[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.203, Thu Jan 13 17:32:51 2005 UTC revision 1.204, Sun Jan 16 16:05:20 2005 UTC
# Line 3149  Line 3149 
3149  sub score1 {  sub score1 {
3150      my($self,$pegs) = @_;      my($self,$pegs) = @_;
3151      my($sim);      my($sim);
3152    
3153        my($iden_cutoff) = 97;
3154        my($iden_cutoff_gap) = 100 - $iden_cutoff;
3155    
3156      my($first,@rest) = @$pegs;      my($first,@rest) = @$pegs;
3157      my $count = 1;      my $count = 1;
3158      my %hits = map { $_ => 1 } @rest;      my %hits = map { $_ => 1 } @rest;
# Line 3165  Line 3169 
3169          }          }
3170      }      }
3171    
3172      while ((@ordered > 0) && ($ordered[0]->[0] >= 97))      while ((@ordered > 0) && ($ordered[0]->[0] >= $iden_cutoff))
3173      {      {
3174          shift @ordered ;          shift @ordered ;
3175      }      }
# Line 3174  Line 3178 
3178          my $start = $ordered[0]->[0];          my $start = $ordered[0]->[0];
3179          $_ = shift @ordered;          $_ = shift @ordered;
3180          my @sub = ( $_->[1] );          my @sub = ( $_->[1] );
3181          while ((@ordered > 0) && ($ordered[0]->[0] > ($start-3)))          while ((@ordered > 0) && ($ordered[0]->[0] > ($start-$iden_cutoff_gap)))
3182          {          {
3183              $_ = shift @ordered;              $_ = shift @ordered;
3184              push(@sub, $_->[1]);              push(@sub, $_->[1]);
# Line 3712  Line 3716 
3716      if ($x =~ /similarity/i)              { return 1 }      if ($x =~ /similarity/i)              { return 1 }
3717      if ($x =~ /glimmer/i)                 { return 1 }      if ($x =~ /glimmer/i)                 { return 1 }
3718      if ($x =~ /unknown/i)                 { return 1 }      if ($x =~ /unknown/i)                 { return 1 }
3719        if (($x =~ /domain/i) ||
3720            ($x =~ /^y[a-z]{2,4}\b/i) ||
3721            ($x =~ /complete/i) ||
3722            ($x =~ /predicted by Psort/) ||
3723            ($x =~ /^bh\d+/i) ||
3724            ($x =~ /cds_/i) ||
3725            ($x =~ /^[a-z]{2,3}\d+/i) ||
3726            ($x =~ /similar to/i) ||
3727            ($x =~ / identi/i) ||
3728            ($x =~ /structural feature/i))    { return 1 }
3729      return 0;      return 0;
3730  }  }
3731    

Legend:
Removed from v.1.203  
changed lines
  Added in v.1.204

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3