[Bio] / FigKernelPackages / FFserver.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/FFserver.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Mon May 11 20:55:05 2009 UTC revision 1.15, Mon Jun 29 16:33:40 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  package FFserver;  package FFserver;
3    
4    #
5    # This is a SAS Component
6    #
7    
8  use LWP::UserAgent;  use LWP::UserAgent;
9  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
10  use YAML;  use YAML;
# Line 18  Line 22 
22          server_url => $server_url,          server_url => $server_url,
23          ua => LWP::UserAgent->new(),          ua => LWP::UserAgent->new(),
24      };      };
25        $self->{ua}->timeout(20 * 60);
26    
27      return bless $self, $class;      return bless $self, $class;
28  }  }
# Line 28  Line 33 
33      return $self->run_query('members_of_families', @ids);      return $self->run_query('members_of_families', @ids);
34  }  }
35    
36    sub families_containing_peg
37    {
38        my($self, @ids) = @_;
39        return $self->run_query('families_containing_peg', @ids);
40    }
41    
42    sub function_of
43    {
44        my($self, @ids) = @_;
45        return $self->run_query('function_of', @ids);
46    }
47    
48    sub org_of
49    {
50        my($self, @ids) = @_;
51        return $self->run_query('org_of', @ids);
52    }
53    
54    sub seq_of
55    {
56        my($self, @ids) = @_;
57        return $self->run_query('seq_of', @ids);
58    }
59    
60    sub aliases_of
61    {
62        my($self, @ids) = @_;
63        return $self->run_query('aliases_of', @ids);
64    }
65    
66    sub families_implementing_role
67    {
68        my($self,@roles) = @_;
69        return $self->run_query('families_implementing_role', @roles);
70    }
71    
72    sub families_with_function
73    {
74        my($self,@functions) = @_;
75        return $self->run_query('families_with_function', @functions);
76    }
77    
78    sub families_in_genome
79    {
80        my($self,@genomes) = @_;
81        return $self->run_query('families_in_genome', @genomes);
82    }
83    
84    sub get_subsystem_based_figfams
85    {
86        my ($self) = @_;
87        return $self->run_query('get_subsystem_based_figfams');
88    }
89    
90  sub should_be_member  sub should_be_member
91  {  {
92      my($self, @id_seq_pairs) = @_;      my($self, @id_seq_pairs) = @_;
# Line 57  Line 116 
116    
117      if ($res->is_success)      if ($res->is_success)
118      {      {
119          return Load($res->content);          my $content = $res->content;
120    #       print "Got $content\n";
121            my $ret;
122            eval {
123                $ret = Load($content);
124            };
125            if ($@)
126            {
127                die "Query returned unparsable content ($@): " . $content;
128            }
129            return $ret;
130      }      }
131      else      else
132      {      {
133          die "error on post " . $res->content;          die "error on post " . $res->status_line . " " . $res->content;
134      }      }
135  }  }
136    
137  sub assign_function_to_prot  sub assign_function_to_prot
138  {  {
139      my($self, $input) = @_;      my($self, $input, $blast, $min_hits, $assignToAll) = @_;
140    
141      my $wq;      my $wq;
142    
143        my $params = [blast => $blast, min_hits => $min_hits, assign_to_all => ($assignToAll ? 1 : 0)];
144    
145      if (ref($input) eq 'ARRAY')      if (ref($input) eq 'ARRAY')
146      {      {
147          $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);          $wq = SequenceListWorkQueue->new($input);
# Line 80  Line 151 
151          $wq = FastaWorkQueue->new($input);          $wq = FastaWorkQueue->new($input);
152      }      }
153    
154      return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_function_to_prot', \&id_seq_pair_bundler, \&tab_delimited_output_parser);      my $req_bytes = $blast ? 1000 : 16000;
155    
156        return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_function_to_prot', \&id_seq_pair_bundler,
157                                  #\&tab_delimited_output_parser,
158                                  \&YAML::Load,
159                                  $params, $req_bytes);
160  }  }
161    
162  sub assign_functions_to_dna  sub assign_functions_to_dna
163  {  {
164      my($self, $input, $min_hits, $max_gap) = @_;      my($self, $input, $min_hits, $max_gap, $blast) = @_;
165    
166        $min_hits = 3 unless defined($min_hits);
167        $max_gap = 600 unless defined($max_gap);
168        $blast = 0 unless defined($blast);
169    
170      my $wq;      my $wq;
171    
# Line 98  Line 178 
178          $wq = FastaWorkQueue->new($input);          $wq = FastaWorkQueue->new($input);
179      }      }
180    
181      return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA', \&id_seq_pair_bundler, \&tab_delimited_output_parser, [min_hits => $min_hits, max_gap => $max_gap]);      my $req_bytes = $blast ? 1000 : 500000;
182        my $params = [min_hits => $min_hits, max_gap => $max_gap, blast => $blast];
183        return ResultHandler->new($wq, $self->{server_url}, 'assign_functions_to_DNA',
184                                  \&id_seq_pair_bundler,
185                                  \&tab_delimited_output_parser, $params, $req_bytes);
186  }  }
187    
188  sub id_seq_pair_bundler  sub id_seq_pair_bundler
# Line 132  Line 216 
216    
217  sub new  sub new
218  {  {
