[Bio] / FigKernelPackages / FFserver.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FFserver.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.9, Wed May 13 20:09:56 2009 UTC revision 1.10, Thu May 21 21:29:50 2009 UTC
# Line 121  Line 121 
121    
122  sub assign_function_to_prot  sub assign_function_to_prot
123  {  {
124      my($self, $input) = @_;      my($self, $input, $blast, $min_hits) = @_;
125    
126      my $wq;      my $wq;
127    
128        my $params = [blast => $blast, min_hits => $min_hits];
129    
130      if (ref($input) eq 'ARRAY')      if (ref($input) eq 'ARRAY')
131      {      {
132          $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);          $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);
# Line 134  Line 136 
136          $wq = FastaWorkQueue->new($input);          $wq = FastaWorkQueue->new($input);
137      }      }
138    
139      return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_function_to_prot', \&id_seq_pair_bundler, \&tab_delimited_output_parser);      return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_function_to_prot', \&id_seq_pair_bundler,
140                                  #\&tab_delimited_output_parser,
141                                  \&YAML::Load,
142                                  $params);
143  }  }
144    
145  sub assign_functions_to_dna  sub assign_functions_to_dna
146  {  {
147      my($self, $input, $min_hits, $max_gap) = @_;      my($self, $input, $min_hits, $max_gap, $blast) = @_;
148    
149      my $wq;      my $wq;
150    
# Line 152  Line 157 
157          $wq = FastaWorkQueue->new($input);          $wq = FastaWorkQueue->new($input);
158      }      }
159    
160      return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA', \&id_seq_pair_bundler, \&tab_delimited_output_parser, [min_hits => $min_hits, max_gap => $max_gap]);      my $params = [min_hits => $min_hits, max_gap => $max_gap, blast => $blast];
161        return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA',
162                                  \&id_seq_pair_bundler,
163                                  \&tab_delimited_output_parser, $params);
164  }  }
165    
166  sub id_seq_pair_bundler  sub id_seq_pair_bundler
# Line 205  Line 213 
213  {  {
214      my($self) = @_;      my($self) = @_;
215    
216      if ($self->{cur_result})      my $res =  $self->get_next_from_result();
217    
218        if ($res)
219      {      {
220          return $self->get_next_from_result();          return $res;
221      }      }
222      else      else
223      {      {
# Line 222  Line 232 
232              my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);              my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
233              if ($res->is_success)              if ($res->is_success)
234              {              {
235                  $self->{cur_result} = $res->content;                  $self->{cur_result} = [YAML::Load($res->content)];
236                  #print "res: $self->{cur_result}\n";                  #print "res: $self->{cur_result}\n";
237                  return $self->get_next_from_result();                  return $self->get_next_from_result();
238              }              }
# Line 241  Line 251 
251  sub get_next_from_result  sub get_next_from_result
252  {  {
253      my($self) = @_;      my($self) = @_;
254      if ($self->{cur_result} =~ s/^([^\n]*)\n//)      my $l = $self->{cur_result};
255        if ($l and @$l)
256        {
257            return shift(@$l);
258        }
259        else
260      {      {
261          return &{$self->{output_parser}}($1);          delete $self->{cur_result};
262            return undef;
263      }      }
264  }  }
265    

Legend:
Removed from v.1.9  
changed lines
  Added in v.1.10

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3