[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.64, Fri Apr 9 14:55:36 2004 UTC revision 1.65, Fri Apr 9 15:26:05 2004 UTC
# Line 3998  Line 3998 
3998      }      }
3999  }  }
4000    
4001  sub best_bbh_candidate {  
4002    =pod
4003    
4004    =head1 best_bbh_candidates
4005    
4006    usage: @candidates = $fig->best_bbh_candidates($genome,$cutoff,$requested,$known)
4007    
4008    This routine returns a list of up to $requested candidates from $genome.  A candidate is a BBH
4009    against one of the PEGs in @$known.  Each entry in the list is a 3-tuple:
4010    
4011        [CandidatePEG,KnownBBH,Pscore]
4012    
4013    =cut
4014    
4015    sub best_bbh_candidates {
4016      my($self,$genome,$cutoff,$requested,$known) = @_;      my($self,$genome,$cutoff,$requested,$known) = @_;
4017      my($i,$j,$k,$sim,@sims,$peg,$id2,$genome2,$sim_back);      my($i,$j,$k,$sim,@sims,$peg,$id2,$genome2,$sim_back);
4018      my($bbh,%seen,%computed_sims);      my($bbh,%seen,%computed_sims);
# Line 4042  Line 4056 
4056                          {                          {
4057                              if ($self->ok_match($sim_back))                              if ($self->ok_match($sim_back))
4058                              {                              {
4059                                  $bbh = 1;                                  $bbh = [$id2,$sim_back->psc];
4060                              }                              }
4061                          }                          }
4062                      }                      }
# Line 4052  Line 4066 
4066    
4067              if ($bbh)              if ($bbh)
4068              {              {
4069                  push(@got,$peg);                  push(@got,[$peg,@$bbh]);
4070              }              }
4071          }          }
4072      }      }

Legend:
Removed from v.1.64  
changed lines
  Added in v.1.65

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3