219      my($class, $work_queue, $server_url, $function, $input_bundler, $output_parser, $form_vars) = @_;      my($class, $work_queue, $server_url, $function, $input_bundler, $output_parser, $form_vars, $req_bytes) = @_;
220    
221      my $self = {      my $self = {
222          work_queue => $work_queue,          work_queue => $work_queue,
# Line 143  Line 227 
227          ua => LWP::UserAgent->new(),          ua => LWP::UserAgent->new(),
228          cur_result => undef,          cur_result => undef,
229          form_vars => $form_vars ? $form_vars : [],          form_vars => $form_vars ? $form_vars : [],
230            req_bytes => ($req_bytes ? $req_bytes : 16000),
231      };      };
232        $self->{ua}->timeout(20 * 60);
233      return bless $self, $class;      return bless $self, $class;
234  }  }
235    
# Line 151  Line 237 
237  {  {
238      my($self) = @_;      my($self) = @_;
239    
240      if ($self->{cur_result})      my $res =  $self->get_next_from_result();
241        # print "gnfr returns: " , Dumper($res);
242    
243        if ($res)
244      {      {
245          return $self->get_next_from_result();          return $res;
246      }      }
247      else      else
248      {      {
249          my @inp = $self->{work_queue}->get_next_n_bytes(16000);  
250          if (@inp)          while (my @inp = $self->{work_queue}->get_next_n_bytes($self->{req_bytes}))
251          {          {
252              my $form = [@{$self->{form_vars}}];              my $form = [@{$self->{form_vars}}];
253              push(@$form, function => $self->{function},              push(@$form, function => $self->{function},
254                           map { &{$self->{input_bundler}}($_) } @inp);                           map { &{$self->{input_bundler}}($_) } @inp);
255              print "Invoke " .Dumper($form);              # print "Invoke " .Dumper($form);
256    
257              my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);              my $res = $self->{ua}->post($self->{server_url}, $form);
258              if ($res->is_success)              if ($res->is_success)
259              {              {
260                  $self->{cur_result} = $res->content;                  eval {
261                  #print "res: $self->{cur_result}\n";                      $self->{cur_result} = [YAML::Load($res->content)];
262                  return $self->get_next_from_result();                  };
263                    if ($@)
264                    {
265                        die "Query returned unparsable content ($@): " . $res->content;
266              }              }
267              else                  # print "res: " . Dumper($self->{cur_result});
268                    my $oneres =  $self->get_next_from_result();
269                    if ($oneres)
270              {              {
271                  die "error " . $res->status_line . " on post " . $res->content;                      return $oneres;
272              }              }
273          }          }
274          else          else
275          {          {
276              return;                  die "error " . $res->status_line . " on post " . $res->content;
277          }          }
278      }      }
279            return;
280        }
281  }  }
282    
283  sub get_next_from_result  sub get_next_from_result
284  {  {
285      my($self) = @_;      my($self) = @_;
286      if ($self->{cur_result} =~ s/^([^\n]*)\n//)      my $l = $self->{cur_result};
287        if ($l and @$l)
288        {
289            return shift(@$l);
290        }
291        else
292      {      {
293          return &{$self->{output_parser}}($1);          delete $self->{cur_result};
294            return undef;
295      }      }
296  }  }
297    
# Line 251  Line 353 
353  use strict;  use strict;
354  use base 'SequenceWorkQueue';  use base 'SequenceWorkQueue';
355  use FileHandle;  use FileHandle;
 use FIG;  
356    
357  sub new  sub new
358  {  {
# Line 278  Line 379 
379  {  {
380      my($self) = @_;      my($self) = @_;
381    
382      my($id, $seqp, $com) = &FIG::read_fasta_record($self->{fh});      my($id, $seqp, $com) = read_fasta_record($self->{fh});
383      return defined($id) ? ($id, $com, $seqp) : ();      return defined($id) ? ($id, $com, $seqp) : ();
384  }  }
385    
386    sub read_fasta_record {
387        my ($file_handle) = @_;
388        my ($old_end_of_record, $fasta_record, @lines, $head, $sequence, $seq_id, $comment, @parsed_fasta_record);
389    
390        if (not defined($file_handle))  { $file_handle = \*STDIN; }
391    
392        $old_end_of_record = $/;
393        $/ = "\n>";
394    
395        if (defined($fasta_record = <$file_handle>)) {
396            chomp $fasta_record;
397            @lines  =  split( /\n/, $fasta_record );
398            $head   =  shift @lines;
399            $head   =~ s/^>?//;
400            $head   =~ m/^(\S+)/;
401            $seq_id = $1;
402            if ($head  =~ m/^\S+\s+(.*)$/)  { $comment = $1; } else { $comment = ""; }
403            $sequence  =  join( "", @lines );
404            @parsed_fasta_record = ( $seq_id, \$sequence, $comment );
405        } else {
406            @parsed_fasta_record = ();
407        }
408    
409        $/ = $old_end_of_record;
410    
411        return @parsed_fasta_record;
412    }
413    
414  package SequenceListWorkQueue;  package SequenceListWorkQueue;
415  use strict;  use strict;
416  use base 'SequenceWorkQueue';  use base 'SequenceWorkQueue';

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.15

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3