_;      my($self, $ssa, $who) = @_;
9888    
9889      $ssa =~ s/[ \/]/_/g;      $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
# Line 9972  Line 9972 
9972    
9973  =cut  =cut
9974  #: Return Type $@@;  #: Return Type $@@;
9975  sub subsystem_genomes :scalar {  sub subsystem_genomes :Scalar {
9976      my($self,$ssa,$all) = @_;      my($self,$ssa,$all) = @_;
9977      my($genomes);      my($genomes);
9978    
# Line 10029  Line 10029 
10029  #    @maps             = $fig->role_to_maps($role)  #    @maps             = $fig->role_to_maps($role)
10030  #    @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);  #    @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
10031    
10032  sub get_subsystem :scalar  sub get_subsystem :Scalar
10033  {  {
10034      my($self, $subsystem, $force_load) = @_;      my($self, $subsystem, $force_load) = @_;
10035      my $sub;      my $sub;
# Line 10087  Line 10087 
10087      return grep { ! $self->is_deleted_fid($_) } $sub->get_pegs_from_cell($genome, $role);      return grep { ! $self->is_deleted_fid($_) } $sub->get_pegs_from_cell($genome, $role);
10088  }  }
10089    
10090  sub get_clearinghouse :scalar  sub get_clearinghouse :Scalar
10091  {  {
10092      my($self, $url) = @_;      my($self, $url) = @_;
10093    
# Line 11104  Line 11104 
11104      return $child;      return $child;
11105  }  }
11106    
11107  sub get_all_jobs :list  sub get_all_jobs :List
11108  {  {
11109      my($self) = @_;      my($self) = @_;
11110    
# Line 11118  Line 11118 
11118  }  }
11119    
11120    
11121  sub get_job :scalar  sub get_job :Scalar
11122  {  {
11123      my($self, $job_id) = @_;      my($self, $job_id) = @_;
11124    
# Line 11134  Line 11134 
11134      }      }
11135  }  }
11136    
11137  sub get_current_arch :scalar  sub get_current_arch :Scalar
11138  {  {
11139      my $arch;      my $arch;
11140    
# Line 11606  Line 11606 
11606      return bless $self, $class;      return bless $self, $class;
11607  }  }
11608    
11609  sub status :scalar  sub status :Scalar
11610  {  {
11611      my($self) = @_;      my($self) = @_;
11612    
11613      return &FIG::file_read("$self->{dir}/STATUS");      return &FIG::file_read("$self->{dir}/STATUS");
11614  }  }
11615    
11616  sub running :scalar  sub running :Scalar
11617  {  {
11618      my($self) = @_;      my($self) = @_;
11619      my $rc;      my $rc;
# Line 11631  Line 11631 
11631      return $rc;      return $rc;
11632  }  }
11633    
11634  sub info :scalar :list  sub info :Scalar :List
11635  {  {
11636      my($self) = @_;      my($self) = @_;
11637      return &FIG::file_read("$self->{dir}/INFO");      return &FIG::file_read("$self->{dir}/INFO");
11638  }  }
11639    
11640  sub output :scalar :list  sub output :Scalar :List
11641  {  {
11642      my($self) = @_;      my($self) = @_;
11643      return &FIG::file_read("$self->{dir}/OUTPUT");      return &FIG::file_read("$self->{dir}/OUTPUT");

Legend:
Removed from v.1.327  
changed lines
  Added in v.1.328

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3