[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.192, Wed Dec 29 17:59:36 2004 UTC revision 1.193, Mon Jan 3 02:21:08 2005 UTC
# Line 2853  Line 2853 
2853    
2854      my $genomeQ = $genome ? quotemeta $genome : "";      my $genomeQ = $genome ? quotemeta $genome : "";
2855    
     $peg = "";  
2856      $rdbH = $self->db_handle;      $rdbH = $self->db_handle;
2857      if (($relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT id FROM ext_alias WHERE ( alias = \'$alias\' )")) &&      if (($relational_db_response = $rdbH->SQL("SELECT id FROM ext_alias WHERE ( alias = \'$alias\' )")) &&
2858          (@$relational_db_response > 0))          (@$relational_db_response > 0))
2859      {      {
2860            @pegs = map { $_->[0] } @$relational_db_response;
2861          if (@$relational_db_response == 1)          if (@$relational_db_response == 1)
2862          {          {
2863              $peg = $relational_db_response->[0]->[0];              $peg = $relational_db_response->[0]->[0];
2864                return wantarray() ? ($peg) : $peg;
2865          }          }
2866          elsif (wantarray())          elsif (wantarray())
2867          {          {
2868              return map { $_->[0] } @$relational_db_response;              return map { $_->[0] } @$relational_db_response;
2869          }          }
     }  
2870      else      else
2871      {      {
2872          my @poss = grep { $_ =~ /^fig\|/ } map { $_->[0] } $self->mapped_prot_ids($alias);              return wantarray() ? () : "";
         if ($genomeQ)  
         {  
             @poss = grep { $_ =~ /^fig\|$genomeQ/ } @poss;  
2873          }          }
   
         if (@poss == 1)  
         {  
             $peg = $poss[0];  
2874          }          }
         elsif (wantarray())  
         {  
             return @poss;  
         }  
         else  
         {  
             return "";  
         }  
     }  
     return wantarray() ? ($peg) : $peg;  
2875  }  }
2876    
2877  sub to_alias {  sub to_alias {
2878      my($self,$fid,$type) = @_;      my($self,$fid,$type) = @_;
2879    
2880      my @aliases = grep { $_ =~ /^$type\|/ } $self->feature_aliases($fid);      my @aliases = grep { $_ =~ /^$type\|/ } $self->feature_aliases($fid);
     if (@aliases == 0)  
     {  
         @aliases = grep { $_ =~ /^$type\|/ } map { $_->[0] } $self->mapped_prot_ids($fid);  
     }  
2881    
2882      if (wantarray())      if (wantarray())
2883      {      {
# Line 3210  Line 3188 
3188      my($ev,$sc,$i,$j);      my($ev,$sc,$i,$j);
3189    
3190      $ev = [];      $ev = [];
     $sc = 0;  
3191    
3192      $i = 0;      $i = 0;
3193      $j = 0;      $j = 0;
# Line 3226  Line 3203 
3203          }          }
3204          else          else
3205          {          {
3206              $sc += $self->accumulate_ev($genome1,$sim1->[$i]->[1],$sim2->[$j]->[1],$bound,$ev);              $self->accumulate_ev($genome1,$sim1->[$i]->[1],$sim2->[$j]->[1],$bound,$ev);
3207              $i++;              $i++;
3208              $j++;              $j++;
3209          }          }

Legend:
Removed from v.1.192  
changed lines
  Added in v.1.193

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3