[Bio] / FigKernelPackages / FIG.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FIG.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.28, Tue Feb 10 22:35:57 2004 UTC revision 1.29, Sun Feb 15 17:12:54 2004 UTC
# Line 2199  Line 2199 
2199  =cut  =cut
2200    
2201  sub sims {  sub sims {
2202      my ($self,$id,$maxN,$maxP,$select) = @_;      my ($self,$id,$maxN,$maxP,$select,$max_expand) = @_;
2203      my($sim);      my($sim);
2204        $max_expand = defined($max_expand) ? $max_expand : $maxN;
2205    
2206      my @sims = ();      my @sims = ();
2207      my @maps_to = $self->mapped_prot_ids($id);      my @maps_to = $self->mapped_prot_ids($id);
# Line 2230  Line 2231 
2231                  }                  }
2232              }              }
2233              unshift(@raw_sims,bless([$id,$rep_id,100.00,undef,undef,undef,1,$entry[0]->[1],$delta+1,$maps_to[0]->[1],0.0,,undef,$entry[0]->[1],$maps_to[0]->[1],"blastp",0,0],'Sim'));              unshift(@raw_sims,bless([$id,$rep_id,100.00,undef,undef,undef,1,$entry[0]->[1],$delta+1,$maps_to[0]->[1],0.0,,undef,$entry[0]->[1],$maps_to[0]->[1],"blastp",0,0],'Sim'));
2234              @sims = grep { $_->id1 ne $_->id2 } &expand_raw_sims($self,\@raw_sims,$maxP,$select,0);              @sims = grep { $_->id1 ne $_->id2 } &expand_raw_sims($self,\@raw_sims,$maxP,$select,0,$max_expand);
2235          }          }
2236      }      }
2237      return @sims;      return @sims;
2238  }  }
2239    
2240  sub expand_raw_sims {  sub expand_raw_sims {
2241      my($self,$raw_sims,$maxP,$select,$dups) = @_;      my($self,$raw_sims,$maxP,$select,$dups,$max_expand) = @_;
2242      my($sim,$id2,%others,$x);      my($sim,$id2,%others,$x);
2243    
2244      my @sims = ();      my @sims = ();
# Line 2248  Line 2249 
2249          next if ($others{$id2} && (! $dups));          next if ($others{$id2} && (! $dups));
2250          $others{$id2} = 1;          $others{$id2} = 1;
2251    
2252          if ($select && ($select eq "raw"))          if ($select && ($select eq "raw") || ($max_expand <= 0))
2253          {          {
2254              push(@sims,$sim);              push(@sims,$sim);
2255          }          }
2256          else          else
2257          {          {
2258              my @relevant;              my @relevant;
2259                $max_expand--;
2260    
2261              my @maps_to = $self->mapped_prot_ids($id2);              my @maps_to = $self->mapped_prot_ids($id2);
2262              if ((! $select) || ($select eq "fig"))              if ((! $select) || ($select eq "fig"))
2263              {              {

Legend:
Removed from v.1.28  
changed lines
  Added in v.1.29

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3